bwa 第3页

浅谈python中的多线程和多进程

目前，流行的生信工具通常都可以并行运算，比如bwa。通常来讲，我们进行并行运算可以选择多线程或者多进程。那么二者有什么差别呢，我们又该如何选择呢？

生信了（公众号同名）·2020-08-18 10:15

Educational Codeforces Round 66 (Rated for Div. 2) （B思维、C枚举、D思维、E经典倍增）

心得体验较差，一方面是Bwa了若干发，然后看别人代码就很简单另一方面是D其实是一个简单题，然而碍于前面受挫没做出来B-CatchOverflow!

Code92007·2020-08-17 05:57

Minimap2简介

http://www.360doc.com/content/19/0122/19/52645714_810653684.shtmlMinimap2是知名比对工具BWA的开发者LiHeng新开发的比对工具

BaldStrong·2020-08-12 01:18

宏基因组分析流程

BWA去宿主后数据统计，去除宿主污染:Plants,Solanum_lycopersicumMultiple_Megahit最短co

猴头菇5518·2020-08-08 01:22

宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

前情提要如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc,Trimmomatic,MultiQC,khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer比较数据集sourmash5基于Kmer比较数据集sourma

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:28

常用稳压二极管参数表

常用稳压二极管参数表型号最大耗散功率(W)额定电压(V)最大工作电流(mA)可代换型号1N7080.255.640BWA54、2CW28-5.6V1N7090.256.2402CW55/B、BWA55/

wu159632·2020-08-04 21:01

几种宽带无线接入技术的比较

宽带无线接入(BroadbandWirelessAccess，简BWA)技术目前还没有通用的定义，一般是指把高效率的无线技术应用于宽带接入网络中，以无线方式向用户提供宽带接入的技术。

lendalscut·2020-08-03 01:22

Codeforces Round #654 (Div. 2) A Bt题解

includeusingnamespacestd;#defineMAX1001inta;intT;intmain(){cin>>T;while(T--){cin>>a;intans=(a-1)/2+1;printf("%d\n",ans);}}Bwa

精神小伙mqpm·2020-08-02 21:12

Codeforce Round #553(Div2)

开的虚拟赛,做了ABCD,写一下BCD吧:Bwa了三发.题意大概就是有一个n*m矩阵,从每一行拿出一个数,使得这n个数异或和大于0.想了一下就开始写:只要判断一下是否有一行有两个不同的数,其他行都去第一个

weixin_30834019·2020-08-01 03:45

bwa samtools bowtie2大杂烩

比对，先要建indexbwaindex/path/to/ref.seq.fa一般bwa比对完后需要用samtools转换成bam或者排序什么的，都需要用samtools首先对ref进行建indexsamtoolsfaidxref.seq.fa

巴拉巴拉11·2020-07-31 16:18

sam to bam文件出错

samtoolsview-@60-bS*.sam>ra24p.bam[samopen]no@SQlinesintheheader.尝试改变参数也不行就查看了sam文件#head-10ra24p.sam[M::bwa_idx_load_from_disk

fethin·2020-07-30 19:08

基因数据处理54之bwa-mem运行paird-end（1千万条100bp的reads）

指令：```hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$bwamemGRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fastag38L100c10000000Nhs20Paired1.fqg38L100c10000000Nhs20Paired2.fq>g38L100c10000000Nhs20Paired12

KeepLearningBigData·2020-07-30 19:23

本地使用Python通过染色体id+位置查询基因名列表

简介通常使用bwa做mapping后会获得sam文件，而sam文件包含2个重要的字段：该序列mapping上的染色体id和位置(比如第2列(chr5)和第3列(36345037))KMER_440chr536345037377M1D24M

PJ-Javis·2020-07-29 19:37

BTOB - 没关系

几么乃料诺ki卡强嘘b几阿jo努滚卡马来jo乃古米莫r给慢克kiao几但强西嘘大卡塞哟没一r卡疼一桑诶him得卡哟克高n努股冷V韩靠jokiao古都色老几r谈deihim得老红家拉克giao几带一咯来得老bwa

卟尼与鹿·2020-07-15 08:23

BWA操作过程中的关键

BWA解压缩命令：命令格式：tar-zxvf压缩文件名.tar.gz。解压缩后的文件只能放在当前的目录。

nkuzzh·2020-07-10 11:16

生信知识与软件小结：BWA、wtdbg

三代组装软件:canu、smartdenovo、wtdbg三代矫正软件:Racon、NanopolishFalcon：一个实验性的二倍体组装工具，测试multiGbgenomes。Canu：CeleraAssembler的一个分支，专门用于高噪音单分子测序。blast：的全称是basiclocalalignmentsearchtool是一种极其常见的序列比对工具。其中包含几个模块（可以这么认为），

BaldStrong·2020-07-10 10:54

bwa的使用方法

bwa的使用需要两中输入文件：Referencegenomedata（fasta格式.fa,.fasta,.fna）Shortreadsdata(fastaq格式.fastaq,.fq)step1:建立

weixin_34416649·2020-07-10 09:41

BWA程序调试记录

2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>>1wgsim生成read文件./wgsim-N100000-1100-d0-S11-e0-r10xx.faxx.fq/dev/null2Index生成库文件在Programarguments中输入indexxx.fa，运行后生成5个文件pac：2位编码后的文件ann、amb：临时文件bwt：包括BWT数组和OCC信息sa：由bwt文件生成的后缀

weixin_34247032·2020-07-10 08:30

BWA MEM算法

现在BWA大家基本上只用其mem算法了，无论是二代还是三代比对到参考基因组上，BWA应用得最多的就是在重测序方面。

weixin_34082854·2020-07-10 08:30

BWA-MEM算法记录

2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>>BWA-MEM算法整体流程如下：1读入bwt、options、reads；2利用mem_chain生成chain；3利用mem_chain_flt过滤掉部分

weixin_34075551·2020-07-10 08:25

bwa比对软件的使用以及其结果文件（sam）格式说明

一、bwa比对软件的使用1、对参考基因组构建索引bwaindex-abwtswhg19.fa#-a参数：is[默认]orbwtsw，即bwa构建索引的两种算法，两种算法都是基于BWT的（BWTsearchwhiletheCIGARstringbySmith-Watermanalignment

weixin_30828379·2020-07-10 07:50

BWA使用说明

bwa的使用需要两个输入文件：Referencegenomedata和Shortreadsdatastep1:建立Index根据referencegenomedata建立IndexFilebwaindex-abwtswreference.fa

-麦_子-·2020-07-10 05:47

使用Bioconda管理生信软件(以bwa为例)

1.安装conda要使用Bioconda，必须先安装conda，有两个版本可供我们选择：miniconda和anaconda。miniconda的体积较小，但是能满足正常的生物信息学使用，如果你的网速较慢或者硬盘空间较小，可以优先选择此版本。进入miniconda的下载页面，选择合适的版本进行下载和安装#下载miniconda安装包wgethttps://repo.continuum.io/min

wangchuang2017·2020-07-10 03:00

【一起学生信】 bwa -M 参数解读

bwamem比对时，会有一个-M参数，bwa官方给出的解释是markshortersplithitsassecondary。-M参数用来处理同一个reads比对到参考基因组上不同位置的情况。

探索者v·2020-07-10 03:05

Ubuntu安装BWA和samtools

Ubuntu安装BWA和samtools时通常需要提前安装zlib.h而centos并不需要。

宁生信·2020-07-10 02:56

BWA-MEM算法结构分析

一、BWA-MEM函数框架软件位置：https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/1读入bwt、options、reads；2利用mem_chain生成chain；3

小c轩令·2020-07-09 23:35

Linux下bwa和samtools的安装

这俩软件直接去github就能下载，bwa：https://github.com/lh3/bwa，samtools：https://github.com/samtools/samtools，下载下来是个压缩包

安安静静看文章·2020-07-09 23:10

BWA用法笔记

0.BWA简介bwa（全称Burrows-WheelerAligner），项目主页：http://bio-bwa.sourceforge.net/，主要功能是将差异度较小的序列比对到一个较大的参考基因组上

寂桐·2020-07-09 21:25

0079-【生信软件】-人类基因组hg19、hg38构建bwa索引

在临床数据分析时，使用的人类参考基因组为UCSC上面的hg19，hg39版本，且常常将除1-22，X,Y,M，以外的染色体去除，避免数据的干扰。hg19索引构建进入UCSC的官网，hg19的ftp网址http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/参考基因组版本说明，与NCBI的对应版本ThisdirectorycontainstheF

leadingsci·2020-07-09 19:11

bwa 0.7.17-r1188

下载安装地址：https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/wgethttp://superb-sea2.dl.sourceforge.net/project

hanli0902·2020-07-09 16:49

bwa mem比对结果错误，sam文件不能被samtools识别的原因之一

没有人带路，属于摸石头过河在用bwamem比对的时候，遇到过几次sam文件不能被samtools识别，后来也不知道是什么原因就又识别了，所以也没在意，最近又遇到了，就尝试解决一下尝试了几次发现原因主要是bwa

fethin·2020-07-09 16:38

基因数据处理106之bwa-mem运行paird-end（1千万条100bp的reads g38L100c10000000Nhs20Paired12）

脚本：hadoop@Master:~/xubo/project/alignment/sparkBWA$catg38L100c10000000Nhs20Paired12Bwamem.shecho"start"startTime4=`date+"%s.%N"`time4=`date+"%Y%m%d%H%M%S"`#spark-submit--classorg.apache.spark.examples

KeepLearningBigData·2020-07-09 13:49

基因数据处理64之bwamem处理500bp和1000bp的记录

alignment/cs-bwamem$bwamembwaindex/GRCH38chr1L3556522.fastag38l500N10000.fq>g38l500N10000.bwamem.sam[M::bwa_idx_load_from_disk

KeepLearningBigData·2020-07-09 13:17