VCF 第5页

GATK4.0和GATK3.5 Call SNV的差异

2.通过Vep注释，挑选外显子区域的SNVvep-imerge_sort_dedup_GATK_v4.0.vcf-otmp4.out--cache--cache_version82--o

晓佥·2020-08-25 09:17

http://vcf-online.org/

有个叫VCF的C++程序库，用它编GUI程序就像在java中用swing那样简单，而且是可移植的，个人感觉要比wxWidgets和Qt强。

zoff2002·2020-08-25 00:00

【bedtools教程】-annotate功能

annotatebedtoolsannotate,well,annotatesoneBED/VCF/GFFfilewiththecoverageandnumberofoverlapsobservedfrommultipleotherBED

Greatji·2020-08-23 18:28

vcftools

vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，其中很多过滤及计算功能我们可以自己使用perl或者python编写脚本实现，但都不如这个工具的运算速度快。

oddxix·2020-08-23 11:34

bcftools学习笔记(一)

1.indexindex命令用于对VCF文件建立索引，要求输入的VCF文件必须是使用bgzip压缩之后的文件，支持.csi和.tbi两种索引，默认情况下建立的索引是.csi格式，用法如下bgzipview.vcfbcftoolsindexview.vcf.gz

生信修炼手册·2020-08-21 09:23

windows下批量拷贝目录下所有文件夹中的指定文件

主要是前段时间要从一个server上面拷贝一批数据，但是又不是linux，所以实验了一下windows下的批量拷贝；场景：测序的项目，每一个样本的数据都存放在各自的名称文件夹下，我需要下载一批数据的variant文件（.vcf

yuyuena·2020-08-20 14:41

python实现批量添加联系人到手机通讯录+python可视化编程案例

简要本案例通过python+pandas实现提取excel工作表中的数据，并将其添加相关代码信息，再保存为txt，然后保存为后缀名为.vcf的通讯录备份文件，此文件可以直接使用手机自带通讯录软件打开（安卓苹果通用

“猩球崛起·2020-08-14 01:42

多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools

vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用jointcalling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。

xiaoji_hb·2020-08-11 11:33

【PYTHON小项目】VCF文件转EXCEL文件方法详解（附QUOTED-PRINTABLE编解码）

分析CSV文件用文本编辑器打开vcf一看，就是文本格式，我只需要把它转换成csv格式，然后就可以导入到Excel中了BEGIN:VCARDVERSION:2.1N;CHARSET=UTF-8;ENCODING

紫菜花油菜花·2020-08-09 15:53

转录组分析

UCSCRefSeqproteins.fasta，下载很hg38参考基因组，通过tophat2和cufflinks对Hela细胞进行转录组分析，得到BAM和BED文件，使用samtools生成BCF文件并用BCFTOOLS生成VCF

┡狼儿本色～々·2020-08-08 00:46

变异位点的归一化(normalization of indel)

一、定义二、indel的左对齐三、多等位位点的左对齐定义在二代测序中，使用bcftoolscall或者gatkHaplotypeCaller工具检出变异位点的时候，会得到原始的vcf文件，这些vcf文件中的

BioCoderCM·2020-08-06 14:09

群体变异数据vcf文件过滤概念及使用方法

标记过滤指标概念miss缺失率，即标记缺失的比例一般过滤0.1或者0.2；对于简化基因组的也有进行0.5的过滤的，看具体需求了maf最小等位基因频率一般过滤0.05或者0.01DP深度，reads支持数这个要根据具体测序的情况最好过滤到4，7，10以上，然后对于深度高于平均深度3-5倍的，尽量也进行过滤，因为大概率是重复区域的情况GQ基因型质量值一般gatk过滤30，samtools过滤20ADr

点滴生信·2020-08-02 14:10

[Cocoa]_[初级]_[vcf文件的生成和导出]

之前对vcf文件一点都不理解，通过学习vcf的相关资料，对此进行了实例验证。

Foreveroriginal·2020-08-02 13:22

0088-【生物软件】-GATK4如何使用idx和tbi索引

gatk数据库下载使用路径：https://software.broadinstitute.org/gatk/download/bundle数据库下载后，hg19的vcf为gz结尾压缩格式，idx索引后缀

leadingsci·2020-08-02 13:44

vcf 格式文件详解

Vcf文件格式是GATK钟爱的表示遗传变异的一种文件格式。就拿GATK给出的vcf例子说明吧，下面这个文件只表示了一个完整vcf文件的前几个SNP。

HF飞哥·2020-08-02 13:17

下载GATK中存储的snp vcf文件

GATK里存储了很多版本的vcf文件以下载hg38版本为例网址为ftp://ftp.broadinstitute.org/bundle/hg38/我们可以在服务器上直接下载wget-

紫色星寂·2020-08-02 12:44

biostar handbook(十一)|基因组变异的表示形式

VCF文件格式在biostarhandbook(十)|如何进行变异检测部分我们最后以VCF格式存放找到的变异。

徐洲更hoptop·2020-08-01 09:04

pysam - 多种格式基因组数据（sam/bam/vcf/bcf/cram/…）读写与处理模块（python）

weixin_33674437·2020-07-30 20:42

samtools用法详解

文章目录下载安装测试数据命令详解dictfaidxindexreheaderrmdupcatmergempileup查看参数mpileup生成的结果有参考序列的pileup使用生成一个简单的vcf文件sort

sunchengquan·2020-07-30 20:40

SAM BAM 和 CRAM

处理NGS数据的生信人员每天都会接触各种数据格式，什么sam、bam、bed、vcf、gvcf等，大家对sam和bam都听得比较多，可能对cram不熟悉，此篇博文梳理下三个以‘AM’结尾的文件，不会具体说明三个文件的具体格式

SHMILYRINGPULL·2020-07-30 18:47

苹果手机通过iCloud导出通讯录导入到安卓手机教程

账号的邮箱或手机号登录账号一般是手机号或者（大多数人会选择）qq邮箱3、验证，可通过其他设备接收验证码或者通过绑定的手机号接受验证码4、进入主页找到通讯录5、导出通讯录6、在设备上找到名为iCloudvCard.vcf

qianyio·2020-07-30 06:35

关于SNP的过滤（2）：如何使用vcftools进行SNP过滤

从现在开始，过滤步骤假定vcf文件是由FreeBayes生成的。（但是其他的vcf也是类似的，可能在header等不同地方有小许的差异）。

lakeseafly·2020-07-30 03:44

全基因组完整数据实战

1、从DNA到fastq；2、从fastq到bam；3、从bam到vcf；4、从vcf到pdf；一、从DNA到fa

awk_bioinfo·2020-07-29 22:59

shell并行下载数据

版本一：无并行foriin{1..12}do{echostart`date`wgetftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/rice_4530/VCF/vcf_chr_

sober01·2020-07-29 16:18

GATK4-部分工具包常用参数记录

VariantFiltrationFiltervariantcallsbasedonINFOand/orFORMATannotaitions.gatkVariantFiltration\-Rreference.fasta\-Vinput.vcf.gz

_nnnoOooM·2020-07-29 11:10

VCF文件INFO列的一些信息意义

这里的变异质量值就是VCF中QUAL的值——用来衡量变异的可靠程度，这里的覆盖深度是这个位点上所有含有变异碱基的样本的覆盖深度之和，通俗一点说，就是这个值可以通过累加每个含变异的样本（GT为非0/0的样本

井底蛙蛙呱呱呱·2020-07-28 14:08

临床测序(WES, WGS)分析流程（一）基本流程+过滤

从指控->比对->BAM处理->call突变->合并gvcf都可参考我之前的GATKGermlineBestPractivce假设目前得到VCFtest1.vcf（包含4个样本，其中一个为CJ-258）

theomarker·2020-07-28 12:13

VCFtools学习

下载VCFtools用来处理VCF文档。

theomarker·2020-07-28 12:13

Samtools和Bcftools

BCFtools主要是用来操作vcf和BCF文件的工具合集，包含有许多命令。这些命令的使用方法如下：1.viewview命令的主要功能是查看bam和sam文件的内容。

井底蛙蛙呱呱呱·2020-07-13 14:53

遇到问题----hadoop组件---spark实战-----spark on k8s---hail--Expected n part files but found 0

遇到问题在jupyternotebook中使用hail进行操作，使用命令如下:importhailashlmt=hl.import_vcf("s3a://test-env/tmp/zzq/20200317072357

张小凡vip·2020-07-13 09:42

使用bcftools合并vcf过程中遇到的问题与解决方案

首先因为我的vcf并不是标准的vcf，我用的这些vcf是通过python拼凑了几个callsnp软件的结果，所以遇到了各种问题，开帖记录一下。

Q.1·2020-07-12 19:04

vcftools常用命令

vcftools是处理VCF文件的工具，服务于1000G计划，用于VCF的统计、变异位点的过滤等，功能强大。废话少说，直接上命令。

bioinfoxp·2020-07-12 17:30

利用PyVCF模块处理VCF文件

利用PyVCF模块处理VCF文件转载自：微信公众号生信说欢迎大家扫码关注工欲善其事，必先利其器。VCF，全称VariantCallFormat，是生物信息学领域最常用的遗传突变存储格式。

whenfree·2020-07-12 15:10

vcftools安装碰到的坑

爱学习Guocc·2020-07-12 13:50

bcftools 为 vcf 文件建索引及合并 vcf 文件

1.bgzip压缩vcf文件为gz文件bgzip-cT8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf>T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gzbgzip-cT9

weixin_34144450·2020-07-12 09:12

【BCFTOOLS】按样本拆分VCF文件

在对vcf的操作有这样三个软件：Vcftools：主要用于群体分析，文本处理的功能不是很强大，虽然这个软件也可以拆分样本，但是这种拆分不涉及文件的处理，只是保留在分析流程里。

weixin_30415113·2020-07-12 05:17

「生信Debug」[E::bcf_hdr_parse] Could not parse the header, sample line not found

从网上下载了一个VCF文件，打算使用bcftoolsview查看一下基本信息，结果遇到了如下的报错[E::bcf_hdr_parse]Couldnotparsetheheader,samplelinenotfoundFailedtoopenSNP.vcf.gz

徐洲更hoptop·2020-07-12 02:52

Linux下grep匹配中文字符

github地址：https://github.com/longyu1091.背景最近在解析.vcf文件，想提取其中的姓名和邮箱地址，发现linux下匹配中文与java下匹配中文有所不一样，java下匹配格式为

pl在之心·2020-07-12 01:41

vcftools用法详解

文章目录输入参数输出参数根据位置过滤根据位点过滤变异类型过滤根据ALLELE过滤根据基因型数值过滤根据材料过滤vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具参考：vcftools

sunchengquan·2020-07-12 00:53

卡西莫多的礼物·2020-07-11 17:46

基因组与Python --PyVCF 好用的vcf文件处理器

vcf文件的全称是variantcallfile，即突变识别文件，它是基因组工作流程中产生的一种文件，保存的是基因组上的突变信息。通过对vcf文件进行分析，可以得到个体的变异信息。

落衡故事讲得很好·2020-07-11 16:38

Android联系人号码中横线的去除

重刷GN后导入备份的联系人,可惜每个号码中被添加了一些横线,看着很不爽,虽然不影响使用.于是打开.vcf文件看每个号码都被添加了横线.是不是备份时添加的呢?

christin_zhm·2020-07-11 03:52

基因数据处理77之从vcf文件中提取某条染色体的数据

*/objectextractGRCH38chr20vcf{defmain(args:Array[String]){valconf=newSparkConf

KeepLearningBigData·2020-07-11 03:49

【Bioconductor系列】利用Bioconductor包进行基因组变异位点注释

bioconductor.org/workflows.R")workflowInstall("variants")背景VariantAnnotation包能够有效的从VariantCallingFormat(VCF

徐洲更hoptop·2020-07-11 00:49

bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件（extract specified position ）

下载安装bcftools见如下命令：bcftoolsfilter1000Genomes.vcf.gz--regions9:4700000-4800000>4700000-4800000.vcf注意：输入的

weixin_34387468·2020-07-10 19:10

使用bcftools提取指定样本的vcf文件（extract specified samples in vcf format）

1、下载安装bcftools。2、准备样本ID文件，这里命名为samplelistname.txt，一个样本一行，如下所示：sample1sample2sample33、输入命令：bcftoolsview-Ssamplelistname.txt/1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotyp

weixin_33754913·2020-07-10 19:11

Android VCard通讯录导入导出详解

详细介绍Android通讯录的导出和导入通讯录导出到SD卡时，会在SD卡中生成一个vcf文件，用于保存联系人姓名，手机号码。

yongsdm·2020-07-10 13:31

[samtools]mpileup命令简介

它的主要功能主要是生成BCF、VCF文件或者pileup一个或多个bam文件。比对记录以在@RG中的样本名作为区分标识符。如果样本标识符缺失，那么每一个输入文件则视为一个样本。

BlueWing2000·2020-07-10 05:51

挑战生信菜鸟团VCF格式文件的shell小练习

参考生信菜鸟团VCF格式文件的shell小练习首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，还有vcf文件wgethttps://sourceforge.net/projects/bowtie-bio

陈宇乔·2020-07-08 22:10

慕课生物大数据——福建农林大学公开课

在寒假的一部分时间里，我重跑了WGS的部分数据，并尝试用perl语言过滤vcf，得到真实的突变，但有许多编程思想仍需要学习改进，同时想向python转变，针对生物数据的

weixin_42953727·2020-07-08 21:45

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