E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
RNA-SEQ
通过整理TCGA数据，探索某癌症的癌组织和正常组织的差异基因。
试验设计:通过TCGA获取乳腺癌的
RNA-seq
表达数据，筛选出三阴性乳腺癌的样本，通过比较癌症和正常组织的表达差异。
superqun
·
2020-04-13 11:24
10X 单细胞基因表达样本制备指南
scRNA-seq技术的进步让研究人员能够获取之前经常会被大量（Bulk）细胞的
RNA-seq
方法所掩盖的关键数据，如罕见或新的细胞类型，从
周运来就是我
·
2020-04-12 00:21
rnaseqGene初探
这次偶然发现了处理
RNA-seq
的新神器，首先附上地址：http://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/html/rnaseqGene.html
小潤澤
·
2020-04-11 20:15
转录组分析 | 使用FastQC进行数据质控
随着测序成本的不断降低，
RNA-seq
已经是许多实验的标配。经过小编一段时间的准备，接下来的几周时间里，将推出一系列的转录组分析教程，教大家从零开始学习转录组分析，欢迎大家持续关注！
生信小王子
·
2020-04-11 12:25
Exome-seq、ChIP-seq、
RNA-seq
之间的差异
本文转自沈梦圆的博客全外显子测序是啥？转录组测序是啥？转录组测序又是啥？他们之间有什么差别么？傻傻分不清，不用怕，多学习下就会了，下面让我们一起来看看！1温基础测序深度：指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。覆盖度：指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序
井底蛙蛙呱呱呱
·
2020-04-10 06:52
BBQ(生物信息基础问题35，36)：
RNA-Seq
数据的定量之RPKM，FPKM和TPM
在讨论
RNA-seq
相关方法的时候，我们有一个基本的假设。就是说我们对细胞/组织/个体的不同状态进行比较，然后就是为了寻找到差异表达的基因。然后从差异表达的基因去推测其生物学功能！
liu_ll
·
2020-04-09 19:49
RNA-seq
摸索：3.基因表达水平分析→featureCounts计量→差异表达分析及可视化
参考这篇：我觉得学
RNA-seq
必看的文献！！
没有猫但是有猫饼
·
2020-04-09 16:59
seuratV3简介及实操
Seurat简介 Seurat---几乎是当前单细胞
RNA-seq
分析领域的不可或缺的工具，特别是基于10X公司的cellrange流程得出的结果，可以方便的对接到Seurat工具中进行后续处理，简直是带给迷茫在单细胞数据荒漠中小白的一眼清泉
基因侦探
·
2020-04-07 21:18
10 月 25日 安装samtools 缺少 lzma.h 源码编译
起因对于自学生物信息学的我真是作死的一天，还好我是打不死的小郑，反正服务器主机不能联网，做
RNA-seq
要用到samtools，我灵机一动，把sam文件传到mac电脑，然后在mac上安装samtools
小郑的学习笔记
·
2020-04-07 20:05
RNA-seq
练习 第一部分（原始数据下载，提取fastq文件，fastqc质控）
原始数据来源于这篇文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE501771.下载原始数据https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50177https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRX339951image.png点击697.2
生信start_site
·
2020-04-06 18:29
「工具」使用BETA整合分析ATAC-seq/ChIP-seq和
RNA-seq
数据
BETA网址:http://cistrome.dfci.harvard.edu/BETA/tutorial.html功能介绍数据准备：peakbedfile#chrstrend$headmep_ebDfpeak_deseq2_sig.bedchr81205080812052743chr96649299966494729chr4125632449125634758chr410182030101835
六六_ryx
·
2020-04-06 16:06
RNA-seq
中遇到的问题
大家好，现在已经据五月底的生物技能树培训过去一个多月了，不知到大家在重复上课所上内容上有没有遇到问题，遇到问题又是如何去解决的呢？但是我在这个过程中却遇到很多问题，碰到很多坑。相信大家都有过这种体验，在以前上一些数据分析课时，同样的代码复制粘贴都能报错，这也是特别绝望的。我在上课期间感觉遇到的问题远不如下来自己操作碰到的多。再次非常感谢我们生物技能树的崔青美老师，期间遇到好几个问题都是在她的帮助下
冉_77
·
2020-04-06 14:33
低表达量的基因为什么往往差异不显著
低丰度也意味着可靠性低，所以就算是差异大，也不会有太高的置信度1）低表达量的基因为什么往往差异不显著；在计算两个组样本间基因的表达量是否有差异的时候，对于
RNA-seq
实际上就是分析这个基因的reads
wangprince2017
·
2020-04-05 22:37
转录组差异分析金标准-Limma-voom实战
刘小泽写于19.3.11Limma作为差异分析的“金标准”最初是应用在芯片数据分析中，voom的功能是为了
RNA-Seq
的分析产生的。
刘小泽
·
2020-04-04 22:04
RNA-seq
的比对tutorial
2020.3.17#鉴于liftover转坐标不给力，我用了ncbi的Remap，使用方面看这篇参考https://www.jianshu.com/p/41e5280f59c3还可以选BED转GTF，但是没结果，还是老老实实转bed吧。秀一下liftover和remap的结果比对，基本一致image.pngimage.png所以就用这个bed文件构造我的saf文件，但是后来发现不管是liftove
姜子铭
·
2020-04-04 21:24
RNA-Seq
入门：Fastaq文件解析
FASTAQformatstoresshort-readsequencesandPhredqualitiesfromNGSplatformintoasinglefile.Every4linesrepresentforashort-read.图片1.pngFourlinesperFASTAQrecord1.@indicatesthesequenceid(aboveislongerthansequen
jlyq617
·
2020-04-04 13:06
生信--
RNA-Seq
数据分析
使用的数据，双端测序数据cleandata1&cleandata21、bowtie建库bowtie2-buildgenome.fagenome_index(*.fa代表要建库的文件名字，genome_index代表建库后的名字)2、将read比对到基因组中bowtie-q-S-t-p20-m1--best--stratagenome_indexinput.fastqout.sam-q指输入的测序数
风中的鱼儿
·
2020-04-03 04:51
CIRI: an efficient and unbiased algorithm for de novo circular RNA identification
anefficientandunbiasedalgorithmfordenovocircularRNAidentificationbackground这款工具由中科院北京生命科学研究院的赵老师组的工作，2015年发表在genomebiology1.从
RNA-seq
啦啦啦啦_d95f
·
2020-03-31 06:31
RNA-seq
中的那些统计学问题（二）FPKM/RPKM之外的那些标准化方法
目录1.标准化1.1.House-keepinggene(s)1.2.spike-in1.3.CPM1.4.TCS1.5.Quantile1.6.MedianofRation1.7.TMM2.为什么说FPKM和RPKM都错了？2.1.FPKM和RPKM分别是什么2.2.什么样才算好的统计量2.3.FPKM和RPKM犯的错2.4.TPM是一个合适的选择1.标准化由于不同文库测序深度不同，比较前当然要
UnderStorm
·
2020-03-30 23:36
RNA-Seq
差异表达分析-扩展综述及新工具
RNA-Seq
差异表达分析-扩展综述及新工具理解不同生物在不同条件下表型差异的关键是确定不同条件下差异表达基因(DEGs)。转录组的高通量测序（
RNA-Seq
）是研究当前问题的一个主要策略。
wangprince2017
·
2020-03-30 06:29
在线
RNA-seq
可视化网站-目前见过最流弊的（多图慎点）
可视化见过最全的的在线
RNA-seq
分析，把这些分析完，你的数据基本也就挖掘的差不多了image.png每个图怎么来的？[看这里]（http://rpubs.com/ge600/R）函数怎么定义的?
Js潜
·
2020-03-28 20:33
关于GATK分析
RNA-seq
数据的一点建议
——原创：雷万钧问题起因：首先，我在做
RNA-seq
数据分析Mutaion的时候发现一个问题：在查看某个样本的突变信息发现，没有被检出，但是查看bam却发现有很好的reads支持突变，说明GATK的检测参数用错了
生信雷
·
2020-03-25 08:57
R小tip（十一）批量读取count文件
这次我们来介绍下用R批量
RNA-seq
的count文件directory<-"/home/data/"#count文件路径Files<-grep(".htseqcount$",list.files(directory
小潤澤
·
2020-03-24 20:05
实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析
R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞
RNA-seq
数据（尤其是超过250k的细胞量），即使在服务器当中运行，Seurat、metacell、monocle
MC学公卫
·
2020-03-23 07:33
WGCNA
1介绍针对基因大量样本量表达数据的分析方法(
RNA-seq
、微阵列)，建议样本数量大于15，可以挖掘具有相似表达模式的模块并计算与形状的相关性。
nnlrl
·
2020-03-22 15:33
转录组分析流程——STAR+RSEM+Deseq2
https://github.com/shenmengyuan/RNA_seq_Biotrainee2个样品2个重复(2*2)1_11_22_12_2实用小工具SAMflags查询（sam格式文件）准备工作
RNA-seq
BeautifulSoulpy
·
2020-03-22 05:27
mORCA: sailing bioinformatics world with mobile devices
当然，部分生信的分析可以在个人电脑上完成，比如说
RNA-Seq
的后续分析，比如富集分析等等。我相信应该没有人会将生信与手机联系起来。But2017年『Bioinformatics』杂志刊出了一篇
生信family
·
2020-03-20 20:20
RNA-seq
的老套路分析
之前在上看过一篇文章https://www.jianshu.com/p/1f5d13cc47f8是重复16年发表在NATUREPROTOCOLS上面的一篇处理
RNA-seq
数据的文章，文章名字是：Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT
tianzhanlan
·
2020-03-20 17:34
HLAforest:使用
RNA-seq
数据进行HLA分型
欢迎关注"生信修炼手册"！HLAforest是一款针对RNA_seq数据进行HLA分型的软件，github地址如下https://github.com/FNaveed786/hlaforest安装过程如下gitclonehttps://github.com/FNaveed786/hlaforest当我们把源代码下载到本地之后，还需要修改以下几个配置文件中的内容1.修改config.sh主要是修改H
生信修炼手册
·
2020-03-18 23:38
RNA测序中增加数据量真的那么重要吗
今天小编为大家推送的这篇文章将会就此问题为大家答疑解惑，快来一起学习吧~随着新一代高通量测序技术的迅猛发展，
RNA-Seq
技术即转录组测序技术已成为目前转录组研究的重要手段。基于Illumina
wangprince2017
·
2020-03-15 10:41
最全的
RNA-seq
工具比较文章，以及RNACocktail分析流程
Sahraeian,SayedMohammadEbrahim,etal."Gainingcomprehensivebiologicalinsightintothetranscriptomebyperformingabroad-spectrumRNA-seqanalysis."Naturecommunications8.1(2017):59.这是17年7月5日publishedonline的文章，总
小白要变大神
·
2020-03-15 07:09
水稻
RNA-seq
数据分析（上游）
下面就是水稻
RNA-seq
进行数据挖掘的主要分析流程。转录组上游分析涉及到的软件主要有：sra-toolsfastqc
劉玥月越悦跃阅岳
·
2020-03-14 01:54
2020-02-03 Single-cell
RNA-seq
enables comprehensive tumour and immune cell profiling in primary ...
title:单细胞转录组分析在初级卵巢癌中肿瘤和免疫细胞的转录组状态期刊：naturecommunicationAbstract离体的肿瘤组织的单细胞转录组模式包含了异质性的肿瘤细胞以及周围间质细胞和免疫细胞的特征。在这里，我们将这种方法应用到乳腺癌样本中，并分析了来自于11个细胞的515个肿瘤细胞。从单细胞转录组数据中推测的拷贝数变异可以将肿瘤细胞和非肿瘤细胞加以区分。在单细胞的尺度上，肿瘤细胞
一只烟酒僧
·
2020-03-10 05:50
表观调控-果蝇探索PRC复合物之文章复现（一）
这篇文章据说是
RNA-seq
和ChIP-seq数据
小梦游仙境
·
2020-03-07 12:58
TCGA数据库的利用（二）—— 数据处理！
因为数据下载之后都是单一样本存储而且样本名称都是以非规则性超长字符命名，进行数据分析之前需要把样本名称转化为TCGA样本编号，例如这种形式的：TCGA-A8-A07I-01A-11R-A00Z-07；这里我以乳腺癌的
RNA-seq
zeroingi
·
2020-03-06 15:16
RNA-seq
选择参考基因组
RNA-seq
分析，参考基因组的选择其实也是有学问的，这是个容易被忽略的问题。
_eason_
·
2020-03-05 06:30
2019-12-26 复习表观调控相关内容（图1-3）
此次表观调控课程是整合
RNA-seq
数据和表观数据，比如Chip-seq和ATAC-seq，主要是依托于文章GlobalchangesofH3K27me3doma
程良平
·
2020-02-26 23:49
RNA-seq
流程各阶段软件的最优选择
RNA-seq
如今已经成了最受宠爱的生信分析了，而如今琳琅满目的各种生信软件摆在具有新时代选择困难症的同学们眼前我们又犯难了。我们该选择哪套流程哪种工具进行分析呢？
sober01
·
2020-02-26 00:02
《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 3
这一章主要是介绍
RNA-seq
的基本知识，以及简单的差异分析
RNA-seq
我们分析
RNA-seq
数据的时候，往往按照线图的步骤进行分析欧老师在书中就
RNA-seq
是否去除dup，提出了争议，欧老师倾向于不去
小潤澤
·
2020-02-25 12:21
RNACocktail安装笔记
前段时间，估计2个月之前了吧，NatureCommnication上发了一篇史上最强
RNA-Seq
数据分析测评文章，本来一直想介绍一下的，但是尴尬的是实验室一直没来
RNA-Seq
数据让我分析，所以就一直没写文章提供的
徐洲更hoptop
·
2020-02-24 22:36
数据挖掘
如何从获得的
RNA-Seq
数据中获得生物学信息目的：1、找出差异表达基因2、从基因的表达模式对其进行聚类和分类3、从通路整体水平进行分析。
医学小咖成长之路
·
2020-02-24 19:21
RNA-seq
的标准化方法罗列
RNA-seq
的标准化方法对于
RNA-seq
而言，由于技术误差，测序深度不同，基因长度不同，为了能够比较不同的样本，比较不同的基因的表达量，以及使表达水品分布符合统计方法的基本假设，就需要对原始数据进行标准化
徐洲更hoptop
·
2020-02-24 07:14
RNA-seq
分析流程
提前申明：该贴参照于https://www.jianshu.com/p/e8cd62ba14fe标题1.用conda安装
RNA-seq
所需要#启动conda自设环境condaactivatepython3
Laurel*
·
2020-02-22 15:13
哈佛R语言课程--6.匹配和重排序
在这个例子中，生物测定是指
RNA-Seq
产生的基因表达量数据。
小洁忘了怎么分身
·
2020-02-21 06:18
单细胞转录组-3
年由汤富酬等人首次公开测量每个基因在细胞群中表达水平的分布允许研究在转录组中特定于细胞的变化的非常重要的生物学问题，例如细胞类型识别，细胞反应的异质性，基因表达的随机性，细胞内基因调控网络的推断bulk和单细胞
RNA-seq
nnlrl
·
2020-02-21 02:40
Analysis of single cell
RNA-seq
data 学习笔记(五)
今天来介绍单细胞转录组，或者转录组里面，对我们计数所得的count值的标准化方式CPM它是直接对count进行标准化，其单位是counts/每百万条，即每个counts值除以总的reads数（主要单位是每百万条）Rcodes：calc_cpm0)])}norm_factor0],0.75)}uq<-unlist(apply(expr_mat[-spikes,],2,UQ))norm_factor<
小潤澤
·
2020-02-20 20:08
Analysis of single cell
RNA-seq
data 学习笔记(四)
那么接下来我们就要看一下如何分析单细胞数据此次我们的示例数据是(Tungetal.,2017)的数据质控首先先读取数据#加载包library(SingleCellExperiment)library(scater)options(stringsAsFactors=FALSE)#读取数据molecules0)>0umi1.3e6)table(filter_by_total_counts)#filte
小潤澤
·
2020-02-20 19:24
转录组入门(1)：计算机资源的准备
前言本文为生信技能树
RNA-seq
基础入门系列作业。首先是计算机资源准备和软件安装。
宇天_ngs
·
2020-02-20 06:15
10月20日
RNA-seq
实战（一）服务器没网 用户没root权限
简单地记录一下我的一次
RNA-seq
实战，由于我们实验室的服务器没有联网，我之前一直在自己的PC上，安装虚拟机或者用OS系统跑数据，出现许多问题，而且速度很慢，后来询问了洲更大神，直接按照biostarhandbook
小郑的学习笔记
·
2020-02-19 22:29
RNA sequencing: the teenage years名词解释
2019年7月24日，NatureReviewsGenetics上发表了一篇了
RNA-seq
的综述，文献信息如下所示：Stark,R.,etal.(2019)."
backup备份
·
2020-02-19 19:50
上一页
12
13
14
15
16
17
18
19
下一页
按字母分类：
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他