bwa

从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程

很简单的一个shell脚本，从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列，写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件，然后用bwa软件比对到X染色体，作为参考基因组。
生信技能树·2020-07-02 07:41

基因数据处理44之cloud-scale-bwamem安装

cloud-scale-bwamem是在spark等云环境上实现bwa-mem算法，加速对全基因组匹配的处理1.下载：gitclonehttps://github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem.git2
KeepLearningBigData·2020-07-01 18:45

Kali linux渗透测试——查看靶机DVWA默认密码

1.到BWA靶机中的dvwa的web目录/owaspbwa/owaspbwa-svn/var/www/dvwa下查看login.php，发现
Bulldozer Coder·2020-07-01 08:35

lachesis辅助组装流程

（添加环境变量）bwasamtools其他支持性软件：bedtoolslachesisR工作流程DataPrepFlowchart.png建立参考基因组的bwa索引bwa的比对没有
weixin_33699914·2020-06-28 03:42

bwa比对软件的使用以及其结果文件（sam）格式说明

一、bwa比对软件的使用1、对参考基因组构建索引bwaindex-abwtswhg19.fa#-a参数：is[默认]orbwtsw，即bwa构建索引的两种算法，两种算法都是基于BWT的（BWTsearchwhiletheCIGARstringbySmith-Watermanalignment
weixin_30794499·2020-06-28 00:57

BWA_Bowtie1/2 比对算法【BWT】

参考：0.bowtiejimmy介绍1.BWT算法2.BWAmem算法3.BBQ（生信基础问题16）-BWA算法原理及软件实用4.20171026-基于BWT算法的比对软件原理解析（BWA&Bowtie
caokai001·2020-06-27 20:11

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析

差异分析的步骤：1）比对；2）readcount计算；3）readcount的归一化；4）差异表达分析；背景知识：1）比对：普通比对：BWA，SOAP开大GAP比对：Tophat（Bowtie2）；2）
宁生信·2020-06-26 12:20

蚁剑+DVWA（文件上传漏洞Upload）

蚁剑+DVWA（文件上传漏洞Upload）0x00工具虚拟机：owasp-bwa主机：windows10蚁剑AntSword0x01文件上传漏洞（Upload）第一步：登入DVWA注：这里使用的是low
初学者L_言·2020-06-25 23:47

蚁剑+DVWA“文件包含”漏洞（File Inclusion + Upload 漏洞）

一、实验环境+工具环境搭建：VMwareWorkstationOWASP-bwa工具AntSword二、具体步骤演示2.1打开虚拟机并登入DVWA这次还是在low等级下（其他security只是绕过问题
初学者L_言·2020-06-25 23:47

BWA和Bowtie2默认参数比对结果

一直认为bwa和bowtie2比对差异比较大，比对一组数据时均使用默认参数如下BWAbwamem-t4Ensembl/03.BWA_index/chicken../../01.QC/${i}/Clean
scdzzdw·2020-06-25 08:12

大数据学习视频

课程链接地址【极限班培训】大数据hadoop+strom+spark+openstack等链接:https://pan.baidu.com/s/1fUjzNZnGbYWuOPWibB0bwA大数据实时计算系统实践
Perkinl·2020-06-24 08:56

过关检测-Lv5_Linux并发程序设计

共享内存下列哪个函数无法传递进程结束时的状态(A)AcloseBexitC_exitDreturn以下哪种用法可以等待接收进程号为pid的子进程的退出状态（A）Awaitpid(pid,&status,0)Bwa
00510·2020-06-22 05:29

生物信息百Jia软件（一）——bwa

编者按欢迎订阅微信公众号：基因学苑前面写了专题《手把手教你生物信息分析平台搭建》，然后又介绍了很多《生物神奇网站》资源，也介绍了《生物信息之独孤九剑》Linux操作。那么万事俱备，就开始学习生物信息吧。所以，我们开始新的篇章——《生物信息百jia软件》。百Jia是什么意思呢？可以是百佳，也可以是百家，还可以是百加。从100家中选择100款优秀软件，掌握这些软件，就可以扩展出更多内容，这就是百Jia
基因学苑·2020-06-21 22:44

bwa bowtie2 salmon subread hisat2建索引和比对

bwa#建索引bwaindex-abwtsw~/hg38.fa#100bp长的双端测序reads的比对用bwa的mem算法bwamem-t5-R"@RG\tID:$sample\tSM:$sample\
Amy_Cui·2020-06-21 00:17

Day 5 软件安装

blast,blat质控，需要fastqc及multiqc，trim-galore或者很多其它软件trimmomatic,cutadapt比对的软件：star,hisat2,bowtie2,tophat,bwa
陈宇乔·2020-04-10 06:04

bwa+GATK3流程

#文件准备ref=dog_chr5.faR1=BD225_TAGCTT_L007_R1_001.pe.fq.gzR2=BD225_TAGCTT_L007_R1_002.pe.fq.gz#工具准备bwasamtoolsbamdstGATK3#step1ln-sexample/data/Canis_lupus_familiaris/BD225_TAGCTT_L007_R1_002.pe.fq.gzln
线断木偶人·2020-04-10 05:34

BWA和Bowtie2的安装，简单使用和比较

一.BWA下载安装wgethttps://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.15.tar.bz2tar-jxvfbwa-0.7.15.tar.bz2cdbwa
Poppy_zhu·2020-03-28 00:09

hisat2比对

基因组比对软件常用bwa，转录组比对软件常用bowtie2、hisat2等，其中有参考基因组的常用hisat2，没有参考基因组的常用bowtie2。
小鹏_哒哒哒·2020-03-26 15:52

00 环境：配置渗透实验环境

downloads/在测试机上安装Firefox的相关各类插件：TamperDataCookiesManager+FirebugHackbarHTTPRequesterPassiveRecon安装部署OWASP-BWA
半个王国·2020-03-26 12:33

从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程

很简单的一个shell脚本，从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列，写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件，然后用bwa软件比对到X染色体，作为参考基因组。
生信技能树·2020-03-26 00:53

用BWA-MEM比对ChIP-seq数据到基因组

下载安装bwa，注意配置.conda文件$condacreate-nbwapython=3.7$condaactivatebwa$condainstallbwa建立基因组索引→比对
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2020-03-18 09:51

WGS分析笔记（7）—— 新的mapping工具

@Olivia阿仪_鸦雀之前讲过目前用的比较多的两个二代测序基因组比对软件，bwa和bowtie2，也比较了一下效果，总的来说两者的效果相差不大，但是bwa可能更加的准确一些，而很多文章以及一些组学计划都是用的
十三而舍·2020-03-15 13:02

bam/sam 数据格式（2018-05-29）

locationNum=14&fps=1SAM和BAM是序列比对之后常用的输出格式比如tophat输出BAM格式，bowtie和bwa等都采用了SAM格式。
简单点lili·2020-03-15 04:14

【打卡】吉吉21天打卡D17，A1702021-COCO 第27轮

微习惯打卡✅@a【主理宝宝】馨子@A【执勤】KiraD17，2017.7.29打卡项目1:每天一节摄影课并整理笔记https://mp.weixin.qq.com/s/NtkpCq5xPpwbC0mgQ84bWA
蔻蔻的美食物语·2020-03-14 19:44

群体遗传学专题二之GATK实战

HQ_clean_R1.fq/EV19-0_HQ_clean_R2.fqreference：IRGSP_v4.fasta我在运行GATK的时候并没有每一步都用GATK的工具，还涉及到另外几个软件，名称和版本如下：bwa
Jessica_7·2020-02-29 06:39

RNA-seq流程各阶段软件的最优选择

一、mapping比对软件的选择比对软件有tophat、bwa、bowtie2、killisto
sober01·2020-02-26 00:02

BWA比对详解

bwa主要用于将低差异度的短序列（一般是同物种）与参考基因组进行比对。
卧龙ac·2020-02-23 20:53

libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory

这个报错很早之前就遇到过，当时是用自己安装的miniconda来下载安装samtools（非root用户），安装完成之后运行就这样报错了，但是其他的软件又可以正常运行，比如bwa。
TOP生物信息·2020-02-20 15:44

BWA使用详解

参考来源：http://starsyi.github.io/2016/05/24/BWA-%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%AF%A6%E8%A7%A3/一、BWA简介BWA，即Burrows-Wheeler-AlignmentTool
井底蛙蛙呱呱呱·2020-02-16 11:01

序列比对BWA(Burrows-Wheeler Aligner)

BWA(Burrows-WheelerAligner)BWA主要是将reads比对到大型基因组上，主要功能是：序列比对。
模拟书匠X·2020-02-15 10:48

bwa 软件用法简介

bwa是一款将序列比对到参考基因组上的软件，包含了以下3种算法BWA-backtrackBWA-SWBWA-MEMBWA-backtrack适合比对长度不超过100bp的序列；BWA-SW和BWA-MEM
生信修炼手册·2020-02-11 00:28

短序列比对BWA/Bowtie

Charpter_13ShortReadAligners背景定义：ShortreadAlignersarecommonlyusedsoftwaretoolsinbioinformatics,designedtoalignaverylargenumberofshortreads(billions).短序列比对是以2005年二代测序革命所带来的一系列需求性软件，过去测序是一项比较昂贵的事情，所以那时候
Dawn_WangTP·2020-02-10 07:40

sam转bam文件报错

在做BWA比对到参考基因组后，得到sam文件，在进行sam转bam时候遇到一个报错：[W::sam_read1]parseerroratline1[main_samview]truncatedfile打开
M78_a·2020-02-03 13:22

bam diff-bowtie2&bwa结果比较-2020-01-09

参考：https://genome.sph.umich.edu/wiki/BamUtil:_diff安装BamUtil：condainstall-cbiocondabamutil或condainstall-cbioconda/label/cf201901bamut准备文件{bam2}bamdiff--in1${bam1}--in2${bam2}--mapQual--onlyDiffs>${bamd
爬山小虎·2020-01-09 22:03

2018-09-24 wes流程文件解读2

上次我们整理到bwa比对后得到bam文件，下一步我们要通过GATK流程从bam文件中callvariant。
凤凰_0949·2020-01-08 01:45

MutScan软件介绍

发现MutScan软件可以基于输入的位点进行验证，从fastq序列入手，不经过bwa比对，而是进行字符串匹配（当
京古·2020-01-07 09:39

全基因组数据分析完整流程+外显子测序数据分析例子

找例子：数据库：ATGG流程图：流程图常用软件：bwa，samtools，picard，GATK，bedtools，bcftools，vcftools，FastQC
我最有才·2019-12-31 07:07

bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程

callSNPGATKbwa+samtools参考文档GATKcallsnp流程图一、原始数据处理测序得到的RAWDATA，使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/IlluQC.pl-peread1.fastqread2.fastq2A-l70-s20-p2-zg-pepaire-end数据2=PairedEndDNALibraryA=AutomaticdetectionofFASTQva
bio·2019-12-25 08:13

短序列比对软件参数和格式解读Bowtie2/SAM

之前一贯使用的是BWA，根据文献描述，BWA速度比较慢但是比较精确，Bowtie比较快消耗的内存也比较小。
大肥口水垫·2019-12-17 10:21

GTAK4分析篇 -- 1.数据前处理

最新版的GATK4跟之前GATK2/3用法上很大的不同，下面是改版后的代码1.创建bwa比对的indexbwaindex-abwtsw-phg38/home/NGS/gatk_ref/Homo_sapiens_assembly38
面具男女·2019-12-10 09:40

分享一段基因组测序数据比对和变异检测的“代码”

整个流程需要软件：bwa+picard+gatk+annovar软件的安装与使用大家可以自行百度。。。。
孤独巡礼_435a·2019-12-08 06:27

[转]samtools使用大全（2018-05-29）

转自：https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72910115samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是短序列比对工具bwa
简单点lili·2019-11-08 09:18

有参转录组分析

1hisat21.1介绍•总体上来说HISAT利用了BWA和Bowtie的算法，同时解决了mRNA中不存在内含子难以比对的问题，比对上代主流RNA-seq比对工具能快50倍，同时需求更少的内存chrX.ss
nnlrl·2019-07-17 10:39

Educational Codeforces Round 66 (Rated for Div. 2) （B、C、D、E）

心得体验较差，一方面是Bwa了若干发，然后看别人代码就很简单另一方面是D其实是一个简单题，然而碍于前面受挫没做出来B-CatchOverflow!
Code92007·2019-06-06 19:44

Gene mutation analysis of cancer and targeted drug recommendation system

前期准备工作首先是搭建somaticSNP+indelcallingpipeline使用Trimmomatic进行reads过滤，BWA进行reads比对，Samtools进行b
a7c1cfdfca13·2019-04-18 15:18

「R绘图」minimap2的PAF文件如何进行可视化？

Minimap2是知名比对工具BWA的开发者LiHeng新开发的比对工具，它能够快速的将DNA或者mRNA序列比对到参考基因组上，使用场景有下面几种：将PacBio或OXfordNanopore的read
xuzhougeng·2019-03-05 15:54

通过conda安装RNA-seq所需要的工具

学习conda基本操作的管理环境-搜索bwa进行安装（注意是在conda环境下（base））condasearchbwa结果可以发现有很多bwaversion可以安装，我们用以下命令安装(y代表yes）
莫讠·2019-02-20 17:07

前端小技巧：加载并解析Markdown文档

GitHub有一个你要用的开源程序，而你又是第一回用它，那么你一般会在这个仓库的Readme里读一读开发者提供的工具说明和使用的相关信息，这部分文档一般就是用Markdown的语法写的此处以李恒大神的BWA
UnderStorm·2018-12-23 16:31

Day 9_2 ESCC WES实战

需要有的东西/public/biosoft/GATK/resources/bundle/hg38/bwa_index/|--[20K]gatk_hg38.amb|--[445K]gatk_hg38.ann
陈宇乔·2018-12-19 17:05

一个神奇的小软件bioawk

最高的两篇引用上万次的，分别是BWA和SAMtools对应的文章。曾发过的nature，他是
刘小泽·2018-12-10 16:06
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