NLM

利用虹鳟后代表型数据对细菌性冷水病抗性能力的基因组选择评估：基因分型方式和基因组预测方法的分析

EvaluationofGenome-EnabledSelectionforBacterialColdWaterDiseaseResistanceUsingProgenyPerformanceDatainRainbowTrout:InsightsonGenotypingMethodsandGenomicPredictionModels文章来源：https://www.ncbi.nlm.n
虾里巴人·2023-04-15 17:14

2022-05-24如何从NCBI下载参考基因组

第一步：打开NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/第二步：以“malusdomestica”为例图片.png第三步：图片.png结果显示：一共有十二个版本的组装基因组图片.png
麦冬花儿·2023-04-14 23:57

2019-07-06学习总结

www.jianshu.com/p/0d32fd410bcf作业6>rm(list=ls())##魔幻操作，一键清空~>options(stringsAsFactors=F)>f#https://www.ncbi.nlm.nih.gov
桃浪桃浪·2023-04-12 03:30

Blast本地化快速上手教程

（*图片来自NCBI官网）https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi在线提交地址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi官方文档
爱上生物大数据·2023-04-09 02:46

2019-04-16 SRA数据批量下载

/bin/bashforidin$(seq4556)#设置需要循环的数字dowgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/
WILLWILLWIN·2023-04-05 20:51

如何使用SPDE进行基因家族分析---序列的获取以及比对

我本身是做植物研究的，对植物较为了解，这几个基因组网站很不错，可以考虑从其中下载相应序列：Phytozome(doe.gov)，FTPDownload(ensembl.org)，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov
许东·2023-04-05 02:34

aspera下载

单个文件下载：ascp-i/home/shen/.aspera/connect/etc/[email protected].nlm.nih.gov
苏牧传媒·2023-04-05 01:42

Biopython学习笔记（四）访问NCBI Entrez数据库

你可以通过网站来搜索你想要的内容：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/search/。当然你也可以使用Biopython的Bio.Entrez模块来访问Entrez。
生信start_site·2023-04-04 10:26

转录组实战之SRA数据下载（上） 2019-05-07

数据下载两种方式打开链接，下载id：https://www.ncbi.nlm.nih.gov//geo/query/acc.cgi?
Bio小盼·2023-04-03 19:17

linux BLAST序列比对

blast软件安装从NCBI下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blas
夕颜00·2023-04-03 16:32

玩客云刷甜糖（2022-7-26亲测）

所需软件：访问码:lwq7所需node：访问码:7nlm新node：访问码:zv3q准备工作能通电的玩客云一台（必不可少的）。公对公USB接线一根。任意储存设备一个。网线一个。短接线一根。
Akers1534·2023-04-03 10:16

R绘制小提琴图

，因为现在小提琴图还不是很普遍，但是在一些高分论文我们会看到漂亮的小提琴图，如：这篇文章2016年发表在Naturemedicine（IF=30.64）上，文章链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
R语言与SPSS学习笔记·2023-04-03 04:16

经典非局部均值滤波(NLM)算法python实现(2)

经典非局部均值滤波(NLM)算法python实现（三通道图像版本）单通道图像版本已发布：https://blog.csdn.net/yy0722a/article/details/113924087以下用
羊同学学Python·2023-04-02 21:40

【数据库-4】clinvar

食用更佳哦~https://www.clinicalgenome.org/site/assets/files/1594/landrum_clinvar.pdf1.简介网址https://www.ncbi.nlm.nih
oddxix·2023-04-02 01:05

SRA Toolkit下载SRA数据

1.下载https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
lms9095·2023-04-01 13:34

一文搞懂NCBI Blast本地数据库（NT/NR等）构建

背景介绍blast+：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATESTblastdb：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast
简佐义的博客·2023-03-31 16:13

linux BLAST序列比对 （nt/nr库）

blast软件安装从NCBI下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blas
像鸟一样飞过你的高山·2023-03-29 04:20

工具 | 生物信息学主要数据库与分析工具

一、重要门户网站和主要分子数据库重要门户网站美国国家生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation,NCBI），www.ncbi.nlm.nih.gov
shwzhao·2023-03-28 05:57

生物信息学数据库及在线工具汇总

核酸数据库NCBI[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation）是指美国国立生物技术信息中心
Seurat_Satija·2023-03-26 11:47

下载小鼠基因组或者参考转录本数据

＃下载网页人类：GRCh39https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_000001635.27/image.png小鼠：GRCm39https://www.ncbi.nlm.nih.gov
不学无数YD·2023-03-24 19:01

bioconvert计算测序覆盖度并使用R语言ggplot2画折线图进行可视化展示

参考基因组下载自NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/FN433596下载原始测序数据最近发现了两个新方法一个是bioconvert可以直接下载还有一个工具是
小明的数据分析笔记本·2023-03-24 15:14

Mac上使用Aspera（图形界面版）

也是官网），至于百度搜索出来的官网，下载的地方卡住了，还有记得选择asperaconnect（官网上选择很多乱花渐欲迷人眼）2.去官网下载数据（记得使用Chrome浏览器）https://www.ncbi.nlm.nih.gov
桁_COLA·2023-03-21 03:35

nr/nt taxonomy scientific name

风风是超人原文链接：https://blog.csdn.net/qq_42962326/article/details/105081327NCBITaxonomy数据库wget-chttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov
小白菜学生信·2023-03-20 12:37

2019-12-30 WCGNA 2.0

#wget-cftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE48nnn/GSE48213/suppl/GSE48213_RAW.tar#tar-xfGSE48213_
Clouddong·2023-03-20 04:34

STAR序列比对（测试支原体污染序列）

STAR比对结果统计进入NCBI网站，搜索Mycoplasmahyorhinis(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geno
像鸟一样飞过你的高山·2023-03-16 12:35

图解：如何在NCBI上找到具体一个基因第N个外显子的序列,以EML4基因为例

首先打开NCBI网站，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,1.png选择“gene”数据框，搜索框内敲入基因名字“EML4”。
花色匆匆·2023-03-15 08:13

2022-04-21 ElasticSearch 学习笔记

match_all":{}}}T:NP_113621.1:p.R57*","HGMD_Mutation_URL":"CGA-TGA|Arg57Term|c.169C>T|-(http://www.ncbi.nlm.nih.gov
多吃水果少吃肉·2023-03-15 00:16

通过3个数据集取差异基因的交集复现一篇文中的韦恩图

原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6054764/#.原文中的图片如下image-20191121212758565想先用循环下载含有表达矩阵和临床信息的一个
小梦游仙境·2023-03-14 08:18

生物信息学常用数据库

一.信息类数据库1.综合型数据库NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/UCSC:http://genome.ucsc.edu/(基因组浏览器)Ensembl:http://
晓佥·2023-03-13 05:54

sratoolkit安装（2018-07-15）

1参考https://www.plob.org/article/11368.html2下载curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit
简单点lili·2023-02-19 06:22

使用Python爬虫抓取PubChem化合物CAS

importpandasaspdimportnumpyasnpimportjsonimportrequestsimporttime#%reset-fcid=5280535#url=f'https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov
kylin王国·2023-02-17 20:21

MAC版: 保姆式SRA Toolkit下载原始数据

1.明确Project：SRP119720，打开浏览器，输入：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?
科研菌·2023-02-17 16:04

一文搞定参考基因组序列下载

比如我要下载人类参考基因组序列，打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome
亮亮就是亮·2023-02-16 23:23

基于pubchem的化合物系列ID转换工具

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/idexchange/idexchange.cgi上述网站提供了基于pubchem的化合物多种id转换。
小贝学生信·2023-02-07 13:14

使用Python爬虫批量抓取PubChem化合物CAS

importpandasaspdimportnumpyasnpimportjsonimportrequestsimporttime#%reset-fcid=5280535#url=f'https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov
kylin王国·2023-02-05 07:59

如何上传测序数据至NCBI？

1.注册NCBI帐号https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/，点击“RegisterforaNCBIaccount”，进入到注册页面，如实填
husy_·2023-02-01 20:49

10 靶点预测

我们可以用PubChem数据库（https://pubchem.ncbi.nlm
油炸椒盐菠萝·2023-02-01 13:00

传统图像去噪方法（三）之非局部均值去噪（NLM）

NLM算法使用自然图像中普遍存在的冗余信息来去噪，它利用了整幅图像来去噪，以图像块为单位在图像中寻找相似区域，再对这些区域求平均，能够比较好的去掉图像中存在的高斯噪声。
打着灯笼摸黑·2023-01-30 08:01

头条面经（同学一）

（重点回答，主要考察滤波类）滤波类包括均值滤波，高斯滤波，统计中值滤波，双边滤波，引导滤波，NLM（Non-Localmeans）算法，参考我的博客：https://blog.csdn.net/Victory_tc
Victory_tc·2023-01-30 05:08

蛋白质多序列CD-HIT处理

流程：1：蛋白质去除标签，筛选为单一标号（GI、ACESSION）2：登录批量下载蛋白质地址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez?
LostWinds_0401·2023-01-29 21:51

2020-08-14软件安装（生信Linux)篇三

二进制版本文件，下载下来，放到环境变量就可以使用wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.7.1/ncbi-bla
c4d82bfede08·2023-01-29 07:13

通过blast在基因组中找相似序列

AS和XS标签判断是否有次优比对；但是这种方法无法知道这段序列所有可能的比对位置；另一种方法就是blast，blast分为网页版以及本地版；网页版blast网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov
生信汪·2023-01-27 14:56

生信 使用SRA Toolkit下载SSR数据

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/srasoftware--download下载了NCBISRAToolkit解压后得到2进制的exe工具包快捷键win+R，sysdm.cpl
zky___·2023-01-19 08:50

ConsensusClusterPlus根据基因表达量对样品进行分类

#http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2881355/一致聚类方法，采用重抽样方法来验证聚类合理性。
aorong2257·2023-01-15 19:22

BM3D算法半解，带python代码

1.思路BM3D和NLM算法有一些相似之处，NLM的文章之前有写过：前往他们都是用图像其他区域的特征与当前块特征融合成去噪后的图像块，主要的不同之处在以下几点：1.只在固定半径内搜索2.把有限个最相似的块叠成三维数组
进不去·2023-01-08 21:18

UMLS—记录一些使用

UMLS参考手册https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9676/MetaMapMetaMap是一个把生物医学文本与UMLS超级词表中的概念匹配起来的程序MetaMap
zmcadlf·2023-01-05 21:06

生信小白如何进行单基因的鉴定及功能分析

1、如果是测序得到的一段新的核酸序列（如果知道基因的CDS就省了看这一步）首先，我们需要预测该段核酸序列的ORF，可以用在线的网站NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.
生信漫谈·2022-12-30 22:32

（Research）高分辨率单细胞图谱揭示非小细胞肺癌组织驻留中性粒细胞的多样性和可塑性

Tips:高分辨率单细胞图谱揭示非小细胞肺癌组织驻留中性粒细胞的多样性和可塑性（CancerCell），原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36368318/摘要：
TTS56·2022-12-30 12:43

（Research）深度迁移学习使循环肿瘤细胞的病变追踪成为可能

Tips:深度迁移学习使循环肿瘤细胞的病变追踪成为可能（NatCommun），原文链接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36509761/摘要：CTC做为液体活检中最重要的一个目标
TTS56·2022-12-30 12:34

干货分享|被PubMed收录的论文，在MEDLINE和SCIE能检索到吗？

PubMedPubMed是由美国国家医学图书馆（NationalLibraryofMedicine，NLM）的国家生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation
EA-ISET学术·2022-12-30 05:35
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