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NGS
tabix 操作VCF文件
tabix可以对
NGS
分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED,GFF,SAM等格式。
斩毛毛
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2020-09-12 21:32
使用R语言的正确姿势,R包干货奉献
生物信息学习的正确姿势
NGS
系列文章包括
NGS
基础、在线绘图、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析
生信宝典
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2020-09-11 23:00
可视化
数据库
python
数据分析
java
在丰美里徜徉的小鱼儿(青青陌儿原创)
岁月赋予她的标签就是无论沧桑cā
ngs
āng变换,在三san千弱水里,我就是一条快快乐乐的小鱼儿。初识禅园里的小鱼儿
青青陌儿
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2020-08-26 23:16
这里有3款服务器你会如何选择
在做抉择之前,我先给大家普及一些
NGS
组学数据的相关知识。
生信技能树
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2020-08-24 10:24
第2篇:原始数据的质控、比对和过滤
这部分内容包括对原始测序数据质控,然后比对过滤,这是所有
NGS
数据处理的上游分析。
六六_ryx
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2020-08-23 20:12
用泊松分布解释
NGS
测序数据的 duplication 问题
tags:NGSduplication不管从哪个角度看我们都希望测序仪产出的数据中duplicate率尽量低。怎样降低duplicate率?构建文库时,核酸提取质量要好,起始DNA量要足够多,建库过程中PCR循环数尽量少,可以的话构建PCR-free文库最好,防范于未然。什么样的数据算是duplicateduplicate就是一段序列的多个拷贝,以PE测序为例,用比对软件在将测序reads比对到参
wangpeng905
·
2020-08-23 16:04
在Angular6中使用primeNG UI框架
第一步:使用ngnewprojectngnewPrimeNGproject第二步:可以运行一下是否成功
ngs
第三步:安装primeNGnpminstallprimeng第四步:安装font-awesome
zhy前端攻城狮
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2020-08-22 20:09
Angular2
Angular6中使用primeNG UI框架
第一步:使用ngnewprojectngnewPrimeNGproject1第二步:可以运行一下是否成功
ngs
1第三步:安装primeNGnpminstallprimeng1第四步:安装font-awesome
l362231323
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2020-08-22 17:33
angular
如果不知道老子出关,为啥骑的是青牛,怎么能说读懂《道德经》?
中国古代的名人,标配就是有一头属于自己的瑞兽当坐骑:姜子牙的坐骑是“四不像”、太上老君:青兕([qī
ngs
ì]古代犀牛类的一种兽类)
繁星国学
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2020-08-21 05:03
ATAC-Seq入门加高阶传送门
虽然说所有的
NGS
数据分析都有类似的道理,ATAC-Seq和ChIP-Seq更是具有相似的分析方法,但是小伙伴们在实战中可能仍然有困惑:
六六_ryx
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2020-08-20 19:36
椭球面上的常用坐标系及其相互关系
§6.2椭球面上的常用坐标系及其相互关系6.2.1大地坐标系点的子午面NPS与起始子午面
NGS
所构成的二面角,叫做点的大地经度,由起始子午面起算,向东为正,叫东经(0°~180°),向西为负,叫西经(0o
csyounth
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2020-08-19 09:19
C/C++
模拟器
IG
html网页
[外链图片转存失败(img-mepd4
ngS
-1562240043366)(https://mp.csdn.net/cart.gif)]购物车|帮助中心|加入收藏|设为首页||文化生活计算机外语学术社科少儿艺术考试全部商品目录
牧屿秭归
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2020-08-18 14:53
html
群体遗传 |
NGS
结构变异检测原理
随着测序成本越来越低,测序技术越发先进,除了研究单核苷酸多态性(SNP)。研究者们开始慢慢将目光转向了结构变异(SV)。一、结构变异的定义与其研究的重要性变异是导致基因组差异的最重要因素,具体可分为单个碱基对的变异(SNVs/SNPs);小的插入或缺失(InDels≤50bp);结构变异(SVs>50bp)。根据结构变异的不同类型,结构变异可以进一步分为DNA序列的插入、缺失、重复、倒位、易位、拷
生信师姐
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2020-08-16 15:56
angular配置懒加载core.js:14597 ERROR Error: Uncaught (in promise): TypeError: undefined is not a function
nggmodulestudent--routingstudent为模块名称,执行完毕后会生成一下两个文件:student.module.tsstudent-routing.module.tsangualr配置懒加载启动使用
ngs
叮咚侠
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2020-08-12 00:48
Angular
JS
WEB前端
诺禾--Falcon智能交付系统宣传片正式发布
2020年3月,诺禾致源正式面向全球推出高通量测序(
NGS
)范畴首个多产品并行的柔性化智能托付系统-Falcon。
yyone123
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2020-08-12 00:33
送书 | 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办?
在
NGS
基础:测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据,命令如下。
生信宝典
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2020-08-11 17:08
网络
java
python
编程语言
人工智能
高通量数据中批次效应的鉴定和处理(六)- 直接校正表达矩阵
生物信息学习的正确姿势
NGS
系列文章包括
NGS
基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典
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2020-08-11 17:07
人工智能
数据挖掘
数据可视化
数据分析
大数据
「R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用
生物信息学习的正确姿势
NGS
系列文章包括
NGS
基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典
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2020-08-11 17:07
css
html
数据可视化
编程语言
js
阿里巴巴新零售数据库设计(简化版)
阿里巴巴新零售数据库设计(简化版)语雀地址:https://www.yuque.com/gavincoder/
ngs
5gi/upkm1p#WXQOv!
Gavincoder
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2020-08-11 14:36
数据库
岛国电影生物科普就是强—生物大跃进
岛国科普向来做的好,广大生物男大学阶段总是无意间被岛国电影科普生物姿势,本周推荐一部分日本NHK的科普记录片——《生命大跃进》,讲述了通过高通量测序(
NGS
)等一系列技术研究近四十亿年间的生命进化历程。
刘永鑫Adam
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2020-08-10 11:48
科普
日本
科普
纪录片
生物
进化
文件批量重命名的技术,你值得拥有
经验整理
NGS
系列文章包括
NGS
基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述:三万字长文读懂单细胞
刘永鑫Adam
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2020-08-08 01:24
整合QC质控结果的利器——MultiQC
一、MultiQC介绍
NGS
技术的进步催生了新的实验设计、分析类型和极高通量测序数据的生成。对于这些数据的质量评估,每一步分析结果的评估是后续结果可信度的衡量和保障。
刘永鑫Adam
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2020-08-08 01:21
岛国电影生物科普就是强—生命大跃进
岛国科普向来做的好,广大生物男大学阶段总是无意间被岛国电影科普生物姿势,本周推荐一部分日本NHK的科普记录片——《生命大跃进》,讲述了通过高通量测序(
NGS
)等一系列技术研究近四十亿年间的生命进
刘永鑫Adam
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2020-08-08 01:48
耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办?
在
NGS
基础:测序原始数据下载一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump从NCBI下载原始测序数据,命令如下。
刘永鑫Adam
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2020-08-08 01:12
图形化开放式生信分析系统开发 - 1 需求分析及技术实现V2(2020.7更新)
起因/背景从2017年前开始,工作的原因接触到了
NGS
(高通量测序技术High-throughputsequencing又称“下一代”测序技术"Next-generation"sequencingtechnology
Sliverworkspace.com
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2020-08-07 20:23
gamit 中天线量测方式的处理 以CHC X10为例
此次选用的GNSS接收机为上海华测(CHCNAV)出品的智能型接收机,接收机名称:CHCX10接收机天线:CHCI80.我们根据官方及
NGS
给定的一些接收天线数学参数来计算正确的天线
qq_42111624
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2020-08-07 17:34
GNSS
gnss
An unhandled exception occurred: Cannot find module '@angular-devkit/build-angular/package.json'
再执行启动命令
ngs
或ngserve时报错了,错误如下:Anunhandledexceptionoccurred:Cannotfindmodule'@angular-devkit/build-angular
男人要霸气
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2020-08-03 07:46
Angular6
Angular
Cli
肿瘤基因检测产品
基因检测技术主要可分为PCR技术(聚合酶链式反应)、免疫荧光杂交(FISH)、基因芯片和基因测序(
NGS
)。PCR是目前发展成熟、应用广泛、医生接受度较高的基因检测技术。
生物信息与育种
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2020-08-02 22:33
TRM59900.00 NONE(https://www.
ngs
.noaa.gov/ANTCAL/LoadFile?file=TRM59900.00_NONE.atx)
STARTOFANTENNATRM59900.00NONETYPE/SERIALNOROBOTIfE,Univ.Hannover520-JUN-11METH/BY/#/DATE5.0DAZI0.090.05.0ZEN1/ZEN2/DZEN4#OFFREQUENCIESIGS14_1941SINEXCODE#NumberofCalibratedAntennas:005COMMENT#Numberof
zzh_my
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2020-08-01 09:41
Trimble
antenna
这里有3款服务器你会如何选择
在做抉择之前,我先给大家普及一些
NGS
组学数据的相关知识。
生信技能树
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2020-07-31 15:37
NGS
数据的质量评估和reads的处理
p=14561.基因组测序和转录测序的
NGS
数据处理策略从测序公司拿到数据后,首先需要对数据进行预处理,主要分两步走:1.1QC(reads的质量控制)QualityControl,即过滤低质量reads
SHMILYRINGPULL
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2020-07-30 19:37
bioinformatics
SAM BAM 和 CRAM
处理
NGS
数据的生信人员每天都会接触各种数据格式,什么sam、bam、bed、vcf、gvcf等,大家对sam和bam都听得比较多,可能对cram不熟悉,此篇博文梳理下三个以‘AM’结尾的文件,不会具体说明三个文件的具体格式
SHMILYRINGPULL
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2020-07-30 18:47
bioinformatics
NGS
的临床应用(二)
近日在ArchivesofPathology&LaboratoryMedicine杂志上发表了一篇题为ReviewofClinicalNext-GenerationSequencing(PMID:28782984),关于二代测序在临床应用上的综述文章。作为一名基因检测从业人员,本人认为这是一篇非常专业、客观、系统的二代测序技术介绍,在这里为大家分享一点体会。新手上路,请大家多多包涵。本文对文章中间
谭灏文
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2020-07-30 03:46
转录组入门(7): 差异基因分析
生信技能树实验操作rm(list=ls())library(DESeq2)setwd("E:/0
ngs
/sam_out/")expr0)>=2#table
宇天_ngs
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2020-07-29 19:40
NGS
小技能(2):如何进行SRA到fastq格式的快速转换
前言生物信息分析人员一般会接触到从NCBI等网站下载的SRA数据,之前也介绍了下载SRA数据的几种方式。下面,我就简单介绍一下如何将下载的sra格式数据转换成为常用的fastq等格式。方法1、NCBIsratoolkit工具的fastq-dump命令1)下载sratoolkit$wget-chttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/srato
魚晨光
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2020-07-29 19:01
【转载】【2017年】基于二代测序(
NGS
)的肿瘤panels验证指南
文章概要:
NGS
方法为使用单个平台检测多个体细胞变异提供了独特的优势,并成功地用于肿瘤标本中,用于预测靶向治疗反应,疾病诊断和预后。已经成为检测体细胞变体的首选方法,被临床实验室迅速采用。
静小沐
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2020-07-20 15:45
阿里巴巴新零售数据库设计(简化版)
阿里巴巴新零售数据库设计(简化版)语雀地址:https://www.yuque.com/gavincoder/
ngs
5gi/upkm1p#WXQOv基础概念SPUStandardProductUnit标准产品单位
GavinCoder
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2020-07-17 10:00
skewer过滤软件的安装及使用
skewer是一个能快速且准确地处理
NGS
双端reads的接头去除软件。
husy_
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2020-07-15 10:02
基因测序仪发展史.
NGS
十年发展史,看这篇就够了|Nature综述解读日前NatureReviewsGenetics刊出了一篇综述,盘点近十年来测序技术的发展。
探索者v
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2020-07-13 14:22
单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述(数据分析)
编者按:本文是Illumina团队出的
NGS
技术在单细胞研究中的应用,坊间以pdf的形式传阅,余以为多有不便,今摘抄于此。版权归原作者所有,侵删,内容仅供学习,更多详细信息请阅读原文。
周运来就是我
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2020-07-13 12:17
ChIP-Seq数据挖掘系列-5.2:
ngs
.plot 画图工具
ngs
.plot.r 和 replot.r 参数详解
ngs
.plot必需参数参数参数释义参数示例-G基因组名hg18,hg19,mm9,mm10;详情参见:SupportedGenomes-R需要展示的基因组区域tss,tes,genebody,exon
_eason_
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2020-07-12 22:19
Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
编译|生信宝典,May校对|生信宝典▼生信学习的正确姿势(第三版)
NGS
系列文章包括
NGS
基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq
刘永鑫Adam
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2020-07-12 15:41
小白的一点点点点生信了解
后来看公众号发的文章里面有
NGS
,基因测序,转录组分析什么的更觉得高大上了,因为我全都不会。这两天搜索了一些信息,临阵磨的枪不怎么光,我还是对生信一无所知。
大宝贝喜欢徐先生
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2020-07-11 17:01
job?
绝大部分生信岗是
NGS
应用相关的,最多的是肿瘤或遗传疾病检测,其次是微生物应用,可见纯粹的科服市场确实没落了。质谱生信岗集中在长三角,在珠三角基本找不到。科服市场的发展我认为也赶不上当年的二代测序了。
geekfocus
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2020-07-11 06:32
生物信息
序列比对(一)——全局比对Needleman-Wunsch算法
原创:hxj7前言序列比对是生信领域的一个古老课题,在这一波
NGS
的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性,在比对的时候允许插入缺失,所以往往是一种不精确匹配。
生信了(公众号同名)
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2020-07-11 02:48
#
序列算法
甲基化测序技术及其在老年疾病和衰老模型中的应用
随着下一代测序技术(
NGS
)技术的发展,使我们能够
weixin_30706507
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2020-07-10 06:30
基因测序名词解释
,HTS)是对传统Sanger测序(称为一代测序技术)革命性的改变,一次对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing,
NGS
weixin_30539625
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2020-07-10 06:50
关于三代基因测序,你所需要知道的都在这儿!
一、导读:在大部分投资者对“二代测序”(
NGS
)还没有搞清技术细节的情况下,“三代测序”(3GS)又火了。
wangchuang2017
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2020-07-10 03:01
生物信息学
NGS
项目三:ChiP-seq数据分析workflow
概念:内涵:用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构[1,2]。外延:几种技术的特性比较技术名称主要区别共同之处Chip-seq和Chip-chiq测序和芯片,开放性免疫沉淀Chip-seq和RNA-seq结合蛋白,全RNA高通量测序MeDIP-seq和RRBS免疫共沉淀和酶切Cp
saghir
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2020-07-10 01:12
Bio-Informatics
NGS
数据格式梳理02-SAM/BAM格式最详细解读
本篇是自己学习SAM和SAMtag的资料心得,为防自己理解有误,误导他人,参考资料(文中“[]”中的数字对应文末的参考文献)都有加上,不足之处欢迎指正。目录SAM/BAM格式简介[1]术语与概念理解[3][4]标头部分(headersection)比对信息部分(alignmentsection)比对部分概述比对部分详述[4]第一列、QNAME第二列、FLAG第三列、RNAME第四列、POS第五列、
pythonic生物人
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2020-07-09 22:33
生物信息
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