vcf

基因型填充之后如何过滤

lesstest_out.vcf|grep"^#"-v|cut-f10-|less-S比如个体分型率<90%某一个样本测出来的标记小于全部标记的90%标记分型率<90%某一个标记只在小于90%的样本中存在最小等位基因频率
TOP生物信息·2024-02-15 10:43

生信地基系列--常规分析流程

biocondutor已经给你准备好了29篇Bioconductor-BiocViewsimage.png注释流程生物导体可以导入多种与序列相关的文件类型，包括Fasta、fastq、BAM、VCF、gff
可能性之兽·2024-02-14 18:17

bedtools获得基因组指定范围的序列

getfasta-glyph.pngbedtoolsgetfastaextractssequencesfromaFASTAfileforeachoftheintervalsdefinedinaBED/GFF/VCFfile.用法bedtoolsgetfasta[OPTIONS]-fi-bed-fi基因组文件-bedbed,gff,vcf
M78_a·2024-02-11 19:27

基于VCF文件做基因渗入分析(Dsuite)

Dsuite软件文章：Malinsky,M.,Matschiner,M.andSvardal,H.(2021)Dsuite‐fastD‐statisticsandrelatedadmixtureevidencefromVCFfiles.MolecularEcologyResources21,584–595.doi:https://doi.org/10.1111/1755-0998.132651.软
DumplingLucky·2024-02-08 15:42

取两个VCF的差集

www.biostars.org/p/113509/#113509https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html#isecbcftoolsisec[option]A.vcf.gzB.vcf.gz
橙子_orange·2024-02-01 09:31

LINUX的练习题

最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf
七七师姐·2024-01-31 00:14

VCFtools的使用(参数说明)

故为提升效率，处理VCF文件之前先好好将对应工具vcftools学习一遍VCFTOOLS基本说明vcftools为专门处理vcf/bcf文件而生，此工具能处理VCF数据包括：
little_sandy·2024-01-30 22:39

GWAS -4 VCF格式文件转为Plink文件

1VCF格式文件为Plink文件image.png参考：https://cloud.tencent.com/developer/article/15561662plink转vcfplink1.9版本支持转化为
Hello育种·2024-01-28 16:07

vcf文件转换为maf格式

假设已经安装了VEP软件，对自己的vcf进行了注释，然后就可以进行转换：https://github.com/mskcc/vcf2maf安装GitHub上面的小工具cd~/biosoft/vcf2maf
Dr家硕的科研之路·2024-01-26 19:13

生物信息基础：pysam读写基因组文件

Pysam[1]是一个Python模块，它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API，可用于读写基因组相关文件，如Fasta/Fastq，SAM/BAM/CRAM，VCF等。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-22 08:37

通过VCF文件制作定制化的参考基因组

前言最近做的项目要对referencegenome基于突变进行一些modify，制作personalizedgenome或者说是psuedo-genome伪基因组。其实就是把某个测序样本call出来的SNP&&indel替换掉参考基因组对应位置的碱基。自己可以编写脚本修改，使用Perl中的substr来进行单个位点修改，把坐标按照从后往前的顺序，而不是从前到后。其实有蛮多工具可以做这个的，在这里安
dulunar·2024-01-20 01:58

关于单倍型和Phasing

vcf文件中，./.和.|.分别表示未定相和已定相。Phasing的方法：家系定相，最准确，一般根据一家三口（Trio样本）推断，直接简单；LD定相，最常用，根据群体LDblock和统计模型
生物信息与育种·2024-01-19 01:32

vcf文件提取SNP位点

测序得到VCF文件后，有时需要提取部分SNP位点，这里介绍的工具是VCFtools，安装以及基础功能见下贴：vcftools安装及基础用法-(jianshu.com)1.准备SNP位点list首先将需要提取的
Wei_Sun·2024-01-17 18:45

基因组变异文件VCF格式详解

这期介绍一下基因组变异结果常见的文件格式VCF。
90066456ace6·2024-01-11 14:43

11.2 GWAS流程学习

主要使用plink和structure：1、在snp-calling后得到vcf文件2、基因型填充：https://www.jianshu.com/p/dafd1e6e4a98使用beagle3、数据质量控制
KK_f2d5·2024-01-02 17:39

vCard文件解析 - 正则

其实就是通讯录中，某一个联系人导出时生成的vcf文件。
素还真人·2024-01-02 03:58

Vcftools --minDP 根据depth过滤

vcftools--vcftest.vcf--minDP6--recode--recode-INFO-all--outtest.depth6只得到depth大于等于6的个体的位点，其他的都被写成./.missingdata
杨康chin·2023-12-31 21:04

DNA 9. 揭秘肿瘤异质性与TMB, MSI之间的相关性

傻傻分不清楚DNA2.SCI文章中基因组变异分析神器之maftoolsDNA3.SCI文章中基因组变异分析神器之maftoolsDNA4.SCI文章中基因组的突变信号（maftools）DNA5.基因组变异文件VCF
90066456ace6·2023-12-31 15:00

全面解读txt excel word转vcard/vcf并导入手机通讯录方法

现实生活中的问题：经常会有人问如下问题：（1）怎么把我TXT或者Excel里面联系人批量导入手机通讯录？（2）如何把手机号导入我的安卓或者苹果手机？（3）我这有成千上万个手机号但是不知道怎么导入手机通讯录啊，怎么办？等等。TXT、Excel、Word导入手机通讯录的原理解析：作为生活中的大众，对于不懂计算机编程的吃瓜群众，这个问题时常会萦绕心头，久久挥之不去，上网查询一番后，发现网上的软件不能解决
未来自主研究中心·2023-12-29 16:21

根据染色体序号提取vcf变异识别文件

假设VCF文件名为variants.vcf，以下是一个示例命令：grep'^#'variants.vcf>header.vcfgrep-v'^#'variants.vcf>data.vcf上述命令将从variants.vcf
咩小饬·2023-12-28 14:58

python 处理snp的vcf文件，统计snp在基因的intron、exon还是上游、下游还是不在基因及基因附近

1、c处理vcf文件，初步统计snp位置位置信息有5种down_stream是gene下游2k以内，up_stream是gene上游2k以内，gene_exon是snp在外显子内，gene_intron
离子回旋·2023-12-27 15:16

annovar 注释

注释：先转换适合的文件格式：~/biosoft/annovar/convert2annovar.pl-formatvcf4pooling_variants_all_variants.hg19-hg38.vcf
程凉皮儿·2023-12-27 07:18

2018-10-05 如何把vcf 文件合并

但是我们也不能太依赖这些收费的软件，比如我先在得到了每个样本的vcf文件，我想合并，这个软件就实现不了，这不，还是得学一点其他技术。
小郑的学习笔记·2023-12-24 21:26

2020-09-03vcftools去除或保留vcf文件中的样品

原贴-https://www.omicsclass.com/article/647vcftools去除或保留vcf文件中的样品vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品，用到的选项为--indv和
花事Le·2023-12-23 02:07

tbx_index_build failed:

使用tabix构建vcf的索引时，遇到失败的问题tbx_index_buildfailed:XXX.vcf.gz是因为这个压缩文件需是用bgzip压缩的，所以正确的使用方法是：gunzipXXX.vcf.gzbgzipXXX.vcftabix-pvcfXXX.vcf.gz
灵动的小猪·2023-12-19 00:07

电脑端联系人（excel）批量导入手机

电脑端，联系人（excel）批量导入手机（即excel转vcf）1、excel表，内容格式设置，设置好，保存文件格式为.CSV，文件名是会自动设置为邮箱通讯录的“分组名”。
Jason小森·2023-12-15 03:05

vcf文件提取信息及排序

vcf文件示例VCF文件简介：VCF（VariantCallFormat）文件是一种常用的存储基因组变异信息的文本文件格式。它由一系列的元数据行（以"#"开头）和数据行组成。
花生学生信·2023-12-05 23:45

生信技能29 - 提取VCF文件测序深度和基因型信息

提取VCF文件测序深度和基因型信息，示例如下，结果保存至excel文件中。
生信与遗传解读·2023-12-04 06:19

生信软件2 - 下游比对数据的统计工具 picard

下游比对数据的统计工具picardPicard是一组命令行工具，用于处理高通量排序数据和格式，如sam/bam/cran和vcf文件。
生信与遗传解读·2023-12-04 06:48

2021-08-25

vcf文件格式：VCF格式用于记录变异位点（SNP/InDel）的文件格式。#开头注释部分无#开头主体部分，主体部分包含10列数据，主体部分每一行代表一个变异位点信息。
小灯哇11·2023-11-28 19:16

非root权限下安装vcftools并使用vcf-query

使用https://github.com/vcftools/vcftools下载的安装包安装时需要root权限，这时可以使用sourceforge中已编译的包。具体方法如下：wget-chttps://sourceforge.net/projects/vcftools/files/vcftools_0.1.13.tar.gztarzxvfvcftools_0.1.13.tar.gzcdvcftoo
Niugh·2023-11-27 03:15

使用 PLINK 把 vcf 的0/0,0/1,1/1转为字母格式的基因型(比如AA,AG,GG)

file.vcf文件如下所示，包含两个样本、四个变异位点：#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATID1ID2chr1123rs1GA.PASS.GT0|01|0chr1124rs2CA.PASS.GT1
橙子牛奶糖·2023-11-27 00:18

2021-06-08 vcftools提取特定vcf子集

vcftools可以去除或保留vcf文件中的样品，用到的选项为--indv和--remove-indv，指定要从vcf文件中保留或删除的样品。可以多次使用此选项来指定多个样品。
AsuraPrince·2023-11-19 09:32

GWAS全基因组关联分析实战——基于Plink转换vcf数据为二进制

vcf数据是保存变异信息的主要数据格式，plink是进行全基因组关联分析（GWAs）分析的常用工具包，同时提供一系列数据转换、裁剪和遗传统计量计算工具。本文以实际数据提供基因组关联分析方法。
Odd_guy·2023-11-15 22:15

UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册

文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式，甚至可以说是最重要的文件格式，比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM，以及突变列表VCF，它们都是文本文件。
简佐义的博客·2023-11-12 22:32

图文详解 VCF 生信格式 (变异信息)

文章目录一、vcf格式介绍二、vcf资源文件三、vcf文件详解3.1主要字段3.2INFO中的常见信息3.3FORMAT和SAMPLEs中的信息四、vcf的记录模式4.1只记录变异本身的信息4.2记录个体或个体组织的变异信息
白墨石·2023-11-09 14:44

VCF (Variant Call Format)

举个栗子：image.pngMetainformations这块儿由##打头，第一行必须是VCF的版本信息INFO规定VCF主体部分INFO字段可能出现的变量和对应值的数目、类型比如，特殊地，##INFO
不到15不改名·2023-11-03 23:23

SnpEff结果解读

SnpEff结果文件的解读根据上一篇中SnpEff结果产生的4个文件进行解读1571303034(1).png第一个文件：positive.snp.eff.vcf其实positive.snp.eff.vcf
LiuYueRR·2023-11-01 02:51

pixy:计算种群内和种群间的核苷酸多样性工具

pixy用于从vcf变异文件中计算pi（π）,Dxy和Fst的值。
wo_monic·2023-10-29 03:29

【宏】解决vcard乱码&批量导入outlook

如果不是某人用的国产手机，我还真不知道现在好多国产手机联系人的导出格式居然是vcf。而且，中文姓名都乱码了。而且而且outlook不支持批量将这一坨一坨的vcf文件导入。
某呆啊·2023-10-24 14:28

联系人导出vcard_如何在Outlook 2013中将多个联系人导出到多个vCard或单个vCard

联系人导出vcardWe’veshownyouhowtoexportacontacttoandimportacontactfromavCard(.vcf)file.However,whatifyouwanttoexportmultiplecontactsatthesametimetomultiplevCardfilesorevenasinglevCardfile
culiyuan8310·2023-10-24 14:55

检测snp和InDel的工具：snippy~可用于检测两条fasta序列之间的变异生成vcf格式文件

这个软件的github主页https://github.com/tseemann/snippy我是在看到有人分享，介绍的链接是https://www.jianshu.com/p/268689bf3373在github主页没有看到软件对应的论文。github主页对软件的介绍image.png通常利用二代测序数据检测单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失（InDels）变异的基本流程是1测序数据与参考基因
小明的数据分析笔记本·2023-10-23 00:47

联想3850x6服务器装esxi系统,VMware Cloud Foundation 3.x 演示 — 系统部署

VMwareCloudFoundation简介VMwareCloudFoundation(VCF)是VMware针对用户数据中心现代化改造而专门开发的新一代云平台，它整合了vSphere、vSAN、NSXDataCenter
weixin_39535217·2023-10-22 22:37

【孟德尔随机化 LDSC基因评分结果解读】

MRBase中的数据，即IEUid#这个接口贼慢而且容易中断根本用不了#TwoSampleMR::ldsc_h2()#TwoSampleMR::ldsc_rg()#最好是下载到本地进行分析#IEU上下载的VCF
皮肤科大白·2023-10-19 03:37

生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)

生物信息学生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)文章目录生物信息学概述一、fasta文件格式二、fastq文件格式三、sam(/bam)文件格式四、vcf文件格式概述每一种生物软件都有固定的文件格式要求
福旺旺·2023-10-11 04:30

单个vcf文件转maf文件，单样本maf合并成多样本maf文件

在网上偶然看见了maftools，想用自己的vcf文件尝试，因此在网上找了教程来进行这一转换。
拔了一颗牙·2023-10-10 18:14

读取公共数据库中GWAS结果的vcf格式文件

这里以https://gwas.mrcieu.ac.uk/数据库为例这个数据库中的vcf文件是gwas分析之后的，所以可直接生成GWAS数据文件而不需表型数据。index文件是vcf文件的索引。
帅锅不识字·2023-10-01 15:41

test_xia8：py处理vcf文件

有多个值的情况，分成多行输出；image.png3、脚本1:将ALT的值按照多行输出importvcfimportcsvinput='E:/Script/python/xia_test/8/demo.vcf'output
夕颜00·2023-10-01 06:24

SnpEff--有参考基因组--SNP注释--找非同义突变

snpeff/files/snpEff_latest_core.zip解压后即可使用：unzipsnpEff_latest_core.zip二、使用到的文件：genome.fasat&gene.gff3&vcf
海岛眠·2023-09-19 10:23

GWAS基因型文件介绍——VCF文件

承载这些基因型数据的文件也具有多种格式，一般用到的有vcf、ped/map、bed/bim/fam、hapmap、bgen等。不同的GWAS分析软件往往使用不
李路飞·2023-09-15 01:14
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