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bwa
Kali linux渗透测试——查看靶机DVWA默认密码
1.到
BWA
靶机中的dvwa的web目录/owaspbwa/owaspbwa-svn/var/www/dvwa下查看login.php,发现
Bulldozer Coder
·
2020-07-01 08:35
kali
lachesis辅助组装流程
(添加环境变量)bwasamtools其他支持性软件:bedtoolslachesisR工作流程DataPrepFlowchart.png建立参考基因组的
bwa
索引
bwa
的比对没有
weixin_33699914
·
2020-06-28 03:42
bwa
比对软件的使用以及其结果文件(sam)格式说明
一、
bwa
比对软件的使用1、对参考基因组构建索引bwaindex-abwtswhg19.fa#-a参数:is[默认]orbwtsw,即
bwa
构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWTsearchwhiletheCIGARstringbySmith-Watermanalignment
weixin_30794499
·
2020-06-28 00:57
BWA
_Bowtie1/2 比对算法【BWT】
参考:0.bowtiejimmy介绍1.BWT算法2.BWAmem算法3.BBQ(生信基础问题16)-
BWA
算法原理及软件实用4.20171026-基于BWT算法的比对软件原理解析(
BWA
&Bowtie
caokai001
·
2020-06-27 20:11
RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析
差异分析的步骤:1)比对;2)readcount计算;3)readcount的归一化;4)差异表达分析;背景知识:1)比对:普通比对:
BWA
,SOAP开大GAP比对:Tophat(Bowtie2);2)
宁生信
·
2020-06-26 12:20
RNAseq
蚁剑+DVWA(文件上传漏洞Upload)
蚁剑+DVWA(文件上传漏洞Upload)0x00工具虚拟机:owasp-
bwa
主机:windows10蚁剑AntSword0x01文件上传漏洞(Upload)第一步:登入DVWA注:这里使用的是low
初学者L_言
·
2020-06-25 23:47
蚁剑+DVWA“文件包含”漏洞(File Inclusion + Upload 漏洞)
一、实验环境+工具环境搭建:VMwareWorkstationOWASP-
bwa
工具AntSword二、具体步骤演示2.1打开虚拟机并登入DVWA这次还是在low等级下(其他security只是绕过问题
初学者L_言
·
2020-06-25 23:47
BWA
和Bowtie2默认参数比对结果
一直认为
bwa
和bowtie2比对差异比较大,比对一组数据时均使用默认参数如下BWAbwamem-t4Ensembl/03.
BWA
_index/chicken../../01.QC/${i}/Clean
scdzzdw
·
2020-06-25 08:12
大数据学习视频
课程链接地址【极限班培训】大数据hadoop+strom+spark+openstack等链接:https://pan.baidu.com/s/1fUjzNZnGbYWuOPWibB0
bwA
大数据实时计算系统实践
Perkinl
·
2020-06-24 08:56
hadoop
Flink
spark
过关检测-Lv5_Linux并发程序设计
共享内存下列哪个函数无法传递进程结束时的状态(A)AcloseBexitC_exitDreturn以下哪种用法可以等待接收进程号为pid的子进程的退出状态(A)Awaitpid(pid,&status,0)
Bwa
00510
·
2020-06-22 05:29
过关检测
生物信息百Jia软件(一)——
bwa
编者按欢迎订阅微信公众号:基因学苑前面写了专题《手把手教你生物信息分析平台搭建》,然后又介绍了很多《生物神奇网站》资源,也介绍了《生物信息之独孤九剑》Linux操作。那么万事俱备,就开始学习生物信息吧。所以,我们开始新的篇章——《生物信息百jia软件》。百Jia是什么意思呢?可以是百佳,也可以是百家,还可以是百加。从100家中选择100款优秀软件,掌握这些软件,就可以扩展出更多内容,这就是百Jia
基因学苑
·
2020-06-21 22:44
bwa
bowtie2 salmon subread hisat2建索引和比对
bwa
#建索引bwaindex-abwtsw~/hg38.fa#100bp长的双端测序reads的比对用
bwa
的mem算法bwamem-t5-R"@RG\tID:$sample\tSM:$sample\
Amy_Cui
·
2020-06-21 00:17
Day 5 软件安装
blast,blat质控,需要fastqc及multiqc,trim-galore或者很多其它软件trimmomatic,cutadapt比对的软件:star,hisat2,bowtie2,tophat,
bwa
陈宇乔
·
2020-04-10 06:04
bwa
+GATK3流程
#文件准备ref=dog_chr5.faR1=BD225_TAGCTT_L007_R1_001.pe.fq.gzR2=BD225_TAGCTT_L007_R1_002.pe.fq.gz#工具准备bwasamtoolsbamdstGATK3#step1ln-sexample/data/Canis_lupus_familiaris/BD225_TAGCTT_L007_R1_002.pe.fq.gzln
线断木偶人
·
2020-04-10 05:34
BWA
和Bowtie2的安装,简单使用和比较
一.
BWA
下载安装wgethttps://sourceforge.net/projects/bio-
bwa
/files/
bwa
-0.7.15.tar.bz2tar-jxvfbwa-0.7.15.tar.bz2cdbwa
Poppy_zhu
·
2020-03-28 00:09
hisat2比对
基因组比对软件常用
bwa
,转录组比对软件常用bowtie2、hisat2等,其中有参考基因组的常用hisat2,没有参考基因组的常用bowtie2。
小鹏_哒哒哒
·
2020-03-26 15:52
00 环境:配置渗透实验环境
downloads/在测试机上安装Firefox的相关各类插件:TamperDataCookiesManager+FirebugHackbarHTTPRequesterPassiveRecon安装部署OWASP-
BWA
半个王国
·
2020-03-26 12:33
从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程
很简单的一个shell脚本,从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列,写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件,然后用
bwa
软件比对到X染色体,作为参考基因组。
生信技能树
·
2020-03-26 00:53
用
BWA
-MEM比对ChIP-seq数据到基因组
下载安装
bwa
,注意配置.conda文件$condacreate-nbwapython=3.7$condaactivatebwa$condainstallbwa建立基因组索引→比对
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀
·
2020-03-18 09:51
WGS分析笔记(7)—— 新的mapping工具
@Olivia阿仪_鸦雀之前讲过目前用的比较多的两个二代测序基因组比对软件,
bwa
和bowtie2,也比较了一下效果,总的来说两者的效果相差不大,但是
bwa
可能更加的准确一些,而很多文章以及一些组学计划都是用的
十三而舍
·
2020-03-15 13:02
bam/sam 数据格式(2018-05-29)
locationNum=14&fps=1SAM和BAM是序列比对之后常用的输出格式比如tophat输出BAM格式,bowtie和
bwa
等都采用了SAM格式。
简单点lili
·
2020-03-15 04:14
【打卡】吉吉21天打卡D17,A1702021-COCO 第27轮
微习惯打卡✅@a【主理宝宝】馨子@A【执勤】KiraD17,2017.7.29打卡项目1:每天一节摄影课并整理笔记https://mp.weixin.qq.com/s/NtkpCq5xPpwbC0mgQ84
bWA
蔻蔻的美食物语
·
2020-03-14 19:44
群体遗传学专题二之GATK实战
HQ_clean_R1.fq/EV19-0_HQ_clean_R2.fqreference:IRGSP_v4.fasta我在运行GATK的时候并没有每一步都用GATK的工具,还涉及到另外几个软件,名称和版本如下:
bwa
Jessica_7
·
2020-02-29 06:39
RNA-seq流程各阶段软件的最优选择
一、mapping比对软件的选择比对软件有tophat、
bwa
、bowtie2、killisto
sober01
·
2020-02-26 00:02
BWA
比对详解
bwa
主要用于将低差异度的短序列(一般是同物种)与参考基因组进行比对。
卧龙ac
·
2020-02-23 20:53
libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory
这个报错很早之前就遇到过,当时是用自己安装的miniconda来下载安装samtools(非root用户),安装完成之后运行就这样报错了,但是其他的软件又可以正常运行,比如
bwa
。
TOP生物信息
·
2020-02-20 15:44
BWA
使用详解
参考来源:http://starsyi.github.io/2016/05/24/
BWA
-%E5%91%BD%E4%BB%A4%E8%AF%A6%E8%A7%A3/一、
BWA
简介
BWA
,即Burrows-Wheeler-AlignmentTool
井底蛙蛙呱呱呱
·
2020-02-16 11:01
序列比对
BWA
(Burrows-Wheeler Aligner)
BWA
(Burrows-WheelerAligner)
BWA
主要是将reads比对到大型基因组上,主要功能是:序列比对。
模拟书匠X
·
2020-02-15 10:48
bwa
软件用法简介
bwa
是一款将序列比对到参考基因组上的软件,包含了以下3种算法
BWA
-backtrackBWA-SWBWA-MEMBWA-backtrack适合比对长度不超过100bp的序列;
BWA
-SW和
BWA
-MEM
生信修炼手册
·
2020-02-11 00:28
短序列比对
BWA
/Bowtie
Charpter_13ShortReadAligners背景定义:ShortreadAlignersarecommonlyusedsoftwaretoolsinbioinformatics,designedtoalignaverylargenumberofshortreads(billions).短序列比对是以2005年二代测序革命所带来的一系列需求性软件,过去测序是一项比较昂贵的事情,所以那时候
Dawn_WangTP
·
2020-02-10 07:40
sam转bam文件报错
在做
BWA
比对到参考基因组后,得到sam文件,在进行sam转bam时候遇到一个报错:[W::sam_read1]parseerroratline1[main_samview]truncatedfile打开
M78_a
·
2020-02-03 13:22
bam diff-bowtie2&
bwa
结果比较-2020-01-09
参考:https://genome.sph.umich.edu/wiki/BamUtil:_diff安装BamUtil:condainstall-cbiocondabamutil或condainstall-cbioconda/label/cf201901bamut准备文件{bam2}bamdiff--in1${bam1}--in2${bam2}--mapQual--onlyDiffs>${bamd
爬山小虎
·
2020-01-09 22:03
2018-09-24 wes流程文件解读2
上次我们整理到
bwa
比对后得到bam文件,下一步我们要通过GATK流程从bam文件中callvariant。
凤凰_0949
·
2020-01-08 01:45
MutScan软件介绍
发现MutScan软件可以基于输入的位点进行验证,从fastq序列入手,不经过
bwa
比对,而是进行字符串匹配(当
京古
·
2020-01-07 09:39
全基因组数据分析完整流程+外显子测序数据分析例子
找例子:数据库:ATGG流程图:流程图常用软件:
bwa
,samtools,picard,GATK,bedtools,bcftools,vcftools,FastQC
我最有才
·
2019-12-31 07:07
bwa
+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程
callSNPGATKbwa+samtools参考文档GATKcallsnp流程图一、原始数据处理测序得到的RAWDATA,使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/IlluQC.pl-peread1.fastqread2.fastq2A-l70-s20-p2-zg-pepaire-end数据2=PairedEndDNALibraryA=AutomaticdetectionofFASTQva
bio
·
2019-12-25 08:13
短序列比对软件参数和格式解读Bowtie2/SAM
之前一贯使用的是
BWA
,根据文献描述,
BWA
速度比较慢但是比较精确,Bowtie比较快消耗的内存也比较小。
大肥口水垫
·
2019-12-17 10:21
GTAK4分析篇 -- 1.数据前处理
最新版的GATK4跟之前GATK2/3用法上很大的不同,下面是改版后的代码1.创建
bwa
比对的indexbwaindex-abwtsw-phg38/home/NGS/gatk_ref/Homo_sapiens_assembly38
面具男女
·
2019-12-10 09:40
分享一段基因组测序数据比对和变异检测的“代码”
整个流程需要软件:
bwa
+picard+gatk+annovar软件的安装与使用大家可以自行百度。。。。
孤独巡礼_435a
·
2019-12-08 06:27
[转]samtools使用大全(2018-05-29)
转自:https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72910115samtools是一个用于操作sam和bam文件(通常是短序列比对工具
bwa
简单点lili
·
2019-11-08 09:18
有参转录组分析
1hisat21.1介绍•总体上来说HISAT利用了
BWA
和Bowtie的算法,同时解决了mRNA中不存在内含子难以比对的问题,比对上代主流RNA-seq比对工具能快50倍,同时需求更少的内存chrX.ss
nnlrl
·
2019-07-17 10:39
Educational Codeforces Round 66 (Rated for Div. 2) (B、C、D、E)
心得体验较差,一方面是
Bwa
了若干发,然后看别人代码就很简单另一方面是D其实是一个简单题,然而碍于前面受挫没做出来B-CatchOverflow!
Code92007
·
2019-06-06 19:44
Codeforces
Gene mutation analysis of cancer and targeted drug recommendation system
前期准备工作首先是搭建somaticSNP+indelcallingpipeline使用Trimmomatic进行reads过滤,
BWA
进行reads比对,Samtools进行b
a7c1cfdfca13
·
2019-04-18 15:18
「R绘图」minimap2的PAF文件如何进行可视化?
Minimap2是知名比对工具
BWA
的开发者LiHeng新开发的比对工具,它能够快速的将DNA或者mRNA序列比对到参考基因组上,使用场景有下面几种:将PacBio或OXfordNanopore的read
xuzhougeng
·
2019-03-05 15:54
通过conda安装RNA-seq所需要的工具
学习conda基本操作的管理环境-搜索
bwa
进行安装(注意是在conda环境下(base))condasearchbwa结果可以发现有很多bwaversion可以安装,我们用以下命令安装(y代表yes)
莫讠
·
2019-02-20 17:07
前端小技巧:加载并解析Markdown文档
GitHub有一个你要用的开源程序,而你又是第一回用它,那么你一般会在这个仓库的Readme里读一读开发者提供的工具说明和使用的相关信息,这部分文档一般就是用Markdown的语法写的此处以李恒大神的
BWA
UnderStorm
·
2018-12-23 16:31
Day 9_2 ESCC WES实战
需要有的东西/public/biosoft/GATK/resources/bundle/hg38/
bwa
_index/|--[20K]gatk_hg38.amb|--[445K]gatk_hg38.ann
陈宇乔
·
2018-12-19 17:05
一个神奇的小软件bioawk
最高的两篇引用上万次的,分别是
BWA
和SAMtools对应的文章。曾发过的nature,他是
刘小泽
·
2018-12-10 16:06
SNP位点寻找流程——傻瓜版
在我所用的服务器里,samtools,
bwa
,gatk都是预先构建好了全局变量。直接引用。如若没有设置好全局变量,请自行../../操作至软件目录下调用程序
対MS特技兵
·
2018-12-07 11:41
常用生信分析软件
官网源码安装&使用BWAhttp://bio-
bwa
.sourceforge.net/https://sourceforge.net/projects/bio-
bwa
/files/http://www.cnblogs.com
azraelcc
·
2018-11-02 21:42
生信分析
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