NLM

解析DNA甲基化临床科研 | 无论什么科室，一定要有project的经典视角｜易基因

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31815535/）（DNA甲基转移酶DNMT靶向特定基因组特征。
易基因科技·2022-12-28 23:52

NLM_P-Parameter-Free Fast Pixelwise Non-Local Means Denoising分享

Parameter-FreeFastPixelwiseNon-LocalMeansDenoisinghttps://www.ipol.im/pub/art/2014/120/之前分享了一篇是块级别的NLMdenoising(NLM_B
图像算法菜鸟·2022-12-28 04:41

来自NCBI GEO原始数据上传的一个“bug”！

现在发文章，如果使用了测序，芯片等技术，杂志社一般会要求你将原始数据上传到公共数据库中，以保证数据的真实性和可重复性，常见的公共数据库有：NCBIGEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov
余丁，微生信·2022-12-24 08:06

pandas +re获取pubmed中文献的标题和摘要

pubmed网站https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/后面加上文献的pmid号就可以查询到该文献的详情页爬虫逻辑就是，requests获取网页源代码，正则表达式进行提取，得到我们需要的内容就好了
胡小姜·2022-12-20 00:47

Diamond构建本地nr蛋白库报错Error: Invalid taxonomic rank.怎么办？

一、nr数据库及tax信息下载（1）nr.gz和nr.gz.md5linux下载方法：wget-chttps://ftp.ncbi.nlm.ni
田小田_8afd·2022-12-15 16:38

GEO数据库获取基因表达数据

一、数据获取1.通过NCBI官网进入GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）；2.实验的详细信息：这部分主要关注平台信息，样本信息和表达数据3.下载相关数据时，可以直接在这里下载
一只电饭煲·2022-12-04 16:20

GEO数据库

（一）GEO数据库的基本知识网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platform主要是看芯片id和genesymbol一一对应需要把此文件下载sample主要是看dataprocessing
weixin_44572283·2022-12-04 16:19

医学主题词表(Medical Subject Headings, MeSH)

MedicalSubjectHeadings简称MeSH，由美国国立医学图书馆（NLM出版），是目前最权威最常用的标准医学主题词表。
Vicky_xiduoduo·2022-11-26 04:50

geo差异表达分析_GEO数据库下载表达矩阵之后做下游分析

首先打开网页：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
小芋头君·2022-11-25 01:51

GEO数据挖掘（2）-GEO数据库

如GSE84498:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE84498了解4个概念GEOPlatform(GPL
我是菜鸟www·2022-11-25 01:20

Linux做RNA-seq上游分析基本流程

多核心多线程在比对时占优），操作系统是Linux，发行版是deepin20.1社区版参考http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov
Senoh.·2022-11-24 16:39

本地BLAST的使用方法及基本操作步骤

BLAST+程序下载与安装BLAST+安装包下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/根据自己的系统选择不同的安装包
你大佬来啦·2022-11-24 09:06

氢原子角向概率密度分布matlab,求氢原子角向概率密度.PPT

[解析](1)求氢原子薛定谔方程可得到电子的波函数ψnlm(r,θ,φ)。
weixin_39906130·2022-11-23 16:23

氢原子的径向概率和角向概率

分析：首先需要求出氢原子薛定谔方程得到电子的波函数ψnlm(r,θ,φ)\psi_{nlm}(r,\theta,\varphi)ψnlm(r,θ,φ)氢原子糸统满足定向薛定谔方程(−h2π∇2−e24πε01r
吾心似秋月·2022-11-23 16:35

CellMarker 2.0 | 鼠标点一点就完成单细胞分析的完美工具~

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.html2Singlecellwebtools概览作者通过搜索GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov
生信卷·2022-11-19 13:04

BioCreative比赛：Track2：PubMed文章中的NLM-CHEM全文化学识别（NER）、实体链接（EL）和标引（indexing）

一、任务介绍命名实体识别是许多复杂知识提取任务的重要组成部分。识别相关生物医学实体的错误是准确检索、分类和进一步理解文本语义（例如关系提取）的关键障碍。化学实体出现在整个生物医学研究文献中，是PubMed中最常搜索的实体类型之一。准确自动识别期刊出版物中提到的化学物质有可能转化为许多下游NLP任务和生物医学领域的改进MeSHidentifer：MeSH(MedicalSubjectHeadings
daydreamer9816·2022-11-02 15:07

blast与blast+使用（参数、输出文件格式）

一、BLAST+（NCBI发布于2009年）下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/1、建库makeblastdb-indb.fasta-dbtypeprot-outdbname
纵春水东流·2022-09-28 16:33

BLAST（2.12.0+）使用记录

官方说明：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279684/#appendices.Options_for_the_commandline_a一、Blast简介1
谁冒充我小叮当·2022-08-17 21:03

Windows本地化运行NCBI blast+

一、软件安装：下载软件包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/安装选择指定的路径，如本人的C:\software\NCBI
谢俊飞·2022-08-08 21:20

2022-07-28 endothelial cells（EC）内皮细胞-1

所看文章来自这里https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK26848/内皮细胞的定义是在身体内的血液和淋巴管中排列的细胞，围绕着液体在这些管道内流动的中空空间（也被称为腔体或管腔
森尼啊·2022-07-29 00:01

GEO数据挖掘（二）基因差异分析

数据来源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
生信开荒牛·2022-07-23 09:49

GEO数据挖掘（一）数据下载及基因ID转换

数据来源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE542361.png这个数据有161个样本，使用GPL6480平台。
生信开荒牛·2022-07-23 09:26

NLM5系列中继采集仪的常见问题

NLM5系列中继采集采发仪常见问题1.UART通讯问题使用UART接口时一定要确认收发双方的通讯参数完全一致，包括通讯速率、数据位、校验位、停止位参数。
稳步向前121·2022-07-14 14:00

文献阅读|Nomograms列线图在肿瘤中的应用

那么列线图究竟是什么，列线图怎么得到，从图中我们可以得到哪些信息，带着这些问题，我们来阅读下面的这篇文献，地址如下>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4465353
生信修炼手册·2022-06-07 08:36

基于LSTM的ECG分类用于个人可穿戴设备的连续监测

LSTM-BasedECGClassificationforContinuousMonitoringonPersonalWearableDevices原文地址：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov
Fu_Xingwen·2022-05-28 17:57

MLBF网络：一种用于12导联心电图多类别心律失常分类的多导联分支融合网络

AMulti-Lead-BranchFusionNetworkforMulti-ClassArrhythmiaClassificationUsing12-LeadECG原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
Fu_Xingwen·2022-05-28 17:57

2022-05-24如何设计QPCR引物

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/第一步：准备所要设计引物的基因序列第二步：打开blastn选项图片.png图片.png图片.png第三步：找到自己研究的物种，点击序列所属的accession
麦冬花儿·2022-05-25 10:00

sra toolkit 下载、安装和使用

1.官网下载压缩包wgethttp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz2
Jerry刘·2022-05-18 15:16

机器学习笔记 - 使用TensorFlow2.0 + ResNet进行疟疾预测

一、疟疾数据库（血液样本的图片）数据集下载地址，美国国立卫生研究院网站LHNCBCFullDownloadListhttps://ceb.nlm.nih.gov/repositories/malaria-datasets
bashendixie5·2022-04-04 07:06

经典非局部均值滤波(NLM)算法python实现(1)

经典非局部均值滤波(NLM)算法python实现（单通道图像版本）概述：非局部均值（NL-means）是近年来提出的一项新型的去噪技术。
羊同学学Python·2022-03-26 07:23

非局部相似性 matlab,非局部均值滤波(NLM)和MATLAB程序详解视频教程保持图像细节...

【内容简介】《非局部均值滤波与应用和MATLAB程序详解视频》共6章28节视频，总学时698分钟，合11.6小时。主要内容包括：非局部均值滤波类算法入门，基于滤波参数自适应的非局部均值滤波算法，基于积分图像的快速非局部均值滤波及其对比分析，滤波参数函数扩展问题，算法数值指标含义及其算法研究综合问题。全部提供MATLAB代码程序和PPT课件。提供辅导答疑。1、全部视频都在网上。请首先按照视频文件序号
weixin_39557797·2022-03-26 07:14

非局部均值滤波原理 Non-local means filter 【从入门到扫地出门】

一，NLM滤波原理简介图像中的像素点之间不是孤立存在的，某一点的像素与别处的像素点一定存在某种关联，可以概括为灰度相关性和几何结构相似性。
sac761·2022-03-26 07:09

免疫组库分析实战/mixcr+vdjtools+R实现

使用《OncoImmunology》一篇paper中的数据进行实战数据获取地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB33490关于免疫组库的背景，MIXCR
不会生信·2022-03-14 09:46

基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast

www.jianshu.com/p/211a262aebc4下面讲如何在windows系统上用blast做基因家族的鉴定：1，下载在NCBI网站上下载blast工具https://blast.ncbi.nlm.nih.gov
啊辉的科研·2022-03-02 10:09

2019胶原酶软膏在急性烧伤中的作用：系统评价和荟萃分析doi：10.12968 / jowc.2019.28.Sup2.S9。

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30767636/摘要目的：梭菌胶原酶软膏（CCO）是美国FDA批准的唯一用于酶促清创的产品。其在烧伤患者中的功效尚未得到广泛检查。
冰果儿·2022-02-21 05:01

生物信息神奇网站系列（九）：批量下载序列

九：批量下载序列Batchentrezhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez批量下载基因序列有多种方式，
基因学苑·2022-02-16 05:30

什么是磨玻璃样病变

中国肺部结节分类、诊断与治疗指南(2016年版)，展现了磨玻璃结节、部分实性结节、实性结节：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5973458/这里面有
rubben·2022-02-15 23:41

复杂基因组数据的生物学解释

2021/03/17这是一篇莫得啥用的文章BiologicalInterpretationofComplexGenomicDatahttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles
所以suoyi·2022-02-14 21:31

Paper-47 综述：现有的肠道菌群采样方法及对更精确的设备的紧急需求（Front Cell Infect Microbiol. 2020） 2021-02-18

原文：CurrentSamplingMethodsforGutMicrobiota:ACallforMorePreciseDevices原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
RashidinAbdu·2022-02-13 16:26

blast+安装（2018-05-24）

下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/1.下载wget-cftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/
简单点lili·2022-02-09 13:24

Paper-33 肠道菌群，代谢产物和宿主免疫的关系（Nat Rev Immunol. 2016） 2021-01-07

metabolitesandhostimmunityNatRevImmunol.2016May27;16(6):341–352.doi:10.1038/nri.2016.42PMCID:原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
RashidinAbdu·2022-02-07 17:58

Paper-30 多种类胡萝卜素对人类粪便微生物群的影响 Effect of Selected Stilbenoids on Human Fecal Microbiota2020-12-21

EffectofSelectedStilbenoidsonHumanFecalMicrobiotahttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6412329
RashidinAbdu·2022-02-05 14:14

PyMOL命令

在线下载pdb文件：先在NCBI子数据库structure检索所需要的蛋白结构，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/?
佳名·2022-02-05 03:25

LINCS1与LINCS2数据库

document/d/1q2gciWRhVCAAnlvF2iRLuJ7whrGP6QjpsCMq1yWz7dUPart1、LINCSPhaseIL1000--GSE92742https://www.ncbi.nlm.nih.gov
小贝学生信·2022-01-11 10:58

NCBI|16S原始数据上传

数据上传的操作，供大家参考，而宏基因组和16S数据上传大同小异，最大的不同就是表格的填写，大家要仔细观察哦~第一步申请Biosample编号1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov
维凡生物·2021-10-25 14:45

Bulk RNAseq上游比对2：下载数据、质控

jianshu.com)BulkRNAseq上游比对3：比对mapping-(jianshu.com)Step1：下载数据1.1下载公共数据框的测序数据示例数据：GSE158623https://www.ncbi.nlm.nih.gov
小贝学生信·2021-09-21 19:50

下载已发表文章原始数据之SRA Toolkit（Fastq转换bam）

NCBI官网2、3、4、根据系统选择版本，下载即可5、查看自己系统6、centos和redhed使用软件一致因此选择：7、[root@PC3test]#wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov
Dr家硕的科研之路·2021-09-21 15:29

NCBI基因及启动子序列查找

NCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/这里选取一个调节根系发育的基因AT5G61350进行示例。
Wei_Sun·2021-09-09 12:12

如何在NCBI下载数据（包括批量下载）？

NCBI（NationalCenterforBiotechnologyInformation）https://www.ncbi.nlm.nih.gov/NCBI官方介绍是：NCBIadvancesscienceandhealthbyprovidingaccesstobiochemicalandgenomicinformation
xiaoxianyu·2021-08-23 08:45

计算FPKM、TPM以及FPKM to TPM

1、准备数据GSE81861上传的CRC_NM_epithelial的count与fpkm文件https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
小贝学生信·2021-08-22 20:43
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