Pymol

利用PyMOL做出大分子-配体相互作用图

在本文中，我们尝试模仿绘制文献中的Figure2a，所选文献为J.Med.Chem.2016,59,4087−4102，原图如下所示：image本例中使用的PDBcode:3oc0首先加载大分子，使用fetch命令可直接从PDB数据库下载。为了方便操作，我们先把大分子和小分子分成两个对象保存：fetch3oc0createlig,/3oc0/G/A/900remove/3oc0/G/A/900现在
碳负离子·2021-06-10 05:34

Windows系统安装免费版PyMOL

前言PyMOL是一款由Python语言开发的开源的分子三维结构显示软件，被广泛运用于科学研究与教育领域，现由Schrodinger公司提供技术支持。
yanghui2048·2021-01-28 21:31

PyMOL免费下载及安装教程【Win版】

打开官网，下载PyMOL官网：https://pymol.org/2/打开官网，点击DOWNLOADNOW,下载第二个WindowsZIPArchiveimage2安装选择保存地址，一路点击next安装
皮卡丘052·2020-11-28 10:06

PyMol2.4安装教程

第一步：下载并安装anaconda3https://www.anaconda.com/distribution/下载Python3.7版本，并安装，新手建议安装过程中将添加到环境变量选项勾选；第二步：下载pymol
film1994·2020-09-14 08:08

Chimera补全蛋白缺失结构

可能很多人喜欢用pymol，其实我认为Chimera是一个更加强大的可视化软件，只是不容易上手，可能不符合国人使用习惯用的人相对较少，这里简单介绍一下最近用到的Chimera补全蛋白缺失结构。
生信杂谈·2020-08-25 07:26

在安装anaconda3（自带python3.7）和自己安装的python2.7的win10系统中安装pymol

心疼自己三秒）这里下载anaconda3https://www.anaconda.com/distribution/这里下载pymol对应的.whl文件https://www.lfd.uci.edu/~
马RuiQi·2020-08-19 01:45

pymol的正确安装方式

安装pymol走了不少弯路，写个文档避免后来人走坑。
wx-咸鱼·2020-08-17 17:32

分子对接简要教程（autodock）

（可以使用pymol,VMD,viewerlite，DS等软件，将水和木糖去掉，或者直接以文本格式打开pdb文件，删去水和木糖的部分）2.软件部分。(1)首先确定工作文件夹（不能有中文目录）：Fi
ZJayHan·2020-08-16 07:57

分子模拟-Windows系统PyMOL 2.4的安装

1.安装好Anaconda3安装教程参照：https://blog.csdn.net/WeiHao0240/article/details/1030289992.下载pymol2.4的.whl安装文件可去官网下载
白话实验室·2020-07-28 21:09

Pymol & BioPython | PDB文件中氨基酸序列的提取

1.Pymol当前目录下有一个PDB文件，利用pymol的命令模式：pymolreceptor.pdb-c-d"savereceptor.fasta"2.BioPythonfromBioimportPDBparser
qq2648008726·2020-07-12 02:09

#可视化#Pymol 选择速查手册

此内容主要是为了对Pymol进行选择的小结总结，完全的内容可以查看PymolWiki。
生信杂谈·2020-07-01 15:50

10分钟获得小分子三级结构(.pdb)

开心，打开公众号后台竟然有700粉丝咯，感谢大家的关注和分享，公众号日更永不断~~~获得本文所需软件：在生信星球公众号(文末有二维码)后台回复：”小分子结构"，包括chemdraw、openbabel、pymol
小洁忘了怎么分身·2020-06-29 06:23

Pymol-如何Ray

RAY有一个师姐问我如何ray（就是渲染一下）官方解释：“ray”createsaray-tracedimageofthecurrentframe.Thiscantakesometime(uptoseveralminutes,dependingonimagecomplexity).谷歌翻译：“ray”创建当前帧的光线跟踪图像。这可能需要一些时间（最多几分钟，具体取决于图像复杂程度）。直接看成图比较
ZeroDesigner·2020-04-19 18:38

#分子模拟#VMD粗粒化显示插件Bendix简单介绍

它采用三维图形技术以及内置脚本来对生物大分子体系进行展示,动画制作和分析.VMD官方网站http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/.其展示的蛋白非常漂亮，而且是免费软件，是与Pymol
生信杂谈·2020-04-09 12:58

同源建模从入门到精通开发篇（二）

上期我们做了一个DOPE评分功能的内容，虽然封装了模块化，但是仍然没有达到我们GUI的效果，pythonGUI比较有名为pyqt，wxpython以及tkinter，之前使用tkinter开发过许多内容，pymol
生信杂谈·2020-03-31 02:25

#分子模拟#原创蛋白配体分割工具

用以切割Pymol中保存的AutodockVina对接结果。
生信杂谈·2020-03-28 05:00

Pymol渲染（Ray）笔记

我们平常使用pymol的时候可能就是直接ray一下出图，其实ray有许多功能可以挖掘，这里简单介绍一小部分。
生信杂谈·2020-03-25 21:16

#可视化#Pymol命令大全

列举所有Pymol命令，暂未完成AAbort空功能，与Python的None相似Aliasalias允许常用的命令以单个PyMOL关键词表示USAGEaliasname,command-sequencePYMOLAPIcmd.alias
生信杂谈·2020-03-09 04:44

利用Pymol将周边图像虚化

FocalBlur是一个Pymol脚本可以创建非常cool的图像，将周边的的图像虚化，更加突出中心的object。
生信杂谈·2020-03-03 22:03

#可视化#Pymol小脚本之Rotkit

Rotkit是一个pymol小脚本工具包，依稀记得还是大四的时候有人在bioms群里出售一个脚本，可以将配体周围的氨基酸残基进行突变，然后进行突变对接或者分析，来简单的查看突变对配体与蛋白之间的相互影响
生信杂谈·2019-12-11 23:05

#分子模拟#可视化软件VMD原子选择详解

VMD是一个非常优秀的分子模拟可视化软件，与Pymol，UCSFChimera齐名，个人还是最喜欢使用VMD，唯一不好的一点是其主要支持的脚本语言为没落的TCL语言。
生信杂谈·2019-10-31 15:08

Pymol操作命令

基本命令（也可使用鼠标操作，但不如命令来得简单）pwd#showcurrentdirectorydir#listfileinthecurrentdirectorycddirectory#changedirectoryloadxxx#注意要打上扩展名，例如1LMK.pdb，否则会errorcreatname,(selection)#name=objecttocreat,selection=atomt
Qiankun Wang·2018-10-11 21:54

#分子模拟#Pymol编译安装

Pymol可能不做分子模拟的同学也会比较熟悉，这个可视化界面可谓脍炙人口，虽然我们可以简单的使用sudoapt-getinstallpymol进行安装，但是这样做的坏处就是ipython,juyternotebook
生信杂谈·2017-12-08 14:53

Pymol

原文链接：http://www.cnblogs.com/xiaojikuaipao/p/7798726.html如何用Pymol做出那些美呆的结构图（基础篇）2016-10-31翾园摘自BioEngX生化
dengximo9047·2017-11-07 14:00

用PyMOL展示配体和受体相互作用的原子和氢键

https://mp.weixin.qq.com/s/P62sjqhSTxmWVicrEAk-RQ为了简化展示过程，我们设计了一个pml脚本(脚本内有很详细的解释)，只需要修改脚本里面受体和配体的名字，然后在PyMOL
dengximo9047·2017-07-29 17:00

pymol module 添加到 python 的 import 路径

先查看pymolmodule的路径$whichpymol/usr/local/bin/pymol$cat/usr/local/bin/pymol#!
43daf5f8181f·2016-09-19 15:24

pymol 知道多少？pymol技巧汇总

基本命令（也可使用鼠标操作，但不如命令来得简单）pwd         #showcurrentdirectorydir         #listfileinthecurrentdirectorycddirectory#changedirectory loadxxx               #注意要打上扩展名，例如1LMK.pdb，否则会errorcreatname,(selection)#
rogerzhanglijie·2013-01-06 14:00
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