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gtf
SingleCell DAY2︱LINUX 进阶命令 + 习题
笔记从进阶命令开始cutzless-S/teach/rna_testdata/database/
gtf
/gencode.v29.annotation.
gtf
.gz|cut-f1,3-5|less-Spasteseq10
美式永不加糖
·
2019-07-24 02:41
有参转录组分析
中不存在内含子难以比对的问题,比对上代主流RNA-seq比对工具能快50倍,同时需求更少的内存chrX.ss#提取外显子信息$extract_exons.pychrX_data/genes/chrX.
gtf
nnlrl
·
2019-07-17 10:39
littleFS在RT1052移植笔记
环境:rt1052单片机+16
Gtf
卡为什么使用littleFS?NXP官方SDK支持!先进的损耗平衡功能(wearleveling)可提供最长的快闪及内存寿命及最大的使用量。
leida_3669
·
2019-05-27 20:00
python解析gff文件中的转录本
1.下载基因组注释文件,选择对应的版本:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/BUILD.37.3/GFF/2.
GTF
为GeneralTransferFormat
爱笑的小牙
·
2019-05-27 13:10
python
RSeQC鉴定文库是否为链特异性文库以及其他小功能
首先将基因组
gtf
文件转换为bed:perl/media/shen/disk3/biosoft/
gtf
2bed/
gtf
2bed.plgtf文件>hg19.bed脚本下载地址:https://github.com
njmujjc
·
2019-04-02 18:14
从TCGA数据中提取lncRNA(这是一个找bug教程)
老师的教程已经写的很详细了,我再补充一点:如何下载
GTF
注视文件呢?
PriscillaBai
·
2019-03-21 10:55
【生信】格式转换:转成bed及bed12格式
基因组注释
gtf
文件或bed6文件转bed12文件上一篇详细介绍了bed格式,尤其清楚的解释了bed格式中的最后三列,这三列对于理解bed12格式转换至关重要。
清昭_QCao
·
2019-03-06 09:26
再也不是富人的玩具,海鸟4K运动相机入手体验
其实好几年前我在微信抽奖曾经拿到了一年Gopro的运动相机,可惜当时哪款基础款配置实在低到可怜,应该算是最低配置,最高支持32
GTF
卡,无WIFI无蓝牙,后来用了两次觉得实在太麻烦就直接束之高阁了,现在挂在闲鱼都无人问津
含情脉脉林老师
·
2019-01-10 22:29
2018-12-31 树莓派 系统安装以及基本配置
准备工作树莓派3b64
Gtf
卡显示器(普通台式电脑)hdmi-vga线开始玩树莓派的第一步肯定是要给树莓派装一个系统,推荐可以去官方网站下载,或者是树莓派实验室。
子胥人家
·
2018-12-31 19:33
在丘奇编码中构造前驱函数
目录引言推导参考资料引言王垠在博文《
GTF
-GreatTeacherFriedman》里提到,他在康奈尔大学的一个同学花了一个星期琢磨出前驱函数的丘奇编码表示,这个表示跟克林尼最初的设计是完全不同的。
三月雨ame
·
2018-11-29 16:30
λ演算
函数式编程
提取基因长度genelength
#下载
gtf
:选择的是ensembl的GRCh38.94.
gtf
:下载地址:ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-94/
gtf
/homo_sapiens/下载命令:axel-n10ftp
苏牧传媒
·
2018-10-29 10:43
树莓派kali linux安装配置(最新版)
1.准备一个树莓派,配置16g或32
gtf
卡2.在kalilinux官网上下载kali-linux-2018.3-rpi3-nexmon.img3.使用win32diskimager将img文件烧录至tf
Hallo_ZM
·
2018-10-25 13:58
树莓派
浅谈jsp的7个动作
本来想着说点自己迫切要说的,但是还是扯到了别的地方---笔者买了一个平板,外加一个256
gTF
卡。虽然2000块就这么干没了,但是自己想做的想买的做到了,就是最大的慰藉。----闲扯结束。
Red_Ant_hoyl
·
2018-10-08 23:26
jsp7
动作
html技术
ubuntu下极简安装tensorflow-gpu教程-不用手动安装cuda和cudnn
创建一个虚拟环境:condacreate-ngtfmatplotlibnumpypillowyamlpython=2.7
gtf
为虚拟环境的名字,后面的是需要装的包,Python可以选2.7也可以选3.5
hehedadaq
·
2018-09-29 18:23
ubuntu
机器视觉
计算机视觉
opencv
错误解决
Ubuntu14.04
安装教程
教程
图像识别
faster_rcnn
电脑配置
Python
学习笔记
Linux基础练习题1
bin|wc-l2、取出当前系统上所有用户的shell,要求每种shell只显示一次,并且按顺序进行显示cut-d:-f7/etc/passwd|sort-u3、取出/public/reference/
gtf
Hocchan_7
·
2018-09-12 09:47
【吃定香蕉派之一】给香蕉派安装Lubuntu系统
8G以上的SD卡,我是用的是16
GTF
卡+卡托,网线,可以正常上网才行啊,USB接口的键盘鼠标,HDMI接口的显示设备(电视机或者是显示器)最后是正常使用的电脑一台。
Anmore
·
2018-07-12 15:53
Banana
PI
pybedtools文档--读取和写出
一、读取pybedtools主要是使用BedTool对所有参考格式进行读取,不但能够读取bed,gff,
gtf
,还可以读取gz等格式。
Greatji
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2018-06-19 10:20
gff和
gtf
数据库注释格式(2018-05-28)
原文来自:https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72851239GFF和
GTF
是两种最常用的数据库注释格式,在信息分析中建库时除了需要
简单点lili
·
2018-05-30 10:21
转录组学习七(差异基因分析)
转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及
gtf
注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标准化
Dawn_天鹏
·
2018-03-29 20:47
转录组学习六(reads计数与标准化)
转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及
gtf
注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标准化
Dawn_天鹏
·
2018-03-29 20:05
转录组学习五(reads比对)
转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及
gtf
注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标准化
Dawn_天鹏
·
2018-03-29 20:16
转录组学习二(数据下载)
转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及
gtf
注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标准化
Dawn_天鹏
·
2018-02-27 21:18
转录组学习一(软件安装)
转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及
gtf
注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标准化
Dawn_天鹏
·
2018-01-17 14:33
sort配合awk对
GTF
文件进行重新排序
如果你也打算在hg19的
GTF
文件里添加tRNA和rRNA的数据。首先,tRNA数据可以在GENCODE的GRCh38.p10版本中下载PredictedtRNAgenes。
倚剑听雨喧
·
2018-01-11 17:09
把树莓派的存储空间拓展到整张TF卡中
我的环境raspbian系统,装在树莓派3B型的64
GTF
卡。解决步骤查资料发现所有人都有共同问题,是由于默认没有扩展存储空间到整张卡,必须通过命令行重建分区(命令行下的fdisk工具)。
MaoningGuan
·
2017-12-09 17:18
树莓派
树莓派
工具
生物信息学常见的数据下载,包括基因组,
gtf
,bed,注释
cd~/referencemkdir-pgenome/hg19 &&cdgenome/hg19 nohupwgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz&tarzvfxchromFa.tar.gzcat*.fa>hg19.farmchr*.fa cd~/referencemkdir-pgenome
高锦-生信
·
2017-10-25 14:27
下载基因组注释
gtf
文件和下载参考基因组序列
下载
GTF
注释文件对NCBI:wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/GFF/ref_GRCh38.p7_top_level.gff3.gz
高锦-生信
·
2017-10-20 10:57
gff文本格式
GTF
:GeneralTransferFormate,是第二代的GFF。gff是文本文件,由tab键隔开的9列组成,以下是各列的说明:Column1:“seqid/seqname”序列的编
Runuply
·
2017-09-07 08:45
gtf
格式的基因组注释文件转bed12格式.
前面介绍了
gtf
转bed6格式的脚本(点我查看).但bed6格式的注释文件包含信息有限,没有包含基因结构信息.下面介绍个来自RSeQC的能够将
gtf
格式的注释文件转为能保留转录本信息的bed12格式的文件
生信杂谈
·
2017-07-01 22:53
aflw数据集使用
shareid=2577552196&uk=1677924157这个应该是完整版的,仅供参考9
gtf
。本人申请了数据集,但是只有aflw-images-0.tar.gz,
andeyeluguo
·
2017-06-06 14:37
数据集
ROS 学习系列 -- 树莓派编译安装完整版本ROS
1.安装环树莓派B+, ROSIndigo,16
GTF
卡,RaspbianOS2.安装装备2.1准备ROS代
算法学习者
·
2017-05-02 22:52
ROS
Raspberry
Pi
树莓派初次使用(史上最全最详细教程!!)
Win32DiskImager工具(用来把系统写到内存卡上),AngryIPscaner(用来扫描树莓派的IP地址),x-shell(远程登录工具)树莓派板子(我的是3代的板子),电源(我用的是我旧的安卓手机充电器与线)一个16
GTF
东北梅长苏
·
2017-03-23 23:45
树莓派
系统设置
远程登录
我的第二次RNAseq分析
另外又看了不少攻略,理解也更深了一些##########################1基因组索引的建立##########################需要从ensemble的FTP下载一个.fa文件和一个.
gtf
Hao222222222222
·
2017-03-11 21:25
bioinfo
GFF3 TO
GTF
GFF3TOGTFgff3格式是使用gmap软件得到的。输入文件gff3的格式如下:chr1AIWGSCv1.0_gmapgene1174012074.+.ID=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1.path1;Name=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1chr1AIWGSCv1.0_gmapmRNA1174
msw521sg
·
2017-02-28 14:35
生物信息
python
台式机电脑19寸显示器怎么设置屏幕最佳分辨率?
寸显示器的最佳分辨率1440*9001、打开显卡控制面板,找到NVIDIA控制面板打开后点击更改分辨率-自定义-创建自定义分辨率2、然后设置水平像素:1440,垂直扫描线:900,并在下面计时标准里面务必设置为:
GTF
佚名
·
2017-01-21 11:26
【生信训练营-3】IRanges入门
生信分析中时时处处离不开ranges,比如:gene的注释文件(
GTF
,GFF3,BED),就是ranges的集合,一个range可以表示gene或exon在chromosome上的位置reads的alignment
Rapp
·
2016-09-01 08:47
Android5.1设备无法识别exFAT文件系统的64G TF卡问题
64
GTF
卡刚买回来的时候默认exFAT文件系统,在电脑端(XP和WIN7)可以识别,但在我们Android5.1S设备无法识别,采用guiformat工具格式化为FAT32文件系统后才可以正常识别,guiformat
LoongEmbedded
·
2016-06-29 08:00
树莓派编译安装完整版本ROS
1.安装环树莓派B+, ROSIndigo,16
GTF
卡,RaspbianOS2.安装装备2.1准备ROS代码仓库[html]viewplaincopyprint?
BBZZ2
·
2016-05-11 16:00
Model Thinking之 Lyaponuv
aLyapunovfunctionA1:hasamaximum(orminimum)valueA2:thereisa>0suchthat.if\(x_{t+1}\neqx_t\),maximum,\(F(x_{t+1})\
gtF
Ruskee
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2016-03-21 00:00
[王垠系列]
GTF
- Great Teacher Friedman
GTF
-GreatTeacherFriedman写小人书的老顽童DanFriedman是Indiana大学的教授,程序语言领域的创始人之一。
unsv29
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2016-01-07 09:00
tophat cufflinks cuffcompare cuffmerge 的使用
therearethreestrategies:1)mergebamsandassembleinasinglerunofCufflinks2)assembleeachbamandcuffcomparethemtogetacombined.
gtf
3
emanlee
·
2015-12-23 20:00
GTF
: Great Teacher Friedman
1.你知道些什么 Dan Friedman 是 IU 的教授,程序语言界的元老之一,Lisp (Scheme) 语言的主要研究者之一,《The Little Schemer》(前身叫《The Little Lisper》)的作者。他对程序语言有非常深刻的理解。Haskell 所用的 lazy evaluation 模型,最早就是他在 1976 年在与 David Wise 合写的论文“CONS
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2015-11-03 21:35
each
Cubieboard编译安装NodeJS经验总结
8
Gtf
卡!安装的最新node-v0.10.15版。http://cub
·
2015-10-27 15:12
nodejs
ENVI二次开发模式下的Landsat数据读取
从usgs网站或者马里兰大学下载TM或Landsat原始数据,数据可能包括9个tif数据,两个txt文件和一个
gtf
文件。
·
2015-10-27 11:28
二次开发
生物大数据处理的一点心得
在生物领域中,常常处理gff,
gtf
,bam,sam等格式的文件。在此我总结了几点我处理这些文件的经验。
·
2015-10-23 08:55
大数据
抓虫记之七:模拟鼠标移动就报错
我们产品将于
GTF
(公司的自动化测试框架),做了自动化测试。测试人员发现,在模拟绘制模型的时候,鼠标一旦移动就报错。 但是开发人员在实际复测的时候,怎么都复现不了。于是找到我来帮助诊断案例。
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2015-10-21 12:56
报错
openwrt系统32
GTF
卡分区问题
需求在raspberrypi上跑openwrt的时候,需要把系统烧写到TF卡上,但如果TF卡比较大,就会比较浪费,因为openwrt的镜像默认rootfs分区只有不到60MB,而且在TF卡比较大的时候resize2fs会出现问题,比如我的32G卡就会出现问题,经过一系列的查找、验证得出下列解决办法。正常扩展方法在ubuntu终端下获取root权限sudo-s确定你新挂上去的磁盘文件对应的设备名是什
6Bit
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2015-09-23 17:13
raspberry
pi
openwrt
ubuntu
CentOS6.3x86显示器的分辨率有限或刷新频率无法调整
(3)有时"
gtf
",
wangzhen209
·
2015-04-23 10:00
linux
centos
分辨率
X86
xrandr
关于RNA-SeQC.jar包的源码分析1
参数输入 -n 1000 -s \"TestId|ThousandReads.bam|TestDesc\" -t gencode.v7.annotation_goodContig.
gtf
219
·
2015-03-14 08:00
源码分析
ROS 学习系列 -- 树莓派编译安装完整版本ROS
1.安装环树莓派B+, ROSIndigo,16
GTF
卡,RaspbianOS2.安装装备2.1准备ROS代码仓库sudosh-c'echo"debhttp://packages.ros.org/ros
crazyquhezheng
·
2015-02-02 20:00
安装
树莓派
ROS
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