bed

gtf格式的基因组注释文件转bed12格式（2018-05-30）

article/2017-07-01/4972977.html关于格式的详细说明链接:https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1这个将gtf转为bed12
简单点lili·2023-04-05 07:10

GWAS - plink文件类型

plink文件类型Plink常见格式有五种：ped，map，bed，fam，bimPLINK接受VCF文件作为输入，但在PLINK中使用的首选格式是带有结尾.ped（和.map）的文件，以及带有结尾.bed
SnowPye·2023-04-04 09:04

绘本讲师训练营【37期】10/21阅读原创《Five Little Monkeys Jumping on the Bed》

37004肖文娟今天分享的这本书是因为在心儿上早教班时学习了它的中文版，她时不时地哼唱：五只小猴子，床上蹦蹦跳，一只滚下来，头上长个包.....所以我就想着，既然心儿对这首歌那么熟悉，不如来看看英文版的是怎么样的吧，于是就买来了英文版的《FiveLittleMonkeysJumpingontheBed》。整本书描绘的就是五只顽皮的小猴子在床上玩“蹦蹦床”的故事，除了开篇用几句话交代了一下故事背景外
企业培训师Sally·2023-04-04 05:05

如何构建fasta文件及其index索引文件

需要准备的文件是序列信息bed格式文件或者GRanges格式文件比如有一个bed文件：$cattest.bedchr110000101000020chr210000211000030chr310000311000040
正经昵称征集中·2023-04-02 12:57

51.《Bioinformatics Data Skills》之获取基因组区域碱基序列

获取启动子区域之后，我们可能想要提取这些区域的碱基序列，有两种常见做法：直接使用Bioconductor发行的R包将区域存储为类似BED格式的文件，使用BEDTools命令行工具这里着重介绍第1种方案，
DataScience·2023-04-01 19:15

2022-09-19 技能——gtf转为bed12

今天在使用RseQC时需要将参考基因组GTF文件转换为bed12文件，下面是记录下来的方法：用到的工具UCSC的gtfToGenePred和genePredToBed工具，下载安装：wget-chttp
白告2333·2023-04-01 19:49

structure图绘制(三)----structure图的绘制

如何用经过格式转换形成的bed,bim,fam格式的文件绘制简单的structure图呢？下面将开始介绍admixtrue软件的使用以及如何用输出的结果在R中绘图。
bcl_hx·2023-04-01 16:13

基因家族分析八(计算串联重复基因KAKS值)

$foriinrepeat_gene_id;doawk'{print$0}'$i|xargs-n1>$i.bed;donesplit-l2$I.bed$seqkitgrep-f分割出来的文件cds_hits
多啦A梦的时光机_648d·2023-03-29 13:24

curl 带cookie请求

cookie请求url.txtcurl默认GET请求-ccookie.txt将获取的cookie写到cookie.txt的文件里curl-ccookie.txthttp://local.o.me/wx661c1bed18ad67c4
一小水滴一·2023-03-28 23:01

一个简单的MBR病毒

一、病毒简介文件名称c18f63a2f3ded440e254fd992f84adb4bed8b0137cc1045d67bbd85b8222b57d文件类型(Magic)PE32executable(console
极安御信安全研究院·2023-03-27 06:48

转录组有参分析之STAR比对及可变剪切

readssoftclipgenomeLoadLoadAndKeep多个比对共享内存中的基因组索引减小内存的使用量直接获得基因的readscount和导入基因组浏览器的biwWig文件STAR转录组比对和定量STAR比对基因注释文件准备：gtf转bed12gtfToGenePred-ignoreGroupsWithoutE
颤抖吧__小虫子·2023-03-26 13:47

PePr识别组蛋白修饰ChIP-seq差异峰+bed文件注释

PePr相关内容:文章连接:NCBI-WWWErrorBlockedDiagnosticPePr下载和使用:GitHub-shawnzhangyx/PePr:apeak-callinganddifferentialanalysistoolforreplicatedChIP-Seqdata提前安装的软件和文件:sratoolkit;fastq;bowtie2;samtools;PePr;参考基因组:
Apache_lin·2023-03-24 11:12

杂合度

1使用plink挑选个体plink--vcfSNP_qc0818.vcf--recode--outSNP_qc0818--make-bed--double-id--allow-extra-chr#先将vcf
铃_0d92·2023-03-24 09:10

麦豆悦读英文绘本讲师训练营【第23期】3/21——绘本赏析five little Money jumping on the bed

今天我想分享的是有歌谣，配合绘本的fivelittleMoneyjumpingonthebed。主题：让孩子掌握1-5的数字，让孩子掌握猴子的英文且能够互动歌谣不会唱，但是会做动作也是棒！学生：3岁+1Warmingup1.1Hellosong1.2whatanimalsdoyouknow?1.3Tgivesomeclue,Tdotheactionlikeamonkey?Q:whatdoesamo
faypiaohan·2023-03-23 19:48

利用bedtools提取基因组指定区域序列

1.Example：bedtoolsgetfasta-fiexample_genome.fasta-bedexample.bed-foexample.fa-name文件说明example_genome.fasta
qujingtao·2023-03-21 17:52

斑马鱼CUT&Tag分析遇到的问题

第一个，在画Heatmap时，在computeMatrix步，没有现成的参考基因组bed解决方法：[参考以下链接的方法][http://xuchunhui.top/2020/11/05/%E4%B8%BAdeepTools
DrLyo·2023-03-21 12:01

heatmap看信号分布

scale-regions模式computeMatrixscale-regions\-Ssample.bw\-Ractivate_pro.bedbivalent_pro.bedsilenced_pro.bed
超级无敌大蜗牛·2023-03-19 02:59

GPG 验证软件签名

verifyelectrum-4.1.2.exe.ascgpg:SignaturemadeThu08Apr202109:47:31PMCSTgpg:usingRSAkey6694D8DE7BE8EE5631BED9502BD5824B7F9470E6
孟想·2023-03-15 17:37

龙卷风富集热图

只需要bw文件和bed文件即可参考https://github.com/teunbrand/tornadoplot/blob/master/data-raw/octsox_peaks.R#Libraries
pudding815·2023-03-15 16:18

my bed

在等符合心意的人嗎？忌設想。我要完全真實的人。真實經不起凝視但瀟灑。我也瀟灑。非常沒用的愛情態度
Dianee·2023-03-14 08:15

分布式事务

1、分布式事务目前分布式事务的解决方案有AT、TCC、Saga、MQ、XA、BED六种。
OOMNPE·2023-03-10 05:20

利用宏基因组数据组装基因组-评估篇

比如：根据bed中的位置信息提取目标基因及
吕强强学生信·2023-03-10 05:25

2018-12-26

share_from=self&v=4.8.0&share_user_mpuuid=8a07ba29641cb9c7bed76e6cb78e1059
云龙_4eae·2023-03-09 05:32

fastq、fasta、bed、gtf、gff、sam、bam生信分析常见文件格式查看

在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等。
笺牒九州的怪咖·2023-02-18 22:37

35.《Bioinformatics Data Skills》之生物信息文本处理利器bioawk

作为表格文本处理命令awk的延伸，HengLi开发了专门处理生物信息学的文件（例如bed,sam,vcf,gtf等）的命令bioawk，我们了解一下。
DataScience·2023-02-07 04:05

三 docker 容器基本命令

dockerrun-vcomputer_dir/:docker_dir/wes/bedtools:2.29.1bedtoolsintersect-adocker_dir/sample.vcf-bdocker_dir/filter.bed-wa-header
XuningFan·2023-02-06 21:38

MobileNet V1代码和总结

(https://img-blog.csdnimg.cn/6a086be0b3cb4328823bed92e1
向上的阿鹏·2023-01-31 22:20

GWAS - 基因型与表型的关联分析流程

这里介绍的SNP数据与单一表型的相关分析流程一、准备plink文件ped和map文件转换为bed、fam、bimplink--filemydata--outmydata--make-bedmydata为
SnowPye·2023-01-30 22:30

2018-12-26

share_from=self&v=4.8.0&share_user_mpuuid=8a07ba29641cb9c7bed76e6cb78e1059
云龙_4eae·2023-01-30 12:48

简述梯度下降法在神经网络中的作用

除了能将输入信号转换为输出信号以后，还能回传损失函数中的误差，可以使用梯度下降更新权重值，通过计算误差函数E相对于权重参数W的梯度，在损失函数梯度的相反方向上更新权重参数v2-ad943c338270e34bed0b67222f245168
NLP_Song·2023-01-30 11:25

faiss python安装_faiss 安装

faissc++源码编译0.写在前面参考下述文章的编译安装步骤同时将自己遇到的错误进行梳理解决：https://juejin.im/post/5bed7cebe51d454e5b5f2c23十分感谢此文章
华海亲子鉴定中心·2023-01-29 13:22

绘本讲师训练营【52期】15/21 实践原创 《Five Little Monkeys Jumping on the Bed》

52006黄美珊FiveLittleMonkeysJumpingontheBedWrittenbyEllenChristelow关于Fivelittlemonkeys系列：一天，一个小女孩放学回家，嘴里哼着童谣“五只小猴”，插画家妈妈EllenChristelow听到了它，她挥动画笔，将其变成了风靡世界的绘本。FiveLittleMonkeys系列绘本全球销量超400万册，被美国国际阅读协会，美国
Jelle777·2023-01-27 17:59

美语音标

/i/拉长need/ɪ/pig/u/拉长moodfood/ʊ/footgoodbook/e/"ei"make/ɛ/bed/o/=/ə//ʊ//ʌ/=/ə//ɝ/=/ʌr/=/ɚ/worry/'wɝɪ//
ZHQStark·2023-01-27 00:21

docker（四）：镜像的导入导出（保存和加载）

tarcontainer-id-o:声明保存到的文件root@default:~#dockerps-aCONTAINERIDIMAGECOMMANDCREATEDSTATUSPORTSNAMES26cf24736bed5e13
八戒无戒·2023-01-27 00:59

Embedding了解

1.Embedding嵌套英[ɪm'bedɪŋ]美[ɪmˈbedɪŋ]n.记者随军v.把（物体）嵌入；派遣（战地记者等）；使（观点）深深植入；嵌进（短语）；插入（代码）（embed的现在分词）Embedding
叶铁柱·2023-01-18 22:50

PyTorch可视化-在PyTorch训练时使用TensorBoard记录Metrics

在指定路径下遍历，以后缀自增的形式创建新的文件夹，避免重复#https://github.com/ultralytics/yolov5/blob/c1bed601e9b9
ayiya_Oese·2023-01-14 15:56

ATAC-seq数据分析流程

ATAC-seq数据分析流程1.1上游分析（1）序列质控和比对（2）序列筛选（3）Shiftingreads（4）Peakingcalling（5）峰文件bw的生成（6）组间标准化（7）上游处理后文件：bed
小木亘·2023-01-09 17:17

grep 参数组合 -f -w

ABC匹配ABC,ABC-1,ABC-2ABC-1，ABC-2都会被匹配到；就解决方法,改成完全一样的,vim中前后加\ttab%s#^#\t#g%s#$#\t#g然后grep-fpar.lstxxx.bed
Silver_42ac·2023-01-09 12:16

生信常见文件格式 bed

bed文件是记录基因组位置信息的标准文件格式，同时也用于存储与位置相关的信息，例如在ChIP-Seq分析中，长以bed文件存储检测信号强度的信息、结构变异检测（SV）结果也可以用bed文件或bedpe文件进行存储
新爷话数据·2023-01-07 16:33

k210机器码获取

k210机器码获取1，下载key_gen_v1.2.bin网址：https://en.bbs.sipeed.com/uploads/default/original/1X/bca0832bed92a1ada63bd05327688784e2ef14d1
巡山去·2022-12-26 16:02

一分钟了解“张量 及其 展开”

一下是张量的几个相关概念,截图自https://wenku.baidu.com/view/02811c4bf7ec4afe04a1df48.htmlhttps://wenku.baidu.com/view/d118d208bed5b9f3f90f1c0f.html
一点点一滴滴·2022-12-17 02:09

matlab 读取.wav文件并绘制频谱图

/bed1.wav');n=length(wav);amp=abs(fft(wav))/n*2;amp2=amp(1:n/2);f=fs/n-1:fs/n:fs/2-1;plot(f,amp2);采样率是
呆壳兽·2022-12-09 05:09

docker 常用操作-学习笔记

1进入容器[root@localhost~]#dockerpsCONTAINERIDIMAGECOMMANDCREATEDSTATUSPORTSNAMESdcd05bed40d6ansible/centos7
weixin_34116110·2022-12-08 02:48

01_训练技巧简单汇总

__biz=MzU4OTg3Nzc3MA==&mid=2247484512&idx=1&sn=18b750a9bed69c26d01f87cac3c764fe&chksm=fdc78305cab00a13ffbe6237d1dd448d3d7281555167e3c392287c7e50284743b38b4bace380&
Scheaven·2022-11-26 18:09

PS：补充，空间中常见图形及其方程

参考资料：https://wenku.baidu.com/view/715f1c7b30126edb6f1aff00bed5b9f3f90f72f1.html?
小明浩哥·2022-11-24 11:57

linux下安装basler相机pylon软件

主要参考https://www.freesion.com/article/79881352655/这个主要是与ROS相关和https://www.jianshu.com/p/58bed30e59d0?
zhaojiandeai·2022-11-19 23:36

CephFS 如何恢复损毁的Metadata Pool

foriin`rados-pcephfs.a.metals`;rados-pcephfs.a.metarm$i;done#查看集群状态$ceph-scluster:id:399aa358-dc80-4bed-a957
·2022-11-16 23:27

2022-11-14 bigwig文件转换为bed文件

在数据分析的时候经常碰到各种文件格式的相互转换，UCSC提供了一些工具。去Anaconda工具库中搜索ucsc也出来很多的工具有些人先将bigwig转换为wig，再将wig转换为bedcondainstall-cbiocondaucsc-bigwigtowigbigWigToWigsignal.bigWigsignal.wigcondainstall-cbiocondabedopswig2beds
xiaoguolaile·2022-11-14 17:41

2021-11-12bedtools学习

bedtools(https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/overview.html)作为基因组数据处理的利器，适用于处理BED,BEDPE,
阿乜太帅·2022-11-14 15:03

GFF或GTF格式转bed

#1.gff2bed和gtf2bed#2.自己写的shell命令#1.gff2bed和gtf2bed首先gff2bed和gtf2bed都是BEDOPS的程序；所以使用之前需要安装#BEDOPS；##Linux
JeremyL·2022-09-27 10:13
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