E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
VCF
基因型填充之后如何过滤
lesstest_out.
vcf
|grep"^#"-v|cut-f10-|less-S比如个体分型率<90%某一个样本测出来的标记小于全部标记的90%标记分型率<90%某一个标记只在小于90%的样本中存在最小等位基因频率
TOP生物信息
·
2024-02-15 10:43
生信地基系列--常规分析流程
biocondutor已经给你准备好了29篇Bioconductor-BiocViewsimage.png注释流程生物导体可以导入多种与序列相关的文件类型,包括Fasta、fastq、BAM、
VCF
、gff
可能性之兽
·
2024-02-14 18:17
bedtools获得基因组指定范围的序列
getfasta-glyph.pngbedtoolsgetfastaextractssequencesfromaFASTAfileforeachoftheintervalsdefinedinaBED/GFF/VCFfile.用法bedtoolsgetfasta[OPTIONS]-fi-bed-fi基因组文件-bedbed,gff,
vcf
M78_a
·
2024-02-11 19:27
基于
VCF
文件做基因渗入分析(Dsuite)
Dsuite软件文章:Malinsky,M.,Matschiner,M.andSvardal,H.(2021)Dsuite‐fastD‐statisticsandrelatedadmixtureevidencefromVCFfiles.MolecularEcologyResources21,584–595.doi:https://doi.org/10.1111/1755-0998.132651.软
DumplingLucky
·
2024-02-08 15:42
取两个
VCF
的差集
www.biostars.org/p/113509/#113509https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html#isecbcftoolsisec[option]A.
vcf
.gzB.
vcf
.gz
橙子_orange
·
2024-02-01 09:31
LINUX的练习题
最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/
vcf
七七师姐
·
2024-01-31 00:14
VCFtools的使用(参数说明)
故为提升效率,处理
VCF
文件之前先好好将对应工具vcftools学习一遍VCFTOOLS基本说明vcftools为专门处理
vcf
/bcf文件而生,此工具能处理
VCF
数据包括:
little_sandy
·
2024-01-30 22:39
GWAS -4
VCF
格式文件转为Plink文件
1
VCF
格式文件为Plink文件image.png参考:https://cloud.tencent.com/developer/article/15561662plink转vcfplink1.9版本支持转化为
Hello育种
·
2024-01-28 16:07
vcf
文件转换为maf格式
假设已经安装了VEP软件,对自己的
vcf
进行了注释,然后就可以进行转换:https://github.com/mskcc/
vcf
2maf安装GitHub上面的小工具cd~/biosoft/
vcf
2maf
Dr家硕的科研之路
·
2024-01-26 19:13
生物信息基础:pysam读写基因组文件
Pysam[1]是一个Python模块,它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API,可用于读写基因组相关文件,如Fasta/Fastq,SAM/BAM/CRAM,
VCF
等。
简说基因-专业生信合作伙伴
·
2024-01-22 08:37
python
开发语言
通过
VCF
文件制作定制化的参考基因组
前言最近做的项目要对referencegenome基于突变进行一些modify,制作personalizedgenome或者说是psuedo-genome伪基因组。其实就是把某个测序样本call出来的SNP&&indel替换掉参考基因组对应位置的碱基。自己可以编写脚本修改,使用Perl中的substr来进行单个位点修改,把坐标按照从后往前的顺序,而不是从前到后。其实有蛮多工具可以做这个的,在这里安
dulunar
·
2024-01-20 01:58
关于单倍型和Phasing
vcf
文件中,./.和.|.分别表示未定相和已定相。Phasing的方法:家系定相,最准确,一般根据一家三口(Trio样本)推断,直接简单;LD定相,最常用,根据群体LDblock和统计模型
生物信息与育种
·
2024-01-19 01:32
vcf
文件提取SNP位点
测序得到
VCF
文件后,有时需要提取部分SNP位点,这里介绍的工具是VCFtools,安装以及基础功能见下贴:vcftools安装及基础用法-(jianshu.com)1.准备SNP位点list首先将需要提取的
Wei_Sun
·
2024-01-17 18:45
基因组变异文件
VCF
格式详解
这期介绍一下基因组变异结果常见的文件格式
VCF
。
90066456ace6
·
2024-01-11 14:43
11.2 GWAS流程学习
主要使用plink和structure:1、在snp-calling后得到
vcf
文件2、基因型填充:https://www.jianshu.com/p/dafd1e6e4a98使用beagle3、数据质量控制
KK_f2d5
·
2024-01-02 17:39
vCard文件解析 - 正则
其实就是通讯录中,某一个联系人导出时生成的
vcf
文件。
素还真人
·
2024-01-02 03:58
Vcftools --minDP 根据depth过滤
vcftools--vcftest.
vcf
--minDP6--recode--recode-INFO-all--outtest.depth6只得到depth大于等于6的个体的位点,其他的都被写成./.missingdata
杨康chin
·
2023-12-31 21:04
DNA 9. 揭秘肿瘤异质性与TMB, MSI之间的相关性
傻傻分不清楚DNA2.SCI文章中基因组变异分析神器之maftoolsDNA3.SCI文章中基因组变异分析神器之maftoolsDNA4.SCI文章中基因组的突变信号(maftools)DNA5.基因组变异文件
VCF
90066456ace6
·
2023-12-31 15:00
全面解读txt excel word转vcard/
vcf
并导入手机通讯录方法
现实生活中的问题:经常会有人问如下问题:(1)怎么把我TXT或者Excel里面联系人批量导入手机通讯录?(2)如何把手机号导入我的安卓或者苹果手机?(3)我这有成千上万个手机号但是不知道怎么导入手机通讯录啊,怎么办?等等。TXT、Excel、Word导入手机通讯录的原理解析:作为生活中的大众,对于不懂计算机编程的吃瓜群众,这个问题时常会萦绕心头,久久挥之不去,上网查询一番后,发现网上的软件不能解决
未来自主研究中心
·
2023-12-29 16:21
根据染色体序号提取
vcf
变异识别文件
假设
VCF
文件名为variants.
vcf
,以下是一个示例命令:grep'^#'variants.
vcf
>header.vcfgrep-v'^#'variants.
vcf
>data.
vcf
上述命令将从variants.
vcf
咩小饬
·
2023-12-28 14:58
服务器
运维
python 处理snp的
vcf
文件,统计snp在基因的intron、exon还是上游、下游还是不在基因及基因附近
1、c处理
vcf
文件,初步统计snp位置位置信息有5种down_stream是gene下游2k以内,up_stream是gene上游2k以内,gene_exon是snp在外显子内,gene_intron
离子回旋
·
2023-12-27 15:16
基因组
SNP
Gff3
生物信息学
python
annovar 注释
注释:先转换适合的文件格式:~/biosoft/annovar/convert2annovar.pl-formatvcf4pooling_variants_all_variants.hg19-hg38.
vcf
程凉皮儿
·
2023-12-27 07:18
2018-10-05 如何把
vcf
文件合并
但是我们也不能太依赖这些收费的软件,比如我先在得到了每个样本的
vcf
文件,我想合并,这个软件就实现不了,这不,还是得学一点其他技术。
小郑的学习笔记
·
2023-12-24 21:26
2020-09-03vcftools去除或保留
vcf
文件中的样品
原贴-https://www.omicsclass.com/article/647vcftools去除或保留
vcf
文件中的样品vcftools可以去除或保留
vcf
文件中的样品,用到的选项为--indv和
花事Le
·
2023-12-23 02:07
tbx_index_build failed:
使用tabix构建
vcf
的索引时,遇到失败的问题tbx_index_buildfailed:XXX.
vcf
.gz是因为这个压缩文件需是用bgzip压缩的,所以正确的使用方法是:gunzipXXX.
vcf
.gzbgzipXXX.vcftabix-pvcfXXX.
vcf
.gz
灵动的小猪
·
2023-12-19 00:07
电脑端联系人(excel)批量导入手机
电脑端,联系人(excel)批量导入手机(即excel转
vcf
)1、excel表,内容格式设置,设置好,保存文件格式为.CSV,文件名是会自动设置为邮箱通讯录的“分组名”。
Jason小森
·
2023-12-15 03:05
vcf
文件提取信息及排序
vcf
文件示例
VCF
文件简介:
VCF
(VariantCallFormat)文件是一种常用的存储基因组变异信息的文本文件格式。它由一系列的元数据行(以"#"开头)和数据行组成。
花生学生信
·
2023-12-05 23:45
生信技能29 - 提取
VCF
文件测序深度和基因型信息
提取
VCF
文件测序深度和基因型信息,示例如下,结果保存至excel文件中。
生信与遗传解读
·
2023-12-04 06:19
生信分析项目实战技能集合
r语言
linux
python
生信软件2 - 下游比对数据的统计工具 picard
下游比对数据的统计工具picardPicard是一组命令行工具,用于处理高通量排序数据和格式,如sam/bam/cran和
vcf
文件。
生信与遗传解读
·
2023-12-04 06:48
生信软件实战集合
java
开发语言
数据分析
2021-08-25
vcf
文件格式:
VCF
格式用于记录变异位点(SNP/InDel)的文件格式。#开头注释部分无#开头主体部分,主体部分包含10列数据,主体部分每一行代表一个变异位点信息。
小灯哇11
·
2023-11-28 19:16
非root权限下安装vcftools并使用
vcf
-query
使用https://github.com/vcftools/vcftools下载的安装包安装时需要root权限,这时可以使用sourceforge中已编译的包。具体方法如下:wget-chttps://sourceforge.net/projects/vcftools/files/vcftools_0.1.13.tar.gztarzxvfvcftools_0.1.13.tar.gzcdvcftoo
Niugh
·
2023-11-27 03:15
使用 PLINK 把
vcf
的0/0,0/1,1/1转为字母格式的基因型(比如AA,AG,GG)
file.
vcf
文件如下所示,包含两个样本、四个变异位点:#CHROMPOSIDREFALTQUALFILTERINFOFORMATID1ID2chr1123rs1GA.PASS.GT0|01|0chr1124rs2CA.PASS.GT1
橙子牛奶糖
·
2023-11-27 00:18
GWAS
QTL
大数据
2021-06-08 vcftools提取特定
vcf
子集
vcftools可以去除或保留
vcf
文件中的样品,用到的选项为--indv和--remove-indv,指定要从
vcf
文件中保留或删除的样品。可以多次使用此选项来指定多个样品。
AsuraPrince
·
2023-11-19 09:32
GWAS全基因组关联分析实战——基于Plink转换
vcf
数据为二进制
vcf
数据是保存变异信息的主要数据格式,plink是进行全基因组关联分析(GWAs)分析的常用工具包,同时提供一系列数据转换、裁剪和遗传统计量计算工具。本文以实际数据提供基因组关联分析方法。
Odd_guy
·
2023-11-15 22:15
生物信息学
#
GWAs
进化生态学
经验分享
bash
UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册
文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式,甚至可以说是最重要的文件格式,比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM,以及突变列表
VCF
,它们都是文本文件。
简佐义的博客
·
2023-11-12 22:32
数据库
图文详解
VCF
生信格式 (变异信息)
文章目录一、
vcf
格式介绍二、
vcf
资源文件三、
vcf
文件详解3.1主要字段3.2INFO中的常见信息3.3FORMAT和SAMPLEs中的信息四、
vcf
的记录模式4.1只记录变异本身的信息4.2记录个体或个体组织的变异信息
白墨石
·
2023-11-09 14:44
生信情报站
生物信息
结构变异
VCF
VCF
(Variant Call Format)
举个栗子:image.pngMetainformations这块儿由##打头,第一行必须是
VCF
的版本信息INFO规定
VCF
主体部分INFO字段可能出现的变量和对应值的数目、类型比如,特殊地,##INFO
不到15不改名
·
2023-11-03 23:23
SnpEff结果解读
SnpEff结果文件的解读根据上一篇中SnpEff结果产生的4个文件进行解读1571303034(1).png第一个文件:positive.snp.eff.
vcf
其实positive.snp.eff.
vcf
LiuYueRR
·
2023-11-01 02:51
pixy:计算种群内和种群间的核苷酸多样性工具
pixy用于从
vcf
变异文件中计算pi(π),Dxy和Fst的值。
wo_monic
·
2023-10-29 03:29
【宏】解决vcard乱码&批量导入outlook
如果不是某人用的国产手机,我还真不知道现在好多国产手机联系人的导出格式居然是
vcf
。而且,中文姓名都乱码了。而且而且outlook不支持批量将这一坨一坨的
vcf
文件导入。
某呆啊
·
2023-10-24 14:28
vCard
outlook
乱码
联系人
联系人导出vcard_如何在Outlook 2013中将多个联系人导出到多个vCard或单个vCard
联系人导出vcardWe’veshownyouhowtoexportacontacttoandimportacontactfromavCard(.
vcf
)file.However,whatifyouwanttoexportmultiplecontactsatthesametimetomultiplevCardfilesorevenasinglevCardfile
culiyuan8310
·
2023-10-24 14:55
csv
excel
python
windows
eclipse
检测snp和InDel的工具:snippy~可用于检测两条fasta序列之间的变异生成
vcf
格式文件
这个软件的github主页https://github.com/tseemann/snippy我是在看到有人分享,介绍的链接是https://www.jianshu.com/p/268689bf3373在github主页没有看到软件对应的论文。github主页对软件的介绍image.png通常利用二代测序数据检测单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失(InDels)变异的基本流程是1测序数据与参考基因
小明的数据分析笔记本
·
2023-10-23 00:47
联想3850x6服务器装esxi系统,VMware Cloud Foundation 3.x 演示 — 系统部署
VMwareCloudFoundation简介VMwareCloudFoundation(
VCF
)是VMware针对用户数据中心现代化改造而专门开发的新一代云平台,它整合了vSphere、vSAN、NSXDataCenter
weixin_39535217
·
2023-10-22 22:37
【孟德尔随机化 LDSC基因评分结果解读】
MRBase中的数据,即IEUid#这个接口贼慢而且容易中断根本用不了#TwoSampleMR::ldsc_h2()#TwoSampleMR::ldsc_rg()#最好是下载到本地进行分析#IEU上下载的
VCF
皮肤科大白
·
2023-10-19 03:37
windows
生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,
vcf
)
生物信息学生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,
vcf
)文章目录生物信息学概述一、fasta文件格式二、fastq文件格式三、sam(/bam)文件格式四、
vcf
文件格式概述每一种生物软件都有固定的文件格式要求
福旺旺
·
2023-10-11 04:30
生物信息学
生物信息
测序技术
单个
vcf
文件转maf文件,单样本maf合并成多样本maf文件
在网上偶然看见了maftools,想用自己的
vcf
文件尝试,因此在网上找了教程来进行这一转换。
拔了一颗牙
·
2023-10-10 18:14
读取公共数据库中GWAS结果的
vcf
格式文件
这里以https://gwas.mrcieu.ac.uk/数据库为例这个数据库中的
vcf
文件是gwas分析之后的,所以可直接生成GWAS数据文件而不需表型数据。index文件是
vcf
文件的索引。
帅锅不识字
·
2023-10-01 15:41
linux
r语言
test_xia8:py处理
vcf
文件
有多个值的情况,分成多行输出;image.png3、脚本1:将ALT的值按照多行输出importvcfimportcsvinput='E:/Script/python/xia_test/8/demo.
vcf
'output
夕颜00
·
2023-10-01 06:24
SnpEff--有参考基因组--SNP注释--找非同义突变
snpeff/files/snpEff_latest_core.zip解压后即可使用:unzipsnpEff_latest_core.zip二、使用到的文件:genome.fasat&gene.gff3&
vcf
海岛眠
·
2023-09-19 10:23
GWAS基因型文件介绍——
VCF
文件
承载这些基因型数据的文件也具有多种格式,一般用到的有
vcf
、ped/map、bed/bim/fam、hapmap、bgen等。不同的GWAS分析软件往往使用不
李路飞
·
2023-09-15 01:14
上一页
1
2
3
4
5
6
7
8
下一页
按字母分类:
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他