RNA-SEQ

39个转录组分析工具，120种组合评估

RNA-seq工具哪家强RNA-seq分析工具知多少RNA-seq是研究转录组应用最广泛，也最重要的技术之一。
生信宝典·2020-07-28 13:20

单细胞测序分析之Seurat（3.0）包学习笔记

Seurat是一个用于质量控制、分析和探索单细胞RNA-seq数据的R包。Seurat使用户能够鉴定和解释来自单细胞转录本测定的异质性来源，并可以整合成多种类型的单细胞数据。
生信start_site·2020-07-28 12:08

RNA-seq分析(Fastqc+Trimmomatic+STAR+HTseq-count+DESeq2)

最近做RNA-seq，正好把流程整理下，也希望分享和相互学习。具体将以Fastqc+Trimmomatic+STAR+HTseq-count+DEseq2的流程来进行。
theomarker·2020-07-28 12:12

RNA-Seq HISAT+ HTSeq + DESeq2流程 及测序深度和质控问题讨论

数据基于BGISEQ500SE50cleandata约1.XG，20+Mreads。SE5020M是否够？对基因定量足够。理由：1，测序饱和度（随reads数增加，检测到的基因数随之上升。但当测序量达到一定区间后，基因数变化不明显）。2，如果要检测isoform等信息，需要PE150或PE100（6G数据），但仅仅定量SE5020M已经够了。1，FastQC质控FastQC-t2XX.fq.gz’
theomarker·2020-07-28 12:12

scanpy分析单细胞数据

R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据（尤其是超过250k的细胞量），即使在服务器当中运行，Seurat、metacell、monocle
z赵云飞·2020-07-28 11:15

2019-03-10 转录组分析 之教训 1

这次分享的这个教训就是关于链特异性建库RNA-seq数据，我按照hisat2->s
_蜗_牛·2020-07-27 13:23

10X 靶向单细胞基因表达测序|| Panel文件与基本结果

靶向基因表达技术主要针对在测序前直接从单细胞RNA-seq库中富集的相关靶向基因。通过杂交捕获特异性富集感兴趣的靶向分子，使靶向基因表达能够在显著降低测序深度的情况下提供关于靶向基因表达的增强信息。
周运来就是我·2020-07-19 09:02

利用DESeq2来分析RNA-seq的数据Analyzing RNA-seq data with DESeq2

前情提要：实现Stingtie与DEseq2的无缝连接RNA-seq数据分析下文是将StringTie产生的数据利用DESeq2进行处理。
Luster_Li·2020-07-15 12:06

RNA-seq，生信技能树

sra文件地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/下载测序数据#循环下载sra文件1，for((i=677;i1ls*2.fastq.gz>2paste12>config#把所有的1.fastq.gz和2.fastq.gz的文件名合并到config文件#写一个循环修剪的shell脚本，命名为qc.sh，软件为tri
bettermaan·2020-07-15 00:59

GATK流程

、使用GATK前须知事项：（1）对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如IonTorrent）或者实验设计（RNA-Seq
Doris_xixi·2020-07-14 04:41

RNA-seq数据分析

话休絮烦主要流程：将reads比对到基因组上；将比对好的reads进行拼装；量化基因的表达水平；计算在不同条件下的差异表达分析image原始数据：ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/RNAseq_protocol，后续都是对此数据进行分析的。这个protocol首先从原始RAN-seq数据入手，输出：基因list，转录本，每个样本的表达量，能够表现差异表达基因的表格，显著性的计算。
Luster_Li·2020-07-13 19:36

【三维基因组】浅谈三维基因组多组学联合-part1

大家搜索三维基因多组学联合分析的时候，会搜到Hi-C，RNA-seq,ChIP-seq,ATAC-seq,BS-seq,3C,4C，SVpromoter，enhancer等核心关键词，这张字符云几乎涵盖了三维基因组学全部内容
XuningFan·2020-07-13 10:42

Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这

编译|生信宝典，May校对|生信宝典▼生信学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:41

用biomaRt进行基因ID转换

之前分析RNA-seq数据结果之后，拿到的结果很让我烦躁，因为，如图。我怎么知道那个ID是个什么基因？于是乎，我就搜索。用到了biomart,这个ensmbl网站上的一个工具。
leo12354·2020-07-11 10:02

RNA-seq: differential gene expression analysis

http://monashbioinformaticsplatform.github.io/RNAseq-DE-analysis-with-R/99-RNAseq_DE_analysis_with_R.htmlMonashBioinformaticsPlatformRNA-seq:differentialgeneexpressionanalysisLearningObjectivesThiscou
chenzeyu110·2020-07-11 03:24

RNA-seq流程学习笔记（9）-使用RSeQC软件对生成的BAM文件进行质控

参考文章：用RSeQC对比对后的转录组数据进行质控高通量测序质控及可视化工具包RSeQCRSeQC使用笔记1.质控的原因及相关软件在AsurveyofbestpracticesforRNA-seqdataanalysis里面，提到了人类基因组应该有70%~90%的比对率，并且多比对read（multi-mappingreads）数量要少。另外比对在外显子和所比对链（uniformityofread
垚垚爸爱学习·2020-07-10 12:54

NGS项目三：ChiP-seq数据分析workflow

外延：几种技术的特性比较技术名称主要区别共同之处Chip-seq和Chip-chiq测序和芯片，开放性免疫沉淀Chip-seq和RNA-seq结合蛋白，全RNA高通量测序MeDIP-seq和RRBS免疫共沉淀和酶切
saghir·2020-07-10 01:12

RNA-seq(2):下载参考基因组及基因注释，及测序数据-学习笔记

今天学习了如题的一些操作。但是并不算成功。本来打算做到qualitycontrol，结果大部分时间卡在了下载测序数据上。参考网站：下载参考基因组及基因注释）1.安装ASPERA1）wgethttp://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz2)tarz
leo12354·2020-07-09 19:30

SCENIC—Single Cell rEgulatory Network Inference and Clustering

SCENIC是一种基于单细胞RNA-seq数据推断基因调控网络及其相关细胞状态的工具这里介绍的步骤方法是针对在R环境中（GENIE3），主要是GENIE3/GRNBoost这两种方法的选择，数据量大的推荐使用
五谷吃不完了·2020-07-09 05:38

【RNA-seq自学09】数据分析之差异基因分析DEseq2、可视化

1、在R中安装DESeq2软件包官方网站if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("DESeq2")2、运行准备工作#read.table,文件有header,第一行为row.name;input_data1)ggplot(data=res
Brickvstar·2020-07-08 17:17

HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据

HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据本文总阅读量次2017-05-26HISAT2,StringTie，Ballgown处理转录组数据思路如下：数据质控将RNA-seq的测序
weixin_30885111·2020-07-08 15:56

Genome Biology | 基于RNA-seq的孟德尔疾病变异分析

作者|金淑婷今天给大家介绍的是沙特阿卜杜拉国王科技大学(KAUST)高欣教授课题组（http://sfb.kaust.edu.sa）发表在GenomeBiology的一篇文章，“Analysisoftranscript-deleteriousvariantsinMendeliandisorders:implicationsforRNA-baseddiagnostic“。在全外显子组测序(Whole
qq2648008726·2020-07-08 09:34

利用R语言对RNA-Seq进行探索分析与差异表达分析

最新更新见http://cangfengzhe.github.io/r/RNA-Seq.html介绍本文参考bioconductor中RNA-Seqworkflow:gene-levelexploratoryanalysisanddifferentialexpression并对其根据需要进行了增减。更多细节还请参考http://www.bioconductor.org/help/workflows
探索者v·2020-07-08 07:02

ChIP-seq基础入门传送门

写在前面参加了RNA-seq基础入门的朋友可以先看看我以前分享过有参组学(全基因组，全外显子组学，转录组学，表观)的几个NGS测序数据分析的表现形式的异同点，主要是各个地方的测序深度，各个地方的覆盖情况的区别
生信技能树·2020-07-08 00:51

11.1 RNA-seq数据分析-下载软件和数据

https://www.jianshu.com/p/e8cd62ba14fe1、首先安装需要使用的软件：sratoolkit,fastqc,hisats,samtools,htseq-count,R,Rstudio2、数据下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/不使用AsperaConnect，没有外网，选择sratoolkit服务器不能联
KK_f2d5·2020-07-07 21:07

2019-01-10

接1月9日（3）PBAF复合物调控B16F10肿瘤细胞对T细胞介导的杀伤的敏感性的分子机制.方法：提取PBAF缺陷型B16F10细胞的总RNA，进行RNA-seq检测分析PBAF缺陷型B16F10细胞的转录组
Mingyan_C·2020-07-07 20:12

【RNA-seq自学08】数据分析之表达定量 featureCount 、表达矩阵

featuresCounts软件用于定量，不仅可以支持gene的定量，也支持exon,genebodies,genomicbins,chromsomallocations的定量。featureCounts需要两个输入文件：1）reads的比对情况，这种信息通常都用BAM/SAM文件来存储2）区间注释文件，支持两种格式安装condainstallsubread运行featureCounts-p-a0
Brickvstar·2020-07-07 10:50

【RNA-seq自学08】数据分析之表达定量 featureCount 、表达矩阵

featuresCounts软件用于定量，不仅可以支持gene的定量，也支持exon,genebodies,genomicbins,chromsomallocations的定量。featureCounts需要两个输入文件：1）reads的比对情况，这种信息通常都用BAM/SAM文件来存储2）区间注释文件，支持两种格式安装condainstallsubread运行featureCounts-p-a0
Brickvstar·2020-07-07 10:50

Cell重磅综述：关于人类转录因子，你想知道的都在这

▼生物信息学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2020-07-07 08:00

用R包TCGA-Assembler下载TCGA数据

今天师兄发给我一个TCGA网址，让我想办法把胰腺癌的所有RNA-Seq数据下载下来，可是界面是这样的：这么多样本有各自的测序数据，甲基化数据，突变数据和临床数据等，不可能一个个去点开下载，那么批量下载就可以借助
JiangQ_1996·2020-07-06 23:35

TCGA数据库的利用（二）—— 数据处理！

因为数据下载之后都是单一样本存储而且样本名称都是以非规则性超长字符命名，进行数据分析之前需要把样本名称转化为TCGA样本编号，例如这种形式的：TCGA-A8-A07I-01A-11R-A00Z-07；这里我以乳腺癌的RNA-seq
zeroingzm·2020-07-06 04:53

[NAR|2019] ChEA3转录因子富集分析

这个数据库整合了ENCODE；ReMap以及一些独立发表的CHIP-seq数据，同时还整合和GTEx；TCGA以及ARCHS4内的RNA-seq数据内的转录因子共表达数据。
xhog·2020-07-04 10:16

RNA-seq实战

前言：写这篇文章的目的是为了梳理一下学习思路，按部就班地仿生信菜鸟团和：Y大宽教程大纲，做归纳整理，即便再次运行，仍然遇到代码出错或者软件使用等诸多问题，是以为之记。说明：由于我已经将RNAseq需要用到的软件安装在conda中，或软件编译后安装，并添加到环境变量道中，所以直接调用。1.数据来源文献资料：PromiscuousRNAbindingbyPolycombrepressivecomple
谢俊飞·2020-07-01 11:31

生物信息从零起步

知道14年初，自己的课题涉及到RNA-seq才开始了解这个技术的真正的目的。从测序原理，到测序建库，测序能得到的数据开始慢慢学习。15年开始，
何元林·2020-07-01 00:52

RNA-seq 检测变异之 GATK 最佳实践流程

tags：RNA-seqGATKSTARSNPINDELRNA-seq序列比对对RNA-seq产出的数据进行变异检测分析，与常规重测序的主要区别就在序列比对这一步，因为RNA-seq的数据是来自转录本的
wangpeng905·2020-07-01 00:45

RNA-seq数据的基因共表达网络分析

刘小泽写于18.10.24最近开始写第一篇英文小论文，练练手，为将来写英文大论文做准备目录1背景BackgroundTypesofbiologicalnetworksMotivationforusingco-expressionnetworksNetworkinferenceandreverseengineeringBasicgraphterminologyanddatastructuresSte
刘小泽·2020-06-30 13:07

RNA-seq中的那些统计学问题（一）为什么是负二项分布？

1.转录组数据统计推断的难题在RNA-seq中进行两组间的差异分析是最正常不过的了。我们在其它实验中同样会遇到类似的分析，通常，我们可以用方差分析判定两组“分布”数据间是否存在显著差异。
UnderStorm·2020-06-30 04:25

RNA-seq流程学习笔记（1）-Ubuntu系统安装SRA数据下载软件Aspera connect和SRT-Toolkit

自己本身是做分子生物学的，有关生物信息学的知识接触很少，于是按照自己的习惯从头摸索。参考以下几个文章对Aspera和SRAToolkits进行下载、设置和使用，这篇文章是对几个文章的综合整理，留做自己以后学习使用。有关生物信息学数据库，参考：“生物信息学数据库资源”的文章，里面介绍了几个重要的数据库：NCBI、EBI、UCSC等，知道了需要分析的数据。SRA数据主要使用两种工具下载Asperaco
垚垚爸爱学习·2020-06-30 00:11

Paper reading (十二)：Challenges in unsupervised clustering of single-cell RNA-seq data

论文题目：Challengesinunsupervisedclusteringofsingle-cellRNA-seqdatascholar引用：47页数：10发表时间：2019.01发表刊物：naturereviewsgenetics作者：VladimirYuKiselev,TallulahS.AndrewsandMartinHemberg*摘要：Single-cellRNAsequencing
wxw060709·2020-06-29 22:17

转录组测序（RNA-seq）详细建库步骤与原理

1.实验设计考虑生物体中总RNA=（～90%）rRNA+（1～2%）mRNA+（8～9%）其他RNA对于真核生物，可通过oligodT磁珠富集mRNA来进行建库而如果想研究lncRNA、全转录组或原核生物转录组，可以通过去除rRNA的方法进行建库建库另一个要考虑的方面：链特异性与非特异性（strandedorun-stranded）2.建库过程本文以Illumina的NEBNext方法介绍建库详细
zch_Cooper·2020-06-29 13:33

RNA-seq：转录组数据分析处理（上）

RNA-seq：转录组数据分析处理（上）目录RNA-seq：转录组数据分析处理（上）一、流程概括二、准备工作1.fastq测序文件2.注释文件和基因组文件的获取三、软件安装四、质量汇报生成与读取1.fastq
super_qun·2020-06-29 13:13

RNA-seq 学习之一 ：Tophat + cufflinks 套装分析转录组

一、数据集准备选择GSE132693：RNAseqofprostatecancercells(PC3andDU145)treatedwith2.5uMpentamidineorvehicle.作为分析数据数据下载$for((i=2576;iEnsembl_hg38_genome.fa";formy$a(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,
归鹤鸣·2020-06-28 18:28

单细胞 RNA-seq 10X Genomics

有些人可能会误会，觉得单细胞的RNA-seq数据很好分析，跟分析常规的RNA-seq应该没什么区别。
weixin_34336292·2020-06-28 17:33

RNA-seq的标准化方法罗列

RNA-seq的标准化方法对于RNA-seq而言，由于技术误差，测序深度不同，基因长度不同，为了能够比较不同的样本，比较不同的基因的表达量，以及使表达水品分布符合统计方法的基本假设，就需要对原始数据进行标准化
weixin_34334744·2020-06-28 17:56

Bulk RNA-Seq转录组学习

参考：https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/作业：RNA-seq基础入门传送门资料：RNA-seqDataAnalysis-APracticalApproach
weixin_33701294·2020-06-28 03:20

biostarhandbook|你真的懂mRNA-seq数据分析了嘛?

RNA-seq数据分析mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术，一般的用法就是看看基因表达谱，寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘，也是因为RNA-seq。
徐洲更hoptop·2020-06-28 02:51

32、Differential Gene Expression using RNA-Seq (Workflow)

转载：https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflowIntroductionRNAseqisbecomingtheoneofthemostprominentmethodsformeasuringcelluarresponses.NotonlydoesRNAseqhavetheabilitytoanalyzedifferencesingeneexpres
清，纯一色·2020-06-28 01:38

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)

什么是RNA-Seq(RNASequencing)2011-07-14~ADMIN随着ome为词尾的各种组学的出现，转录组学已经成为了人们了解生物信息的一个重要组成部分。
weixin_30566111·2020-06-27 21:59

RNA-seq 基本分析流程

RNA-seq通过测定稳定状态下的RNA样品的序列来对RNA样品进行研究，从而避免了许多之前研究手段的不足，比如象基因芯片或者PCR就需要背景知识。
宵蓝·2020-06-27 15:43

关于转录组比对STAR软件使用

sudaref=passport.weibo.com软件连接：https://github.com/alexdobin/STAR/因为不连续的转录本结构，相对短的片段长度，和测序技术持续增加的通量，高通量RNA-seq
weixin_30256901·2020-06-27 15:42
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