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NGS
哇!单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上!
NGS
系列文章包括
NGS
基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述:三万字长文读懂单细胞
生信宝典
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2020-06-21 04:49
单细胞分析Seurat使用相关的10个问题答疑精选!
NGS
系列文章包括
NGS
基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述:三万字长文读懂单细胞
生信宝典
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2020-06-21 04:48
单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述(样本制备)
编者按:本文是Illumina团队出的
NGS
技术在单细胞研究中的应用,坊间以pdf的形式传阅,余以为多有不便,今摘抄于此。版权归原作者所有,侵删,内容仅供学习,更多详细信息请阅读原文。
周运来就是我
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2020-06-21 03:34
燃石医学上市首日大涨50%:市值25亿美元,背后VC/PE云集
作者|任倩报道|投资界PEdaily“中国肿瘤
NGS
第一股”诞生了。北京时间6月12日晚,国内肿瘤基因检测企业燃石医学成功在纳斯达克上市,股票代号为BNR。
投资界
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2020-06-13 00:00
燃石医学美股IPO:市值超16亿美元,联想之星回报近80倍
作者|任倩报道|投资界PEdaily“中国肿瘤
NGS
第一股”诞生了。北京时间6月12日晚,国内肿瘤基因检测企业燃石医学成功在美国纳斯达克上市,股票代号为BNR。
投资界
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2020-06-12 00:00
NGS
012 转座酶建库及ATAC-seq
转座因子Transposon一段DNA顺序可以从原位上单独复制或断裂下来,环化后插入另一位点,并对其后的基因起调控作用,此过程称转座。这段序列称跳跃基因或转座子。转座子是存在于染色体DNA上可自主复制和位移的基本单位。I型转座子(复制-粘贴)I型转座子转座中间体是RNA。I型转座子又被称为逆元件(Retroelement)。该型转座子会先被转录为RNA,然后该RNA被逆转录,再次成为DNA,才被插
caoqiansheng
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2020-05-19 16:22
NGS
009 生信常用数据格式
Fasta&FastqFastaa也即alignment,Fasta格式也称为Pearson格式,是一种基于文本,用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式,一般为参考基因组序列。fasta格式文件共2行,第1行是由大于号'>'头用于序列标记,第二行开始为序列信息。image.pngFastqq也即quality,Fasta格式是一种存储了生物序列(通常是核酸序列)以及相应的质量评价的文本格式,一般是测
caoqiansheng
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2020-05-14 14:35
NGS
008 测序常用名词
1.高通量测序技术(High-throughputsequencing)高通量测序技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”测序技术("Next-generation"sequencingtechnology),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。2.全基因组测序(wholegenomesequencing,WGS)全基因组测序
caoqiansheng
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2020-05-14 14:27
NGS
005
NGS
方法小结
1测序方法分类测序方法分类2基因组测序2.1全基因组测序大型全基因组测序对人类、植物或动物基因组等大型基因组(>5Mb)测序,可为疾病研究和群体遗传学提供有价值的信息。小型全基因组测序小型基因组测序(≤5Mb)涉及对细菌、病毒或其他微生物的整个基因组进行测序,并将序列与已知参考序列进行比较。小型微生物基因组的测序对公共卫生领域的食品检测、传染性疾病监控、分子流行病学研究和环境宏基因组学很有用。从头
caoqiansheng
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2020-05-14 14:50
NGS
002 核苷酸
核苷酸结构核酸单体的核心结构是核苷酸,它由一个糖残基及一个含氮碱基组成根据核糖类型的不同,分为核苷三磷酸,脱氧核苷三磷酸(核糖2’脱氧),双脱氧核苷三磷酸(核糖2’,3’脱氧)根据核苷酸5’位置所含磷酸基团的多少,分为核苷单磷酸,核苷二磷酸,核苷三磷酸。根据核苷酸的碱基不同,其中DNA有四个含氮碱基腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G),胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)。而RNA则有腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G),胞
caoqiansheng
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2020-05-14 14:20
NGS
001
NGS
常用酶
DNA聚合酶(DNA介导的DNA聚合酶)T4DNA聚合酶概述:在模板及引物存在的条件下,T4DNA聚合酶催化沿5´→3´方向合成DNA。此酶还具有3´→5´外切核酸酶的活性,该活性比DNA聚合酶I强。与DNA聚合酶I不同,T4DNA聚合酶不具有5´→3´核酸外切酶活性。应用:缺口填充(无链置换活性);切除3´突出末端或补平5´突出端,形成平末端;通过置换合成法标记探针;单链删除后亚克隆反应条件:1
caoqiansheng
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2020-05-14 14:08
举杯邀明月,对影成三人
jǔbēiyāomíngyuè,duìyǐngché
ngs
ānrén举杯邀明月,对影成三人古:仄平平平仄 仄仄平通平今:仄平平平仄 仄仄平平平出自:李白《月下独酌》作品原文:花间一壶酒,独酌无相亲。
人间疯狗
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2020-04-12 12:00
Precellys:微生物
NGS
核酸研磨提取理想工具
微生物,如细菌,真菌,古生菌,藻类,原生动物和病毒,在许多不同的现象中扮演着重要角色,它们参与气候变化,营养循环,生物降解和各类疾病。在生物技术领域,微生物可以应用于广泛的领域,如制药产业,环保产业和食品加工产业。微生物研究的主要目的是为了破译微生物对健康和疾病的影响机制,与此同时发掘微生物新的应用。近年来,微生物领域因新技术的出现而得到了很大的发展,这些新技术使微生物学能够进行培养之外的分析,在
伯齐科技
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2020-04-10 12:01
khmer安装及使用
在分析海量的
NGS
数据时,有时会需要统计序列里的k-mer分布情况来估计测序数据的质量和覆盖度,检测基因组的重复度等等。OverrepresentedKmers如果某k个bp的短序列在reads中大量
苏牧传媒
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2020-04-07 12:00
名色与五蕴
名色[mí
ngs
è]属十二缘起之第四支。又作名色支。一般作为概括一切精神与物质之总称。自语意而言,名指心的方面,色指物的方面。色蕴系极微所成,为有质碍之物体,故称为色。
十年一井
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2020-04-03 15:26
NGS
的临床应用(一)
近日在ArchivesofPathology&LaboratoryMedicine杂志上发表了一篇题为ReviewofClinicalNext-GenerationSequencing(PMID:28782984),关于二代测序在临床应用上的综述文章。作为一名基因检测从业人员,本人认为这是一篇非常专业、客观、系统的二代测序技术介绍,在这里为大家分享一点体会。新手上路,请大家多多包涵。本文对文章前半
谭灏文
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2020-04-02 15:06
你可能不知道的 Mac 技巧 - 文本操作
来源:你可能不知道的Mac技巧-文本操作作者:S1
ngS
1ng原文:http://singsing.io/blog/2017/01/17/Mac-1/找不到Mac上的Home,End,PageUp?
极乐君
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2020-04-01 07:37
NGS
生物信息分析培训心得
刚过去的半个月,去武汉参加了陈连福的
NGS
生物信息分析培训,有很多心得,想记录下来。
石博士
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2020-04-01 05:14
NGS
小技能(1):下载SRA数据的N种方法
前言从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据,网上介绍的下载SRA数据方法也是各种各样,到底哪一种更好,关键在于哪种更适合你自己。下面我就跟大家分享一下,目前适合我的几种下载方式(没错,排在第一的是迅雷...)。方法1)信息检索在NCBI网站SRA数据库中搜索:项目ID(PRJ开头)、RunID(PRR开头),点击sendto,发送搜索结果信息到:RunSelectorfig1.png2
魚晨光
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2020-03-29 15:24
trimmomatic 转 fastp
step_lib为例)trimmomatic的具体参数用法:https://www.jianshu.com/p/a8935adebaae高通量测序常见的接头序列https://github.com/csf-
ngs
zs_fighter
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2020-03-26 08:29
illumina不愧是二代测序无冕之王
背景知识illumina在
NGS
乃至整个测序市场中的霸主地位已毋庸置疑。
生信技能树
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2020-03-26 02:32
智因东方现已发布全球首家遗传病大数据精准诊断技术体系
以前,遗传病分子诊断都是基于单例样本数据(Casebycase)进行分析,即便应用高通量测序(
NGS
)技术对患者进行Panel或全外显子组测序(WES),仍然是仅局限于对该单例患者或其单个家系数据进行
书熟数树
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2020-03-23 05:59
NGS
二代测序技术与转化医学研究--1.肿瘤体细胞突变部分
NGS
肿瘤体细胞突变检测样本类型:组织样本(新鲜组织+石蜡切片)以及cfDNA样本可查阅2017年FDA批准的FoundationOneCDx™和MSK-IMPACT两个组织样本大Panel以及2018
星尘_ec92
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2020-03-22 06:42
☀每日语文☀
kòngzhìniàngzàohóngwěihuīhuángzè
ngs
òngkùxí
ngs
ìyǎngqīngtīng三、下面各组中没有错别字的一组是
引顶教育马老师
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2020-03-22 05:43
基因芯片发展简史
刘小泽写于18.12.11这次是应花花的邀请,学习下基因芯片的相关知识,我们现在了解
NGS
比较多,但是在它之前,芯片可是老大的地位。那么是什么原因导致了这个技术的兴起呢?首先简单说什么是基因芯片?
刘小泽
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2020-03-21 19:08
三字经【24】
gǔjiǔzhōujīngǎizhì古九州今改制chēngxíngshě
ngs
ānshíwǔ称行省三十五【解释】州:古代行政区域单位名称。制:制度,有确定规模、法度。行省:行政区域,简称省。
邹林杰
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2020-03-17 09:07
测序技术
第一节
NGS
测序技术在真正开始数据分析之前先知道我们是如何将那些原本存在于细胞中的DNA信息获取出来的——也就是测序的原理,总是有益的。测序,简单来说就是将DNA化学信号转变为计算机可处理的数字信号。
oddxix
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2020-03-14 12:11
吃了上顿愁下顿,这可咋办?
关于吃了上顿愁下顿,有个成语“饔飧(yō
ngs
ūn)不济”,饔是早饭,飧是晚饭。我们的历史上有相当长的时间是只吃两顿饭的,这个成语形容吃了上顿没有下顿,生活十分穷困。建国以后有段时间还是这样。
万能的老J
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2020-03-13 06:04
【生信训练营-5】利用fastqcr做批量QC分析
FastQC是最常用的评估高通量测序数据质量的软件,相信做
NGS
数据分析的小伙伴们都应该很熟悉它的用法。
Rapp
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2020-03-06 17:11
寻霞客脚印之行走五台山
从阜平西南过石梁,西北诸峰复嵱嵷(yǒ
ngs
ǒng上下众多)起。循溪左北行八里,小溪自西来注,乃舍大溪,溯西溪北转,山峡渐束。又七里,饭于太子铺。北行十五里,溪声忽至。
天涯孤旅背包客
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2020-03-05 01:21
National Gallery Singapore
看完逛了
NGS
周边,然后到那两个榴莲那儿一探究竟才回来,现在打字都觉手软。一楼
BabyAnt
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2020-02-29 17:25
NGS
- Alignment 序列对比
IntroductionResequencing重测序[NIBI]Resequencinghttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/probe/docs/techresequencing/Resequencingofcandidategenesorothergenomicregionsofinterestinpatientsandcontrolsisakeystepindetect
1Z实验室阿凯
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2020-02-28 13:49
DNA序列和甲基化数据分析
目录目录1.测序技术测序技术1.1Sanger测序(一代测序)Sanger测序原理1-双脱氧链终止法Sanger测序原理2Sanger测序结果1.2
NGS
测序(第二代测序)
NGS
测序(第二代测序)_边合成边测序
宇宙独一无二的我
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2020-02-25 21:28
基因检测行业分析报告(三)
2017年8月,借壳*ST天仪上市●团队构成:董事长高扬,
NGS
研究及应用专家,多项专利拥有者CEO周代星,
NGS
的平台研发和临床应用专家;副总经理侯颖深耕
NGS
市
灰太狼256
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2020-02-25 04:48
搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列
在准备
NGS
文库的时候,会有用到转座酶Tn5,NexteraDNALibraryPreparationKit,比如ATAC-seq就有用到这个Tn5。
Runuply
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2020-02-22 14:54
组学资料集合
先贴上收集的一些资料:解螺旋的矿工从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第1节DNA测序技术沈梦圆博客中的RNAseq简简单单讲insertionsize链特异建库那点事
NGS
测序数据的质量控制
生信要进步
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2020-02-22 09:34
生信星球学习小组第37期 day7 chen
Day7测序知识2020-2-20image.png学习内容(敲黑板,划重点)➡️怎么区分一二三代测序;➡️二代测序大体流程;➡️
NGS
组学都包括哪些分类(粗略)。
chenxiaoxi
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2020-02-21 02:29
使用igvtools可视化测序深度分布
igvtools是最常用的
NGS
数据可视化工具之一,功能非常强大,可以展示序列比对,拷贝数变异,突变位点等多种数据的分布,网址如下https://software.broadinstitute.org/
生信修炼手册
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2020-02-17 08:29
刘如银乐土获肿瘤体细胞突变
NGS
检测满分
日前,卫生部临床检验中心发布了《全国肿瘤体细胞基因突变高通量测序检测生物信息学分析室间质量评价调查活动结果报告》,公布了本次室间质量评价的最新结果。北京乐土医学检验实验室在本次室间质评中获得满分!本次全国获得满分的实验室仅有56家!随着高通量测序技术的快速发展,高通量测序已由实验室研究逐步应用于临床,肿瘤基因突变的高通量测序对临床肿瘤患者的诊断、靶向治疗及预后判断具有重要指导意义。高通量测序技术可
刘如银
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2020-02-16 12:20
高通量测序数据处理学习记录(零):
NGS
分析如何选择合适的参考基因组和注释文件
前言现有比对工具在做mapping之前,都需要下载对应物种的参考基因组做index,而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。现有的参考基因组存储网站三个:ENSEMBLUCSCNCBIUCSC的命名是hg/mm系列,之前最常用的就是hg19参考基因组了。ENSEMBL的命名规则则是采用GRCh/m的方式,GRCh37对应hg19,hg38对应GRCh38。现阶段的话,我个人比较推崇从ENS
面面的徐爷
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2020-02-13 17:55
一篇文章说清楚基因组结构性变异检测的方法
当前二代短读长高通量测序技术(
NGS
),虽然能够让测序成本大大降低,但这种
黄树嘉
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2020-02-13 04:28
CSCO速记
元码卫星会免疫治疗390geneTMB300xFoundationDXCTC单细胞IHC16S跟免疫疗法预后免疫组库TCRPCR,与somaticmut数量相关MSI一管血0.1%LODamplicon加
NGS
谭灏文
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2020-02-11 00:40
你会跟谁结婚,早就命中注定了
作者|云谷禅师来源|国学生活(ID:gxsh789)《朱子家训》有云:家门和顺,虽饔飧(yō
ngs
ūn)不济,亦有余欢。一个和睦的家庭,有爱有温暖,方能万事兴旺,再穷也能发家。
悦读文摘
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2020-02-11 00:00
你会跟谁结婚,早就命中注定了
作者|云谷禅师来源|国学生活(ID:gxsh789)《朱子家训》有云:家门和顺,虽饔飧(yō
ngs
ūn)不济,亦有余欢。一个和睦的家庭,有爱有温暖,方能万事兴旺,再穷也能发家。
悦读文摘
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2020-02-11 00:00
一篇文章说清楚什么是“插入片段”?
但殊不知对于很多新手而言,特别是完全不知道
NGS
技术的跨界新手来说,却不是一个简单的问题(其实把简单的问题搞明白也并非都是一件容易的事情)。相信许
黄树嘉
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2020-02-09 21:04
PacBio长序列纠错软件之LoRDEC
LORDEC官网一、三代纠错软件三代纠错软件二、LoRDEC工作原理(1)特点用简洁的deBruijn图代表二代数据;比相似的软件快6倍,存储少93%(2)原理首先,利用准确度高的二代数据(
NGS
数据)
浩渺予怀
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2020-02-09 01:48
古诗词汇
2)[hóngzhō
ngs
ìwài]闳中肆外
同心干
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2020-02-06 23:48
解读GEO数据存放规律及下载,一文就够-转自生信技能树
生信技能树-----解读GEO数据存放规律及下载,一文就够-做生物信息学分析的朋友应该是对GEO数据库耳熟能详了,总会用到公共数据库的,而GEO数据库则是首选,起先只是为表达芯片数据准备的,后期纳入了各种
NGS
天涯清水
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2020-02-05 08:41
你会跟谁结婚,早就命中注定了
《朱子家训》有云:家门和顺,虽饔飧(yō
ngs
ūn)不济,亦有余欢。一个和睦的家庭,有爱有温暖,方能万事兴旺,再穷也能发家。足以可见,一个家庭对人命运的影响。
读者
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2020-02-02 00:00
2020-01-14 短读比对工具:入门
NGS
仪器带来了两个重大变化:读长变得非常短(50-300bp)读段非常多(亿数量级)
NGS
序列比对的方式:将测序读段与已知基因组(也叫re-sequencing)或彼此之间(称为assembly)进行比对
王子威PtaYoth
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2020-01-14 20:14
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