NLM 第5页

loom文件转换成seurat对象

GEOdatabase下载了一个.loom文件，想要用一下这个数据，折磨了一周，终于成功的将它转换成了seurat对象，现记录如下：数据为GSE162183，地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

Merlin_cd6c·2021-07-08 17:30

2021-06-26 芯片数据的均一化和探针注释

如何判断芯片表达矩阵是否需要均一化以GSE43292为例https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?

学习生信的小兔子·2021-06-26 06:57

ScorpioGirl的m6A调研笔记

：文献1：Post-transcriptionalregulationofantiviralgeneexpressionbyN6-methyladenosine链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

ScorpioGirll·2021-06-25 22:14

SRA 数据的下载

线断木偶人·2021-06-25 03:24

GitHub入门与实践

百度网盘地址：https://pan.baidu.com/s/1NLM4mzHmSE6-4jts8cF_UA解压码：omaz封面图片

亮亮你看起风了·2021-06-23 23:52

NCBI 子数据库SRA/EMBL子数据库ENA的高级检索及数据下载

一、检索1.1SRA数据库SequenceReadArchivehttps://www.ncbi.nlm.

佳名·2021-06-23 03:06

在windows使用Aspera上传数据到NCBI

一步一步操作：Seethesourceimage#2使用Aspera上传数据##2.1上传数据时，NCBI上建议的命令行：[email protected].nlm.nih.gov

_eason_·2021-06-22 13:31

新基因功能注释 Nr/Nt/GO/Kegg/Swiss-Prot/COG/KOG/eggNOG/Pfam/String/转录因子预测数据库的搭建

二、数据库下载1.Nr/Nt数据库：wget-cftp://ftp.ncbi.nlm.

生信小白修炼记·2021-06-21 23:34

常用的基因组数据库汇总

.360doc.com/content/18/0127/20/19913717_725596003.shtml一、综合基因组数据库1.NCBI的Assembly数据库网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

东风008·2021-06-21 18:35

生信分析常用基因组数据库汇总

【原创】生信分析常用基因组数据库汇总一、综合性基因组数据库1、NCBIAssembly目前最常用的综合性基因组数据库，没有之一（毕竟NCBI~）网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

枫狂灬呆子·2021-06-20 11:59

dengue virus

https://www.nature.com/scitable/topicpage/dengue-viruses-22400925https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles

zhoujj2013·2021-06-20 03:01

基于inferCNV+机器学习预测ScRNA肿瘤细胞的尝试

数据1.数据来源GEO下载肠癌的单细胞数据，GSE132465（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?

QXPLUS·2021-06-17 17:14

RNA_seq笔记

Non_codingRNAchip_seq蛋白参考基因组：文章里的出处RNA_seq流程https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67下载数据https://www.ncbi.nlm.nih.gov

zs_fighter·2021-06-15 00:17

ggplot2：如何优雅地绘制箱线图

数据来源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc

MC学公卫·2021-06-14 09:26

利用GEO数据库进行芯片数据检索

GEO数据库网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo相信大家看到这个网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/都不会陌生，我们经常使用pubmed进行英文文献的检索

翾格格·2021-06-11 02:44

解惑基因的命名

NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation）`是指美国国立生物技术信息中心第一步进入NCBI进行搜索：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

NoviceWitch·2021-06-11 00:50

深入理解RNA-seq

RNA-seq数据介绍学习RNA-seq文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/pmid/20436464/https://www.ncbi.nlm.nih.gov

zhoujj2013·2021-06-10 21:38

根据SRR号下载sra数据

本文主要介绍下载sra的常用的方式，并且经历多重磨炼才得到自认为较为可靠的方式1.wget下载：wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/

叮铛_07a6·2021-06-07 20:50

基于相对熵优化VMD的非局部均值去噪方法

前言本博客对论文"优化VMD与NLM结合的信号去噪"中的算法进行介绍与仿真。

Zhi Zhao·2021-06-06 11:13

2020-11-13

adultmaleskin——SRR8270566为例#####prefetchSRR8270566#下载SRA数据库的reads数据，另：wget-chttps://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov

Wu_tz·2021-06-05 07:46

101条UX原则 - #25 把菜单划分成子项，这样用户就不用记住太长的列表

（《神奇的数字七加减二：我们处理信息的能力有限》，GeorgeA.Miller（1956）（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/13310704））。这项

Tomi_Wong·2021-06-05 04:01

BLAST的简单使用教程

Basiclocalalignmentsearchtool），即基于局部比对算法的搜索工具BLAST包括blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx等.使用conda安装即可，亦可使用源码（https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov

大海龟啦啦啦·2021-05-26 20:30

PubMed的基本检索：实例一

PubMed的网址是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed抗生素的过度使用带来了一些列的医疗问题，但是具体产生了什么威胁我不是很清楚，那我可以通过查阅相关文献来解答自己的疑惑

宜无声·2021-05-19 21:21

fastq-dump安装及使用

fastq-dump是sratoolkit软件中的一个功能，首先安装sratoolkit1：安装Linux：curl-Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk

二傻吧·2021-05-07 08:59

SRA数据(1)------SRA数据下载

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?

护旗小能手·2021-05-06 15:57

每日文献: 2018-01-14

The2018NucleicAcidsResearchdatabaseissueandtheonlinemolecularbiologydatabasecollection原文地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov

xuzhougeng·2021-05-03 19:55

数据库 | NCBI nt nt tax, uniprot, 物种基因组获取

一、NCBI库1下载基因组1.1方法:NCBIftpgenomedownload1.2reviewedgenome完整列表：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ASSEMBLY_REPORTS

胡童远·2021-04-28 10:24

blast数据库文档说明（2018-06-03）

blast数据库说明地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/documents/blastdb.html更新于2017年3月6日文档中主要描述NCBI-FTP站点下可用的

简单点lili·2021-04-23 06:38

“人造眼”临床试验报告

原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27676329文章出处：KlinMonblAugenheilkd.2016Sep27DOI：10.1055/s-0042

先进医疗信息·2021-04-22 11:27

sratoolkit安装和简单使用

[TOC]安装环境Ubuntu18.10sratoolkit2.9.2-ubuntu64安装过程1、从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/

少年英雄小猪熊·2021-04-22 04:46

科普笔记16 minor allele frequency 次等位基因频率

引用自NCBI的概念（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf）Globalminorallelefrequency

珜守約·2021-04-21 20:12

晓佥·2021-04-20 04:08

SRA数据下载

SRA数据库介绍https://www.ncbi.nlm.nih.go

RachaelRiggs·2021-04-19 20:14

使用misa查找ssr位点

1.下载基因组文件，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/002/864/125/GCA_002864125.1_ASM286412v1/GCA_002864125.1

EZ·2021-04-19 11:19

生物数据库部分合集

转载自-----https://www.jianshu.com/p/963343b5e135核酸数据库NCBI[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation

本人正在思考中·2021-03-10 14:33

引物设计

以ZFAND4为例：在https://www.ncbi.nlm.nih.gov/里选择Gene，搜索ZFAND4：ZFAND4选择跟人相关的（第一个，Homosapiens）。

cHarden13·2021-02-07 20:06

zigbee学习之APS数据服务

NWK层和APS子层之间的NLME-SAP接口只支持NLME-GET和NLM

Justice_Gao·2021-02-03 15:52

GEO数据挖掘（1）引出

要知道的背景知识GEO=GeneExpressionOmnibus一个基因对应一个GSE编号，根据编号在NCBI-GEO中找http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi

峰峰love典典·2021-01-28 09:16

植物科学常用数据库和生物信息学工具2020

MolPlant植物科学通用数据库http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/国家基因库下属数据库，涵盖各种生物的全面公开可用的数据信息https://www.ncbi.nlm.nih.gov

峰峰love典典·2021-01-14 20:31

基因家族鉴定流程（一）数据准备

NCBI高级搜索以及序列下载参照https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK49540/以及https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3837

精神秃头生信小伙儿·2021-01-07 20:21

nlm算法matlab代码_一些matlab的算法代码

今天搜索人脸识别算法，搜到LPP算法，我各种百度，通过CSDN的LPP算法代码下面的留言，最终百度到了一个浙大何晓飞教授的主页，我看到好多Matlab代码。其中包括各种算法啊！而且有品质保证！代码和数据库网址。下面我列一下matlab代码的文件：bestMap.mconstructKernel.mconstructW.mCSRKDApredict.mCSRKDAtrain.mdijkstra.me

weixin_39719077·2020-12-18 23:38

Python 利用Entrez库筛选下载PubMed文献摘要的示例

PubMed官网https://pubmed.ncbi.nlm.

·2020-11-24 18:04

Python单细胞测序分析教程 - 2| 下载测序数据并处理为scanpy可读取的格式

第一步：GEO数据库下载单细胞数据NCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/GEO：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi

切瓜少年·2020-10-23 09:50

Seurat包基本分析实战

一、背景知识文献：https://www.aging-us.com/article/103695/textGSE：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi

小贝学生信·2020-10-20 12:59

影视助手终端控制

屎1屎爱软件出现解析不了的，请加群670685796反馈，新版本已经上传群文件爱劈nLm0nZr5zMgkSowc8MxxMzBYYuSHkEq7劈

帅比晓张·2020-10-09 14:57

原始数据上传 NCBI最新攻略（扩曾子）

为了避免多走弯路，下面就给大家介绍一下扩曾子数据上传NCBI的步骤：1.打开网站，找到提交处，并注册登录https://www.ncbi.nlm.nih.gov/登录后，新提交第一步

醉月伐桂戏嫦娥·2020-09-16 17:26

sra文件转为fastq

利用软件sratoolkit，下载地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?

zhang_xiang_li·2020-09-16 17:18

向NCBI上传16S rDNA数据的操作详解

正文登录NCBI上传网页https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/登录这个网页可以看到NCBI现在做的比较人性化

月司·2020-09-16 17:37

高通量测序SRA文件下载工具sra-toolkit安装方法

#linux中进入https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloadswgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk

Decen Wang·2020-09-16 16:00

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