Pymol

开源分子对接软件Ledock之--CPU并行用于虚筛选

ledock_hts.sh的调整3.运行虚拟筛选3.1修改输入参数3.2运行虚拟筛选任务并通过Slurm命令查看任务队列运行情况3.3运行结束后汇集虚拟筛选结果3.4用ledock获取感兴趣分子的对接pose3.5用pymol
Blockbuater_drug·2024-02-13 14:54

2022-01-04 pymol开源版的安装教程

Pymol开源版的安装，首先需要下载python和pymol安装包，两者版本需要对应，否则无法进行下去，链接https://pan.baidu.com/s/182ZVCq_AuR9kkTJUmnL-Dg
阿华_e1ba·2024-02-03 15:49

pymol--常用指令

新年快乐~~~1.1号写了点但是太少了没发代码都是在以下这个框输入的：1.显示蛋白质序列，点击右下角的S就可以2.隐藏其中一条蛋白质序列PyMOL>disable 1dpuA3.还发现Pymol&
李划水员·2024-01-16 13:20

pymol--常用指令

1.导入蛋白质1）Pymol>loadname.pdb,name#载入pdb文件，并命名，我还没试过Pymol>fetchproteinID#直接就加载了我用的这个右边选框，有ASHLC指令2.保存图片
李划水员·2024-01-16 13:50

chatmol：将chatgpt应用于pymol

文章目录前言一、源文件二、安装二、应用示例总览示例1(方法查询)示例2(直接运行上述方法)示例三(结合口袋展示)前言Chatmol将chatgpt内置到了pymol当中，采用对话的方式调用pymol进行绘图
贺俊宏·2024-01-06 04:06

PyMoL:使用b-factor将变量映射到蛋白质结构

#需要用到的python包importnumpyasnpfromprodyimport*bc=np.loadtxt("bc.txt")#用文本文档格式储存一列想要展示的数据，这里是BC值wt_aer=parsePDB("aer-wt-BC_as_bfactor.pdb")#读入PDB文件wt_aer.setBetas(bc)#关键步骤，将想要展示的数据与PDB融合writePDB('aer-wt-
送信鱼·2024-01-01 21:11

在线预测蛋白质结构

预测蛋白质结构PyMOL蛋白质是生命活动的体现者，其结构决定着功能。由线性氨基酸组成的蛋白质需要折叠成特定的空间结构才具有相应的生理活性和生物学功能。
小井_8870·2023-11-25 00:05

2023-02-27-pymol安装开源

安装链接：https://blog.csdn.net/weixin_45725149/article/details/123698134（感谢原文作者）安装pymol：利用pipinstallpymol
weixin_44719529·2023-11-08 09:30

RDKit：计算不同小分子构象之间的RMSD

第二步：安装RDKit通过conda安装RDKitcondainstall-crdkitrdkitpythonisoRMSD.pymol1.pdbmol2.pdbrmsd.txt#!
AspirinCode·2023-10-25 22:24

Pymol一些命令及使用小技巧

pymol选择对接的分子5A范围内的氨基酸残基图形界面选中配体，action-modify-around5Aresiduescreatepocket,byres4dxdwithin5ofresn9pc(
xiaolan39·2023-10-10 19:44

Pymol做B因子图

分子动力学模拟结束后，获得蛋白的平均结构，比如获得的平均结构为WT-average.pdb然后将平均结构导入到Pymol中，可以得到B因子图。
xiaolan39·2023-10-10 19:38

Pymol教程--蛋白结合口袋结构比较(pocket alignment)

Pymol教程–蛋白结合口袋结构比较(pocketalignment)本教程来自于钰沐菡https://www.bilibili.com/video/BV1zK41137VG?
发呆的比目鱼·2023-09-30 15:48

PyMOL作图-输出PNG格式图片

PyMOL作图-输出PNG格式图片1.输出PNG格式图片可以用最简单的方式让PyMOL输出png格式的图片，在PyMOL的命令行执行如下命令：pngtest.png2.设置PNG的参数png的参数如下所示
MurphyStar·2023-09-22 19:42

CADD计算机辅助药物设计技术——Pymol、 ChemDraw、

近年来，计算机辅助药物设计（Computer-AidedDrugDesign，CADD）方法在药物研发中不断崭露头角，如已批准上市的卡托普利、沙奎那韦、利托那韦和茚地那韦等，其早期研究大大受益于CADD方法。CADD已成为药物研发流程中不可或缺的一部分。基于结构的CADD计算方法通过解决两个主要任务来支持苗头化合物的发现和结构优化：1、预测小分子与蛋白质靶标结合；2、计算结合亲和力。本文首先回顾了
YHJX57·2023-09-21 00:31

PyMOL小白自留教程1——PyMOL的安装

PyMOL是一款非常实用的三维结构可视化软件。2019年底，我第一接触使用PyMOL。作为一个小白，虽然从安装到使用走了一些弯路，但这个软件是真的好用，功能很全且图片超棒。
Serotonin要努力·2023-08-31 16:15

显性水溶液中蛋白质的分子动力学模拟

（逐渐被抛弃，准确度不高）pdb数据库下载对应文件；pymol去除溶剂；查看分子结构有无损坏；可用modeller；ds；rosetta；chimera；loop修复gmxmdrun参考教程http:/
我没表情·2023-08-31 00:28

生物信息学分析实用小技巧 ：蛋白质可视化

PyMOL可视化蛋白质写在前面的上次推文介绍了如何用多种方法批量快速下载高通量测序数据，主要介绍了Aspera的用法和axel用法。
宇宙实验媛·2023-08-22 06:02

pymol安装使用；vscode蛋白质可视化插件 protein viewer；rcsb pdb，fasta蛋白wget下载

pdb文件字段说明学习：1、pymol安装使用参考：https://blog.csdn.net/eternalapple/article/details/110263296官网：https://pymol.org
loong_XL·2023-08-16 04:23

windows开源版的pymol安装方法

1.安装Anaconda登录网页：https://www.anaconda.com/安装时默认下一步就好，唯一需要注意的是设置的安装路径中最好不要有中文（否则可能会报各种奇奇怪怪的错误）2.打开AnacondaPrompt(Anaconda)第一步安装完成后，开始菜单下会出现如下所示多个图标，找到下图红框内的图标，打开会出现一个命令行窗口。3.在命令行中输入命令关注grosetta公众号，后台回复
药研猿·2023-07-31 07:25

在anaconda中直接切换文件夹路径

激活成功显示pymol在F盘，但conda的默认工作目录还在C盘三、切换目
菠菠萝宝·2023-07-16 16:28

PDB文件中有些残基有多个构像，怎么用pymol图形化界面操作，一个残基只保留一个构像

在PyMOL图形化界面中处理PDB文件的多构像残基，只保留一个构像可以通过以下步骤实现：打开PDB文件：启动PyMOL图形化界面。
温柔的行子·2023-07-14 20:59

Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用

蛋白质折叠与结构预测简介主链二面角与二级结构侧链堆积与三级结构蛋白质设计简介蛋白质设计的分类及应用Rosetta基础三.蛋白质结构viewer、Linux和Python基础教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL
萌萌可爱郭德纲·2023-06-13 13:24

RNA三维结构预测与比较

Pymol使用二级结构预测首先用RNAfold预测二级结构三级结构预测接着使用farfar2预测三级级结构，输入RNA序列和预测的二级结构，输入序列最后用ARES打分挑出最好模型RNA-proteindockinghttp
落寞的橙子·2023-03-31 05:35

Python|Pymol的安装

Pymol的使用其实可以分为两种，一种是GUI图形操作界面，直接可以去Pymol官网上下，另一种则是使用API的方式直接调用，适合写脚本批量处理一些东西。
DrugPython·2023-03-21 05:05

Pymol使用

以泛素为例查找结构fetch1UBQ#Ub的PDB号showsticks,resnlys#展示所有的Lys残基selectMet1,resi1#显示第1个氨基酸，并命名为Met1selectGly76,resi76#显示第76个氨基酸，并命名为Gly76selectK6,resi6selectK11,resi11selectK27,resi27selectK29,resi29selectK33,r
简boo·2023-03-13 05:17

CADD计算机辅助药物设计技术与实践——Pymol、 ChemDraw、天然产物、中药成分数据库

计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物的方法。近年来，计算机辅助药物设计已经取得一定成就，特别是在新冠肺炎爆发后，很多研究机构和企业采用计算机辅助药物设计方法辅助进行了很多研究工作。在新型冠状病毒的治疗方案中，通过同源建模方法发布了新冠病毒的三维结构，通过药物靶标预测、筛选出针对新型冠状病毒的药物，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发
桃子0·2023-03-09 20:48

Pymol使用

安装下载已知蛋白结构蛋白三级结构预测（ITASSER）alphafold2蛋白三级结构预测如何用Pymol做出那些美呆的结构图（基础篇Pymol实现2个蛋白结构比对#1-(HowtoaligntwostructuresinPymol
落寞的橙子·2023-03-09 06:46

分子对接教程 | (4) 蛋白受体文件的预处理

我们这里处理蛋白文件需要借助pyMOL这个软件，我在前面提到过，我也上传
【云森】·2023-02-06 09:51

Pymol 作图、分子对接

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、pymol作图二、分子对接总结前言Pymol是一款操作简单，功能强大的分子以及蛋白的可视化软件，由薛定谔公司研发，科研人员可以从官网申请最新教育版本
m0_69110762·2023-02-06 09:49

CADD之分子对接二：简单autodockvina对接流程——redocking

1、需要软件：autodocktools，vina，pymolpymol使用教程(包含安装)：基础教程—PyMOL中文教程2022.09文档autodocktools及vina安装包：「autodocktools
随便叫点什么……·2023-02-06 09:19

PyMOL简单操作图文介绍

PyMOL是作图软件，修改很少。经常用来发文章显示配体结合位点，确定的AA侧链互作的模式（比如氢键）等等。
黑曜、·2023-02-06 09:17

【实用教程】使用Autodock进行蛋白-小分子对接

进行分子对接运行AutoDock4对接结果查看及评估使用PLIP分析相互作用结语软件下载使用Autodock进行蛋白和小分子复合体的对接需要使用到如下工具，很巧的是，这几个工具都是使用python进行编写的：pymol
Eumenidus·2023-02-06 09:16

Pymol-教程-专辑

hellow好久不见最近在录制pymol的视频教程所以好久没有更新了大家可以搜索我的微信公众号：佳岐的百宝箱image.png上面有一系列的教学视频
ZeroDesigner·2023-01-29 23:54

Linux Mint 20.3更改源及软件安装

更改源（本文）2.安装搜狗输入法（本文）3.anaconda安装、换源及创建新环境4.WineHQ及.exe文件安装5.利用conda安装RDkit、Jupyternotebook、Spyder6.开源pymol
笙箫一曲唱元璞·2023-01-23 13:52

pymol 动画简单制作，gif、mp4导出

（注意：要提前安装后ffmpeg）参考：https://www.youtube.com/watch?v=G77K9Lro8js流程1、直接Movie下Program下，CameraLoop下Nutate下选择，这里选择30degover4sec；如果要动画过渡自然，可以在这4sec后面再Append1sec；如果需要两个视角，既可以再把窗口蛋白定位到比如配体，不用管中间过程怎么定位过去配体，再Pr
loong_XL·2023-01-16 06:11

Gromacs 伞形采样

GROMACS教程：伞形采样|Jerkwin新建文件夹opt/work5做为计算文件夹第一步:准备拓扑文件下载2BEG文件，放在work5文件夹，重命名为input.pdbpymol里看起来是这样的，Pymol
蛋白质模拟小白·2023-01-14 21:26

windows下软件安装：Anaconda下安装Pymol

Windows下利用Anaconda安装Pymol1.Anaconda的安装2.Anaconda安装后测试3.Pymol的安装3.1创建python3.7环境3.2激活python37环境3.3在python37
蓄起大胡子·2023-01-13 13:23

uniprot蛋白序列数据库，蛋白质结构数据库PDB；pymol pse格式

https://www.bilibili.com/video/BV1p34y1D77Zhttps://www.bilibili.com/video/BV1Xa4y1W7Dx蛋白质结构数据库PDB注意点：很多数据含有共晶配体的结构很多时候，蛋白晶体结构中不只是蛋白，还可能有核酸、多肽、辅酶、小分子化合物（抑制剂、拮抗剂、激动剂、底物）、助溶剂、表面活性剂、金属离子和水分子以及其他分子；除了目标蛋白，
loong_XL·2023-01-05 16:00

CADD生物药物分子相互作用、虚拟筛选

文章来源公众号：科研讨论圈1：生物分子互作用研究方法2：蛋白PDB数据库3：蛋白结构分析-Pymol4：同源建模-用2019-nCoVspike蛋白序列建模，根据相应参数和方法评价模型5：小分子构建-分别构建大环
Hbaixue·2023-01-05 15:24

Pymol用法

基础pymol命令Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。
python-码博士·2022-12-31 11:04

Pymol入门教程--基础

Pymol入门教程–基础软件界面介绍内置demo介绍打开PyMOL，点击1.1菜单窗口的Wizard菜单，然后点击Demo->Representations然后在2.3对象窗口和2.4模式窗口之间会出现各种示例
发呆的比目鱼·2022-12-14 09:51

pymol中编写和运行python脚本

pymol中编写和运行python脚本0.说明简单介绍pymol中调用python脚本，后续把详细的图片更新。（2021年9月13日）后续相关更新会直接粘贴到文件中。
热力学负一定理·2022-11-20 05:01

CADD--Amber分子动力学--Schrodinger薛定谔--Pymol--AutoDock 等系列专题会议

专题一《计算机辅助药物设计CADD专题》为基础专题，共计4天，采用“理论+实操”模式，详细讲授PDB数据库使用、蛋白结构分析、同源建模、Autodock分子对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白相互作用预测、构效关系分析、基于碎片药物设计等专业技术，另有专业实践案例一步步操作。专题二《薛定谔专题》为进阶专题，共计2天，采用“理论+实操”模式，详细讲授使用薛定谔软件进行分子对接、虚拟筛选、药效团虚拟筛选、构效关
m0_64731599·2022-11-19 03:22

pymol pymol-align两分子或蛋白距离误差计算RMSD

参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/347743101RMSD单位是埃RMSD,root-mean-squaredeviation，也就是均方根偏差。原子位置的均方根偏差是叠加蛋白质的原子（通常是骨架原子）之间的平均距离的量度。注意，RMSD计算可以应用于其他非蛋白质分子，如小的有机分子。在球状蛋白质构象的研究中，通常在刚体进行完叠加后通过计算Cα原子坐标之间的RMSD
loong_XL·2022-11-15 18:58

PyMOL命令

term=记录下该蛋白的PDBID，然后打开PyMOL，命令行输入：fetch5ocn#foxn1fetch3uf0#fetch1si4#血红蛋白5ocn和3uf0为PDBID1.png去除水分子removesolvent
佳名·2022-02-05 03:25

【软件使用】PyMol入门教程

主要讲述PyMOL中常见的图形界面（鼠标）操作1.认识PyMol1.软件界面介绍image.png1.2内置demo介绍打开PyMOL,点击1.1菜单窗口的Wizard菜单，然后点击Demo->Representations
巩翔宇Ibrahimovic·2022-02-01 16:56

【生物学软件】PyMol的初级使用之安装篇

而结构生物学的原始数据是原子位点在三维空间上的坐标，这对于人类这个视觉动物是很不方便的，在这种情况下，PyMol就应运而生。PyMol作为一款优秀的结构生物学可视化软件，受到了大家的青睐。
巩翔宇Ibrahimovic·2022-01-31 18:35

PyMOL做出非氢键相互作用图

在上文中，我们尝试模仿绘制文献中的Figure2a，所选文献为J.Med.Chem.2016,59,4087−4102，本文将尝试绘制Figure2b，原图如下所示：image本例中使用的PDBcode:3kwf首先加载大分子：fetch3kwfbgwhite接着创建新对象，在视图窗口右下角点击S按钮，顶部将显示蛋白质的序列，箭头所指位置为A链中的配体，其代号为B1Q。imagecreatelig
碳负离子·2021-06-23 11:07

软件介绍与安装

软件简介PyMOL是由WarrenLyfordDeLano编写的一个分子结构显示软件，由于生成的图片质量极高，受到了科研工作者的广泛好评；由PyMOL制作的图像屡次出现在Nature、Science等杂志的封面上
碳负离子·2021-06-15 04:37

PyMOL学习笔记

PyMOL是一款生物大分子三维结构显示软件，其中“Py”是指此软件使用Python语言编写，“MOL”是指Molecule。
bioinfo2011·2021-06-15 00:47
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