VCF 第6页

ChIP-seq基础入门传送门

分析流程都是fastq-->bam-->vcf/expression/peaks，中间选择不同软件，不同参数而已。视频在生信技能树公众号后台回复“组学”可拿到。本次其实已经有不少人已经完成了

生信技能树·2020-07-08 00:51

用GEMINI来探索vcf格式的突变数据

生信技能树·2020-07-07 21:40

android通讯录操作批量查询删除更新头像vcf文件写入读取便捷方法

读取本地通讯录：privateListgetLocalData2(){ListmapLoc=newLinkedList<>();Cursorcursor=Latte.getApplicationContext().getContentResolver().query(ContactsContract.CommonDataKinds.Phone.CONTENT_URI,null,null,null,

山药好吃·2020-07-07 14:39

android读取vcf文件

try{Filefile=newFile(Environment.getExternalStorageDirectory()+"/yf_c/1.vcf");Listvcards=Ezvcard.parse

山药好吃·2020-07-07 14:39

VCF格式介绍

VCF全称为VariantCallFormat,是一种纯文本文件，用来存储变异位点信息，主要包括3个部分的内容mate-informationlineheaderlinedataline示例文件如下1.

生信修炼手册·2020-07-06 11:14

物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff)，收集这些格式的说明书。

VCF格式文件的shell小练习原文链接首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，还有vcf文件代码如下：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps:

天涯清水·2020-07-06 04:16

「GATK 3.8」VariantAnnotator介绍

输入文件用于注释的VCF文件和可选的BAM文件输出文件注释完毕的VCF文件使用案例对HaplotypeCaller或UnifiedGenotyper的结果中增加每个样本

徐洲更hoptop·2020-07-02 15:41

使用oncotator做突变注释

突变注释功能：vcf格式突变数据进一步注释成maf格式做过癌症数据分析的童鞋都知道，TCGA里面用maf格式来记录突变！

生信技能树·2020-07-01 18:15

用annovar对vcf（SNP&INDEL）文件进行注释

将原始fq文件通过FastQC-align-samtools||GATK等流程最终得到vcf文件，也就是记录某些位点变异的文本文件。

sober01·2020-06-30 20:11

利用Python绘制韦恩图

写在前面上一篇文章VCF文件的正确打开方式介绍了如何利用python模块处理VCF文件，当时为什么要写这篇文章呢？

whenfree·2020-06-29 18:07

vcf 文件小练习

代码bowtie2-x../reference/lambda_virus-1reads_1.fq-2reads_2.fq|[email protected]../reference/lambda_virus.fatmp.bam|bcftoolscall-vm>tmp.vcfVCF4.2格式中，关于SNP和INDEL，已没有Dels这个标签，无IND

Juan_NF·2020-06-28 17:11

VCF （Variant Call Format）格式详解

VCF文件示例（VCFv4.2）##fileformat=VCFv4.2##fileDate=20090805##source=myImputationProgramV3.1##reference=file

weixin_34268610·2020-06-28 15:40

Excel转成vCard（vcf格式）的5种方法 | 古意人

2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>>Excel转成vCard（vcf格式）的5种方法|古意人Excel转成vCard（vcf格式）的5种方法2014年10月10日⁄android⁄共972

weixin_34221036·2020-06-28 14:58

生成vcf文件

/***获取通讯录*@parammodelMap*@paramid*@paramrequest*@return*/@RequestMapping(value="mp_ajax_vcf.html")publicStringajaxVcf

weixin_33841722·2020-06-28 06:31

annovar 注释除人类以外的SNP

1.准备文件：ref.faref.gtf或者gff3，最好是gtf3，可将gff3转化为gtfsample.vcf2.用gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具将gtf或gff3文件转化为

weixin_30300225·2020-06-27 15:21

批量添加手机联系人 | csv/excel转vcf

寻找离线的道路想到离线添加这个词，很自然我就想到了vCard文件，也就是.vcf后缀的文件。记得高中的时候，备份过手机的通讯录，手机自动生成了vcard，

wangqianyilynn·2020-06-27 13:31

VCF格式

刘小泽写于18.7.17所有的数据，一旦要找变异位点信息，就离不开VCF。

刘小泽·2020-06-27 09:07

如何解决手机电话本CSV格式和VCF格式的转换

今天给一亲戚处理手机电话薄转存问题，发现以前的旧手机电话薄采用的CSV格式，而现在新的智能手机普通采用VCF格式，两者无法相互读取。

ml_fan·2020-06-27 07:22

解析VCARD文件（vcf格式）导入QQ通讯录功能

参考了这篇文章：http://www.blogjava.net/sundc/archive/2008/08/04/219877.htmlhttp://www.blogjava.net/sundc/archive/2008/08/04/219863.html页面上传一个从QQ邮箱导出的vcard文件，格式如下：BEGIN:VCARDVERSION:3.0EMAIL;TYPE=HOME,INTERNE

糖分。·2020-06-27 04:34

使用snpEff对VCF进行注释

使用snpEff分为两种情况，一种是snpEff已经构建了相应的数据集（例如人类和小鼠），另一种是则是snpEff未提供相应的数据集（例如自己组装的基因组）情况1:我们可以使用java-jarsnpEff.jardatabases|grep-ihuman的方式列出所有的数据集，然后用grep进行筛选例如人类的基因组注释数据集就分为GRCh37.p13.RefSeq和GRCh38.p7.RefSeq

徐洲更hoptop·2020-06-27 02:07

生物信息数据格式：vcf格式

文章目录格式说明实操查看头部注释信息查看样本信息查看主体信息过滤质量值大于80小于20000的标记只保留SNP使用vcftools对vcf文件的操作格式说明VCF格式，VariantCallFormat

sunchengquan·2020-06-26 15:55

手机电话本 csv 转vcf （vCard）格式，最简单的方法！

现在的手机不论高级不高级多数是安卓机，而安卓机的电话本导入导出貌似只支持vCard格式，其扩展名即.vcf。

空灵竹·2020-06-26 12:12

生物信息的文件格式解析（转自基因学苑）

有生物信息学家开玩笑说自己每天的工作就是文本格式转换，其实是这样的，例如常见的从qseq到fastq，从fastq到bam，从bam到vcf等。

生信start_site·2020-06-26 06:41

将Excel文件（xlsx）中的联系人和电话转换成vcard文件（.vcf)，并用pyinstaller打包发布

将Excel文件（xlsx）中的联系人和电话转换成vcard文件（.vcf)，并用pyinstaller打包发布效果：将一个Excel表格和该脚本放入同一个文件夹下，运行脚本，输入感兴趣的联系人所在行序号

不止所见·2020-06-25 18:00

vcf文件格式详细解释

vcf具有表头部分和正文部分，其中表头部分是对正文部分中出现的缩写的解释。

寂桐·2020-06-24 19:10

Python 导入通讯录：将.csv文件转换为.vcf文件

Python将.csv文件转换为.vcf文件你好啊，在代码世界遨游的朋友们。

cav komed·2020-06-24 01:35

csv转vcf格式网页工具-快速导入手机通讯录

今天准备把手机通讯录更新一下，把部门其他所有人员的电话联系方式加入到手机来手机相关信息：型号：华为U8800手机操作系统：安卓尔2.1好像导入软件：豌豆夹导入格式：默认为csv，通过工具转化为VCF，一开始使用

iteye_16581·2020-06-23 18:48

利用.vcf文件创建手机通讯录文件并导入

我们很有可能为了换手机后不知怎样快速导入全部联系人而烦恼，这里将介绍怎样通过编辑.vcf文件导入批量联系人，这是一个一劳永逸的方法。

鹤影随行·2020-06-23 15:08

从CSV和VCF文件中获取联系人信息

上一篇文章中我们实现了从系统的联系人数据库中获取联系人信息。文章链接：http://blog.csdn.net/github_36878269/article/details/73826289 但是技术总监又提出了新的需求，用户想从文件中导入联系人信息，比如从华为手机助手中导出的联系人文件。在网上查找了许多的答案，有使用第三方的jar包的，比如什么我也忘了，很是坑爹。所以索性就自己分析导出的

寂书万卷·2020-06-23 10:02

生信：1：vcf格式文件解读

第二章：生物信息分析第一节：解读vcf格式文件1，vcf格式说明VCF格式：VariantCallFormat，用于记录variants(SNP/InDel)的文件格式，关于其说明，详见：http://

genome_denovo·2020-06-23 10:52

python分别用while和for于vcf格式提取复等位基因的snp（并计算分别条数）

line=open('cleanqt.vcf','r').readlines()#use‘while’out1=open('alle=1.vcf','w')out2=open('alle=2.vcf',

杜坤bio-info·2020-06-23 04:30

从VCF文件画PCA图

1.使用plink获取SNP_test.eigenvec文件plink--maf0.05--allow-extra-chr--vcfSNP.vcf--pcaheadertabs-outSNP_testeigenvec

细雨春风·2020-06-23 00:41

VCF格式详解

1.什么是VCF？VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格式，和GATK的VCF格式有点差别。

vincentluo91·2020-06-22 07:49

vcf无法导入iCloud 通讯录

vcf无法导入iCloud通讯录情况描述：有的小伙伴更换手机，通讯录里有好多联系人需要迁移，我们不可能一个个手动添加。所以就需要把旧手机通讯录联系人导出vcf文件，然后导入新的手机。

数头发·2020-06-22 01:42

vcard怎么转excel vcf转excel神器教程

vcf转excel实际是比较难的，原因在于vcard版本多样，格式层次不齐，很难统一到一个文件中，网上有vcard怎么转excel软件，但是使用起来不是十分简洁，而且转换有时间并不符合自己期望。

FL1623863129·2020-06-21 20:11

通讯录制作（.csv文件转.vcf文件即vcard格式）

解决方案：将批量的表格联系人制作为手机可以识别的.vcf后缀的vcard文件，手机联系人从文件添加。

weixin_33701617·2020-06-21 10:27

生物基因数据文件——vcf格式详解

http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4562064.htmlhttp://www.bbioo.com/lifesciences/40-112830-1.html1.什么是vcf

vickyleexy·2020-06-21 08:05

2020-06-09 RETA：用于全外显子组和靶向测序数据分析的R包

2020-6-9晚修改因为白天的时候怎么也打不开github网站了，用了WVPN后晚间才打开链接，这个分析工具已经变成一个网页工具了，只需在浏览器输入VCF文件就能进行分析。

程凉皮儿·2020-06-09 21:42

VCF文件格式

VCF4.3官方文档VariantCallFormat，可以用来表示单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（InDel，也就是短片段的插入与缺失）、结构变异(SV:StructuralVariant，也就是大片段的插入与缺失

#WANGC·2020-04-26 19:33

「生信练习题」从SnpEff注释得到的VCF中过滤4DTV位点

在2019年的一篇NG文章"Resequencingof414cultivatedandwildwatermelonaccessionsidentifiesselectionforfruitqualitytraits"的方法部分，作者提到他们使用位于四倍兼并位点(fourfolddegeneratedsites)上的SNP构建系统发育树。原本的19,725,853个SNP经过这一过滤，最终只剩下8

xuzhougeng·2020-04-14 18:42

Bedtools笔记

BedTools笔记工具目的：探索、处理和操作基因间隔文件（e.g.,BED,VCF,BAM）。学习Tutorial为了学习，先创建工作目录，下载相应的demo文件。

王诗翔·2020-04-14 00:31

8 比对及找变异步骤的质控

使用qualimap对wes的比对bam人家总结测序深度和覆盖度ls-lh*raw.vcf-rwxrwxrwx1rootroot184MJun710:58SRR7696207_raw.vcf-rwxrwxrwx1rootroot61MJun709

Y大宽·2020-04-12 02:51

[转帖]阿里中台之变

阿里中台之变投递人itwriter发布于2020-04-0310:00评论(0)有444人阅读原文链接[收藏]«»https://www.leiphone.com/news/202003/878vCF67Ok1T6VIx.html

济南小老虎·2020-04-06 07:00

VCF格式文件的shell小练习

首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，还有vcf文件代码如下：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn

mayoneday·2020-04-05 23:57

2019-07-26用EIGENSOFT的smartpca进行主成分分析

1.vcftools或plink进行文件格式转换vcftools--vcfmyfile.vcf--plink--outmyfileplink--vcfmyfile.vcf--recode--outmyfile

跫韾不响·2020-04-02 23:30

iCloud 通讯录导入outlook的方法

微软官方给出了一个方案：将联系人从iCloud（vCard.vcf文件）导入到Outlook-Office支持。可见很麻烦，需要每个联系人点击一次。我有900多个联系人，手应该会点酸。

franz·2020-04-02 19:40

生信文件格式学习网站

start_site的推送《生物信息的文件格式解析》https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1这个网站含有众多生物信息的文件格式的介绍，sam，bam，vcf

小潤澤·2020-03-31 14:49

Annovar测试记录

table_annovar.pl运行该程序时，会根据代码需要拆成几个步骤运行，如先用convert2annovar将vcf转为avinput文件，再根据protocol中的内容拆成几项annotate_variation.pl

happyxhz·2020-03-30 21:29

iphone手机vcf文件的制作

我的整理格式是：姓，名，手机，座机，邮箱（不要标题）例如我的通讯录.csv文件打开后显示为：张，三，13838383838，03838383838,[email protected]用命令将csv转为vcf文件，命令如下

禾白小三飘·2020-03-29 23:31

用VEP对vcf格式的突变数据进行注释

如果你熟悉外显子联盟这个数据库EXAC(ExAC.r0.3.sites.vep.vcf.gz)，你可以下载它所有的突变记录数据，看看它对每个变异位点到底注释了些什么，它就是典

生信技能树·2020-03-29 11:30

推荐频道

VCF