VCF 第2页

基因型数据VCF转EXCEL亲测好用

importpandasaspddf=pd.read_csv('shuju.vcf',sep='\t',comment='#',header=None,encoding='utf-8')df.to_excel

talentsta·2023-09-14 19:20

运行操作

生成index（如果没有创建的话）gtxindexref.fa2、比对#1快速比对，生成vcfgtxwgs-R'@RG\tID:输出文件名\tSM:输出文件名\tPL:ILLUMINA'-o输出文件名.vcf

线断木偶人·2023-09-14 06:49

生信学习笔记：使用SNP data做基因渗入分析 (2)

raw.githubusercontent.com/mmatschiner/tutorials/master/analysis_of_introgression_with_snp_data/data/NC_031969.f5.sub1.vcf.gzgitclonehttps

lakeseafly·2023-09-14 00:49

GATK4重测序数据怎么分析？上游分析标准流程

GATK4×WGS今天分享一篇笔记，主要内容是WGS重测序下机数据fq.gz文件到变异位点信息vcf文件的操作过程，包括序列质控过滤、基因组比对、检测变异、合并VCF等步骤。

生信分析笔记·2023-09-01 10:35

遗传背景分析（群体结构10个样品以上）

正确做法是先SNP（geno）后样本(mind)1.去除多等位基因，indelnohup/home/software/bcftools/bcftoolsview-m2-M2--type"snps"75.vcf.gz-Oz-o7

琴酒martini·2023-08-28 21:35

安装VMware vSphere 7 with WCP平台

VMwareVCF4.0及vSphere74月2日，VMware正式发行vSphere7以及VCF4.0（VMwareCloudFoundation）。

Etaon·2023-08-26 08:59

【python】使用pysam读取sam/vcf/fasta文件时的常用属性

文章目录写在前面读取SAM文件读取VCF文件读取FASTA文件应用pysam：获取指定位置的碱基写在前面参考官网pysamAPI：https://pysam.readthedocs.io/en/latest

青灯照颦微·2023-08-24 08:47

部署问题集合（特辑）虚拟机常用命令

基础查看ip：ipaddr或ipconfig压缩：tar-zcvfredis-3.2.8.tar.gzredis-3.2.8/注意：-zcvf对应gz，-vcf对应tar解压：tar-zxvfredis

奥妙无穹·2023-08-23 05:11

vcf文件按照家系合并，批量处理-2020-01-10

catconfig|whilereadiddoarr=(${id})F=${arr[0]}M=${arr[1]}YS=${arr[2]}CF=${arr[3]}echo$F$M$Prob$YS$CFbgzip-c$F>$F.gztabix-f$F.gzbgzip-c$M>$M.gztabix-f$M.gzbgzip-c$YS>$YS.gztabix-f$YS.gzbgzip-c$CF>$CF.gz

爬山小虎·2023-08-21 03:17

重复一篇文献的GWAS（一）：基因型数据整理

AnewregulatorofseedsizecontrolinArabidopsisidentifiedbyagenome-wideassociationstudy数据来源：1001GenomesProjectwebsitehttp://1001genomes.org/data/GMI-MPI/releases/v3.1/1.下载原始vcf

TOP生物信息·2023-08-18 09:47

最全bcftools使用说明--只看本文就够了

Bcftools说明文档1简介BCFtools是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式，并能自动检测输入的格式类型。

生信小书童·2023-08-17 12:03

java实现android 通讯录批量导入，生成 .vcf文件, .csv文件批量生成 .vcf,手机自动导入

packagetest2;importjava.io.BufferedReader;importjava.io.File;importjava.io.FileInputStream;importjava.io.InputStreamReader;importjava.io.UnsupportedEncodingException;importjava.net.URLEncoder;importja

908925859·2023-08-12 03:42

vcf文件的合并

在疾病变异检测中，vcf文件在其中起着关键的作用，存储着样本的所有变异情况，包括突变位置，深度，质量，纯杂合等。

周六周六·2023-08-08 09:41

bcftools 处理vcf文件，寻找多个vcf文件中突变的交集

bcftools是用来处理vcf文件，可以进行各种相关的处理和分析。

果蝇的小翅膀·2023-08-05 09:09

breakdancer软件检测的SV变异用annovar注释

首先，使用ALLbio软件下的breakdancer2vcf.py转化breakdancer得到的out文件GitHub地址：这里代码如下：#!

xianmao123·2023-08-03 13:31

windows下批量拷贝目录下所有文件夹中的指定文件

主要是前段时间要从一个server上面拷贝一批数据，但是又不是linux，所以实验了一下windows下的批量拷贝；场景：测序的项目，每一个样本的数据都存放在各自的名称文件夹下，我需要下载一批数据的variant文件（.vcf

dulunar·2023-07-28 16:57

snpEff注释结果解读

目录1.帮助文档1.1常用参数2.命令的用法：3.结果文件解读4.SNP下游的分析利用snpEff软件对snp.vcf（利用gatk软件calling-snp）进行注释，运行下述命令：##构建好物种的数据库

生信学习小达人·2023-07-24 22:06

根据vcf文件计算SNP密度并用circlize可视化结果

参考收集vcftools所有用法命令vcftools--vcfsnp.bialles.vcf--SNPdensity100000--outStatResults/SNPdensity100000是指定窗口长度

小明的数据分析笔记本·2023-07-24 13:16

如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点？

.*.vcf.gz$';thenvcftools--gzvcf$2--chr$

米源MY·2023-07-20 00:19

通讯录VCF格式批量生成

办公室明明做了工作人员通讯录，但在要找某同事电话时才发现，手机通讯录里没存啊！然后速速打开群文件找到通讯录文件，找到对应的电话后发现，诶，QQ群文件的Excel表格不能直接复制文本出来，又得手动一个个数字辨认输入……想把文件里的电话都存一下吧，又嫌太多了，于是想到那就DIY个小工具吧！一、通讯录格式首先做的第一个事情是了解一下通讯录导入导出文件的格式~先用自己手机试了一下，导出手机里的通讯录，发现

lue_app·2023-07-17 16:02

R语言丨根据VCF文件设计引物，自动识别两样本差异SNP位点，调用samtools获取上下游参考序列

根据变异位点设计引物序列今天碰到一个新问题：假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据，每行代表一个位点，我现在想找出两样本差异的SNP位点，再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示，然后将其在参考基因组上下游

生信分析笔记·2023-07-15 02:21

2021-05-25记录一个beagle使用过程中的坑

对816个样品的SNP的VCF进行impute，首先上beagle，遇到了上个贴子说的各种内存不足问题，然后换tassel进行impute依旧不行，中间耗时小一周。

AsuraPrince·2023-07-14 07:42

2019-01-06

vcftools--vcfmy.vcf--plink--outplinkplink--noweb--fileplink--geno0.1--maf0.05--hwe0.0001--make-bed--outoutforKin12345

対MS特技兵·2023-06-10 07:51

2022-05-13 碱基质量重校正时遇到的gatk-bundle下载vcf文件问题

一、问题在按照GATK流程做碱基质量重校正时，需要用到gatk-bundle中下载的一些已知位点vcf文件，如：resources_broad_hg38_v0_Homo_sapiens_assembly38

O_467a·2023-06-07 01:51

用snpEff产出的vcf提取4DTv位点，构建进化树

用snpeff产出的vcf提取4DTv位点，用于构建进化树转载自https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/105507476徐州更提到2019年NG414

wo_monic·2023-04-20 06:18

理解并操作BAM文件

但在那一节中限于篇幅有两个很重要的文件我没能展开来讲，分别是：BAM和VCF文件。这篇我们先说BAM文件。

清零2000·2023-04-19 08:46

【小提普】Linux查看文件分隔符

用程序员的方法看就是下面酱紫啦sed-nlfilename|head-5#注：l为小写的字母L#以GATKSNPCalling的结果文件vcf为例#可以看到分隔符是\t，符号$代表行末grep-v"^#

皮卡丘052·2023-04-18 11:30

【Plink】Error: Multiple instances of '_' in sample ID.？

前言将vcf转化为plink格式时，命令如下：plink--vcfsnp.vcf--recode--allow-extra-chr--outtest出现错误：Error:Multipleinstancesof

米源MY·2023-04-18 00:27

7.1 GWAS：系统进化树——MEGA

Wangetal.,2017,NatureGenetics1.vcf文件格式转换下

Wei_Sun·2023-04-17 12:05

Linux统计某一列中特定字符串的个数

问题描述：想统计一下vcf文件中FILTER这一列中，是PASS的个数我们知道，vcf文件包括的是前面很长的注释，以及后面的正文部分。

Sunday_SUI·2023-04-17 03:35

笔记：CMDB-大规模中国人群体变异频率数据库

CMDB：大规模中国人群体变异频率数据库简介安装1、命令行直接安装2、git安装3、查看帮助信息使用1、API使用许可1.2使用1.2.1登录1.2.2查询1.2.2.1位点信息查询1.2.2.2注释到vcf1.2.3

AnnyYoung·2023-04-15 22:27

js html生成vcf 导入通讯录一键运行 txt转vcf

Document//点击导入按钮,使files触发点击事件,然后完成读取文件的操作$("#fileImport").click(function(){$("#files").click();})functionrandomWord(randomFlag,min,max){letstr="",range=min,arr=['0','1','2','3','4','5','6','7','8','9'

我不喜欢这个世界·2023-04-13 07:01

gwas分析时数据格式转换

排序从vcf文件排序开始，可以使用picard，也可以使用vcftools的vcf-sortvcf转换为ped和map文件将vcf文件转化为plink识别的格式也是借助vcftools工具:vcftools

灵动的小猪·2023-04-10 12:31

对SNP的VCF文件质控筛选

对SNP的VCF文件质控筛选1.vcfR简介vcfRisapackageintendedtohelpvisualize,manipulateandqualityfilterdatainVCFfile.参考资料链接

小鹏_哒哒哒·2023-04-09 00:38

SnpHub搭建 | 数据处理中可能出现的问题

1.VCF文件中出现了position顺序不对（未排好序）使用bcftoolssort进行排序bcftoolssortxxx.vcf-Oz-oxxx.sorted.vcf.gz2.bcftools在写文件时

esctrionsit·2023-04-08 14:12

基因突变检测之Mutect2

软件检测结果一般存储为VCF格式。不同的软件其

静小沐·2023-04-07 17:00

vcfR高效处理VCF文件

偶然见发现了一R包，名曰vcfR，可高效处理vcf文件，并且可以做出好看的图片具体可查看说明文档高铁直达安装BiocManager::install("vcfR")测试数据该软件自带测试数据，可进行操练

斩毛毛·2023-04-07 10:11

GWAS - plink文件类型

plink文件类型Plink常见格式有五种：ped，map，bed，fam，bimPLINK接受VCF文件作为输入，但在PLINK中使用的首选格式是带有结尾.ped（和.map）的文件，以及带有结尾.bed

SnowPye·2023-04-04 09:04

VEP

数据库下载链接：ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-98/variation/vep运行命令行：vep-iexamples/homo_sapiens_GRCh37.vcf

小七玩数据·2023-03-27 14:49

杂合度

1使用plink挑选个体plink--vcfSNP_qc0818.vcf--recode--outSNP_qc0818--make-bed--double-id--allow-extra-chr#先将vcf

铃_0d92·2023-03-24 09:10

PON构建的两种方法

--force-samples/*/3_single_pair_compaire/Normal.only.vcf/*.raw.vcf.gz|/*/bcftools-1.8/b

bioyangyang·2023-03-23 13:17

全外显子测序（WES）分析流程

首先创建一个项目目录wes和存放每个步骤生成文件的子目录raw,clean,align,genome,hg19_VCFmkdir{raw,clean,align,genome,hg19_VCF}此流程包含两个

多啦A梦詹·2023-03-22 19:36

snp数据PCA分析

1.质控和LD过滤1.1质控:删除信息缺失严重的个体和位点plink2--vcfzy_bsz-bi.vcf--mind0.10--maf0.05--geno0.05--hwe0.0001\--outzy_bsz_fi

铃_0d92·2023-03-21 11:24

gatk VariantFiltration（Mutect2后）参数调整

关于vcf文件的学习（所有的需要信息都在头文件中）FORMATvariants的格式，例如GT:AD:DP:GQ:PLGT:样品的基因型（genotype）两个数字中间用’/'分开，这两个数字表示双倍体的

陈宇乔·2023-03-18 05:48

兜兜百宝箱

bcftoolsview-Sname.txtLD0818.vcf--force-samples>5spe.vcf####筛选个体vcftools--keepkeep_bsz_list.txt--vcfzy_bsz.vcf

铃_0d92·2023-03-17 08:20

【基因组学工具】变异注释SnpEff

http://snpeff.sourceforge.net/download.html概括介绍Input:通常是VCF(variantcallformat

巩翔宇Ibrahimovic·2023-03-16 16:03

DNA 6. 基因组变异之绘制精美瀑布图（ComplexHeatmap）

傻傻分不清楚DNA2.SCI文章中基因组变异分析神器之maftoolsDNA3.SCI文章中基因组变异分析神器之maftoolsDNA4.SCI文章中基因组的突变信号（maftools）DNA5.基因组变异文件VCF

桓峰基因·2023-03-15 16:51

SNP功能注释网站合集

橙子牛奶糖·2023-03-14 04:32

2018-09-26

之前在公众号里已经粗略的介绍过一个怎么用snpcallingc出来的vcf文件画进化树之前见过师兄师姐们用蛋白序列画进化树，基于氨基酸序列的差异，通过比较序列类似性，基于氨基酸相对突变率矩阵计算不同序列差异性积分作为它们的差异性量度

JoJomjchen·2023-03-13 09:52

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