RNA-SEQ 第17页

List of RNA-Seq bioinformatics tools #源自维基百科

QualitycontrolandfilteringdataQualityassessmentisessentialtotheoverallcomprehensionofRNA-Seq,aswelltoguaranteethatdataareintherightformatandsuitableforthenextanalyses.Often,isnecessarytofilterdata,rem

Ada_Corner·2020-02-18 13:08

RNA_seq（1）植物转录组差异基因分析简单练习

工具完成索引建立和生物学定量subread工具完成序列比对和定量DESeq2差异基因分析总结一、概述练习数据：数据来源于拟南芥，共16个样本，处理分为4组（0day,1day,2day,3day）练习目的：熟悉两套RNA-seq

CS_yujia·2020-02-18 10:45

RNA-seq分析流程

概览Tophat回贴基因组Cufflinks拼接转录本Cuffmerge整合转录本Cuffdiff计算转录本表达量使用R绘制热图绘制维恩图Tophat回贴基因组首先，我们需要将reads回贴至基因组，Tophat首先利用Bowtie将reads回贴至基因组，然后就可以发现基因组上有reads堆叠区域，其可能是一个外显子。然后根据经典剪切点有AG、GT这样的剪切点标记，找到可能的剪切组合，最后将那些

yangmqglobe·2020-02-18 01:27

biostar handbook(八)|高通量数据分析初步：序列比对

高通量短读比对工具在过去的十几年里，随着高通量测序(HTS)成本降低，出现了各种测序概念,DNA-Seq,ChIP-Seq,RNA-Seq,BS-Seq覆盖了研究领域的方方面面。

徐洲更hoptop·2020-02-17 12:40

RNA-seq无比对直接定量(Kallisto - sleuth流程)

RNA-seq数据下载数据来自文献：AnRNA-Seqtranscriptomeandsplicingdatabaseofneurons,glia,andvascularcellsofthecerebralcortex

宇天_ngs·2020-02-17 07:28

转录组入门学习（四）

今天进行序列比对课程的学习序列比对1.无参转录组1.1使用拼接工具组装转录本trinity1.2trinity提供了一整套RNA-seq分析思路和流程RNA-seq初学者绝佳入门软件RNA-seq进阶者绝佳参考资料

posLight·2020-02-17 03:23

RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别

浅谈RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别在RNA-Seq的分析中，我们常用RPKM、FPKM和TPM作为转录组数据定量的表示方法。

天明豆豆·2020-02-16 22:07

RNA-seq流程[基因组和注释文件下载]

有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC(http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html)3.Ensemble（http://asia.ensembl.org/index.html?redirect=no）4.GENCODE（https://www.genc

Alex_cactus·2020-02-16 02:15

Week22-以实验为主的文章是怎么去验证一个lncRNA的功能和机制

Longnon-codingRNA-dependentmechanismtoregulatehemebiosynthesisanderythrocytedevelopmentdoi:10.1038/s41467-018-06883-x.2018年10月发表在NatCommun.导读这是一篇以实验为主的文章，通过RNA-seq

六六_ryx·2020-02-15 23:16

STEP3:了解参考基因组及注释文件

下载原始测序数据：在GEO数据库搜索GSE87182,这里没有直接给出ftp地址，需要先从BioProject找到SRA号，可以得到RNA-Seq的SRA的accession_list，共64组数据（SRA

六六_ryx·2020-02-15 09:55

RNA-seq项目设计：生物学重复和单个样本测序量对结果的影响

id=60在RNA-seq项目设计过程中，老师经常会问两个问题：1）低丰度的基因是否能够被

wangprince2017·2020-02-13 18:51

sam和bam格式文件的shell小练习

经过一段时间的学习，不断的逛生信菜鸟团和生信技能树对RNA-SEQ有个基本的了解，于是静下心来做下作业。

鱼啸九天·2020-02-13 14:10

Single cell RNA-seq

10Xplatformhttps://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latesthttps://scanpy.readthedocs.io/en/latest/examples.htmlhttp://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/megacell_tu

zhoujj2013·2020-02-12 05:02

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(一)

前言今天与大家分享学习的是《AnalysisofsinglecellRNA-seqdata》这本书，这本书着重介绍了单细胞RNA-seq的下游分析，注重介绍R包的使用，和单细胞RNA-seq的分析的一般流程本书一共分为

小潤澤·2020-02-11 22:06

RNA-Seq差异表达分析-扩展综述及新工具

转录组的高通量测序（RNA-Seq）是研究当前问题的一个主要策略。因此，利用RNA-Seq数据进行差异分析的方法和软件在近些年得到了长远的发展。

LeoinUSA·2020-02-11 22:26

2019-09-02R包第二天：差异分析包（二）DEseq2

本文转载自:presentlife的、括囊无誉的建议直接跳转：康君爱上了蕊酱的摘要测序产生的数据内容为，每个样本中，每个基因分配到多少个测序片段，各种类型的测序（RNA-seq，CHIP-Seq，HiC

一只烟酒僧·2020-02-11 10:37

如何使用GEOquery和limma完成芯片数据的差异表达分析

如何分析芯片数据我最早接触的高通量数据就是RNA-seq，后来接触的也基本是高通量测序结果而不是芯片数据，因此我从来没有分析过一次芯片数据，而最近有一个学员在看生信技能树在腾讯课堂发布的课程GEO数据库表达芯片处理之

徐洲更hoptop·2020-02-11 00:49

2019-11-19

待整理：现在，RNA-seq已经被应用到不同的研究方向（如图1.2），比如：基因和剪接异构体表达水平的估计，差异表达分析，剪接事件分析，寻找新剪接异构体，检测非编码RNA和融合基因（genefusion

湖红点鲑·2020-02-10 14:24

RNA测序中多少生物学重复合适

RNA测序中多少生物学重复合适来源:生物谷时间:2018/8/2015:08:00浏览人数:331RNA-seq（RNA测序技术）和微阵列芯片技术是基因表达研究用到的两种手段，两种技术手段各有优势，例如RNA-seq

wangprince2017·2020-02-09 18:55

RNA-seq小考核

按照我们带领10万人入门生物信息学的经验来看，RNA-seq基础数据分析无疑是最适合初学者的，我们划分好了8个部分：[link]https://mp.weixin.qq.com/s/UudD1ZhKaFPvwugUBL7z3A

mayoneday·2020-02-09 08:03

RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程(2018-05-28)

原文转自：RNA-seq:TopHat2+Cufflinks分析流程(2015-06-0917:21:42)1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/

简单点lili·2020-02-09 00:38

RNA-seq表达数据之样本PCA分析

Principalcomponentanalysis(PCA)分析主成分分析(PCA)帮助我们归纳总结和可视化数据集中的信息，这些数据包含由多个相互关联的变量描述的个体/观察主成分分析。可以将每个变量视为不同的维度。但如果您的数据集中有3个以上的变量，那么很难在多维超空间可视化。主成分分析是用来从一个多变量数据表中提取重要信息，并将这些信息表示为一组称为主成分的新变量。这些新的变量相当于原始数据的

Kenmly墨雲·2020-02-08 21:19

WGS,WES,RNA-Seq与ChIP-seq之间的异同

转自：https://www.plob.org/article/10918.html1基础概念平均测序深度：指定区域内得到的所有碱基数目与该区域的长度的比值，如果是全基因组，就是整个测序的碱基数目除以基因组的大小。比如人类的基因组大小是3G(30亿个碱基)，我的全基因组测序共8.9亿条150bp的reads，那么全基因组范围的平均测序深度就是8.9亿150/30亿~45X，这个概念很重要！*覆盖度

oddxix·2020-02-07 18:31

比对拼接出新的转录本(以拟南芥为例)

在RNA-seq分析中，有一个步骤是将比对好的片段(alignments)重新组装(assembly)成全长转录本(full-lengthtranscripts)。

不玩手机的蛇佬腔·2020-02-06 23:00

为什么说FPKM和RPKM都错了？

曾经（2015年），我接触了一个RNA-seq的项目，做完之后，我重新思考了FPKM和RPKM的计算，觉得它们很可能是不对的（当时是第一次接触RNA-seq数据，还不知道TPM的存在），后来查阅了一些文

黄树嘉·2020-02-06 13:03

RNA-seq：方兴未艾

文献信息本文是2019年7月份发表在《NatureReviewsGenetics》上的有关RNA-seq的综述文章。文献信息如下所示：Stark,R.,etal.(2019)."

backup备份·2020-02-06 12:04

第2周：RNA-seq数据分析最佳实践

TarazonaS,etal.AsurveyofbestpracticesforRNA-seqdataanalysis[J].Genomebiology,2016,17(1):13.1.摘要 RNA测序（RNA-seq

presentlife·2020-02-05 23:24

陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理RNA-seq的应用检测所有mRNA的表达量的差异；检测RNA结构差异：可变剪接、融合基因、基因但点突变导致的SNP第一部分：RNA-seq

冻春卷·2020-02-04 15:22

转录组拼接踩过的那些坑-原理

拼接基本原理拼接可以分为基因组和转录组拼接，基因组拼接对数据量和测序深度要求更好，而转录组用平时的RNA-seq数据就可以。目前手里更多的是RNA-seq数据，所以做的也是和转录组拼接相关的内容。

思考问题的熊·2020-02-02 15:51

R实战 | 用R也可以完成的RNA-Seq分析-5

本文将介绍RNA-seq基因富集分析的实战代码。

尘世中一个迷途小书僮·2020-02-02 12:36

R实战 | 用R也可以完成的RNA-Seq分析-1

最近看到一个在R上进行的RNA-seq分析流程，恰好自己也有过RNA-seq分析的经验，所以就想结合以前的经验分享这个流程出来。

尘世中一个迷途小书僮·2020-02-02 12:24

2020-01-31 RNA-seq 链特异性文库 lncRNA 理解

本次主要来理解一下什么是链特异性文库，为什么要构建这种文库。首先要明确几个概念，对理解后面的讲解很有帮助：基本概念正链（forwardstrand）:我们可以理解为拿到基因组，从左向右读过去，这条链就是正链。反链（reversestrand):反链就是与正链互补的链，因为DNA是双螺旋结果，有正链，就会有反链。正义链（sensestrand）：正义链也叫编码链，正义链的序列与mRNA的序列一样，即

小郑的学习笔记·2020-01-31 18:37

2020-01-28 全转录组测序研究思路

全转录组测序研究思路1.确定研究对象对照组&处理组；健康组&疾病组；癌组织&癌旁组织……2.应用RNA-seq获得4种RNA数据3.筛选差异表达的mRNA，lncRNA，miRNA，circRNA4.构建

my_derek·2020-01-30 03:30

2020-01-23 RSEM转录组RNA-seq测序分析实操

测序数据的质控和过滤见上一篇论文https://www.jianshu.com/p/0a8461b1ea7a本文涉及到的软件RSEM软件包RSEM(RNA-SeqbyExpectation-Maximization)http://deweylab.github.io/RSEM/安装：condainstall-cbiocondarsemTrinity软件包安装：condainstall-cbioco

xiaoguolaile·2020-01-23 14:10

【生信技能树】R语言练习题 - 高级

首先友情宣传生信技能树全国巡讲:R基础，Linux基础和RNA-seq实战演练:预告：12月28-30长沙站广州珠江新城GEO数据挖掘滚动开班题目来源：http://www.bio-info-trainee.com

猫叽先森·2020-01-08 14:08

StatQuest学习笔记26——RNA-seq中的技术重复问题

这篇笔记是视频教程的第62节，主要内容是讲RNA-Seq中的技术重复问题。是否需要技术重复前面有一篇笔记我们提到了技术重复与生物重复。但在RNA-Seq中，我们是否需要做技术重复呢？

backup备份·2020-01-08 09:40

2018-09-24 wes流程文件解读2

一、使用GATK前须知事项：对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如IonTorrent）或者实验设计（RNA-Seq

凤凰_0949·2020-01-08 01:45

高通量测序质控及可视化工具包RSeQC

本期介绍一个测序质控的工具包:RSeQC包,它提供了一系列有用的小工具能够评估高通量测序尤其是RNA-seq数据.比如一些基本模块;检查序列质量,核酸组分偏性,PCR偏性,GC含量偏性,还有RNA-seq

生信杂谈·2020-01-06 09:39

群体遗传学与重测序分析

分子层面对生物的研究，在个体水平上主要是看单个基因的变化以及全转录本的变化（RNA-seq）；在对个体的研究的基础上，开始了群体水平的研究。

研究僧小蓝哥·2020-01-05 18:32

snakemake分析双端测序的RNA-seq数据

上一次讲述了如何利用snakemake进行RNA-seq分析流程的构建：RNAseq分析流程：从测序Rawdata到Count输出，但是只针对单端测序数据。这次我又改进了一点，对双端测序结果也适用。

fqiang1024·2020-01-04 23:50

和大神学习RNA-seq

上周末参加了JIMMY大神的RNA-seq的学习，见到了大神，感觉自己的方法论有个了提升：工具的使用让自己的效率提高，也意识到了自我R语言的不足，和方法的不得当~下面就扔下自己的有参转录组的学习笔记吧~

生信要进步·2020-01-04 10:11

解析单细胞RNA-Seq Nature文章

这是我听孟浩巍知乎Live：生信进阶第1课-重复Nature文章和B站视频：高通量测序技术交流录像里的笔记哦~单细胞RNA-Seq研究肺癌目录：文章的主要结论解读传统RNA-Seq建库方法几种主要的单细胞

黄晶_id·2020-01-04 08:20

dtangle:基于反卷积的表达谱分解确定细胞组分

dtangle是一个对RNA-seq或微整列数据进行反卷积分解确定样本细胞组分的R包，我们通过一个实例来表明如何使用：安装dtangle:inst

生信杂谈·2020-01-02 17:34

RNA-seq workshop-Day 1

Day1.jpg本周的DataWorkshop又开始了，这次将围绕着以R语言为工具，进行RNA-seq和ScRNA-seq的分析。

猪猪头看世界·2020-01-01 02:20

几种标准化方法的学习笔记

不管在RNA-seq还是ChIP-seq分析中，都涉及到一个概念，就是标准化。作为一个刚入门的小白，总是听王院长和其他熟悉生信分析的同学们强调标准化的重要性。为什么说它重要呢？

生信start_site·2019-12-31 12:46

金黄葡萄球菌RNA-seq数据分析

注：已经有了fastq.gz格式数据，一个对照，一个突变株，每个处理三个重复。1fastqc进行质量控制+结果解读#将所有的数据进行质控，得到zip的压缩文件和html文件fastqc-o.*.fastq.gzStartedanalysisofD1_R1.fastq.gzApprox5%completeforD1_R1.fastq.gzApprox10%completeforD1_R1.fastq

Y大宽·2019-12-30 11:19

Analyzing single-cell RNA-seq data containing UMI counts

AaronT.L.Lun1,DavisJ.McCarthy2,3andJohnC.Marioni1,2,41CancerResearchUKCambridgeInstitute,LiKaShingCentre,RobinsonWay,CambridgeCB20RE,UnitedKingdom2EMBLEuropeanBioinformaticsInstitute,WellcomeGenomeCam

周运来就是我·2019-12-29 10:39

链特异建库那点事

RNA-seq基本流程下图是一个大概的R

生信技能树·2019-12-27 17:31

TCGA数据库里面的乳腺癌样本RNA-seq数据配对的

灵感来自于2008和2009年Venables做的工作，用传统的RT-PCR来分析可变剪切Recently,Venablesetal.usedRT-PCRtoscreen600cancer-associatedgenes[18]and2168alternativelysplicedexons(ASEs)[19]inhumanbreasttumorsversusnormalbreasttissues

生信技能树·2019-12-27 11:38

文献积累（1）CircRNA

TheLandscapeofCircularRNAinCancer图片.png图片.png1.外显子捕获技术RNA-seq技术优于Ribo-Zero2.PRAD和BRCA受激素调节影响与转录因子有极大相关性

清晨起床满满正能量_Go·2019-12-26 20:17

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