RNA-SEQ 第18页

NGSCheckMate: 验证相同和不同维度 NGS 数据的一致性

NGSCheckMate当一个NGS项目中对同一个样本进行了WGS和RNA-seq测序，或者对同一个肿瘤患者的肿瘤组织和癌旁组织同时进行WGS/WES/RNA-seq/Chip-seq测序，或者由于第一次测序数据量不够而进行加测得到了两批数据

wangpeng905·2019-12-26 17:56

RNA-seq(2)-2:下载数据

这节按生信技能树的要求进行数据下载，同时下载一组肝癌数据。文章：AKAP95regulatessplicingthroughscaffoldingRNAsandRNAprocessingfactors.NatCommun2016Nov8;7:13347.PMID:27824034很容易在文章里面找到数据地址GSE81916这样就可以下载sra文件作业，看文章里的methods部分，把它用到的软件和

Y大宽·2019-12-26 06:07

不一样的RNA-Seq生存分析,看完必有收获

本篇教程来自Biostars的一篇帖子：https://www.biostars.org/p/153013/，内容涉及TCGARNASeq及ClinicalData数据整理和生存分析（总生存期和DFS）。数据下载原文中的数据来自FireBrowse，我已经下载好：http://58.58.190.9:12345/s/48lUeSCIrIbQiez，下载解压后两个文件夹Clinical和RNA,解压

Angeladaddy·2019-12-25 15:09

RNA-seq 中生物重复与测序深度的权衡

RNA-seq可以从核酸层面为各种生物研究提供支持，最常见的就是实验处理下差异表达基因的筛选；并且随着测序成本减少，RNA-seq已经是大多数实验的标配。

_eason_·2019-12-25 02:41

RNA-seq(2)-1:原始数据下载的几种方法

HowtodownloadAllSradataAtOnceSRA:SequenceReadArchive:ItbelongstoNCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation),isadatabasestoringhighthroughputsequencing(HTS)rawdata,alignmentinformationandmetadata.A

Y大宽·2019-12-24 16:27

BBQ(生物信息基础问题31)：RNA-Seq建库用哪种策略？

今天我们讨论的是RNA-Seq建库策略问题，我们来思考一下如何对RNA进行测序呢？Q1：现在可以直接对RNA的序列进行测序吗？

liu_ll·2019-12-24 11:56

RNA-seq

媛媛_生信·2019-12-23 22:07

哈佛DEG课程--1.差异分析的设置和概述

DGE_workshop/lessons/01_DGE_setup_and_overview.html（今天状态不佳，加上统计学基础不怎么样，如有错误请指出，我将在中更新）学习目标解释实验及其目标描述如何在R中设置RNA-seq

小洁忘了怎么分身·2019-12-22 10:00

二代测序与RNA-seq

第二代DNA测序技术大规模平行测序平台（massivelyparallelDNAsequencingplatform）的出现不仅令DNA测序费用降到了以前的百分之一，还让基因组测序这项以前专属于大型测序中心的“特权”能够被众多研究人员分享。新一代DNA测序技术有助于人们以更低廉的价格，更全面、更深入地分析基因组、转录组及蛋白质之间交互作用组的各项数据。市面上出现了很多新一代测序仪产品，例如美国Ro

小武子·2019-12-22 07:26

芯片数据的标准化方法（2002年文献）

感觉芯片分析很多原理不是很懂，2002年的这篇文献介绍标准化思想在RNA-seq和芯片分析中都得到了广泛应用，其中并不涉及复杂的统计学公式，读完后有豁然开朗的感觉，原来最初的标准化原理不过如此文章地址为

x2yline·2019-12-22 05:29

【转录组-2】RNA-seq实验流程

感谢公众号关注：oddxix有问题，欢迎后台提出RNA-seq实验流程image总RNA提取得到样品后需要进行样品检测样品检测琼脂糖凝胶电泳仪器检测合格样品检测图，集中在一个或两个峰不合格样品检测图image

oddxix·2019-12-21 11:48

GEO数据下载分析（SRA、SRR、GEM、SRX、SAMN、SRS、SRP、PRJNA全面解析）

很多时候我们需要从GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）下载RNA-seq数据，一个典型的下载页面是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo

生信义博·2019-12-21 03:59

FLASH 合并双端测序reads

FLASH也适用于RNA-seq数据。#1.FLASH

_eason_·2019-12-19 14:12

kallisto | bustools: 单细胞数据分析不止cellranger！

KristjánEldjárnHjorleifsson,JaseGehringandLiorPachter,Modularandefficientpre-processingofsingle-cellRNA-seq,bioRxiv,2019对单细胞RNA-Seq

周运来就是我·2019-12-19 12:55

使用MuSiC分析bulk RNA-seq中的细胞组分

我们之前已经介绍过如何《使用xcell根据表达谱推断样本组成细胞的类型》，具体思路就是根据已知细胞系的表达谱，计算每种类型细胞的特征基因表达，然后评估待检测样本与特征基因之间的关联。今天介绍的这款工具MuSiC其具有更高的可靠性和自由度。 MuSiC主要利用不同细胞类型的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，挖掘其中的特异性基因，进而通过反卷机算法表征复杂组织中bulkRNA-seq的

生信杂谈·2019-12-18 13:24

第二次RNA-seq实战总结(3)-用DESeq2进行基因表达差异分析

DESeq2是一个用于分析基因表达差异的R包，具体操作要在R语言中运行1.R语言安装DESeq2>source("https://bioconductor.org/biocLite.R")>biocLite("DESeq2")2.载入基因表达量文件，添加列名>setwd("C:\\Users\\18019\\Desktop\\counts")>options(stringsAsFactors=FA

孤独巡礼_435a·2019-12-16 21:17

GO，KEGG，DO富集分析

这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略....市面上公司做RNA-Seq的一般流程是

黄晶_id·2019-12-16 08:13

RNA-seq(5):序列比对：Hisat2

比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2(官网https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml），并且搞懂它的用法。直接去hisat2的主页下载index文件即可，然后把fastq格式的reads比对上去得到sam文件。接着用samtools把它转为bam文件，并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好，载入IGV，再

Y大宽·2019-12-16 08:07

第9章单通道实验设计

RNA-Seq的新技术也会生成单通道数据，因此本章中的所有内容都可以在使用voom函数预处理数据后应用于RNA-Seq分析[15]。单通道数据可能与普通单变量线性模型或方差分析非常相似。

yangliunk1987·2019-12-15 16:00

BETA转录因子与表达关联分析

今天介绍和测试这款关联ChIP-seq、RNA-seq分析软件，BETA（BindingandExpressionTargetAnalysis)。

浩渺予怀·2019-12-15 07:18

黄盖鲽响应低盐度胁迫的鳃部转录组分析（转载）

Transcriptomeproﬁlingofthelow-salinitystressresponsesinthegillsofthejuvenilePseudopleuronectesyokohamae黄盖鲽响应低盐度胁迫的鳃部转录组分析期刊：ComparativeBiochemistryandPhysiology发表单位：大连海洋大学导读思路：动物实验及RNA-seq

湖红点鲑·2019-12-14 02:07

ChIP-seq详细分析流程

数据下载：数据存放地址关于环境配置和软件安装请参考我之前的RNA-seq分析流程-------------------------------------------1软件安装及环境配置2sra数据下载

Y大宽·2019-12-13 18:37

STEP4: 得到表达矩阵的流程

可以参考：一个植物转录组项目的实战http://www.bio-info-trainee.com/2809.html这是RNA-Seq上游分析的大致流程，比对+定量。

六六_ryx·2019-12-13 08:16

老大哔哩哔哩-chip_seq视频

chip-seq参考的资料-三个链接总结目录一不小心就把ChIP-seq数据分析教程给写完了一个系列第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析（本系列完结，内附目录）给学徒ChIP-seq

小梦游仙境·2019-12-13 05:12

【生信技能树】VCF格式文件的shell小练习

首先友情宣传生信技能树全国巡讲:R基础，Linux基础和RNA-seq实战演练:预告：12月28-30长沙站广州珠江新城GEO数据挖掘滚动开班题目来源：【生信技能树】VCF格式文件的shell小练习首先使用

猫叽先森·2019-12-09 10:15

了解GRO-seq

GRO-seq是RNA-seq的衍生品，旨在通过直接检测新生RNA产物来衡量转录本的表达量。

浩渺予怀·2019-12-07 15:21

KnockTF:转录因子敲出/低的表达谱整合性数据库

生信杂谈·2019-12-06 16:41

使用inferCNV分析单细胞转录组中拷贝数变异

inferCNV用与探索肿瘤单细胞RNA-seq数据，分析其中的体细胞大规模染色体拷贝数变化(copynumberalterations,CNA),例如整条染色体或大片段染色体的增加或丢失(gainordeletions

徐洲更hoptop·2019-12-01 17:17

RNA-seq完整分析过程

linux基本命令第六章Linux文件与目录管理极客学院服务器高通量相关基础知识生信一百讲1、AnacondaAnaconda是一个Python下和Canopy类似的的科学计算环境，但用起来更加方便。自带的包管理器conda也很强大，可以解决大多数软件的安装和配置1-1、conda的安装Conda官网https://conda.io/docs/index.htmlmkdirbio_soft##创建

二货潜·2019-11-30 15:21

deepTools 使用指南

deepToolsdeepTools是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq,RNA-seq或MNase-seq。

_eason_·2019-11-29 14:50

【陈巍学基因-2】RNA-seq

生物信息分析表达差异（1）火山图展示（2）聚类分析（3）GO分析（4）Pathway分析（KEGG分析）结构变异（1）可变剪接（2）融合基因（3）点突变RNA高通量测序（RNA-sequencing,缩写为RNA-seq

oddxix·2019-11-07 19:20

RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)

============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？》============================================序走到这一步，似乎顺畅了许多，最主要时间不用花费那么多了。另外，以前曾经处理过不计其数的芯片，挑选差异表达基因，筛选关键基因，功能富集，还有基于全部数据的WGCNA(当然你

Y大宽·2019-11-05 21:27

(3)转录组之数据质控

质控比较简单，简单到有时你都注意不到他，看看Jimmy老司机是怎么翻车的吧《一个RNA-seq的反思》，或许你将对简单会有不一样的理解。

ZG_N1·2019-11-04 10:07

2017-07-04

流程是先做一遍正常的RNA-seq的数据。序列比对使用的软件是HISAT2软件，和bowtie2是一样的。

LuCky0_0·2019-11-02 19:57

A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南

AsurveyofbestpracticesforRNA-seqdataanalysis,我把它叫做RNA-seq数据分析指南。

wangprince2017·2019-11-01 19:25

WES-全外显子分析需知

andDataManagementfortheBioinformaticsAnalysisofWholeExomeSequencing》imageSomethingshouldbetold二代测序应用包括，DNA-seq，RNA-seq

Juan_NF·2019-10-21 09:42

2019-10-13-周末班-表观调控技术day1-2

本次线下班涉及内容NGS组学RNA-seq学徒第2周，RNA-seq数据分析实战训练https://mubu.com/doc/38y7pmgzLgChIP-seq学徒第4周，ChIP-seq数据分析实战训练

程凉皮儿·2019-10-13 21:28

RNA-seq分析（上）DESeq&MA_src

##接featureCounts的基因表达水平的分析结果suppressMessages(library(DESeq2))setwd("F:/RNA_learning/")rm(list=ls())count_tab1,]dds22或2|resDF_noNA$log2FoldChange<-2)]##热图pheatmapnr_resDF=na.omit(resDF)suppressMessages

tianzhanlan·2019-10-10 21:15

以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（上篇）

BSA虽然不是我最早接触的高通量数据分析项目（最早的是RNA-seq），但是却是我最早独立开展的数据分析项目，我曾经专门写过一篇文章介绍如何使用SHOREMap做拟南芥的EMS诱变群体的BSA分析在遗传定位上

徐洲更hoptop·2019-10-04 10:15

2019-10-03-练习使用limma、Glimma和edgeR，做RNA-seq数据分析

为了完成学徒任务：HCC，CHC，CC这3组，跟healthy的分开比较，然后3个火山图具体题目参考https://www.jianshu.com/p/d521459ae1d0操作方法参见https://www.jianshu.com/p/f635f60e1c8a1.初始配置rm(list=ls())options(stringsAsFactors=F)library(limma)library(

程凉皮儿·2019-10-04 00:56

跟着大神学生信 Jimmy RNA-Seq

暴躁版制约我们的是热情吗？是知识吗？不，是网速啊，阿西吧！1获取SRA号——自己读文献，去pubmend搜2下载数据catSRR_Acc_List.txt|whilereadid;do(prefetch${id});done别试了，龟速，下不下来，请愉快的打上一个&然后洗洗睡吧jimmy贴心的给了一个kill命令的代码ps-ef|grepprefetch|awk'{print$2}'|whiler

致知_5974·2019-10-03 22:27

Circular RNA的产生机制、功能及RNA-seq数据鉴定方法

AIPuFu·2019-10-02 21:00

生信分析01 名词扫盲

1.高通量测序：高通量测序技术的应用转录组测序（RNA-Seq）：研究细胞表现和功能；甲基化测序：表观遗传学标记信息；外显子组测序（Exome-Seq）：研究定向富集的DNA；染色质免疫沉淀-深度测序（

风远陌·2019-09-29 11:28

转录组测序2

随着新一代测序平台的市场化，RNA测序(RNAsequenclng，RNA-Seq)技术已成为了转录组学研究的重要手段之一。

海糖糖儿·2019-09-20 14:15

单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)及细胞分离技术分类汇总

其中转录组测序（RNA-seq）被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。

AIPuFu·2019-09-07 15:00

GATK Best Practices for RNA-Seq

本文讲展示如何使用GATK官方提供的BestPractice对群体RNA-Seq数据进行变异检测。所需要的工具STARsambambaGATK(v3.7orv3.8)pica

Zhai1994·2019-08-17 21:28

有参转录组分析

1hisat21.1介绍•总体上来说HISAT利用了BWA和Bowtie的算法，同时解决了mRNA中不存在内含子难以比对的问题，比对上代主流RNA-seq比对工具能快50倍，同时需求更少的内存chrX.ss

nnlrl·2019-07-17 10:39

单细胞数据分析||Bioinformatics analysis of single-cell RNA-seq data

单细胞数据的一个特点是数据量比较大，这里的数据就是表达谱，一个样本的表达谱就有成千上万的细胞以及每个细胞的UMI，所以这是一张大表。但是大表并不代表大数据，他两个不是一对一的直接关系，这个表其实结构还是蛮简单的：cell-gene表，并没有其他类型的数据。但是要做的好肯定不能仅限于一个矩阵，还要结合其他数据，同事关于单细胞数据的分析软件以及平台也在不断涌现，比如本文就出现sc-RNA-seq+VR

周运来就是我·2019-06-23 09:34

生信技能树线上课程：RNA-seq

写在前面很荣幸参加生信技能树全国巡讲-第一站-重庆站的RNA-seq线下培训课程。以下为线下课结合线上课所做的笔记，希望能帮到你。

泥人吴·2019-06-08 16:45

RNA-seq汇总（分析+工具+GATK流程）

RNA-seq分析流程不得不提的一篇文献Sahraeian,SayedMohammadEbrahim,etal."

晓佥·2019-06-03 10:05

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