gtf

refgenie：参考基因组下载商店

HereweprovideawebinterfaceandaRESTfulAPItoaccessgenomeassetsforpopularreferencegenomeassemblies.refgenie提供了人、鼠等常见物种的参考基因组以及注释文件等信息(fasta、gtf
小贝学生信·2024-09-09 10:14

基因名称的转换

1.使用gtf文件进行转换1.1下载gtf文件登录http://asia.ensembl.org/index.htmlimage.pngimage.pngimage.pngimage.png1.2制作R
生信小鹏·2024-02-07 17:45

2019-08-21 gffread----gff、gtf格式转换

三代数据分析，用Minimap2分析出结果，生成了gff文件，想继续用为了想用到MatchAnno去，但是MatchAnno需求是gtf文件，所以想找大家都推荐的cufflinks中的脚本gffread
老_Z·2024-02-02 07:59

LINUX的练习题

最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff
七七师姐·2024-01-31 00:14

修改BAM文件中的染色体名字

在处理ChIP-seq数据的时候，遇到这样一个问题：前期我的FASTA和GTF文件中染色体的名字是1，2，3......22这样的，但后期某些分析过程要求染色体名称必须以chr开头，比如用来找enhancer
生信菜菜鸟·2024-01-14 15:33

盒子Rk3566刷PVE,Ambian,IStore安装青龙面板，奥特曼，

64gtf卡、lora模块、天线等，比棒子、905s盒子
3M1·2024-01-08 18:14

基因家族分析六(绘制转录本结构图)

一：准备文件1.拟南芥转录本id2.拟南芥gtf文件(不是gff)3.绘图工具：GeneStructureDisplayServer2.0二.gff文件获取gtf文件$gffread..
多啦A梦的时光机_648d·2023-12-28 09:29

read_counts转FPKM（基于gtf和read_counts文件）（exon）

spm=1001.2014.3001.5501首先我们要把gtf文件中的exon抓取出来grep"exon"genome.gtf>genome_exon.gtf然后提取genome_exon.gtf文件中的
离子回旋·2023-12-27 15:46

salmon 转录本定量转为基因水平定量

需要提前安装GenomicFeatures和tximportlibrary(GenomicFeatures)library(tximport)gtf_file='gene.gtf'txdb<-makeTxDbFromGFF
今天没回家·2023-12-19 05:03

2018-04-25-(GTF文件各列含义 )

转载自马疾香幽的博客Fieldsmustbetab-separated.Also,allbutthefinalfieldineachfeaturelinemustcontainavalue;"empty"columnsshouldbedenotedwitha'.'seqname-nameofthechromosomeorscaffold;chromosomenamescanbegivenwitho
天秤座的机器狗·2023-12-06 03:13

统计注释出的基因数目，基因长度，外显子和CDS长度

awk'$3=="gene"'myannotation.gff|wc-l##统计注释文件中第三列为gene的行数，即为基因的数目2.统计基因长度，使用tidyverse包2.1第一步先把gff文件转为gtf
纵纵纵小鸮·2023-12-04 01:52

10X Genomics 建立自己的参考基因组

准备输入文件，以小鼠为例：输入文件为gtf与fasta文件：1.下载小鼠fasta文件与gtf文件#fastawgetftp://ftp.ensem
生信编程日常·2023-12-02 00:38

小米智能摄像头mp4多碎片手工恢复案例

故障存储:32GTF卡fat32文件系统簇大小64sec故障现象:客
CHS_Lab·2023-12-01 23:46

61.《Bioinformatics Data Skills》之SAM文件格式(1)

我们已经知道BED与GTF文件用于存储基因组区域与基因组特征注释信息。
DataScience·2023-11-29 06:36

bed文件转换为gtf文件

genePredToGtf进行转换下载可以用conda下载bedToGenePredcombined.bed/dev/stdout|genePredToGtffile/dev/stdincombined.gtf
今天没回家·2023-11-23 02:06

归有光文选

url=yG-ciikp-j1OMy35hgdkVlJvpn85kFDrsqMbDhwrg3aiwDX4gTf3XCtx0nTbASuwlaOIwMhWjLoE72q_-7RRQq&wd=&eqid=c399aa0600000bac0000000661b364ea
雪婷Sita·2023-11-22 09:40

贴心 | GXF Fix 修复 / 优化基因结构注释信息文件 - GTF/GFF3

与此同时，对应的基因结构注释信息文件，如GTF或GFF3文件等，也可公开下载。对于绝大多数要使用这些公共资源的研究人员而言，有了这两个文件就足够了。但想象总是美好，现实却常常骨感。
生信石头·2023-11-21 10:57

arcgis中投影文件(.prj)和地理转换文件(.gtf)存储路径

投影文件（自定义的.prj）的存储路径C:\Users\14635\AppData\Roaming\ESRI\Desktop10.5\ArcMap\CoordinateSystems2、地理转换文件（.gtf
create_right·2023-11-21 09:31

使用R语言的clusterProfiler对葡萄做GO富集分析

GCF/000/003/745/GCF_000003745.3_12X/基本流程是Hiast2比对samtoolssam转bamstringtie组装转录本gffcompare将stringtie输出的gtf
小明的数据分析笔记本·2023-11-21 04:20

生信必会格式：GFF和GTF的简介和转换

文章目录前言GFF例子GTF例子GFF转为GTF使用AGAT转换使用gffread转换使用GenomeTools转换其他工具：ea-utils、TransDecoder、Kentutils闲聊参考前言GFF
万木春❀·2023-11-03 04:54

NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)）、批次效应处理等内容。GFF
生信宝典·2023-11-03 04:45

转录组分析（五）--王通老师讲解

illumina测序，reads读长分别为70bp，插入片段大小为200bp，reads之间的距离为200-70-70=60bp，将这个两个样品分别与人全基因组参考序列进行比对，也就是前面下载好的参考序列文件和GTF
不如好好学生信吧·2023-11-02 20:40

How to convert GTF format into BED12 or BIGBED format?

#seebelowforUPDATESthatincludemoreshorterwaysofconversions#HowtoconvertGTFformatintoBED12format(Human-hg19)?#HowtoconvertGTForBEDformatintoBIGBEDformat?#WhyBIGBED(IfGTForBEDfileisverylargetouploadinUC
OmicsAcademy·2023-10-28 22:48

基因家族分析1

中下载已知的蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型（HMM）model.pnghmm下载.png2）基因组数据下载1.下载基因组文件fahttp://www.maizesequence.org/index.html2.下载基因组注释文件（gtf
雪碧好喝吗·2023-10-27 10:02

【树莓派RPI】树莓派4B搭建基于docker的私有代码管理服务器（mysql+gogs）

树莓派硬件和系统信息：硬件：4B+4G内存+32Gtf卡系统：安装docker安装：sudocurl-sSLhttps://get.docker.com|sh常用命令：查看版本：docker-v获取images
小小小花刀·2023-10-24 01:33

10X Genomics 建立自己的参考基因组

准备输入文件，以小鼠为例：输入文件为gtf与fasta文件：1.下载小鼠fasta文件与gtf文件#fastawgetftp://ftp.ensem
Seurat_·2023-10-22 00:24

麒麟系统开机设置默认分辨率

下方命令可以查看需设置分辨率的配置信息gtf1920108060在/etc/X11/xorg.conf.d目录下创建一个xorg.conf文件，该文件决定系统启动后默认的分辨率在xorg.conf内填入需要的分辨率信息
LuTan_888·2023-10-14 07:58

从GFF注释文件获得Gene ID与Gene Name的对应关系列表

zlessHomo_sapiens.GRCh38.95.gtf.gz|sed-n'6,10005p'>test.gtfRgtf<-read.table("test.gtf",header=F,sep="
永远的消逝·2023-10-13 22:53

GTF时间任务管理OmniFocus 3中文

OmniFocus3中文是一款强大的任务管理软件，您的繁忙生活有条不紊。使用项目以自然方式组织任务，然后添加标签实现跨项目组织。在移动中轻松进入任务，用零碎时间处理要务。“预测”视图同时显示任务和日历事件，让您一日安排全掌握。使用“检查”透视，您更可令项目和任务全程不偏航。作为广受信赖、堪称黄金标准的待办事项应用程序，现已迎来第十个年头。OmniFocus3promac为Mac带来无与伦比的强大功
m0_72498124·2023-10-11 05:49

定量分析htseq

HTSeq使用注意事项简述：HTSeq是转录组定量分析的软件，其输入文件必须有bam（sorted）和GTF文件。
小鹏_哒哒哒·2023-10-03 02:27

linux学习100篇65：sort排序

sort参数image.png按3列排root07:39:03~/data/Data$less-Sexample.gtf|sort-k3|less-Schr1ENSEMBLCDS127149127938
Seurat_Satija·2023-10-02 22:56

一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定

www.bio-info-trainee.com/2218.html准备工作：安装WSL，并将源换成国内源；在D盘建立文件夹bs用来放生信软件，文件夹data用来放下载的数据，data下建立文件夹fastq用来放测序数据，gtf
北极光_0424·2023-10-02 05:10

gffread软件使用教程

gffread不仅可以实现GTF与GFF的互相转换，而且还可以对GFF文件进行过滤处理。可以直接读取GTF文件。相关database：最好在ucsc上下载。
11的雾·2023-09-25 20:47

Jetson Nano 系列之：刷机、瘦身、部署应用

背景模型已经训练好了，完成了在jetsonnanob01上的各种测试，测试的过程中安装了各种自己也记不清的包，系统装载了32GTF卡上，每次开机还报错，并且引导很慢，这种状态不能直接做生产环境，需要一个清爽的部署环境
ironinfo·2023-09-25 18:22

miRNA array笔记1

1.对gtf文件进行处理：catGSE52313_transcripts.gtf|grep"gene_name"|sed's/\(.*\)gene_id\(.*\);transcript_id\(.*\
Dommy_feb9·2023-09-23 21:30

python打印购物小票

金士顿U盘8G------40元/个胜创16GTF卡------50元/个读卡器-----------8元/个网线两米---------5元/根我们写下代码：print('此商店清仓大甩卖所有商品打九折
代糖·2023-09-18 15:47

嵌入式通用硬件模块设计——串口音频播放模块

支持MP3、WAV格式双解码，支持24位DAC输出，模块最大支持32GTF卡，也可外接U盘或USB数据线连接电脑更换SD卡音频文件；2、PAM840
IOT趣制作·2023-09-18 08:04

2022-05-24如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列？

NGS基础-GTF/GFF文件格式解读和转换这篇文章有读者留言想要提取外显子，内含子，启动子，基因体，非编码区，编码区，TSS上游1500,TSS下游500的序列。下面我们就来示范如何提取这些序列。
麦冬花儿·2023-09-15 00:55

IGV导入注释文件-转载

www.gencodegenes.org/），data>>human>>GRCh37-mappedreleases>>GENCODErelease26>>Comprehensivegenomeannotation/GTF
酷睿_1991·2023-09-12 22:57

awk命令设置多个FS

|设置多个不同的字段分隔符#设置制表符和冒号两个分隔符awk'BEGIN{FS="\t||;";OFS="\t"}{print$1,$3,$4,$5,$7,$10,$25,$5-$4+1}'exon.gtf
啊吧啊吧鸭·2023-09-12 00:32

Gviz绘制基因isoform结构

TheGvizUserGuideisoform结构绘图----R包Gviz(IGV菀菀类卿)需要从GTF文件中提取并准备数据rm(list=ls())suppressMessages(library(tidyverse
落寞的橙子·2023-09-02 19:43

基因长度并不是end-start

其中的基因长度依据的参考基因组是hg19，我想要的是从gtf文件开始计算，在曾老板的代码基础上改吧一下就行
小洁忘了怎么分身·2023-08-31 20:47

RNA-seq 转录组定量

Data：fromGEOTools:RSEM和STAR建立索引：下载gencode参考数据集，v24的gtf文件以及fasta文件/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference—gtf
好风凭借力·2023-08-27 22:26

R package org.Hs.eg.db to convert gene id

Ensemblidconverttogenenameorg.Hs.egSYMBOL将genesymbolconverttogeneid我现在有一些ensemblid如何转为genename注意你会遇到一些record不全的情况，gtf
All_Will_Be_Fine噻·2023-08-22 10:32

RBP AS生信流程（三）定量二

用jimmy老师的方法定量：featureCounts-T10-p-texon-ggene_id\-a/home/sxw/HF/Homorefer/humangtf/genecode38.gtf-oall.id.txt
cHarden13·2023-08-19 16:24

1.8featureCounts

sourceforge.net/projects/subread/或者sudoaptinstallsubread#1.6.0当前最新版为1.6.4condasubread2.参数相关基础和htseq-count类似，-a*.gtf-o
cakarote·2023-08-19 05:26

RNASeq实战练习-hisat2比对与featurecounts定量

cd/home/jiamj/analysis/ref#激活rnaseq分析环境condaactivaternaseq#提取外显子和可变剪切构建转录组比对的索引文件（内存太小构建不成功）#将gff文件转成gtf
小小白的jotter·2023-08-02 18:42

植物基因组-基因组分析中的“地图”文件(gff3和gtf文件介绍)

今天，我们的主题就来探究常见的注释文件gff3和gtf。gff3文件介绍GFF3（GeneralFeatureFormatVersion3）是GMOD项目研发的一套存储序列结构信息的通用格
blue_unique·2023-08-02 04:01

[王垠系列]GTF - Great Teacher Friedman

写小人书的老顽童DanFriedman是Indiana大学的教授，程序语言领域的创始人之一。他主要的著作《TheLittleSchemer》（前身叫《TheLittleLisper》)是程序语言界最具影响力的书籍之一。现在很多程序语言界的元老级人物，当年都是看这本“小人书”学会了Lisp/Scheme，才决心进入这一领域。Friedman对程序语言的理解可以说是世界的最高标准，很可惜的是，由于他个
婵_27e0·2023-07-31 07:13

snpEff注释结果解读

/snpEff.config-gtf22-vAth10M##进行注释java-jar/opt/snpEff/snpEf
生信学习小达人·2023-07-24 22:06
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