NLM 第7页

NGS小技能（2）：如何进行SRA到fastq格式的快速转换

方法1、NCBIsratoolkit工具的fastq-dump命令1）下载sratoolkit$wget-chttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2

魚晨光·2020-07-29 19:01

NCBI SRA格式转换

转换工具下载地址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?

doudou8486·2020-07-29 18:18

ncbi和ensembl上的序列下载

官方提供的是https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi，附说明链接https://www.ncbi.nlm

Vic_Hall·2020-07-29 16:36

超低功耗NLM300无线无源采发仪

NLM300是专门为工业或工程现场大量使用的传感监测系统而设计。

许利凯·2020-07-29 01:14

BLAST Command Line Applications User Manual

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/BLASTCommandLineApplicationsUserManualChristiamCamacho,ThomasMadden

iteye_12837·2020-07-28 00:14

kraken建库错误

standard--threads24--dbMY_KRAKEN_DATABASE，返回错误：Foundjellyfishv1.1.12--2019-04-2616:43:23--ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov

常玉俊bioinfo·2020-07-27 20:32

使用Python+selenium+BeautifulSoup抓取动态网页的关键信息

程序目的：根据特定的SNPlist，在千人基因组数据库中爬取CHB人群的等位基因频率信息，如https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes

vincentluo91·2020-07-27 17:51

无线传感器节点一节电池用10年稳控科技推出无线无源传感采发模块NLM300

近日，河北稳控科技有限公司推出了超低功耗无线传感器节点采发模块设备NLM300。无线传感器节点NLM300是专门为工业或工程现场大量使用的传感监测系统而设计。

许利凯·2020-07-27 14:42

RNA-seq，生信技能树

sra文件地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/下载测序数据#循环下载sra文件1，for((i=677;i1ls*

bettermaan·2020-07-15 00:59

【数据库-4】clinvar

食用更佳哦~https://www.clinicalgenome.org/site/assets/files/1594/landrum_clinvar.pdf1.简介网址https://www.ncbi.nlm.nih

Doris_xixi·2020-07-14 04:41

【数据库-3】dbSNP数据库

欢迎关注公众号：oddxix1.dbSNP简介网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/单核苷酸多态性数据库dbSNP(dbSNP,TheSingleNucleotidePolymorphismDatabase

Doris_xixi·2020-07-14 04:41

11月9日本地blast(三）

创建数据库的文件夹其实这一步很简单，为了方便，就在自己的主目录下创建一个db的文件夹,像这样/public/home/yourname/db2从NCBI上下载数据文件1.点击这个链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov

小郑的学习笔记·2020-07-14 03:32

下载SRA数据技巧

假如你要下载PRJNA310071的所有SRA数据，你可以通过下面命令获取全部的SRRid前提是你得安装entrezdirect工具包command：wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov

sober01·2020-07-13 23:55

腾讯移动分析签名代码示例

packagecom.nlm.common.utils;importcom.alibaba.fastjson.JSONObject;importcom.nlm.common.error.NlmException

weixin_34072857·2020-07-13 18:04

Biopython 分析序列

数据下载https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000006.12?

wangchuang2017·2020-07-12 01:39

使用Biopython访问NCBI's Entrez数据库

Biopython使用的是https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov这个网址，并不是标准的NCBI网址。

穿着凉鞋走天下·2020-07-11 17:01

ncib网站爬虫源代码（上一篇博客内容）

frombs4importBeautifulSoupimportrequestsfromlxmlimporthtmlstart_url='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

带鱼工作室·2020-07-11 10:58

NCBI SRA数据预处理

参阅：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47540/二、SRA格式转换成FASTQ格式./f

OpenHero·2020-07-10 23:01

基因组注释文件(GFF,GTF)下载的四种方法

文章目录NCBIEnsemblUCSCGeneCodeNCBINcbi里包含现在最全的参考基因组数据，可以进入FTP站点查看：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/这里的文件夹名为物种的拉丁名

白墨石·2020-07-10 04:11

单细胞转录组数据校正批次效应实战（中）

武汉完事转向成都继续进行剩下两个数据集第二个数据--CEL-seq2,GSE85241Muraroetal.(2016)利用CEL-seq2技术并结合UMI、ERCC得到的https://www.ncbi.nlm.nih.gov

刘小泽·2020-07-09 21:19

EDirect在linux和mac下的安装

是非常有用的工具其使用要用来perl，mac都预先安装了perl安装的时候最好按下面进行打开终端cd~/bin/bashperl-MNet::FTP-e\'$ftp=newNet::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov

Y大宽·2020-07-09 04:04

机器学习的医学数据

信息：https：//medpix.nlm.nih.gov/homeABIDE：自闭症脑成像数据交换：对自闭症的内在大脑结构进行大规模评估。功能MRI图像为53

xiaoxixi1918·2020-07-09 01:05

下载pubmed数据

1importrequests2importjson34search_url="https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?

weixin_33872566·2020-07-08 16:10

几个免费的英文文献的网站

原址：点击打开链接①：学术英文资料NCBI（美国国家生物技术中心）网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/简介：生物、医学、药学等友情提示1：PMC搜索入口（在Search下拉列表中找到

阳泉·2020-07-08 09:28

11.1 RNA-seq数据分析-下载软件和数据

e8cd62ba14fe1、首先安装需要使用的软件：sratoolkit,fastqc,hisats,samtools,htseq-count,R,Rstudio2、数据下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

KK_f2d5·2020-07-07 21:07

python爬虫pubmed论文标题

importrequestsimportrecontent=input('请输入内容：')url1='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?

姜小白不白·2020-07-06 23:18

在线pubmed

ESearch（文本搜索）eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgihttp://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/

weixin_34211761·2020-07-06 19:19

医学数据集

信息：https://medpix.nlm.nih.gov/homeABIDE：自闭症脑成像数据交换

听说西佳佳难得很·2020-07-05 06:21

【笔记】Multimodal Keyless Attention Fusion for Video Classification

watermark/2/text/aHR0cHM6Ly9ibG9nLm

leo1130·2020-06-30 03:48

NLM去噪算法

文章目录一、算法原理二、代码实现一、算法原理非局部均值滤波(Non-LocalMeans,NLM)是Buades等人于2005年在论文“Anon-localalgorithmforimagedenoising

SongpingWang·2020-06-29 20:37

医学数据集及机器学习项目

信息：https://medpix.nlm.nih.gov/homeABIDE：自闭症脑成像数据交换

WeisongZhao·2020-06-29 02:37

面经 | 京东20校招cv方向（云视频）【四面+总监面】

第一时间送达作者：Ariana0402来源：https://www.nowcoder.com/discuss/235437仅用于学习交流分享，如有侵权请联系删除一面：电话面1、传统去噪算法了解哪些，BM3D，NLM

weixin_38754361·2020-06-28 21:44

NLM去噪算法实现

简介本篇主要是对NLM去噪算法的实现总结。

羽凌寒·2020-06-27 01:13

生物信息之多序列比对，进化树分析，保守位点分析

序列下载与整理网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene下载fasta格式序列输入你想查找的序列，比如Syp基因可以点击图片来查看高清图进入基因详细信息页面点击Genbank

白墨石·2020-06-27 00:15

RNA-seq练习第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控,HTseq-count计数，输出count矩阵文件）

参考基因组下载有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC(http://hgdownload.soe.ucsc.edu

生信start_site·2020-06-25 15:40

缺乏标注语料下如何实体识别

无监督实体识别https://www.ncbi.nlm.nih.gov

KODGV·2020-06-25 08:53

对一篇单细胞RNA综述的评述：细胞和基因质控参数的选择

原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6072887摘要单细胞RNA测序技术的发展加深了我们对于细胞作为功能单元的理解，不仅能基于成百到成千上万个单细胞的基因表达谱得到新的结论

生信宝典·2020-06-24 21:49

“为物联网提供分散的隐私保护医疗区块链”外文翻译——2019年5月份

原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6359727/翻译人：FJTCM区块链开发学习小组时间：2019/05/31为物联网提供分散的隐私保护医疗区块链原文链接

charlottehe·2020-06-22 21:13

“使用区块链进行安全可信的电子医疗记录共享”外文翻译——2019年4月份

原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5977675/翻译人：FJTCM区块链开发学习小组时间：2019/04/24SecureandTrustableElectronicMedicalRecordsSharingusingBlockchain

charlottehe·2020-06-22 21:41

2018-6-23转录组学习2 测序数据质量检查

sra数据转换为fastq格式：使用Sratoolkits中的fastq-dump命令进行格式转换Sratoolkits的官方文档中有fastq-dump命令的介绍(https://trace.ncbi.nlm.nih.gov

L_yivs·2020-06-22 00:06

基于深度学习的生物医学命名实体识别（知识点详解）

仅在2016年，MEDLINE（https://www.nlm.nih.gov/bsd/index_stats_comp.html）就引用了869666次引用，每分钟大于一张纸。

就是求关注·2020-06-21 12:57

【文献助手06】写论文必备数据库

PubMed：网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmedPubMed网页PubMed是一个免费的搜寻引擎，提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要的数据库，其数据库来源为MEDLINE

小不点Grace·2020-05-07 20:49

GEO数据库学习总结（二）关于网页下载

但是网络狗是一件每个探索GEO小伙伴们都要经历的，有时候我们选择更换镜像，想避开蜗牛一般的的网速，但是也是不行，大家就可以去官网下载这个数据集（GSE）网站连接官网连接https://www.ncbi.nlm.nih.gov

每天都在进步的FFOO·2020-05-06 00:30

GEO数据库学习总结（一）数据下载

以防网络狗的时候，用不了的时候（-_-|），害.....rm(list=ls())#清空控制台options(stringsAsFactors=F)#关掉选择更新R包的函数#https://www.ncbi.nlm.nih

每天都在进步的FFOO·2020-05-06 00:25

NCBI中SRA文件的下载

Windows环境在Windows环境下直接进入NCBI的FTP下载界面，按照需要下载的SRA文件ID找到储存位置即可如需要下载SRR5483089文件，其下载地址如下：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov

coldlandkuma·2020-04-14 14:11

RNA-seq练习第一部分（原始数据下载，提取fastq文件，fastqc质控）

原始数据来源于这篇文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?

生信start_site·2020-04-06 18:29

脑卒中研究资料

http://www.chinacdc.cn/mtdx/mxfcrxjbxx/201403/t20140327_94842.htm医疗的杂志搜索网站https://www.ncbi.nlm.nih.gov

美环花子若野·2020-03-29 20:21

NLM 公布了一个重新设计的新 PubMed 数据库

NewPubMed经常使用PubMed的童鞋可能已经发现，美国国家医学图书馆(NLM)在今年10月份左右发布了一个新的重新设计的版本以取代PubMed数据库的现有版本，新版本现在已经上线，可以在https

史提芬先森·2020-03-29 05:33

2️⃣ 双序列比对(2)：BLAST详细操作:web版和linux版

序列比对和序列特征分析总目录网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi运行方式：本地或web基本的BLAST工具包括：图1BLASTblastn:核酸搜核酸数据库

Y大宽·2020-03-28 23:43

两种方法三步走，轻松搞定搜索文献（PubMed为例）

）一、简单方法直接以关键词为检索词，例如【低分子肝素治疗肺栓塞】，可以分别以【低分子肝素】、【肺栓塞】作为检索词二、复杂办法PubMed主题词+自由词PubMed网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov

飞烟子·2020-03-05 13:56

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