RDkit

RDKit | 生物大分子的HELM表示法

HELMHELM:HierarchicalEditingLanguageforMacromoleculesHELM可以表示各种生物分子，例如蛋白质，核苷酸，抗体药物偶联物等，其大小和复杂性使现有的基于小分子和基于序列的信息学方法学不可行或不可用。HELM表示法示例将HELM字符串替换为要可视化的HELM字符串，还可以将Mol对象转换为其他格式，例如SMILES，可以将其转换为HELM表示法。fro
qq2648008726·2020-06-27 03:16

RDKit | 计算化合物描述符

导入库importrdkitimportpandasaspdfromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportDescriptorsfromrdkit.ML.DescriptorsimportMoleculeDescriptors
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RDKit | 基于Ward方法对化合物进行分层聚类

导入库fromrdkitimportrdBase,Chem,DataStructsfromrdkit.ChemimportAllChemfromrdkit.Chem.DrawimportrdMolDraw2D
qq2648008726·2020-06-27 03:45

RDKit | 定量评估类药性(QED)

QED（quantitativeestimateofdrug-likeness）是一种将药物相似性量化为介于0和1之间的数值的方法。药物相似性如Lippinsky规则所示，获批药物的理化参数表明，这些化合物分布在狭窄的范围内。进入该化学空间的化合物称为“类药物（drug-like）”。类药性不是化学结构的特征，而是由几个物理参数组合确定的指标。已经提出了几种评价药物毒性的指标，但最具影响力的是Ri
qq2648008726·2020-06-27 03:45

RDKit | 基于不同描述符和指纹的机器学习模型预测logP

logP(油水分配系数)是确定化合物是否适合用作药物的最重要属性之一。当前，用于计算机预测logP的大多数可用回归模型都在实验测得的logP值（PHYSPROP数据库）。但是，该数据库中的大多数化合物并不高度代表药物样化学空间。不幸的是，当前缺乏可用于训练更好的预测工具的公开可用的实验logP数据集。此测试使用论文中发布的实验logP数据：“Large,chemicallydiversedatas
qq2648008726·2020-06-27 03:45

RDKit | 基于SMILES查找化合物的MACCS密钥

导入包fromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportMACCSkeysfromrdkitimportDataStructsimportnumpyasnp载入smiles并计算
qq2648008726·2020-06-27 03:45

RDKit | 删除方差低的描述符

背景基于由RDKit和mordred等描述符计算生成的特征进行化合物的机器学习时，由于特征数量大且存在过拟合的可能，因此有必要进行特征选择。
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RDKit | 化合物活性数据的不平衡学习

不平衡学习（Imbalancedlearning）不平衡数据的定义顾名思义即我们的数据集样本类别极不均衡，以二分类问题为例，数据集中的多数类为Smax，少数类为Smin，通常情况下把多数类样本的比例为100:1、1000:1，甚至是10000:1这种情况下为不平衡数据。为什么不平衡学习因为传统的学习方法以降低总体分类精度为目标，将所有样本一视同仁，同等对待，造成了分类器在多数类的分类精度较高而在少
qq2648008726·2020-06-27 03:45

RDKit | 化合物库的相似性分析

实例中使用SMILES文件，该分析可以以相同的方式从分子的SDF或其他格式文件中加载数据，只需确保使用适当的方法将分子加载到RDKit中。
qq2648008726·2020-06-27 03:44

RDKit | 基于PCA探索化学空间

导入库importosimportpandasaspdimportnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltfrommatplotlibimportgridspecfromrdkitimportChem
qq2648008726·2020-06-27 03:44

RDKit | 可视化重要片段

1.导入依赖库frommatplotlib.pyplotimportfigure,imshow,axisfromrdkitimportChemfromrdkit.ChemimportAllChemfromrdkitimportDataStructsimportnumpyasnpfromsklearn.metricsimportmean_squared_errorfromsklearn.metric
qq2648008726·2020-06-27 03:44

【RDKit】Python化学包RDkit的教程

Python化学包RDkit的教程官方地址教程读取文件对分子进行操作访问单个原子访问化学键化学特征提取官方地址http://www.rdkit.org/本文不再给出安装方法，读者可自行网上搜索。
Glimmer_r·2020-06-25 22:54

重新安装rdkit环境，悔不当初

前几天想法太简单了，想不到不仅仅是python2和3代码的区别，各种软件版本，各种运行报错，算了，老老实实用虚拟机了，安装linux版的rdkit环境。
qq_36710839·2020-06-25 11:34

rdkit + tensorflow numpy报错，因为numpy版本不正确

@TOCRDkit+tensorflow踩坑实录欢迎使用Markdown编辑器在conda环境中安装rdkit+numpy+tensorflow时，安装rdkit时的numpy是1.13.1版本的，而python3.6
moningxie3536·2020-06-24 15:22

RDKit|在PostgreSQL中进行分子相似性搜索

文章目录一、分子指纹计算二、相似性搜索三、自定义搜索函数一、分子指纹计算本文介绍在windows环境下，使用rdkit函数在postgresql数据库中进行相似性搜索。
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:32

RDKit|在PostgreSQL中进行分子结构搜索与查询

在windows上安装带rdkit插件的postgresql以及基本操作
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:31

RDKit|支持RDKit的PostgreSQL环境搭建与基本操作

文章目录一、环境配置1.windows下的安装与初始化2.用户设置与服务启动二、操作使用1.cmd操作2.python操作一、环境配置PostgreSQL是一个开源、可扩展的关系型数据库，rdkit官网文档里也是以
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:31

RDKit|分子基础操作与药效团查找

文章目录分子基础操作与药效团查找1.原子操作2.键操作3.环操作4.手动实现氧族药效团查找分子基础操作与药效团查找1.原子操作在rdkit中，分子中的每一个原子都是对象，可以通过原子对象的属性和函数来获取各种信息
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:31

RDKit|分子修改与编辑

文章目录一、初级篇1.氢原子显示与隐藏2.芳香键与kekule式转换二、高级篇1.Atom和Bond对象的编辑功能2.RWMol类的编辑功能一、初级篇1.氢原子显示与隐藏正常情况下，分子在rdkit中存储时
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:31

RDKit|分子片段、片段指纹与指纹重要性分析

在rdkit中提供了一系列用于分析、操作分子片段的工具。说起来比较抽象，操作起来也比较抽象。
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:01

RDKit|在化学反应中对原子进行保护

文章目录在化学反应中保护原子1.rxn文件创建反应2.保护目标原子在化学反应中保护原子本文是化学反应的进阶操作，关于使用rdkit进行化学反应的操作可以参考这篇文章。
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:01

RDKit|分子指纹提取、相似性比较及应用

MorganFingerprints(CircularFingerprints)二、相似性1.相似性比较2.相似性地图3.相似性应用——构建多样化分子库一、分子指纹提取1.TopologicalFingerprints也叫RDKittopol
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:01

RDKit|化学反应操作与处理

文章目录化学反应1.SMARTS创建反应2.rxn文件创建反应3.产物后处理化学反应Rdkit中提供了基于SMARTS的化学反应操作，可以通过SMARTS或rxn反应文件构建反应模式，再对指定的反应物进行匹配
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:01

RDKit|化学特征、药效团提取与2D药效团指纹计算

化学特征（chemicalfeatures）2.FDef文件语法三、2D药效团指纹1.编码原理2.参数设置3.生成2D药效团指纹4.修改FDef设置5.Gobbi2D药效团指纹一、化学特征和药效团提取Rdkit
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:01

RDKit|分子子结构的删除、替换与切割

文章目录分子子结构操作1.删除子结构2.替换子结构3.切掉侧链4.切掉母核5.其他分子切分方法分子子结构操作RDKit包含了一些修改分子的函数，这些函数可以方便地对分子进行子结构删除/替换等操作。
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:00

RDKit|摩根分子指纹计算、提取与可视化

文章目录一、摩根分子指纹计算1.简介2.SparseIntVects3.ExplicitBitVects4.FCFPs5.更多泛化二、摩根分子指纹提取1.提取方法一2.提取方法二三、指纹可视化一、摩根分子指纹计算1.简介摩根分子指纹（MorganFingerprints），是一种圆形指纹，也属于拓扑型指纹，是通过对标准的摩根算法进行改造后得到。可以大致等同于扩展连通性指纹（Extended-Con
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:00

RDKit|分子3D构象生成与优化

文章目录一、构象生成算法概述1.基于距离（distance-based）2.基于知识（knowledge-based）二、代码实现1.添加氢原子2.距离几何算法生成3D结构3.距离几何+ETKDG生成3D构象4.距离几何+ETKDG生成多构象5.距离几何+ETKDG+MMFF生成3D构象6.距离几何+ETKDG+MMFF生成多构象7.多线程生成多构象三、结语一、构象生成算法概述先来了解两种rdki
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:00

RDKit|一站式搞定分子读取、输出、可视化

文章目录一、简介二、读取分子2.1.读SMILES/SMARTS2.1.1.直接读字符串2.1.2.文件批量读取2.1.3.文本批量读取2.1.4.DataFrame批量读取2.2.读.sdf2.2.1.文件批量读取2.2.2.压缩包批量读取2.3.读.mol2.4.读.mol22.5.读其他格式：pdb,fasta,peptide,...三、输出分子3.1.输出SMILES/SMARTS3.1.
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:00

扩展连通性指纹（Extended Connectivity Fingerprints，ECFPs）原理介绍

listofintegeridentifiers）2.定长比特串（fixed-lengthbitstring）六、生成流程1.初始化原子标识符2.标识符的迭代更新3.标识符去重七、参数设置1.主要参数2.原子属性八、功能基指纹九、特征可视化十、rdkit
最会设计的科研狗·2020-06-23 05:00

RDkit 从入门到放弃（0）

在毕业前夕找工作的时候，点开了一直关注的计算化学和化学信息学领域的岗位，发现清一色的需要RDkit工具的使用经验。
Ovalene·2020-06-22 02:56

RDKit安装和使用

写在前面的话Rdkit是干个什么呢，RDkit是一款开源化学信息学与机器学习工具包，提供C++和python的API接口。
君的名字·2020-06-21 21:59

RDKit入门教程(2)——利用RDKit获取分子指纹

基于RDKit获取分子指纹分子指纹（化学指纹，ChemicalFingerprinting）：将化学分子的特征利用二进制表示，如MDL公司开发的MACCSkeys指纹。
慕蒿·2020-06-21 15:24

RDKit toolkit实战三：描述符计算及可视化

DescriptorCalculation&VisualizationofDescriptorsLinux（CentOS7_x64位）系统下安装RDkit(修正)点击打开链接RDKittoolkit实战演练学习一下
qq2648008726·2020-06-21 08:49

RDKit：基于RDKit的溶解度预测的机器学习模型

基于RDKit和Python3的化合物溶解度的机器学习模型小案例。
qq2648008726·2020-06-21 08:49

RDKit | RDKit分子结构图的详细说明

RDKit中有多个绘制引擎，通过使用不同的方法绘制的结构在外观上有所不同。这次将深入研究RDKit的结构图，并说明SVG格式的绘制方法，该方法自2015.03更新起可用。
qq2648008726·2020-06-21 08:49

RDKit | 化合物描述符向量化及部分结构检索

很重要因为它提供了可以批处理数据而不需要写任何for循环，叫做vectorization；化合物描述符向量化及相似性检索导入库importpandasaspdfromnumpyimportvectorizeasvecfromrdkitimportChemfromrdkit.Chem.DrawimportIPythonConsolefromrdkit
qq2648008726·2020-06-21 08:48

“RDKit | 化学信息学与AI”专栏介绍及专栏内容分类（持续更新......）

“RDKit|化学信息学与AI”专栏介绍介绍RDKit相关知识点和运用以及RDKit作为处理化学、生物、药学和材料学科中分子数据作为可输入机器学习和深度学习模型的重要工具应用。
qq2648008726·2020-06-21 08:48

DGL & RDKit | 基于Attentive FP的分子性质线性模型

基于分子图的深度学习在化学和药物领域非常热门。2019年8月13日JMC（JournalofMedicinalChemistry）刊登了一篇文章“PushingtheBoundariesofMolecularRepresentationforDrugDiscoverywiththeGraphAttentionMechanism”，介绍了一种基于注意力机制的图神经网络模型（AttentiveFP）。
qq2648008726·2020-06-21 08:48

RDKit | 基于RDKit从分子中提取3D药效团特征

从分子中提取3D药效团特征导入库importosfromrdkitimportGeometryfromrdkitimportRDConfigfromrdkit.ChemimportAllChemfromrdkit.ChemimportChemicalFeaturesfromrdkit.Chem.Pharm3DimportPharmacophore
qq2648008726·2020-06-21 08:17

DGL | 基于深度图学习框架DGL的分子图生成

环境准备PyTorch：深度学习框架DGL：用于图上的深度学习，支持PyTorch、MXNet等多种深度学习框架RDKit：用于构建分子图并从字符串表示形式绘制结构式分子生成与JunctionTreeVAE
qq2648008726·2020-06-21 08:16

RDKit | 基于RF和SVM的溶解度预测模型比较

随机森林与支持向量机随机森林目的随机森林是一个用随机方式建立的，包含多个决策树的分类器。其随机性主要体现在两个方面：(1)训练每棵树时，从全部训练样本(样本数为N)中选取一个可能有重复的大小同样为N的数据集进行训练(即BootStrap取样)；(2)在每个节点，随机选取所有特征的一个子集，用来计算最佳的分割方式。优点能够处理高维(即特征很多)的数据，并且不用进行特征选择，是随机选择的。训练结束后，
qq2648008726·2020-06-21 08:16

RDKit | 基于RDKit描述三维分子形状（3D描述符）

近年来，表达分子的三维特征变得越来越重要。已经提出了许多3D描述符，这次将介绍它们中经常使用的三个，Fsp3，PMI和PBF。Fsp3是分子复杂性的指标二甲基吡啶及其不饱和化合物二甲基哌啶中可以存在多少种异构体？答案是前者有5种，而后者有34种，包括旋光异构体。由于分子量几乎相同，因此简单地将芳族化合物更改为脂肪族化合物会增加分子的复杂性，并大大扩展了化合物可以覆盖的化学空间。2009年，Love
qq2648008726·2020-06-21 08:16

rdkit.Chem.rdMolDescriptors module

rdkit.Chem.rdMolDescriptorsmoduleModulecontainingfunctionstocomputemoleculardescriptorsclassrdkit.Chem.rdMolDescriptors.AtomPairsParameters
Aistra·2020-06-21 04:13

RDKit|分子描述符计算与可视化

文章目录一、描述符计算模块1.rdkit.Chem.Lipinski模块2.rdkit.Chem.Descriptors模块3.rdkit.ML.Descriptors.MoleculeDescriptors
最会设计的科研狗·2020-06-21 01:27

DGL & RDKit|基于GCN与基于3D描述符的分子溶解度预测模型对比

GCNGCN:图卷积神经网络（GraphConvolutionalNetworks）图卷积的原理处理图形或网络的数据形式存在许多重要的实际问题，如社交网络、知识图形、蛋白质相互作用网络和分子图形等。然而，将深度学习应用于这些图形数据是非常重要的，因为它具有独特地图特征。人们非常关注神经网络模型对这种结构化图形数据的概括。过去的几年中，许多论文重新讨论推广神经网络以处理任意结构化图形的问题。下面的小
qq2648008726·2020-06-20 21:42

DGL & RDKit | 基于GCN的多任务分类模型

用于图上的深度学习，支持PyTorch、MXNet等多种深度学习框架RDKitRDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包，提供C++和python的API接口。
qq2648008726·2020-06-20 21:11

RDKit|分子片段、片段指纹与指纹重要性分析

在rdkit中提供了一系列用于分析、操作分子片段的工具。说起来比较抽象，操作起来也比较抽象。
最会设计的科研狗·2020-05-20 19:00

化学信息包安装

安装化学信息包RDKit以及ChemoPy(pychem)，入了很多坑，发现自己对Python的掌握尚有不足，但最终还是成功将RDKit包以及ChemoPy包成功安装，并能够使用。
圆梦巨人·2020-02-08 15:00

sdf转smi

fromrdkitimportChemsmi=Chem.MolToSmiles(Chem.SDMolSupplier(sdf_path)[0])
数学工具构造器·2019-09-10 16:59

RDKit toolkit实战二：Generating Similarity Maps Using Fingerprints

RDKit的rdkit.Chem.Draw.SimilarityMaps模块中提供了相关方法。
AspirinCode·2019-06-27 15:48
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