cd-hit

如何删除有90%以上一致性的序列

如何删除有90%以上一致性的序列学习是个漫长的过程，每次遇到不会的总想要把它收藏起来，今天就是碰到了不熟悉的CD-HIT，就各种百科，各种查找资料，就随手把笔记记录下来，方便日后和大家交流学习。

天明豆豆·2024-01-09 18:40

cdhit工具的使用方法

cd-hit:是一种贪婪的增量聚类方法，首先对输入的序列根据序列的长短进行排序，并从最长到最短的顺序处理它们。

灰太狼家的小鸭子·2023-07-28 12:25

CD-hit安装及使用

cd-hit是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列，一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析。

喜欢吃土豆的彭某人·2023-04-07 10:45

CD-HIT去除冗余序列

1、简介CD-HIT是用于蛋白质序列或核酸序列聚类的工具，根据序列的相似度对序列进行聚类以去除冗余的序列，一般用于构建非冗余的数据集用于后续的实验分析。

xiaobai1_1·2023-01-29 21:22

CD-HIT的使用

据说Uniprot的UniRef数据集就是由CD-HIT创建的。首先是官方介绍：CD-HIT是一个非常广泛使用的

拾年如一·2023-01-29 21:22

教程 | 如何用cd-hit去除冗余序列？

0.简介生信分析中经常要根据指定条件查找相似序列，比如构建多个样品间的非冗余基因集、分析样品间的相似程度等等，cd-hit这款软件就可以用较短的时间解决此类问题，可以对单个数据集进行去冗余，包括DNA/

ypfzhao·2023-01-29 21:21

蛋白质多序列CD-HIT处理

db=Protein，上传文件，点击RETRIEVE按钮开始匹配3：点击右上角SENDTO:选项进行下载，注意选择保存格式（保存为FASTA格式）4：打开CD-HIT官网http://weizhongli-lab

LostWinds_0401·2023-01-29 21:51

linux cd-hit下载安装,教程 | 如何用cd-hit去除冗余序列？

原标题：教程|如何用cd-hit去除冗余序列？生信分析中经常要根据指定条件查找相似序列，比如构建多个样品间的非冗余基因集、分析样品间的相似程度等等，cd-hit这款软件就可以用较短的时间解决此类问题。

按剑四顾·2023-01-29 21:51

linux cd-hit下载安装,CD-HIT学习

CD-hit参数解读-i设置输入文件-o设置输出文件，可以将每次分析的ID阈值放到名称中，方便以后使用，如clean90，就是被清洗后，使用-c0.90的分析结果-c设置ID阈值-n在ID各个范围内，作者给了一些设置

崲峰·2023-01-29 21:21

cd-hit linux,使用cd-hit对蛋白质或核酸序列进行聚类

cd-hit聚类算法通常来说，根据序列相似度对序列进行聚类，首先想到的可能是通过计算两两序列之间的相似度对序列进行聚类，这样需要进行allbyall的比较，相对来说比较费时，而cd-hit软件可以避开allbyal

王知遇·2023-01-29 21:21

linux文件cd小工具,科学网—关于Linux系统cd-hit软件和probcons软件的解析 - 陈振玺的博文...

cd-hit软件是华人科学家WeizhongLi开发的一个快速去除冗余序列的软件，不仅速度快且准确度高，至于软件的详细介绍，科学网博主高山流水已在其博客中做了介绍(address：http://blog.sciencenet.cn

falsecarefree·2023-01-29 21:21

cygwin，cd-hit安装和使用

最近想使用cd-hit对RNA进行取冗余1cygwin安装具体安装过程参考下面链接，不过要注意在安装组件包的时候记得安装make组件,不然会很麻烦Windows：安装cygwin教程_Big_quant

黑脸少年·2023-01-29 21:20

CD-Hit 生信碱基序列去除冗余的方法

1.CD-Hit介绍官方介绍：CD-HIT是一个非常广泛使用的程序，用于蛋白质或核苷酸序列的聚类和比较。

oyoli·2023-01-29 21:19

使用cd-hit对核酸序列或氨基酸序列聚类

目录cd-hit简要原理cd-hit的参数叮！cd-hit简要原理cd-hit是一款用于蛋白质序列或者核酸序列聚类的工具，由Dr.WeizhongLi开发。

你大佬来啦·2023-01-29 21:49

一站解决：如何用cd-hit去低于30%的冗余（资源见百度云链接）

一站解决：如何用cd-hit去低于30%的冗余（资源见百度云链接）环境简介遇到的问题使用流程百度云链接运行代码举例环境cd-hit-v4.8.1Linux简介一般情况下我们使用cd-hit去冗余阈值不会低于

AtomWW·2023-01-29 21:48

安装生物序列去冗余软件cd-hit

cd-hit是一款生信常用于序列去冗余的工具，在https://github.com/weizhongli/cdhit下载后，需要自己编译，对于windows系统，工作步骤如下（以下以windows10

javafalcon·2023-01-29 21:48

ubuntu安装CD-HIT

法1首先在官网下载安装包：我这时候的版本是：cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gz切换到安装包所在目录，执行：gzip-dcd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gztar-xvfcd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar进入解压好的文件夹，进行编译（make），这里有时候会报错：Infileincludedfromcdhit-common.c++

Gentlezzx·2023-01-29 21:18

CD-HIT

文章目录CD-HITref介绍算法原理索引表Shortwordfilter短词统计Bandedalignment算法限制PSI-CD-HIT在线服务器离线安装工具使用方式CD-HIT-EST参数示例CD-HIT-EST-2DGclustCD-HIT-EST实验CD-HITCD-HITisaverywidelyusedprogramforclusteringandcomparingproteinor

hellopbc·2023-01-29 21:47

基因BIN来源分析（一）cd-hit去冗余，salmon计算基因TPM

导读humann中有一个模块可以进行基因物种来源分析，但是内部怎么分析的。如果能获得每个物种的基因序列文件，那么不用humann也能进行此分析。所以基因BIN来源分析很适合Binning下游分析。一、合并基因序列ffn文件mkdirBin_all/Bin_genetouchBin_all/Bin_gene/bin.ffnecho-e"\033[32m合并bin.ffn基因序列文件begin:\03

胡童远·2022-05-18 16:31

基因BIN来源分析（二）获取基因-BIN-样品/组TPM表，绘制散点图和饼图矩阵

导读继续：基因BIN来源分析（一）cd-hit去冗余，salmon计算基因TPM4制作genebinmap文件提取所有bin的prokka注释结果中的predict_id,bin_id,gene,annotation

胡童远·2020-11-09 20:51

生信 | cd-hit

下载：http://www.bioinformatics.org/cd-hit/背景：生信分析中经常要根据指定条件查找相似序列，比如构建多个样品间的非冗余基因集、分析样品间的相似程度。

rojyang·2020-09-15 14:59

WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具

文章目录超快的基因组序列聚类注释在线工具WebMGA序列聚类cd-hit基因预测ORFprediction蛋白COG注释作者简介参考文献猜你喜欢写在后面超快的基因组序列聚类注释在线工具WebMGA撰文：

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:05

使用Python删除具有某些特征的几行数据

进行数据整理时所写的脚本，使用CD-HIT去冗余，设置阈值为100%，将有多条的簇留下来。

Leesuha·2020-08-05 12:39

2019-12-23 学习记录7

通常来说，根据序列相似度对序列进行聚类，首先想到的可能是通过计算两两序列之间的相似度对序列进行聚类，这样需要进行allbyall的比较，相对来说比较费时，而cd-hit软件可以避开allbyall比较的问题

o迷幻天使o·2020-07-16 05:58

CD-HIT学习