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bwa
Minimap2简介
http://www.360doc.com/content/19/0122/19/52645714_810653684.shtmlMinimap2是知名比对工具
BWA
的开发者LiHeng新开发的比对工具
BaldStrong
·
2020-08-12 01:18
生物信息学
宏基因组分析流程
BWA
去宿主后数据统计,去除宿主污染:Plants,Solanum_lycopersicumMultiple_Megahit最短co
猴头菇5518
·
2020-08-08 01:22
生信分析
宏基因组实战7.
bwa
序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer比较数据集sourmash5基于Kmer比较数据集sourma
刘永鑫Adam
·
2020-08-08 01:28
宏基因组
宏基因组分析
常用稳压二极管参数表
常用稳压二极管参数表型号最大耗散功率(W)额定电压(V)最大工作电流(mA)可代换型号1N7080.255.640
BWA
54、2CW28-5.6V1N7090.256.2402CW55/B、
BWA
55/
wu159632
·
2020-08-04 21:01
电路知识
几种宽带无线接入技术的比较
宽带无线接入(BroadbandWirelessAccess,简
BWA
)技术目前还没有通用的定义,一般是指把高效率的无线技术应用于宽带接入网络中,以无线方式向用户提供宽带接入的技术。
lendalscut
·
2020-08-03 01:22
wimax
Codeforces Round #654 (Div. 2) A Bt题解
includeusingnamespacestd;#defineMAX1001inta;intT;intmain(){cin>>T;while(T--){cin>>a;intans=(a-1)/2+1;printf("%d\n",ans);}}
Bwa
精神小伙mqpm
·
2020-08-02 21:12
cf题解
Codeforce Round #553(Div2)
开的虚拟赛,做了ABCD,写一下BCD吧:
Bwa
了三发.题意大概就是有一个n*m矩阵,从每一行拿出一个数,使得这n个数异或和大于0.想了一下就开始写:只要判断一下是否有一行有两个不同的数,其他行都去第一个
weixin_30834019
·
2020-08-01 03:45
bwa
samtools bowtie2大杂烩
比对,先要建indexbwaindex/path/to/ref.seq.fa一般
bwa
比对完后需要用samtools转换成bam或者排序什么的,都需要用samtools首先对ref进行建indexsamtoolsfaidxref.seq.fa
巴拉巴拉11
·
2020-07-31 16:18
sam to bam文件出错
samtoolsview-@60-bS*.sam>ra24p.bam[samopen]no@SQlinesintheheader.尝试改变参数也不行就查看了sam文件#head-10ra24p.sam[M::
bwa
_idx_load_from_disk
fethin
·
2020-07-30 19:08
samtools
基因数据处理54之
bwa
-mem运行paird-end(1千万条100bp的reads)
指令:```hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$bwamemGRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fastag38L100c10000000Nhs20Paired1.fqg38L100c10000000Nhs20Paired2.fq>g38L100c10000000Nhs20Paired12
KeepLearningBigData
·
2020-07-30 19:23
基因数据处理
Spark问题
本地使用Python通过染色体id+位置查询基因名列表
简介通常使用
bwa
做mapping后会获得sam文件,而sam文件包含2个重要的字段:该序列mapping上的染色体id和位置(比如第2列(chr5)和第3列(36345037))KMER_440chr536345037377M1D24M
PJ-Javis
·
2020-07-29 19:37
生物信息
BTOB - 没关系
几么乃料诺ki卡强嘘b几阿jo努滚卡马来jo乃古米莫r给慢克kiao几但强西嘘大卡塞哟没一r卡疼一桑诶him得卡哟克高n努股冷V韩靠jokiao古都色老几r谈deihim得老红家拉克giao几带一咯来得老
bwa
卟尼与鹿
·
2020-07-15 08:23
BWA
操作过程中的关键
BWA
解压缩命令:命令格式:tar-zxvf压缩文件名.tar.gz。解压缩后的文件只能放在当前的目录。
nkuzzh
·
2020-07-10 11:16
生信知识与软件小结:
BWA
、wtdbg
三代组装软件:canu、smartdenovo、wtdbg三代矫正软件:Racon、NanopolishFalcon:一个实验性的二倍体组装工具,测试multiGbgenomes。Canu:CeleraAssembler的一个分支,专门用于高噪音单分子测序。blast:的全称是basiclocalalignmentsearchtool是一种极其常见的序列比对工具。其中包含几个模块(可以这么认为),
BaldStrong
·
2020-07-10 10:54
生物信息学
bwa
的使用方法
bwa
的使用需要两中输入文件:Referencegenomedata(fasta格式.fa,.fasta,.fna)Shortreadsdata(fastaq格式.fastaq,.fq)step1:建立
weixin_34416649
·
2020-07-10 09:41
BWA
程序调试记录
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>>1wgsim生成read文件./wgsim-N100000-1100-d0-S11-e0-r10xx.faxx.fq/dev/null2Index生成库文件在Programarguments中输入indexxx.fa,运行后生成5个文件pac:2位编码后的文件ann、amb:临时文件bwt:包括BWT数组和OCC信息sa:由bwt文件生成的后缀
weixin_34247032
·
2020-07-10 08:30
BWA
MEM算法
现在
BWA
大家基本上只用其mem算法了,无论是二代还是三代比对到参考基因组上,
BWA
应用得最多的就是在重测序方面。
weixin_34082854
·
2020-07-10 08:30
BWA
-MEM算法记录
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>>
BWA
-MEM算法整体流程如下:1读入bwt、options、reads;2利用mem_chain生成chain;3利用mem_chain_flt过滤掉部分
weixin_34075551
·
2020-07-10 08:25
bwa
比对软件的使用以及其结果文件(sam)格式说明
一、
bwa
比对软件的使用1、对参考基因组构建索引bwaindex-abwtswhg19.fa#-a参数:is[默认]orbwtsw,即
bwa
构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWTsearchwhiletheCIGARstringbySmith-Watermanalignment
weixin_30828379
·
2020-07-10 07:50
BWA
使用说明
bwa
的使用需要两个输入文件:Referencegenomedata和Shortreadsdatastep1:建立Index根据referencegenomedata建立IndexFilebwaindex-abwtswreference.fa
-麦_子-
·
2020-07-10 05:47
Bioinformatics
analysis
使用Bioconda管理生信软件(以
bwa
为例)
1.安装conda要使用Bioconda,必须先安装conda,有两个版本可供我们选择:miniconda和anaconda。miniconda的体积较小,但是能满足正常的生物信息学使用,如果你的网速较慢或者硬盘空间较小,可以优先选择此版本。进入miniconda的下载页面,选择合适的版本进行下载和安装#下载miniconda安装包wgethttps://repo.continuum.io/min
wangchuang2017
·
2020-07-10 03:00
第三代测序
技术
生物信息学
【一起学生信】
bwa
-M 参数解读
bwamem比对时,会有一个-M参数,
bwa
官方给出的解释是markshortersplithitsassecondary。-M参数用来处理同一个reads比对到参考基因组上不同位置的情况。
探索者v
·
2020-07-10 03:05
技术文档
Ubuntu安装
BWA
和samtools
Ubuntu安装
BWA
和samtools时通常需要提前安装zlib.h而centos并不需要。
宁生信
·
2020-07-10 02:56
RNAseq
BWA
-MEM算法结构分析
一、
BWA
-MEM函数框架软件位置:https://sourceforge.net/projects/bio-
bwa
/1读入bwt、options、reads;2利用mem_chain生成chain;3
小c轩令
·
2020-07-09 23:35
BWA
CUDA编程
Linux下
bwa
和samtools的安装
这俩软件直接去github就能下载,
bwa
:https://github.com/lh3/
bwa
,samtools:https://github.com/samtools/samtools,下载下来是个压缩包
安安静静看文章
·
2020-07-09 23:10
个人文章
BWA
用法笔记
0.
BWA
简介
bwa
(全称Burrows-WheelerAligner),项目主页:http://bio-
bwa
.sourceforge.net/,主要功能是将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上
寂桐
·
2020-07-09 21:25
bioinformatics
0079-【生信软件】-人类基因组hg19、hg38构建
bwa
索引
在临床数据分析时,使用的人类参考基因组为UCSC上面的hg19,hg39版本,且常常将除1-22,X,Y,M,以外的染色体去除,避免数据的干扰。hg19索引构建进入UCSC的官网,hg19的ftp网址http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/参考基因组版本说明,与NCBI的对应版本ThisdirectorycontainstheF
leadingsci
·
2020-07-09 19:11
【生信软件】
bwa
0.7.17-r1188
下载安装地址:https://sourceforge.net/projects/bio-
bwa
/files/wgethttp://superb-sea2.dl.sourceforge.net/project
hanli0902
·
2020-07-09 16:49
NGS分析
bwa
mem比对结果错误,sam文件不能被samtools识别的原因之一
没有人带路,属于摸石头过河在用bwamem比对的时候,遇到过几次sam文件不能被samtools识别,后来也不知道是什么原因就又识别了,所以也没在意,最近又遇到了,就尝试解决一下尝试了几次发现原因主要是
bwa
fethin
·
2020-07-09 16:38
bwa
samtools
ubuntu
samtool
view
nohup
基因数据处理106之
bwa
-mem运行paird-end(1千万条100bp的reads g38L100c10000000Nhs20Paired12)
脚本:hadoop@Master:~/xubo/project/alignment/sparkBWA$catg38L100c10000000Nhs20Paired12Bwamem.shecho"start"startTime4=`date+"%s.%N"`time4=`date+"%Y%m%d%H%M%S"`#spark-submit--classorg.apache.spark.examples
KeepLearningBigData
·
2020-07-09 13:49
基因数据处理
基因数据处理64之bwamem处理500bp和1000bp的记录
alignment/cs-bwamem$bwamembwaindex/GRCH38chr1L3556522.fastag38l500N10000.fq>g38l500N10000.bwamem.sam[M::
bwa
_idx_load_from_disk
KeepLearningBigData
·
2020-07-09 13:17
基因数据处理
基因数据处理14之
BWA
三种方式
bwa
、
BWA
_SW、
BWA
_MEM使用
1.构建索引:bwaindexref.fa或者从ftp下载,请参考【1】2.
BWA
:
bwa
.sh为脚本文件hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310
KeepLearningBigData
·
2020-07-09 13:16
基因数据处理
基因数据处理56之
bwa
运行paird-end(1千万条100bp的reads).md
(1)pair1.fq》saibwaalnGRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fastag38L100c10000000Nhs20Paired1.fq>g38L100c10000000Nhs20Paired1.saipair1记录:hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$bwaalnGRCH3
KeepLearningBigData
·
2020-07-09 13:16
基因数据处理
基因数据处理8之
BWA
_MEM小数据集处理(成功)
基因数据处理8之
BWA
_MEM小数据集处理环境:ubuntu14.046G内存参考基因:GRCH38来源请参考【1】1.fastq数据:SRR003161.fastq的头20行,即5条reads操作记录
KeepLearningBigData
·
2020-07-09 13:16
基因数据处理
基因数据处理7之
BWA
_MEM运行太长
基因数据处理7之
BWA
_MEM运行太长hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$bwamemGCA_000001405.15_GRCh38/GCA
KeepLearningBigData
·
2020-07-09 13:16
基因数据处理
BWA_MEM
基因数据处理18之基因序列生成工具wgsim安装和使用
lh3/wgsim可以git或者zip2.安装:gcc-g-O2-Wall-owgsimwgsim.c-lz-lm3.数据下载:可以使用bwakit下载:https://github.com/lh3/
bwa
KeepLearningBigData
·
2020-07-09 13:16
基因数据处理
BWA
软件安装和使用
BWA
软件安装和使用:1.安装请参考【1】2.使用:hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$bwaaln../..
KeepLearningBigData
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2020-07-09 13:16
云计算
【转载】
BWA
即将到来的“将来”
今天聊一下SAP之后可能的BW/BI产品框架,虽说主要是说
BWA
部分但也会涉及到一些其他的产品。从中也可以看到今后
BWA
在其中的分量,以及一些想象空间。
anyong8125
·
2020-07-09 13:08
BWA
/BWT 比对软件
名称
bwa
–Burrows-WheelerAlignmentTool内容摘要描述命令行与选项SAM比对格式短序列比对注意事项比对精确性估计插入大小分布内存需求速度
Bwa
-0.6中的改变其他作者引用与授权历史摘要
acoikw2620
·
2020-07-09 13:09
BWA
使用
全称:Burrows-WheelerAligner参考:https://www.cnblogs.com/zkkaka/p/6146214.htmlhttp://mingkang1217.blog.163.com/blog/static/2035227201101254921398/官方文档:http://www.bbioo.com/lifesciences/40-113315-1.htmlhttp
Doris_xixi
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2020-07-09 10:30
生信软件
BWA
及 Bowtie 配置及简单使用
BWA
下载安装$wgethttps://sourceforge.net/projects/bio-
bwa
/files/
bwa
-0.7.17.tar.bz2$tarxvfjbwa-0.7.17.tar.bz2
Yaoxinzhi_hzau
·
2020-07-09 10:17
BWA
MEM比对人类参考基因组详解
BWA
是一款基于BWT的快速比对工具,其由三个算法组成。这三个算法分别是:BWAbacktrack,BWASWandBWAMEM。其中,BWAMEM是最新的,其更快更准确,更适合用于人重数据分析。
BlueWing2000
·
2020-07-09 09:10
生物信息
bwa
软件的使用
bwa
软件的使用下载地址http://bio-
bwa
.sourceforge.net/
bwa
.shtml第一步:建立Index根据referencegenomedata(e.g.reference.fa
g863402758
·
2020-07-09 08:30
bioinformatics
基因数据处理50之cs-bwamem、
bwa
、snap、
bwa
-mem与art比较
直接看结果:(1)art仿真数据:hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$catG38L100c50Nhs20.aln##ART_Illuminaread_length100@CMart_illumina-ssHS20-iGRCH38chr1L3556522.fna-l100-c50-oG38L100c50Nhs20-rs1
KeepLearningBigData
·
2020-07-09 07:39
基因数据处理
生信小白学习日记Day7——WGS分析流程(picard)
开始学习NGS分析,继
BWA
比对和SAM文件排序转BAM后的流程。NGS分析step5MarkDuplications参考这篇:GATK使用方法详解。
weixin_42953727
·
2020-07-08 21:17
NGS基础
生信小白学习日记Day4Day5——NGS基础 NGS分析注释(
BWA
软件)
2019年5月30日,晚上,心情变好,好几天没更新了,看到男朋友在学一款软件,我也近朱者赤,来继续注释Day2-2中NGS分析流程中的一个重要软件——BWANGS基础NGS分析注释
BWA
对应于NGS分析流程的这两步
weixin_42953727
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2020-07-08 21:17
NGS基础
31、NGS 常用分析软件
bioinfo.mc.vanderbilt.edu/NGS/software.htm1.MappingBFAST:Afastandaccuratetoolformappingofshortreadstoreferencesequences.
BWA
Rki-dor
·
2020-07-08 13:07
无线城域网-无线广域网
无线城域网技术是因宽带无线接入(
BWA
)的需要而来的。1999年,ieee设立了ieee802.16工作组,研究无线城域网技术标准。
deeplearninger
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2020-07-06 06:08
个人资料整理
从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程
很简单的一个shell脚本,从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列,写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件,然后用
bwa
软件比对到X染色体,作为参考基因组。
生信技能树
·
2020-07-02 07:41
基因数据处理44之cloud-scale-bwamem安装
cloud-scale-bwamem是在spark等云环境上实现
bwa
-mem算法,加速对全基因组匹配的处理1.下载:gitclonehttps://github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem.git2
KeepLearningBigData
·
2020-07-01 18:45
基因数据处理
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