Qiime2

QIIME 2教程. 20实用程序Utilities(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2中的实用程序命令行`q2cli`检索引文RetrievingCitations查看可视化ViewingVisualizations偷看结果PeekingatResults验证结果
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:17

QIIME 2教程. 18序列双端合并read-joining(2020.2)

数据下载序列合并查看合并序列的数据质量和摘要序列质控Deblur查看Deblur特征表导入双端合并的序列导入序列查看导入含质量读长数据的摘要Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章：NBT：QIIME2
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:17

QIIME 2教程. 07帕金森小鼠教程Parkinson's Mouse(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.7帕金森小鼠教程本节视频视频教程假设启动QIIME2运行环境元数据数据导入QIIME2序列质量控制和特征表特征表摘要构建多样性分析所需的进化树Alpha稀疏和深度选择多样性分析
刘永鑫Adam·2020-07-06 20:57

Nature Biotechnology：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台

文章目录可重复、可交互、适用范围广和可扩展的微生物组数据科学——QIIME2作者名单作者单位热心肠导读正文附图1.QIIME2系统的示意图图1.QIIME2提供多种交互式可视化工具图2.迭代记录数据来源确保分析可重复附图
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:27

导出qiime2的树文件和taxonomy文件，并用ggtree美化树

跟着qiime2官方文档做完去噪和聚类后得到两个文件：table.qza（featuretable）,rep-seqs.qza（representsequence）。
吴十三和小可爱的札记·2020-07-02 03:16

QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组分析实战Moving Pictures(2018.11)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.4人体各部位微生物组启动QIIME2运行环境样本元数据下载和导入数据拆分样品序列质控和生成特征表方法1.DADA2方法2.Deblur特征表和特征序列汇总构建进化树用于多样性分析
刘永鑫Adam·2020-07-01 06:10

QIIME 2教程. 01简介和安装 Introduction & Install(2020.2)

文章目录写在前面QIIME2的优势QIIME2用户文档(版本:2020.2)视频：QIIME2用户文档01.1简介入门指南什么是QIIME2？
刘永鑫Adam·2020-07-01 06:09

QIIME 2教程. 04人体微生物组分析Moving Pictures(2020.02)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.4人体各部位微生物组本节视频视频教程启动QIIME2运行环境样本元数据下载和导入数据拆分样品序列质控和生成特征表方法1.DADA2方法2.Deblur特征表和特征序列汇总构建进化树用于多样性分析
刘永鑫Adam·2020-07-01 06:09

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.03)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析扩增子教程QIIME2最新教程中文(2019.7)易生信-扩增子教程Webserver在线分析平台相关软件和数据库教程宏基因组分析高分文章和图书推荐软件评测和简介教程系列有参分析
刘永鑫Adam·2020-07-01 06:08

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2020.5)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐会议、招聘广告科研经验软件流程扩增子分析扩增子教程QIIME2教程(2020.2)易生信-扩增子教程Webserver在线分析平台相关软件和数据库教程宏基因组分析高分文章和图书推荐软件评测和简介教程系列有参分析
刘永鑫Adam·2020-07-01 00:42

QIIME 2用户文档. 14机器学习预测样品元数据分类和回归q2-sample-classifier(2018.11)

sample-classifier`预测样本分类预测样本连续型元数据嵌套交叉验证为所有样本提供预测最佳实践：不应该使用`q2-sample-classifier`做的事情Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要QIIME2
刘永鑫Adam·2020-06-29 20:21

【软件安装】---宏基因组分析软件qiime2的安装及使用

前言：QIIME2是一款强大的、可扩展的、分散的微生物组分分析包，其重点是数据和分析透明度。QIIME2能帮助研究人员分析原始测序数据，并得到出版物质量的数据和统计结果。
卡布达b1·2020-06-10 17:00

qiime2学习—Moving pictures

分享零编程语言基础的菜鸡在学习qiime2遇到的问题——实战Movingpictures附qiime2官方教学网站“MovingPictures”tutorial—QIIME22019.10.0documentation
终究是个dd·2020-04-28 14:48

QIIME2-Moving Pictures 和数据导出

qiime2获得帮助的方式qiime--help官方support网页官方技术支持网页质控过程中DADA2需要大量内存，出现errorcode-9可能是内存不够；选择Deblur可以减小内存需求。
吴十三和小可爱的札记·2020-04-09 09:38

16S rRNA 流程目录 - qiime2

QIIME2不仅可用于处理标记基因分析，而且在广泛的用户和社区人员参与开发下，已经产生了很多可用插件，在未来还有更多的插件整合到QIIME2中，它将成为适应多种微生物组数据特征的平台。
吴十三和小可爱的札记·2020-04-05 21:58

扩增子分析软件QIIME2 必知必会

QIIME2扩增子一站式分析平台QIIMEnature||qiime2018年1月QIIME2全面接档QIIME1极简操作sourceactivateqiime2qiimetoolsimport--type'SampleData
周运来就是我·2020-02-09 18:50

R数据可视化1: 火山图

拖延症让我一直疲于整理qiime2的分析过程。而且手上暂时也没有相应的16S数据要分析，所以打算整理整理R的画图脚本。而且总是百度一些画图细节让我“厌倦”了，觉得自己急需整理总结。
jlyq617·2020-01-04 22:08

Qiime2-2.导入文件

我我我终于要回来写qiime2了。折腾其他东西了一段时间，终于有时间回过来写这个了！
jlyq617·2019-12-24 13:49

QIIME2-CLI更新学习笔记

学习qiime2还是相当必要的，毕竟它是趋势。但qiime2更新是如此迅速，以至于许多翻译成中文的教程不少命令已然过时了，所以有必要学习一下两个月一更新的qiime究竟在命令上有哪些大的更改。
zd200572·2019-12-21 14:08

【教程】超级棒的QIIME16s数据分析流程

如果你是做16s分析的，你可以考虑使用QIIME2来替代QIIME1的教程了，并且使用exactsequencevariants来替代OTUs（哇，ISEM上面的文章哎，有空看看，继续）。
沈梦圆1993·2019-12-17 08:57

QIIME2微生物组分析流程

QIIME2功能介绍Usage:qiime[OPTIONS]COMMAND[ARGS]...Commands:infoDisplayinformationaboutcurrentdeployment.toolsToolsforworkingwithQIIME2files.devUtilitiesfordevelopersandadvancedusers.alignmentPluginforgene
husy_·2019-10-11 11:42

QIIME2 流程

流程image.png1.安装与启动source/share/disk5/lianm/basic_tool/anaconda3/bin/activateqiime2-2019.7source~/anaconda3/bin/activate~/anaconda3/envs/qiime2-2019.4/condadeactivate2.文件准备（1）Metadatafileshttps://docs.
苏可_7fe6·2019-08-21 10:25

R数据可视化1: 火山图

拖延症让我一直疲于整理qiime2的分析过程。而且手上暂时也没有相应的16S数据要分析，所以打算整理整理R的画图脚本。而且总是百度一些画图细节让我“厌倦”了，觉得自己急需整理总结。
jlyq617·2019-07-11 10:18

2019.7.9 训练基于Silva数据库的Qiime2特征分类器

材料：1.Silva132序列文件：含有rep_set，taxonomy目录2.引物序列：Forward:GTACTCCTACGGGAGGCAGCAReverse:GTGGACTACHVGGGTWTCTAAT方法：1.导入序列和分类文件qiimetoolsimport\>--type'FeatureData[Sequence]'\>--input-pathSILVA_132_QIIME_relea
dooockery·2019-07-10 11:06

Alpha多样性指数稀释曲线绘制

首先利用qiimediversityalpha-rarefaction命令进行Alpha多样性指数稀释曲线分析，具体用法参考qiime2官方文档。
超人立志做国王·2019-01-31 14:26

收藏||微生物生态学网站贴（据说，最后一个很萌）

会不断更新了啦~~~knightslab||点击进入看这家实验室开发的工具就知道他们有多牛了：NINJA-OPS、BugBase、QIIME2、SourceTracker。
周运来就是我·2018-09-29 07:54

Qiime1-1.介绍

倒腾学习了一段时间的qiime1和qiime2，决定苦心整理一下学习成果。虽然不知道啥时候才能更完。
jlyq617·2018-09-20 15:12

0047-【宏基因组】-qiime2官方教程实践2-Microbiota Transfer Therapy

1.数据来源文章文章名称：MicrobiotaTransferTherapyaltersgutecosystemandimprovesgastrointestinalandautismsymptoms:anopen-labelstudy文章链接：https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-016-0225-
leadingsci·2018-06-21 11:24

0046-【宏基因组】-qiime2官方教程实践1-Moving pictures of the human microbiome

1.数据文章——Movingpicturesofthehumanmicrobiome文章下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21624126样本选取：2个生物个体，4个部分，396个时间点文库构建：Meta16SV4区文库测序策略：illunima、454不同区域，选择不同的二代测序平台信息分析：qiime2-2018.4软件，及测试代码集注：与中文的帮助
leadingsci·2018-06-21 10:05

2018-03-12 宏基因组入门——QIIME2-201802 安装

这几天装了一个宏基因分析的软件——QIIME2好像以前安装很麻烦，但是现在整合到一起就很方便了，但是我还是遇到一个坑。。
小郑的学习笔记·2018-03-12 21:30

QIIME2学习笔记

本文主要参照QIIME2中文手册，并加入自己的一些理解https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/8381.说下QIIME2是做什么的QIIME2是用来做
bioinfo2011·2017-08-27 13:18

QIIME2 学习笔记 （一）

本文主要参照QIIME2中文手册，并加入自己的一些理解https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838先来补充一下基础知识（原谅一下我是学计算机的
bioinfo2011·2017-08-25 16:12
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