gtf

物种内共线性分析——思路以及踩坑总结（二）

物种内共线性分析(MCScanX+BLAST+TBtools)数据要求：做物种内共线性分析的话主要需要的是全基因组序列、cds或pep序列、gff3/gtf序列三者缺一不可。
生信技术·2022-05-28 01:23

2022-04-27使用 GSDS 绘制基因结构图

图片.pngsequence(FASTA)格式GSDS2.0目前提供四种格式：BED、GenBankAccessionNumberorGI、GTF/GFF3和sequence(FASTA)。
麦冬花儿·2022-04-27 11:52

用gffread从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列

https://jishuin.proginn.com/p/763bfbd5e36e1.获取转录本序列gffreadGRCh38.gtf-gGRCh38.fa-wGRCh38.transcripts.fa
刘相培在努力学习中·2022-04-24 16:28

从gtf提取ENSEMBL ID和transcript ID以及SYMBOL对应关系

ENSEMBL数据框中geneid通常是ENSMUSG开头的编号，而transcriptid以ENSMUST开头的编号，这些信息通常在gtf文件以tab键分隔的第9列中。
小熊_wh·2022-04-20 16:49

bedtools getfasta提取基因序列实战

由gtf文件得到含CDS坐标的bed文件，并提取CDS序列首先要注意，gtf文件的序列起始坐标减一，才是bed文件的起始坐标！！！因为gtf的第一个碱基记为1，但是bed文件的第一个碱基记为0。
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2022-03-05 21:27

修改stringtie、ballgown 结果中部分gene_id为ref_gene_id

问题：stringtie组装转录本后会改变原本参考基因组注释文件中的gene_idstringtie组装、merge的stringtie_merged.gtf注释文件中的geneid与ballgown生成的
小红楼上的树影·2022-02-23 16:05

#GTF/GFF格式# gffread入门使用

首先了解一下GTF/GFF的格式https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html两者的关系如下GTF(genetransferformat)isidenticaltoGFF
土豆_leah·2022-02-17 03:09

TBtools | 地球最友好的 GFF3/GTF 序列提取工具

无论是Windows，MacOS,Linux桌面的用户，你都可以也会使用。写在前面伴随基因组测序的普及，越来越多物种的基因组测序项目开展并报道，为科研工作者提供了更为全面的参考序列信息。目前，单纯植物类已公布的基因组，应在400~500个物种之间。这带来了更多的数据，也带来了更多的信息分析挑战。物种基因组公布，往往(至少)会公布两个文件：物种基因组序列文件，如genome.fa物种序列特征注释文件
生信药丸·2022-02-14 21:56

基因家族分析 | 基因家族成员鉴定(hmm模型＆同源blast)

方法一：基于hmm模型的鉴定方法1.准备数据①下载拟南芥基因组fasta文件、注释文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release
pomela·2022-02-13 13:16

stringtie的渣渣报错信息

我用的注释文件是gtf.gz格式？网上的代码都是.gtf格式的。难道问题出在这里？是的。渣渣报错。都9102年了，就不能用个utf8？？？？
妄想天开的人·2022-02-12 12:20

下载参考基因组及基因注释

3.截图几个基因的IGV可视化结构4.下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构5.了解IGV常识hg19、GRCH37、ensembl75这3种基因组版本应该是大家见得比较多的了
莫讠·2022-02-10 00:54

RNAseq分析如何选择 参考基因组 和 gtf

转自：https://mp.weixin.qq.com/s/Yt9HwCrvsz4gAkieTWYjRQ最近在做人类的转录组分析，发现人类基因组的序列版本和注释版本真的种类繁多，让人眼花缭乱。怎么选？笔者查阅了一些资料，尝试理理清楚，如有纰漏，还望指正。太长不看版强调可重复性和稳健-用RefGene；希望得到更多的信息，进行更具探索性的研究，选用Ensembl版本。对于Ensembl，序列选择pr
生信师姐·2021-10-18 13:21

2021-09-30 数据库记录格式

数据库的记录格式主要有FASTA,FASTQ,GFF,GTF，GBFF等。（1）FASTAFASTA格式也成为Pearson格式。主要用于储存DNA、RNA、蛋白序列
Xie_MJ·2021-10-01 16:06

根据rawdata算FPKM

1.先准备好外显子参考这篇library(GenomicFeatures)txdb<-makeTxDbFromGFF("路径/gencode.v22.annotation.gtf",format="gtf
没有猫但是有猫饼·2021-09-22 15:54

Raspberry Pi 4B 下安装Docker

本文介绍下树莓派4B下安装Docker运行环境，配置为4G内存，16GTF存储。
奋斗_登·2021-09-07 16:49

matplotlib：根据gtf文件画出基因全部的转录本结构

importnumpyasnpfrommatplotlibimportpyplotasplt面向对象的界面：显式创建图形和轴，并在它们上调用方法x=np.linspace(0,2,100)fig,ax=plt.subplots()ax.set_xlabel('xlabel')#x轴ax.set_ylabel('ylabel')#y轴ax.set_title("SimplePlot")#图名ax.p
所以suoyi·2021-09-02 11:42

基因组注释文件格式 -- （二）GTF文件格式

转载：https://biozx.top/gtf.html参考UCSCGTFformathttps://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72851239
我是爱哭虫小鱼·2021-08-19 15:20

50.《Bioinformatics Data Skills》之获取启动子区域

>library(rtracklayer)>mm_gtftable(mm_gtf$type)genetranscriptexonCDSstart_codonstop_codon20274993361282590122902299UTR7588
DataScience·2021-07-27 18:29

水稻GO和KEGG分析

首先，一般我们分析水稻的数据时候，选用的是MSU和RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件，这里只介绍MSU的ID，RAPDB的同理。
热衷组培的二货潜·2021-07-10 21:34

生信分析常见文件格式说明

【原创】生信分析常见文件格式说明生信分析中经常会遇到各种格式特殊的文件，例如：fasta、gff、gtf、gbk、m8、sam/bam、vcf等；本文主要就生信分析中常见的一些文件格式做简单说明，持续更新中
枫狂灬呆子·2021-07-02 15:29

GTF格式解读

GTF全称为genetransferformat，主要是用来对基因进行注释。
苏牧传媒·2021-06-26 17:55

mRNA-seq学习（五）：基于比对的转录本组装

Cufflinks基于reads与参考基因组的比对来进行全长转录本的组装，不需要额外提供gff/gtf这种描述gene/transcript的feature文件，软件会生成gff文件。
TOP生物信息·2021-06-26 14:09

SnpEff：vcf注释软件安装及应用

需要准备的内容:环境：Linux或Ubuntu，已经安装openjdk文件：通过GATK流程得到的变异或者VCF格式的文件参考文件：对应基因组版本的gff或gtf注释文件、参考基因文件软件：SnpEff
文章收集器·2021-06-25 20:34

gtf 下属文件前面有红色x

JavaEEtab下的GTFStep:1.选择pom.xml文件。2。运行该文件。3。更新插件
铁锤它妹·2021-06-23 22:41

普通人玩树莓派Raspberry 3B+

普通人玩树莓派Raspberry3B+设备：树莓派3B+、32GTF卡、移动硬盘1T（单分区）、Raspbianstretch系统固件一、系统初始化安装系统材料准备读卡器下载最新的RASPBIAN系统，
pypypy·2021-06-19 06:57

生信数据分析常见格式（一）

前言首先，这篇文章介绍的文件格式格式：基因组fasta、测序数据fasta、基因组不同软件构建的索引文件index、fastq、sam、bam、bed、gtf、gff、vcf、bigwig、wiggleimage.png
Biofantasy·2021-06-14 16:33

GTF与GFF

一、格式介绍（一）gtf文件。GTF为GeneralTransferFormat缩写，跟GFF2格式类似。
枫狂灬呆子·2021-06-11 01:56

最全Bedtools使用说明--只看本文就够了

Bedtools可以对基因组广泛使用的数据格式BAM,BED,GFF/GTF,VCF进行处理，进行取交集、并集、补集、计数以及格式转变等操作。
生信小书童·2021-05-12 21:30

第六步-stringtie-to-ballgowm的input文件

Examinehowthetranscriptscomparewiththereferenceannotation(optional):$gffcompare–rchrX_data/genes/chrX.gtf–G–omergedstringtie_merged.gtf
MissL_78e0·2021-05-11 01:17

转录组完整的ID转换：biomaRt和gtf

ID转换过程中会有基因丢失这件事情，在部分做干实验的人看来，是非常正常的。但不做干实验的湿实验人知道这件事，心里可能会有疙瘩。为什么要丢失呢？为什么丢失了不补回来？在分析结果中查阅重要的基因并绘图时发现竟然无此基因的数据，或者是绘图时row.name的部分丢失，会让我们的强迫症爆发。真心希望有一个完整的ID转换方法。在这之前我使用的是ENSEMBL的官方工具BiomaRt。目前BiomaRt囊括了
冻春卷·2021-05-09 19:16

参考基因组和注释文件

还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截
wangchuang2017·2021-05-08 14:40

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

还可以下载ENSEMBL，NCBI的GTF，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识。来源于生信技能树：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=view
lxmic·2021-05-03 17:43

snpEff

当使用snpEff创建数据库的时候使用以下命令java-jarsnpEff.jarbuild-gtf22-vOar_rambouillet_v1.0突然报错java.lang.RuntimeException
宗肃書·2021-05-01 12:25

StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析

第一，用stringtie组装取得每个样本结果gtf文件；第二，用Stri
BeeBee生信·2021-04-19 06:43

Biopython之gbff转gff格式 2020-04-27

gbff是NCBI基因组数据库常见的基因组genebank格式文件，在实际分析中，常常需要gff格式或者gtf格式，所以就存在gbff转换gff格式的需求image.png方法请参考先安装Biopython
SnorkelingFan·2021-04-15 01:33

HashBee - 树莓派（Raspberry 3b+）搭建比特币闪电网络（一）

树莓派搭建比特币闪电网络（一）准备材料：树莓派3b+一个，对应的主板，充电器，风扇，32GTF卡一张，读卡器一个，320G移动硬盘一个，最好再加上散热片，成本低于650；用时：两周；废话不多说了，开始进入主题
尘埃_rc·2021-03-11 14:04

Lunix Day 2

作业题用less命令查看example.gtf或Y染色体gff文件，探索–S、-N参数解法：1，解压，less-NSHomo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3查看
Tina_e4a6·2021-01-25 17:47

2020.12.19丨根据差异基因ID匹配注释文本脚本

物种是一种酵母菌，参考基因组是组装的，并没有像样的gtf文件，使用genemark-ES生成注释文件后，需要对差异基因进行注释。本来之前有一个脚本能够很流畅地处理这个步骤。
穆易青·2020-12-19 15:31

2020-06-17基因组坐标转换

1基因组坐标转换常用软件NCBI的Remap:支持BED、VCF、GFF、GTF等。UCSC的LiftOver:支持BED,本地版本
bcl_hx·2020-11-19 14:40

第七天 树莓派+计算棒配置过程

blog.csdn.net/qqqzmy/article/details/852134141.材料硬件树莓派3B+intelmovidius神经元计算棒2代显示器、鼠标键盘、读卡器、用于做树莓派系统盘的16GTF
hang_AI427·2020-10-10 20:30

2020-09-06 gtf to refFlat format

gtfToGenePred-genePredExt-geneNameAsName2$hg38_gtf-ignoreGroupsWithoutExons/dev/stdout|awk'BEGIN{OFS=
e8a37405cb53·2020-10-10 09:08

GTF:链接DeFi与CeFi的桥梁 引领新兴交易市场

2020年，DeFi引爆了加密市场，从年初贯穿至今热点不断。各种DeFi协议中锁仓的加密资产市值，从3月份的5亿美金，增长到如今的80亿美金，诞生了诸如Lend、SNX、Link、YFI等诸多涨幅巨大的币种。DeFi不仅给市场带来了财富效应，更是让币圈发生了格局上的变化。流动性挖矿的出现，让投资者们纷纷到uniswap等DEX上进行流动性挖矿、交易，其中的佼佼者uniswap，日交易量已经接近币安
财经早知道·2020-09-18 19:55

在树莓派(Raspbian)上安装ROS Kinetic Desktop(无错版)

安装环境：RaspberryPiZeroW+Raspbianbuster+32GTF卡。说明：可用cat/etc/os-release命令查看R
Qrpucp·2020-09-14 03:12

Ubuntu 使用虚拟显示器且远程控制

Section"Monitor"Identifier"Monitor0"HorizSync28.0-80.0VertRefresh48.0-75.0#https://arachnoid.com/modelines/#[email protected](GTF
取经蜗牛·2020-09-12 13:15

树莓派4+ docker+ homeassistant

一次安装配置过程记录安装docker：替换安装源安装DockerUI：portainer:linux-arm安装homeassistant+HASS安装完毕备忘录：一次安装配置过程记录硬件：树莓派4BM：2GTF
停止测试·2020-09-11 05:22

EST gb转fa格式（genebank和fasta）与提取gtf的noncoding区域

两个程序比较简单，高手免看了，就是想保存一下，以后说不定直接就用了。。。EST的数据库是genebank格式，找了一圈没发现转换的程序，就自己写了一个，还算可以，就是没有用多线程来做。。。#!/usr/bin/envperlusestrict;usewarnings;useGetopt::Long;my%opt;GetOptions(\%opt,"i=s","o=s");my$usage=Modi
浮生终有醒·2020-08-25 08:48

hg38每条染色体基因,转录本的分布

wgetftp://ftp.ensembl.org/pub/release-87/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.87.chr.gtf.gz#每条染色体基因数zcatHomo_sapiens.GRCh38.87
白云梦_7·2020-08-23 10:04

ZT:lncrna分析流程

author:风吹过的94data:2016-051.QC2.比对(tophat2)bowtie2-buildgenome.fa*.bowtie2#建立索引tophat2-p16-Ggenome.gtf
felixhell·2020-08-22 00:39

跑在树莓派上智能家居雏形(二)

三.需要用到的所有硬件•路由器•树莓派主板•树莓派电源（5V2A）•至少8gtf卡（推荐class10，8g足矣）•支持ouv的摄像头（罗技C170）•花生棒及电源（或用花生壳内网版代替）•乐高积木（小颗粒
碎碎思·2020-08-21 03:55

跑在树莓派上智能家居雏形

简介一个以微信为终端的控制传感器的简单设备可以实现的功能可以实现以手机微信端对树莓派终端进行实时监控、摄像头云台操纵、闯入报警、温度检测、灯光控制、自动光线控制等功能设备图片运行截图需要用到的所有硬件路由器树莓派主板树莓派电源（5V2A）至少8gtf
mcdona1d·2020-08-21 02:36
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