VCF

2019-08-01 VCF格式文件解读(转)

文章来源https://www.jianshu.com/p/3151fe7db47e1，vcf格式说明VCF格式：VariantCallFormat，用于记录variants(SNP/InDel)的文件格式
Koalaemu·2020-03-25 15:28

利用python中的pysam模块做一些简单的数据统计（BAM文件）

首先了解一下pysam和BAM是干啥的：python读写处理模块pysam是在开发基因组相关流程或工具时，经常需要读取、处理和创建bam、vcf、bcf文件。
糕糕python·2020-03-24 13:01

vcf文件中短序列插入缺失（INDEL）标准化

问题：INDEL在vcf文件中表示的非唯一特性INDEL在Wikipedia中的解释：Indelisamolecularbiologytermforaninsertionordeletionofbasesinthegenomeofanorganism.Itisclassifiedamongsmallgeneticvariations
BFX山姆大叔·2020-03-21 20:13

2019-06-11 解读vcf格式文件

https://blog.csdn.net/genome_denovo/article/details/78697679第二章：生物信息分析第一节：解读vcf格式文件1，vcf格式说明VCF格式：VariantCallFormat
Koalaemu·2020-03-21 11:13

突变需要学习的知识点

我们先不纠结这个细节）通常一个人的全基因组测序数据可以挖掘到四百万个SNVs(跟参考基因组不一样的单碱基位点)，还有五十万的indels(insertionsordeletions),但是得到的数据通常是以vcf
一路向前_莫问前程_前程似锦·2020-03-18 16:15

VCF文件格式解析

VCF文件全称为VariantCallFormat，表示基因组的变异信息，通常为GATK和Samtools软件处理所得到。
井底蛙蛙呱呱呱·2020-03-15 06:00

我是哈哈哈

正常吧，需要学的东西就好多呀，搞了一天bowtie2可能还没比对结束.然后就试着看了一下vcf文件，这tm是个陨石坑呀，就单单注释的snp文件都已经让人上头啦，还过不过了，不过了。
时间众筹俱乐部·2020-03-13 07:35

oc 导出通讯录 格式为vcf

-(void)getContacts{NSMutableArray*contactsArray=[[NSMutableArrayalloc]init];CNContactStore*store=[[CNContactStorealloc]init];[storerequestAccessForEntityType:CNEntityTypeContactscompletionHandler:^(BO
随风的流浪·2020-03-04 02:56

python通用读取vcf文件的类（复制粘贴即可用）

前言处理vcf文件的时候，需要多种切割，正则匹配，如果要自己写其实会比较麻烦，并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码。
ywliao·2020-02-29 17:40

python通用读取vcf文件的类（可以直接复制粘贴使用）

前言  处理vcf文件的时候，需要多种切割，正则匹配，如果要自己写其实会比较麻烦，并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码。
ywliao·2020-02-29 11:00

使用UCSC基因组浏览器可视化测序深度分布数据

通过UCSC基因组浏览器，我们不仅可以查看别人已经公布的数据，还可以上传自己的数据进行查看，支持以下bed,vcf,bigwig等多种常见的文件格式，完整的格式列表请参考以下链接https://genome.ucsc.edu
生信修炼手册·2020-02-27 02:26

GATK 模块 CombineVariants 合并多样本 VCF 时 AD 字段缺失问题

tags：gatkbug问题发现我用GATK模块CombineVariants合并了12个样本的VCF文件，之后发现部分位点FORMAT字段缺少了AD信息。
wangpeng905·2020-02-22 00:24

R包——maftools 可视化神器

只要数据采用MAF格式，该软件包就会尝试从TCGA源或任何内部研究中有效地汇总，分析，注释和可视化MAF文件.准备使用前要先将文件转换为maf格式,对于VCF格式文件，可以使
oddxix·2020-02-21 04:40

vcf 文本处理

1.删除行和列需求：发现样本有7个男女性别不符，需要剔除importpandasaspdimportnumpyasnpcsvd=pd.read_table("test.vcf",header=10,na_values
thinkando·2020-02-13 04:45

SnpSift学习笔记(一)

1.annotateannotate命令对输入的VCF文件进行注释，需要一个数据库的VCF文件，比如dbsnp等，通过在数据库中查找，将数据库VCF文件中的ID和INFO字段信息输出出来,用法如下java-jarSnpSift.jarannotatedbSnp132
生信修炼手册·2020-02-12 04:19

快捷操作bed,sam,vcf,gff,fastx的工具bioawk

大神HengLi将常用几种格式（bed、sam、vcf、gff和fastx）的文件按照字段属性映射到awk的变量，我们只需要指明待操作文件的格式，输入变量名就能提取想要的信息，并能结合内置函数灵活应用，
生信杂谈·2020-02-07 16:02

【转】vcf文件合并操作

欢迎关注公众号：oddxix最近在做PCA，需要将多个样本vcf合并起来，并且加入千人里中国人的数据，收集到下面的资料。
oddxix·2020-02-07 14:21

vcards(vcf)文件转Excel

有一个安卓手机导出的通讯录文件是.vcf格式的,想把这里面的联系人都提取出来,转换成Excel表格,网上有转换工具,不过吧是收费的,看了一下Vcf文件还是很有规律的,感觉使用Io流读取信息,然后生成Excel
沙漠里的橘子皮·2020-02-06 12:00

GATK4.0和全基因组数据分析实践（下）

HGP前言在上一篇文章中我已经用例子仔细跟大家分享了WGS从原始数据到变异数据（Fastq->VCF）的具体执行过程。
黄树嘉·2020-01-08 20:53

你知道如何比较两个VCF文件吗？

最近工作中遇到需要比对两个不同的VCF文件，看看两个VCF文件中哪些变异位点是相同的，哪些是不同的。为了寻找解决办法，于是求救Google，发现了一篇非常不错的教程。
lakeseafly·2020-01-07 22:11

临床生信实操（centos7）2

在/home/Documents下新建文件夹denovo2复制denovo-exercise文件夹中的select.sh和trio.vcf至denovo2文件夹下双击select.sh内容如下：提取儿子的所有位点
Hocchan_7·2020-01-05 12:12

关于SNP的过滤（1）：如何使用vcftools进行SNP过滤

第二，如果你有很多的个体，往往你的call完SNP后，VCF文件的大小的会比较大，如果不经过过滤，对下游的群体结
lakeseafly·2020-01-04 15:40

vcf2maf流程中断后要删除vep.vcf文件

用vcf2maf批量把vcf转化成maf文件，使用的是本人写的pipeline，会自动记录哪些步骤已run，中断后重新开始不需要再run。
leoatchina·2020-01-03 08:56

用Python处理vcf文件的代码

我把这些样品中的一个样品作为参考基因组，将剩余样品比对到这个样品上，然后callSNP，最终得到数百个vcf文件，这些vcf文件包含了这些样品相对于参考基因组的SNP，写一个脚本将这些SNP分别连接起来作为一条序
孤独巡礼_435a·2019-12-31 22:31

VCF文件操作利器bcftools的常用实例

#首先需要压缩VCF并建立索引。
生信杂谈·2019-12-29 14:57

WGS数据分析 || VCF文件格式

VCF格式VCF(VariantCallFormat)格式，是用于记录基因序列变异信息（genesequencevariations）。也是做基因组群体相关分析首先需要了解的文件格式。
Dawn_WangTP·2019-12-26 22:27

annovar在肿瘤项目中的使用

最近在做个乳腺癌的项目，用GATKcall变异后得到vcf，需要做一些注释，就要用到annovar，ANNOVAR支持三种不同形式的注释：gene-based,region-based和filter-based
巴拉巴拉11·2019-12-26 06:51

WGS全基因组分析||VCFTOOLS使用

故为提升效率，处理VCF文件之前先好好将对应工具vcftools学习一遍VCFTOOLS基本说明vcftools为专门处理vcf/bcf文件而生，此工具能处理VCF数据包括：
Dawn_WangTP·2019-12-25 08:11

「GATK 3.8」SelectHeaders和RandomlySplitVariants

SelectHeaders功能：从VCF文件中选择headers分类：变异位点操作工具概要：VCF文件通常是拥有许多header信息的，但是实际上某些步骤不需要那么多信息，所以我们需要利用SelectHeaders
徐洲更hoptop·2019-12-23 19:02

Pisces变异检测

输入文件为BAM，输出文件为VCF或GVCF格式。可以进行tumor/normal样本分析，但需要过滤掉胚系突变Illumina的Strelka可以做这件事情。该软件包含如下几个执行程序：
浩渺予怀·2019-12-20 18:09

使用GATK合并比较多个vcf文件

这不是简单的坐标合并，多个样本的vcf文件里面都只会记录对应样本的变异位点信息，但是因为样本检测手段不一致，可能是WGS或者WES，或者不会测序，意味着基因组某些区域可能是根本就没有被测序到，也就无从得知对应位点的碱基信息了
生信技能树·2019-12-20 07:10

SnpEff使用方法

SnpEff使用方法SnpEff软件通过基因组结构注释数据（GTF文件），对VCF文件中的SNP/InDel信息进行注释，即主要解释了SNP/InDel是否能够对编码蛋白基因造成影响。
LiuYueRR·2019-12-19 14:34

Dsuite: 从VCF文件中快速计算D-统计量和亲缘相关性的工具

可以对数十个甚至数百个种群或物种的所有组合进行D统计量进行计算，并且可以直接使用常见的变异（VCF）文件作为输入。此外，该程序可以估
lakeseafly·2019-12-15 16:09

csvtk——CSV_TSV文本处理万能工具

学习生物信息的分析流程过程中，需要处理各种格式的文件类型，如gtf/gff、vcf、bam等，其实
Dawn_天鹏·2019-12-15 03:25

变异vcf文件可视化神器

今天给大家带来一款非常方便好用的SNP变异vcf文件可视化神器:VariantQC。听到这个名字有没有似曾相识的感觉，嘿嘿嘿。没错，那就是FastqC了。
lakeseafly·2019-12-12 13:43

Plink_2.文件格式

plink常见格式pedmapbedfambimplink需要的格式一般可以从vcf文件转化而来由以下命令生成ped和map格式#vcf转ped和mapvcftools--vcfmy.vcf--
oddxix·2019-12-12 02:50

【生信技能树】VCF格式文件的shell小练习

首先友情宣传生信技能树全国巡讲:R基础，Linux基础和RNA-seq实战演练:预告：12月28-30长沙站广州珠江新城GEO数据挖掘滚动开班题目来源：【生信技能树】VCF格式文件的shell小练习首先使用
猫叽先森·2019-12-09 10:15

常用生物信息学格式介绍(fasta、fastq、gff2、gtf(gff2.5)、gff3、bed、sam、bam、vcf)

前言在各个行业都是有行业标准的，这样才能统一规范而方便后面的分析，在生物信息学领域中主要是各种大量序列数据、注释数据等，这些都是有特定的格式去表示，下面列举几种常见的格式。了解这些是进行后续生物信息学分析的必备知识，有些人虽说是在做生物信息学分析，但是到现在可能还不知道什么是GFF3格式等。fastafasta格式是最基本的表示序列信息（核苷酸或者蛋白质）的格式。http://genetics.b
天涯清水·2019-12-08 06:15

kggseq软件用于测序后下游分析

QualityControl）对基因型的质控（GenotypeQC）参数如下：对位点的质控（VariantQC）参数如下：image.pngimage.png对样本的质控（SampleQC）可以使用kggseq软件把vcf
Richard_Zhou·2019-12-07 15:06

OPPO Reno2联系人怎么批量导入/导出?

1、依次进入手机【设置】—【系统应用】—【电话本】—【导入/导出联系人】；2、选择【从存储设备导入】，你可以直接导入存储在SIM卡中的联系人；如果旧手机有SD卡，还可以将联系人导出为.vcf格式文件，并通过
·2019-11-24 21:41

Python3 完成 QUOTED-PRINTABLE 编码及反翻译

想生成一个vcf时遇到了从字符串到QuotedPrintable编码转换的问题1.从手机里导出的vcf是这样的格式:BEGIN:VCARDVERSION:2.1N;CHARSET=UTF-8;ENCODING
老宝·2019-11-15 09:31

OPPO Reno2怎么批量导入/导出手机通讯录？

1、依次进入手机【设置】—【系统应用】—【电话本】—【导入/导出联系人】；2、选择【从存储设备导入】，你可以直接导入存储在SIM卡中的联系人；如果旧手机有SD卡，还可以将联系人导出为.vcf格式文件，并通过
·2019-11-08 18:15

批量处理

usewarnings;useFile::Basename;open(OUT,">text.file")||die"cannotopenthetext.file\n";my%data;my@files=glob"*.vcf
南山欧巴·2019-11-08 15:04

Linux3天培训总结

最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf
小梦游仙境·2019-11-08 10:39

VCF格式的学习及对VCF文件的统计

部分摘自#VincentLuo91的博客Part1VCF格式的学习1.什么是vcf？VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。
天秤座的机器狗·2019-11-05 18:46

从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第5节 理解并操作BAM文件

但在那一节中限于篇幅有两个很重要的文件我没能展开来讲，分别是：BAM和VCF文件。这篇我们先说BAM文件。
黄树嘉·2019-11-05 08:08

VCF格式文件解读(转)

1，vcf格式说明VCF格式：VariantCallFormat，用于记录variants(SNP/InDel)的文件格式，关于其说明，详见：http://gatkforums.broadinstitute.org
tianzhanlan·2019-11-04 19:11

变异信息那些事（上）

刘小泽写于18.12.31再次知识迭代：打算以上中下三篇来认识一个新事物上篇：主要了解VCF的背景知识；一般我们会从WES的上游得到SNP、InDel等信息，这些重要的信息都保存在VCF中，那么怎么对这些变异进行提取
刘小泽·2019-11-04 15:50

multiSNV的安装

这个软件和mutect、varscan等一样，是用来callingSNV的，它的特色应该是针对来自同一病人不同部位的癌-正常配对样本，和其它软件一样，multiSNV也是利用bam文件，并且结果也是输出vcf
elaine0622·2019-11-01 21:10

SNP连锁不平衡图（LD）可视化R包LDheatmap的使用

理解SNPs之间的联系或连锁不平衡（LD）模式对于单体型的选择具有重要作用，然而，对于密集的SNP图谱，随着区域内SNPs数量的增加，很难直接从复杂的VCF文件来看出SNPs间的连锁不平衡关系。
生信杂谈·2019-10-31 06:17
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