RNA-SEQ 第19页

有参转录组学习一：软件安装及数据下载

AKAP95regulatessplicingthroughscaffoldingRNAsandRNAprocessingfactors.NatCommun2016Nov8;7:13347.PMID:27824034.主要内容的是利用RNA-seq

颤抖吧__小虫子·2019-05-15 21:38

2019-05-12 利用salmon进行转录组定量(上)

参考：RNA-Seq基因差异表达分析实战Dawn_天鹏RNA_seq(1)植物转录组实战（上)之salmon进行索引建立和转录组定量nohup后台运行数据下载详情参考：RNA-Seq基因差异表达分析实战数据定量测试数据

Bio小盼·2019-05-12 17:36

2019-05-08 RNA-seq小考核(上)

Q1：找到文章并下载测序数据文章：2018年12月的NC文章：Spatiallyandfunctionallydistinctsubclassesofbreastcancer-associatedfibroblastsrevealedbysinglecellRNAsequencing使用成熟的单细胞转录组(Smart-seq2)手段探索了癌相关的成纤维细胞CAFs的功能和空间异质性。文章中表明数据

Bio小盼·2019-05-10 19:54

PCA-弱水三千，取哪一瓢饮？

对待数据的正确态度-----处理之前，要先了解它(RNA-seqcounts)RNA-seq让我们对样本的了解拓宽到了基因层面（也就是说，我们现在看样本的维度是基因数量维，10^4级别的维度）But我们没有

Juan_NF·2019-04-27 09:07

画火山图

volcanoplot火山图火山图（VolcanoPlot）是做RNA-Seq分析的时候特别常用的一张图，因为它可以非常清晰的展示出哪些基因是我们真正想要的显著性的基因。

黄晶_id·2019-04-25 15:08

deepTools 使用指南

deepToolsdeepTools是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq,RNA-seq或MNase-seq。

JeremyL·2019-04-24 22:17

Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）

单细胞转录组数据分析（二）收藏|北大生信平台"单细胞分析、染色质分析"视频和PPT分享生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得-限时免费scRNA-seq原始数据加工FastQC得到单细胞RNA-seq

生信宝典·2019-04-22 17:27

拟南芥RNA-seq转录组分析-salmon（mac版）

上次salmon做拟南芥转录组分析https://www.jianshu.com/p/af513c3906f1。由于上游分析中mapping为～15%，下游分析时勉强走完差异表达基因及火山图，但不能进行基因功能注释及后续分析。所以将上游分析流程再走一次。不同：第一次上游分析使用：Arabidopsis_thaliana.TAIR10.42.gff3.gzArabidopsis_thaliana.T

dandanwu90·2019-04-08 21:43

RNA-seq 数据分析最佳实战（综述）

一篇RNA-seq分析流程的综述，全面而详细！深度好文，可用来反复阅读。初学者用于把握RNA-seq真个流程及各个流程选择上的差异。已经开始学习者可用来查缺补漏和发现新的分析角度。

dandanwu90·2019-04-07 18:04

Salmon 使用说明

的参数例如：提供一个-a（alignment）参数，就用比对算法，否则就会用rawreads算法进行计数比对模型用参数salmonquant--help-readsdual-phase，基于mapping评估rna-seq

dandanwu90·2019-03-20 22:01

用ARCHS4神器进行RNA-seq数据的挖掘

RNA-seq的数据挖掘https://mp.weixin.qq.com/s?

爱笑的小牙·2019-03-13 09:58

通过conda安装RNA-seq所需要的工具

学习conda基本操作的管理环境-搜索bwa进行安装（注意是在conda环境下（base））condasearchbwa结果可以发现有很多bwaversion可以安装，我们用以下命令安装(y代表yes）condainstallbwa-y下一步安装软件可以先去bioconda官方网站https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes查看相应版本等可以进行搜

莫讠·2019-02-20 17:07

第一篇：RNA-Seq analysis in MeV

=============1.作者介绍=============作者介绍1这是一个位于波士顿的癌症研究中心与英国牛津大学以及哈佛大学公共卫生学院共同完成的文章。该文刊登的期刊是Bioinformatics，属于生物信息学中的顶级期刊，影响因子5~6分。作者介绍2本文引用次数为不是很多，但是该文章的作者有一篇文章引用次数达到1400次。=============2.全文翻译=============

Yeyuntian·2019-02-05 22:14

RNA-seq：转录组数据分析处理（上）（2019/05/07更新）

superqun原创一、流程概括RNA-seq的原始数据（rawdata）的质量评估linux环境和R语言环境rawdata的过滤和清除不可信数据（cleanreads）reads回帖基因组和转录组（alignment

superqun·2019-01-28 10:28

1.14 RNA-seq 之质控还没完成篇

收获：(这里要敲黑板划重点)批量处理脚本的编写挂后台处理（网不好真的很难过，很难过，很难过）miniconda已经安装加速下载先装个：asper#下载wget-chttps://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz#解压tarzx

dandanwu90·2019-01-14 19:16

实践RNA-seq

安装软件安装miniconda进入清华大学镜像站内下载一个合适的版本wget-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shbashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.shecho$PATH#查看环境变量配置镜像condaconfig--a

按着易得·2018-12-31 22:53

子宫内膜癌的RNA editing数据分析

参考文献[PMID:27694136]DRETools-F1000Research数据下载使用本实验室一个RNA-seq（GSE56087）和一个circRNA-seq（未发布）的数据作为discoverydataset

547可是贼帅的547·2018-12-28 15:09

用shell脚本实现转录组测序中解压>质控>比对-计算基因表达量一体化

其实我一直很纠结RNA-seq到底要不要去掉接头，去掉低质量的碱基，我以前写的脚本是没有去接头和低质量碱基的，刚好有一位朋友问我为什么不去掉接头，我自己也不明白然后就有了下面的脚本。。。

邱俊辉·2018-12-18 21:42

Day4_2 RNA-seq实战

第一步：将下载的sra格式的数据转换成fastq格式的数据输出到./project这一部免费的云服务器就已经扛不住了fastq-dump--gzip--split-3-O./project./SRR6168921.sra##可以用循环语句ls./1.SRA/*sra|whilereadid;do(fastq-dump--gzip--split-3-O./project./${id});done第二

陈宇乔·2018-12-12 23:35

RNA-seq

---------------Nickier2018-12-10---------------RNA1.视频测序流程：提取总RNA--去除rRNA--逆转录cDNA--打断--加接头--上机测序因为95%+都是rRNA建库因此mRNA富集Y型接头(adapter)建库会评级，比如ABC级，如RNA质量的评估既然是mRNA测序，大多数测序的读长(reads)应该富集在cDNA区域，可以通过IGV可视

Nickier·2018-12-11 09:47

11.6 RNA-seq表达rpkm数据操作实践（一）

在网上下载了txt文件，是rpkm，但是基因id中的名称搜索不到匹配内容。试一下用r注释：https://www.jianshu.com/p/ae94178918bc1、我们先下载r包：installpackages失败可以：source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("AnnotationHub")（括号内是安装的包）library

KK_f2d5·2018-11-08 12:07

2018_11_05_珍惜少年时

刚才无意中在网页上搜索了一下自己的名字，发现了在本科学校的某门课程网站上有自己大三时候做的一个RNA-seq的ppt报告（下图中红色框标注）。当时那门课的老师是要求我们每周都做一次文献报告，小组轮流。

Candlelight_yujia·2018-11-05 20:31

QQ-plot图

这个图形的形式非常简单，有点类似RNA-seq中评价两个样本相关性的散点图（图1）。这类图形为什么那么相似呢？因为它们本质上就是做两组数据的比较，判断

又是一只小菜鸟·2018-10-22 19:27

Bioconductor:DESeq2

摘要测序产生的数据内容为，每个样本中，每个基因分配到多少个测序片段，各种类型的测序（RNA-seq，CHIP-Seq，HiC）产生的数据类似。

康君爱上了蕊酱·2018-10-12 14:38

使用salmon和sleuth进行小麦RNA-seq差异表达分析

blast大家一定熟悉吧,最近有大神爆出一个bug。也即参数“-max_target_seqs”并不是你理解的那样。下图红色箭头处是NCBI上的设置选项。根据NCBI的官方文件，这个选项是返回前N个最匹配的结果。如果我们设定为1，则表示返回数据库中最匹配的那个。但实际上却不是，该选项意味着返回数据库中第一个匹配良好的结果（simplyreturnsthefirstgoodhitfoundinthe

Neal_Bio·2018-10-11 09:16

RNA_seq(1)植物转录组实战（上)之salmon进行索引建立和转录组定量

工具完成索引建立和生物学定量subread工具完成序列比对和定量DESeq2差异基因分析总结一、概述练习数据：数据来源于拟南芥，共16个样本，处理分为4组（0day,1day,2day,3day）练习目的：熟悉两套RNA-seq

Candlelight_yujia·2018-08-22 23:46

RNA-seq(6): reads计数，合并矩阵并进行注释

任务1.实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本都会输出一个表达量文件。2.需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考：生信编程直播第四题：多个同样的行列式文件合并起来。3.对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索，求平均值，方差。看看一些生物学意义特殊的基因表现如何，比如GAPDH,β-ACTIN等等。来源于生信技能树下面

Y大宽·2018-08-02 16:38

RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool RNA-Seq差异表达分析：...

高通量转录组测序（RNA-Seq）已成为这些研究的主要选择。因此，用于RNA-Seq数据的差异表达分析的方法和软件的数量也迅速增加。但是，对于最合适

wangprince2017·2018-07-31 21:24

用DESeq2包来对RNA-seq数据进行差异分析

转自jmzeng用DESeq2包来对RNA-seq数据进行差异分析jmzeng2016年4月11日差异分析的套路都是差不多的，大部分设计思想都是继承limma这个包，DESeq2也不例外。

7c7e9108d052·2018-07-28 10:32

RNA-seq(1) :用conda安装RNA-seq所需要的工具

写在前面:来自生信技能树《生信必修课之软件安装》学会用包管理工具安装软件普通安装和配置，请看这篇Linux下bowtie2安装(非conda)和配置注意现在清华镜像源链接已经失效，所以下面的有些内容不适用，但道理一样。请看conda清华镜像源失效后的软件安装正式开始查看变量echo$PATH用户配置文件~/.bshrc-启动环境:sourceactivate-添加镜像源：condaconfig-a

Y大宽·2018-07-24 18:58

single cell RNA-seq中的合并数据

在scRNA-seq中，既需要technicalreplicates,也需要biologicalreplicates。很多时候我们需要将这些数据合并后进行处理。通常我们可以选择直接合并，即不做任何改变将两组数据混合，但有时候为了消除batcheffect,我们会对数据进行一定处理。这个时候有一个方法可以派上用场：CCA（canonicalcorrelationanalysis），其具体使用可以参照

HeiLeo·2018-07-18 13:55

8种特殊建库测序

种特殊建库测序8种特殊建库测序1.RNA-seq2.外显子测序3.smallRNA-seq4.单细胞DNA测序5.单细胞mRNA测序6.甲基化测序7.Moleculo长测序8.Ribozero和方向性RNA文库RNA-seq

wangprince2017·2018-07-06 20:55

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biol...

无生物学重复RNA-seq分析CORNAS:coverage-dependentRNA-SeqanalysisofgeneexpressiondatawithoutbiologicalreplicatesBMCBioinformatics

wangprince2017·2018-07-04 21:00

差异表达基因检测 | EBSeq

写在前面要帮朋友做RNA-seq的分析，casesvs.controls总共4个样本（2vs.2)，看到文献（实验设计比较类似）里用的是EBSeq较为频繁，所以用这个来做。

fatlady·2018-06-28 13:29

DESeq2差异分析

need:表达矩阵分组矩阵，值要是整数DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。

白云梦_7·2018-05-31 10:22

用tophat和cufflinks分析RNAseq数据(2018-05-28)

884213用tophat和cufflinks分析RNAseq数据人的基因组一共有两万多个基因，但是这些基因不是每时每刻都在表达，在不同发育时期和不同组织中，基因的表达是不同的，一个检测这些表达的有效的方法就是RNA-seq

简单点lili·2018-05-28 15:55

hisat2+stringtie+deseq2分析RNA-SEQ数据

hisat2+stringtiefor((i=2064449;i1,]nrow(dds)dds<-DESeq(dds,parallel=T)res<-results(dds)summary(res)count_r<-counts(dds,normalized=T)table(res$padj<0.01)res<-res[order(res$padj),]resdata<-merge(as.data

547可是贼帅的547·2018-05-16 13:29

RNA-seq常用命令（无参）

0.前期准备先在工作目录下创建以下几个目录：01.raw_data#用于存放原始数据02.fastq#用于存放fastq格式数据03.fastqc#用于存放QC结果04.trinity_result#用于存放trinity结果数据处理的顺序：01.raw_data>02.fastq>03.fastqc>04.trinity_result1.下载SRA先cd到01.raw_data目录下，执行以下命

卖萌哥·2018-04-11 17:50

链特异性测序那点事

RNA-seq基本流程下图是一个大概的RNA-seq基本流程把RNA破碎成小片段，然后将RNA转变成一条cDNA，这一步需要用到

思考问题的熊·2018-02-11 17:24

Salmon---a tool for wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

Salmon概述该软件采用新的双阶段（dual-phase）统计推断程序，以及针对每个样本存在sequence-specific,fragmentGC-content,和positionalbiases而应用的sample-specificbiasmodels。该软件由三个部分组成：一个轻量级的mappingmodel,一个估计初始表达水平的在线阶段（anonlinephasethatestima

AdaWong_Corner·2018-01-25 22:37

如何使用deeptools处理BAM数据

如何使用deeptools处理BAM数据总体介绍deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如RNA-seq,ChIP-seq,MNase-seq,ATAC-seq等高通量数据。

xuzhougeng·2018-01-18 18:17

edgeR的一些小九九

基本上RNA-Seq等等各种测序手段都需要计算差异表达通常大家常用的软件不外乎cufflinks和几个R包DESeq、EBSeq、edgeR、ballgown。

zhym1992·2017-12-11 14:00

重复文章 "RNA-seq的转录水平表达分析"

文章题目Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown文章地址https://www.nature.com/articles/nprot.2016.095.pdf序章这篇文章很牛STAR的比对速度是Tophat的50倍，HISAT更是STAR的1.2倍。STAR消耗的内存约31

thinkando·2017-11-23 10:28

Bioconductor分析RNA-seq数据

参考学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》第六章前言Y叔的公众号biobabble发过一篇【听说你想学R？】,七月份发的但昨天推送了一次，所以我看到了，看到了对《R语言与Bioconductor生物信息学应用》这本书的强力吐槽，而我发的这篇笔记，连同上次发的Bioconductor分析基因芯片数据都是来自于对该书内容的提炼和学习。所以呢我觉得有必要在这里说几句。坦白说，这本书确实有

王诗翔·2017-10-27 17:11

RNA-seq分析服务器安装生信工具过程

一.测试服务器设定1.使登录后自动进入/home目录下vim~/.bashrc#在文件中加入以下行后保存退出cd/home2.新建RNAseq_tool文件夹，存放各工具mkdirRNAseq_tool二.各生信工具在测试服务器下的安装1.sratoolkit下载及安装#下载并解压wget"ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/srato

寂桐·2017-08-31 14:03

安装CPAT--使用CPAT分析lncRNA

CPAT(CodingPotentialAssessmentTool)可以从RNA-Seq分析得到的转录本中筛选出编码的和非编码的RNA。

mengjiaoduan·2017-08-10 17:59

转录组（3）：了解fastq测序数据

学习目标：前面下载了SRR3589956.sra-SRR3589962.sra的RNA-seq数据，本次用sratoolkit.2.6.3软件解压，并查看fastq数据的格式，用fastqc软件检验其数据质量

Richard_Zhou·2017-08-04 18:19

RNA-seq数据分析---方法学文章的实战练习

前言这次给大家带来的是16年发表在NATUREPROTOCOLS上面的一篇处理RNA-seq数据的文章：Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT

面面的徐爷·2017-07-02 22:52

RNA-seq与miRNA-seq联合分析

数据来源数据来源于2017年5月24日清华大学更新的miRNA-seq,DNAmethylation,CNV,RNA-seq项目标题：Themolecularl

wangyunpeng_bio·2017-07-02 16:54

基因表达分析（中）- 富集分析

回顾首先对基因表达分析（上）做一个简单的回顾研究基因表达的有如下工具：RNA-Seq，microarray，qRT-PCR等（欢迎补充）RNA-Seq，microarray一般用在探索性阶段，qRT-PCR

徐洲更hoptop·2017-05-30 18:03

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