NLM

2015-Mol Cell Oncol-Molecular mechanisms of mTOR regulation by stress

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4904989/Figure1.mTORC1andstress.mTORC1isregulatedbyaminoacids
英天·2020-03-04 17:40

利用GEO2R筛选差异基因及维恩图快速入门

此教程无需R语言Step1确定需要检索的芯片例如GSE33006Step2利用GEO2R分析差异基因GEO2Rhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/QuickstartSpecifyaGEOSeriesaccessionandaPlatformifprompted.Click'Definegroups'andenternamesforthegroupsofS
Fobbite0579·2020-03-01 19:19

NGS - Alignment 序列对比

IntroductionResequencing重测序[NIBI]Resequencinghttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/probe/docs/techresequencing
1Z实验室阿凯·2020-02-28 13:49

11月7日 本地blast (二）

details/52945586http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/安装blast软件到服务器上1.下载打包好的文件ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov
小郑的学习笔记·2020-02-27 01:47

genbank文件转换成NCBI提交数据时的.tbl文件（genbank convert to tbl）

.tbl文件格式介绍https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/table.html方法一：转换格式的perl脚本ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov//toolbox
牧羊的男孩儿·2020-02-20 10:34

python计算基因组外显子长度（第一题）

题目来自生信技能树统计人类外显子长度坐标的文件可如下下载ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txtimportosimportrefromcollectionsimportOrderedDictfromoperatorimportitemgetteros.chdir
多啦A梦詹·2020-02-19 14:38

基因组注释文件(GFF,GTF)下载的四种方法

NCBINcbi里包含现在最全的参考基因组数据，可以进入FTP站点查看：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/mark这里的文件夹名为物种的拉丁名，这里以Human(Homo_sapiens
白墨石·2020-02-16 17:37

RNA-seq流程[基因组和注释文件下载]

有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC(http://hgdownload.soe.ucsc.edu/
Alex_cactus·2020-02-16 02:15

STEP3:了解参考基因组及注释文件

这里没有直接给出ftp地址，需要先从BioProject找到SRA号，可以得到RNA-Seq的SRA的accession_list，共64组数据（SRA数据下载方法参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
六六_ryx·2020-02-15 09:55

给学徒的ATAC-seq数据实战

Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30;534(7609):652-7.PMID:27309802查看文章发现数据上传到了GEO，是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
生信技能树·2020-02-14 04:07

写论文的几个规则

来自：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3178846/Rule1:Createregulartimeblocksforwritingasappointmentsinyourcalendarandkeeptheseappointments.Rule2
caochenwei·2020-02-11 23:34

2018-02-06-blast 与 diamond 的区别

一、NCBIblast+1.安装配置BLAST+程序在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/中下载最新的BLAST可执行程序
Dayueban·2020-02-10 20:53

干货 | PCR引物设计，3款在线软件就能搞定！

网址链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/或者直接从Blast主页（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/）上找到。
华联科生物·2020-02-08 18:51

第五站——江门高空封闭式高铁路段

bnpnaEVVVmx5UXh4VmVnTzQ3NzJEOU9BTmV4MGxEU0JwVFJ3dnZMN29mTFlNZ2puWWl4YThnPT0.jpgbnpnaEVVVmx5UXh4VmVnTzQ3NzJEd0s2STAzSkhzQlRlNmphdVE0NU8zcFVUK3c5a2NLM2x3PT0
夕阳醉梦·2020-02-08 16:38

给学徒的ATAC-seq数据实战

Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30;534(7609):652-7.PMID:27309802查看文章发现数据上传到了GEO，是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
生信技能树·2020-02-07 19:50

NCBI

NCBINCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation，美国国立生物技术信息中心）于1988年11月4日建立，是NIH（美国国立卫生研究院）的NLM（国立医学图书馆
oddxix·2020-02-07 08:29

SRA Toolkit的使用和安装

1.下载SRAToolkit（注意找准自己的版本）https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
PriscillaBai·2020-02-06 03:21

抗癌药物研发各阶段要花多少钱？——药物研发早期必读（二）

本文下各个决策点也有相应的图表，涵盖各个决策点下各个阶段涉及的时间和花销，如需要，请至原文链接（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK92005/）查看，为行文方便
三叶草的成长·2020-02-05 01:48

测序数据比对和变异检测

重测序数据分析流程重测序数据分析流程一、参考基因组的下载进入NCBI下载ASM1252v1的参考基因组wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000
李则果·2020-01-07 23:09

实用人类肠道微生物菌群数据库分享！

近年来人类肠道宏基因组数据（包括16S和宏基因组测序数据）的数量快速增长，大多数原始测序数据已存放在几个通用数据库中，如NCBISequenceReadArchive(SRA，https://www.ncbi.nlm.nih.gov
华联科生物·2019-12-30 18:33

使用cBioPortal查看TCGA肿瘤数据

针对该网站的使用，官方专门发布了对应的文章，链接如下https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4160307/该网站的网址如下http:/
生信修炼手册·2019-12-27 09:26

生物信息学数据库及在线工具汇总 （更新）

核酸数据库NCBI[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation）是指美国国立生物技术信息中心
白墨石·2019-12-25 16:22

如何从NCBI下载基因组序列和注释文件并统计基因个数

得到如下截图：image.png然后复制genome和gff的下载地址在xshell中下载，命令如下wget-cftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000
秦城听雪·2019-12-24 07:26

RNA-seq

数据来源https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
媛媛_生信·2019-12-23 22:07

芯片数据的标准化方法（2002年文献）

，原来最初的标准化原理不过如此文章地址为：https://www.stat.berkeley.edu/~terry/zarray/Html/normspie.htmlhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov
x2yline·2019-12-22 05:29

GEO数据下载分析（SRA、SRR、GEM、SRX、SAMN、SRS、SRP、PRJNA全面解析）

很多时候我们需要从GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）下载RNA-seq数据，一个典型的下载页面是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo
生信义博·2019-12-21 03:59

lncRNA项目的实战-第二步

的笔记，首发于：https://www.jianshu.com/p/56074633b629step2:下载原始数据首先下载sra的原始测序数据样本量稍微有点大，https://trace.ncbi.nlm.nih.gov
生信技能树·2019-12-17 20:21

11月10日 本地blast （四）

本地blast用法最好的办法就是看NCBI官网的介绍：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/摘录一些如下：哈哈，我找到了昨天没有弄好的PATH,ncbirc
小郑的学习笔记·2019-12-16 13:22

【数据库-3】dbSNP数据库

欢迎关注公众号：oddxix1.dbSNP简介网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/单核苷酸多态性数据库dbSNP(dbSNP,TheSingleNucleotidePolymorphismDatabase
oddxix·2019-12-15 09:39

男人精子质量下降的终极“刽子手”，居然是他？

健康凯哥现根据美国国家医学图书馆NLM相关专栏文章，编译整理介绍如下，仅供大家参考。-01-PM2.5可能导致大量夫妻不孕研究人员说，在空气中可吸入的微观粒子颗粒物(PM2.
空气实验室·2019-12-12 09:28

100篇泛癌研究文献解读之使用EXPANDS和PyClone量化肿瘤内部异质性

参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）发表在NatMed
生信技能树·2019-12-07 16:49

生物信息学GEO数据库下载数据

1、打开NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）2、搜索框输入需要查找得数据GSExxxxx3、找到需要下载得数据4、点击SRA5、选择sendto：createfile6
不吃醋的佳伟杜·2019-12-07 00:04

【SV分析】01怎么下载物种的contig数据

首先我们需要从NCBI的AssemblyDatabase搜索物种信息，chimp的网址是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_002880755.1如下图所示
群体遗传学分析杂谈·2019-12-06 20:49

生物信息常用工具和网站

生物信息学常用工具fastq格式相关SRAtoolkitSRA数据库下载公用数据时的工具https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Trace
思考问题的熊·2019-12-02 03:08

Android-Lambda表达式

参考资料：https://mp.weixin.qq.com/s/ht3KIeG9-H9HtgF_nlm5cwLambda，中文名“兰布达”。
薛之涛·2019-11-30 20:05

生信-使用NCBI进行目的基因的引物设计

NCBI查找基因1.查询目的基因：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucco
lietobrain·2019-11-17 18:00

UMLS的语义类型和语义网络

UMLS官方文档：https://www.nlm.nih.gov/research/umls/new_users/online_learning/OVR_001.html语义网络介绍页面：https:/
thirsd·2019-11-03 15:11

转录组分析笔记（3）数据下载

AKAP95regulatessplicingthroughscaffoldingRNAsandRNAprocessingfactors.NatCommun2016Nov8;7:13347.PMID:27824034网址：https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov
韦巍_e3f3·2019-11-01 15:27

生物信息之多序列比对，进化树分析，保守位点分析

序列下载与整理网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene下载fasta格式序列输入你想查找的序列，比如Syp基因可以点击图片来查看高清图进入基因详细信息页面点击Genbank
白墨石·2019-10-28 22:35

Network Lock Manager Protocol (NLM)

资料来源https://wiki.wireshark.org/Network_Lock_Manager目的ThepurposeoftheNLMprotocolistoprovidesomethingsimilartoPOSIXadvisoryfilelockingsemanticstoNFSversion2and3.ThisprotocoliscloselytiedwiththeNFSprotoc
elar·2019-10-25 01:00

在R语言中将多个同样的行列式文件合并起来

学习果子老师的操作，目的是掌握循环和dplyr的应用(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE48nnn/GSE48213/suppl/GSE48213_RAW.tar
鱼啸九天·2019-08-11 14:12

如何批量下载同源基因序列

第一步查找下载同源基因NC号NCBI查找同源基因然后点击sendto下载下来，如图所示下载序列号第二步查找下载同源基因序列登录BatchEntrezhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov
单大众·2019-08-09 17:03

aspera 使用（简版）

condainstall-chccaspera-cli下载数据：通过SSH连接：ascp-v-k1-T-l200m-i~/miniconda3/etc/[email protected].nlm.nih.gov
mitoheng·2019-08-02 15:32

Learning Raw Image Denoising with Bayer Pattern Unification and Bayer Preserving Augmentation

论文：论文链接一、背景图像降噪是计算机视觉低层问题，以前都是用传统的方法比如NLM、BM3D，慢慢又开始基于CNN做降噪比如DNcnn、FFDnet等。
庆志的小徒弟·2019-07-22 17:47

上传测序数据到NCBI的SRA数据库

参考链接1aspera的使用1.注册NCBI账户2.https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/选择SRA.3.新建提交。需要经过多个表格填写。
wo_monic·2019-07-21 11:32

Clone Manager：RT-PCR/qPCR引物设计

NCBI下载所需基因的转录本序列（NM或NR开头）如GADPH基因，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000012.12?
佳名·2019-07-10 10:50

网页工具大全

1.TCGA网页分析工具文章WebsitenoteLastupdatedR-indextutorialGEOhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoGEOdatasetandsimpleanalysisc-Bioportalhttp
xmu_zhang_lab·2019-07-04 08:54

WGCNA模块——文献解读

文献：Twogeneco-expressionmodulesdifferentiatepsychoticsandcontrols网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
装在瓶子里的阳光_2a70·2019-06-19 10:30

python解析gff文件中的转录本

1.下载基因组注释文件，选择对应的版本：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/BUILD.37.3/GFF/2.GTF为GeneralTransferFormat
爱笑的小牙·2019-05-27 13:10

100篇泛癌研究文献解读之原位癌症和转移癌症的区别

参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）发表于普通杂志
生信技能树·2019-05-10 17:52
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