gtf

在R里面对坐标进行注释

在R里面对坐标进行注释坐标注释最简单的生物学应用就是peaks区域的注释，通常我们可以使用linux的各种软件加上gtf等格式的基因组注释信息来完成，在R里面当然也是可以轻松完成的啦！
生信技能树·2020-04-11 22:43

葡安素调节血糖

有效成分及功效、适用人群：分三大类1.人参和甘薯提取物组成的葡萄糖耐量因子，英文简称GTF。a.这个成分作用是恢复胰岛活性，增强胰岛素效果。
沛芷宝贝·2020-04-10 04:08

BBQ(生物信息基础问题30)： IGV的使用小技巧

software.broadinstitute.org/software/igv/UserGuideuserguide目录IGVTools支持的文件类型与绘图方式；绘图的文件主要有bam,cram,seg,bed.gtf.bi
liu_ll·2020-04-10 00:38

微软 surface go 能不能成为开发人员的生产力工具

考虑到后期可能会有较多的文件存储，所以买了一张128Gtf卡，插在后面。平时办公都是用的dell的12.5寸超级本，上手go之后，如果只是作为
三打哈·2020-04-09 23:54

BBQ(生物信息基础问题35，36)：RNA-Seq 数据的定量之RPKM，FPKM和TPM

那么理论上把测序的FASTQ文件mapping到参考基因组上，再结合参考基因组的GTF/GFF文件就可以
liu_ll·2020-04-09 19:49

RNA-seq摸索：3.基因表达水平分析→featureCounts计量→差异表达分析及可视化

这篇写的特别好：RNAseq-workflow本科生搞定RNA-seq上游数据分析RNA-seq一般流程1.下载gtf基因组注释文件ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_gtf
没有猫但是有猫饼·2020-04-09 16:59

根据GTF画基因的多个转录本结构

外显子和内含子是转录本上面的概念，是基于转录这个行为的定义。而5端UTR区域和CDS区域，还有3端UTR区域,是基于翻译这种行为的定义！UTR（UntranslatedRegion），即非翻译区。在分子遗传学中，是指任意一个位于mRNA链编码序列两端的片段。如果其位于5′端，则称为5′非翻译区（5‘-untranslatedregion，5’-UTR）（或“前导序列，leader”）,反之若位于3
白云梦_7·2020-04-05 04:48

RNA-seq的比对tutorial

2020.3.17#鉴于liftover转坐标不给力，我用了ncbi的Remap，使用方面看这篇参考https://www.jianshu.com/p/41e5280f59c3还可以选BED转GTF，但是没结果
姜子铭·2020-04-04 21:24

使用ASProfile分析可变剪切事件

基本用法如下extract-as \transcript.gtf\ref.fa.hdrs>as_events.t
生信修炼手册·2020-03-31 22:58

2019-07-11

stringtie-p12-Ggencode.v31.annotation.gtf-oaligned/108TRA/108TRA.gtf-l108TRAaligned/108TRA/108TRA.sorted.bamstringtie-p12
MissL_78e0·2020-03-31 09:38

2019-08-28 基因注释

knownGene，但是今天做发现１个问题，就是有的基因特别长，与ncbi中检索出来的不一样，查找原因，在生物技能树上也看到了相关的问题，于是是果断参考用了gencode.v27.annotation.gtf.gz
smile_lucky爱上阳光·2020-03-31 05:49

生物信息必备技能 -- 查找 SNP 突变后的氨基酸

**修改了部分代码，重新设计了SNP突变位点落在反向转录本上的情况****重新设计了结果的输出格式****欢迎积极提出设计上的不足**输入文件格式：1.参考注释的GTF文件；2.参考注释的基因组fasta
正踪大米饭儿·2020-03-20 10:07

如何获得FPKM/RPKM计算需要的基因长度（考虑exon之间的overlap）

使用R语言,输入为基因的GTF文件包的安装依赖data.table,IRanges,rtracklayerinstall.packages("data.table")if(!
ywliao·2020-03-19 10:00

NCBI gff/gff3 转换为 gtf 格式

适用于NCBI数据库中gff格式文件转换为gtf格式，使用perl代码实现：#!
正踪大米饭儿·2020-03-05 08:15

1bp的CDS/UTR region，原来是microexon

以CDS为例，我先是用Ensemblv75的gtf注释文件抓取CDS信息，然后观察它们的区间长度：>summary(CDS$end-CDS$start)Min.1stQu.MedianMean3rdQu.Max
王诗翔·2020-03-01 11:11

转录组入门学习（六）

./00ref/Araport11_GFF3_genes_transposons.201606.gtf-oout_counts.txt
posLight·2020-02-27 05:59

转入组入门四（mac 版）：了解参考基因及基因注释

还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识。转录组文章分析思路好的文章不是靠写出来的，而是设计出来的。
thinkando·2020-02-23 15:12

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识。参考基因组准备明确实验目的，依据实验目的选取参考基
_eason_·2020-02-21 21:14

Python 入门之文件操作（一）

文件读写在日常的生物信息学分析中，我们一般都是直接面对一些文件进行操作的，比如测序数据fastq文件，在比如比对结果bam或者sam文件，还有gtf或者gff3格
正踪大米饭儿·2020-02-21 08:47

（一）树莓派上手 （无（/有）显示器 串口连接 系统制作安装 wifi连接 ssh连接 vnc连接 远程访问地址）

Raspberry树莓派3B上手（无显示器）硬件组成主板Raspberry3B5v2.5A电源USB转TTL串口16GTF卡linuxPC系统下载官网制作系统盘Raspberry打开该系统官网页面，按照说明进行刻盘
Neucrack·2020-02-20 21:02

基因组注释文件(GFF,GTF)下载的四种方法

NCBINcbi里包含现在最全的参考基因组数据，可以进入FTP站点查看：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/mark这里的文件夹名为物种的拉丁名，这里以Human(Homo_sapiens)为例，下载方法如下：wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/GFF/ref_GRCh38.p7_top_leve
白墨石·2020-02-16 17:37

使用UCSC Genome Browser下载人类所有mRNA序列

点击Genomesequencefilesandselectannotations(2bit,GTF,GC-content,etc)后继续点击Standardgenomesequencefilesan
不可积函数·2020-02-16 16:00

bam2rpkm by bedtools

比对好的bam文件一般需要根据gtf文件来根据genomicfeatures进行计数，但是htseq-counts或者featureCounts这样的软件一般都是做到计数，并没有计算rpkm值。
生信技能树·2020-02-16 15:35

Ensembl数据库

简介Ensembl：http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html，常用的参考基因组和GTF文件下载网站。
Wee_001f·2020-02-16 05:22

gtf格式的基因注释文件转bed格式.

基因注释文件在基因组分析过程中起这非常重要的参考作用,前面已经讲过一期gtf文件基本格式及列提取技巧,比如根据gene_name或gene_type提取某个基因信息或全部蛋白编码基因信息,但gtf文件太大且比较冗余
生信杂谈·2020-02-15 02:46

#基因组干货#生物信息学文本处理大杂烩(四)

今天讲对于基因注释.gtf格式文件进行操作。
生信杂谈·2020-02-12 23:18

根据比对后的bam文件来计算外显子的RPKM

bam2rpkmbybedtools比对好的bam文件一般需要根据gtf文件来根据genomicfeatures进行计数，但是htseq-counts或者featureCounts这样的软件一般都是做到计数
生信技能树·2020-02-12 08:56

生物信息学习 之 Perl 脚本 -- 提取 lncRNA

脚本功能如说明所示：可以根据参考gtf文件对stringtie--merge的结果文件进行过滤筛选新的lncRNA。#!
正踪大米饭儿·2020-02-11 04:50

根据比对后的bam文件来计算外显子的RPKM

bam2rpkmbybedtools比对好的bam文件一般需要根据gtf文件来根据genomicfeatures进行计数，但是htseq-counts或者featureCounts这样的软件一般都是做到计数
生信技能树·2020-02-09 09:02

基于树莓派的智能家居控制平台 微信服务端

基于树莓派的智能家居控制平台微信服务端一个以微信为终端的好玩的小东西可以实现的功能可以实现以手机微信端对树莓派终端进行实时监控、摄像头云台操纵、闯入报警、温度检测、灯光控制、自动光线控制等功能设备图片运行截图需要用到的所有硬件路由器树莓派主板树莓派电源（5V2A）至少8gtf
wandou911·2020-02-02 04:31

RNASEQ分析入门笔记7- HTSeq定量基因表达水平

HTseq统计基因reads数HTseq是用于分析基因表达量的软件，能够根据基因结构注释GTF文件对排序过的SAM/BAM文件进行基因reads数的统计。
括囊无誉·2020-01-03 15:50

[转]GTF: Great Teacher Friedman

王垠http://blog.sina.com.cn/yinwang02012-07-0422:34:380.写小人书的老顽童DanFriedman是Indiana大学的教授，Lisp(Scheme)语言的主要研究者之一。他主要的著作《TheLittleSchemer》（前身叫《TheLittleLisper》)是程序语言界最具影响力的书籍之一。现在很多程序语言界的元老级人物，当年都是看这本“小人书
kid551·2020-01-02 06:02

GTF与GFF文件格式的区别与转换

GTF与GFF文件都是用于存储注释信息的文本类型，经常可以看到二者格式之间的相互转换。二者的名字相似，连内容都极为相似，那么二者的差异究竟在哪里呢？
鹿无为·2019-12-31 13:23

转录组学习三（数据质控）

转录组学习一（软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化
Dawn_WangTP·2019-12-30 12:26

转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）

转录组学习一（软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化
Dawn_WangTP·2019-12-28 22:05

SnpEff使用方法

SnpEff使用方法SnpEff软件通过基因组结构注释数据（GTF文件），对VCF文件中的SNP/InDel信息进行注释，即主要解释了SNP/InDel是否能够对编码蛋白基因造成影响。
LiuYueRR·2019-12-19 14:34

基因家族专题(3)：基因家族成员的鉴定

储存基因的intron，exon，CDS,gene等坐标信息的.gff3或.gtf文件。所感兴趣的基因家族隐马可夫模型，
lakeseafly·2019-12-16 10:44

csvtk——CSV_TSV文本处理万能工具

学习生物信息的分析流程过程中，需要处理各种格式的文件类型，如gtf/gff、vcf、bam等，其实
Dawn_天鹏·2019-12-15 03:25

树莓派4B(4G版本)安装Ubuntu 19.10

一、准备硬件：树莓派4B（4G版本），一张大于8GTF卡，网线，显示器，键盘软件：下载安装balenaetcher或Win32DiskImager二、下载Ubuntu19.10系统镜像访问https:/
bongem·2019-12-13 15:00

GTF与GFF的小趣事

刘小泽写于19.5.14最近在分析单细胞数据时，发现了有的数据需要将两个genome、两个GTF组合起来分析，但其中一个又是不常见的物种，只能自己去下载gff，然后转换，当然转换过程也有一些小坑GFF与
刘小泽·2019-12-12 03:08

常用生物信息学格式介绍(fasta、fastq、gff2、gtf(gff2.5)、gff3、bed、sam、bam、vcf)

前言在各个行业都是有行业标准的，这样才能统一规范而方便后面的分析，在生物信息学领域中主要是各种大量序列数据、注释数据等，这些都是有特定的格式去表示，下面列举几种常见的格式。了解这些是进行后续生物信息学分析的必备知识，有些人虽说是在做生物信息学分析，但是到现在可能还不知道什么是GFF3格式等。fastafasta格式是最基本的表示序列信息（核苷酸或者蛋白质）的格式。http://genetics.b
天涯清水·2019-12-08 06:15

转录组学习八（功能富集分析）

转录组学习一（软件安装）转录组学习二（数据下载）转录组学习三（数据质控）转录组学习四（参考基因组及gtf注释探究）转录组学习五（reads的比对与samtools排序）转录组学习六（reads计数与标准化
Dawn_天鹏·2019-12-02 10:20

Linux3天培训总结

最低要求是完成我的linux20题http://www.bio-info-trainee.com/2900.html其次完成生物信息学数据格式的习题(blast/blat/fa-fq/sam-bam/vcf/bed/gtf-gff
小梦游仙境·2019-11-08 10:39

用树莓派把闲置的有线音响变成AirPlay播放器

其实是个廉价的主板，有丰富的接口；2.读卡器+8GTF卡（class10推荐SanDisk、Kingston）；3.电脑一台（给RaspberryPi烧
_CallMe靠谱叔·2019-11-07 13:35

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识准备工作参考基因组测序得到的是几百bp的短read，相当于把
徐洲更hoptop·2019-11-06 09:45

陈悦鑫确认签约简动力 助力中国大健康品牌快速发展

4月20日,在“吉禾&九阳联手打造吉九集团启动仪式简动力全球首发明星盛典”上,香港GTF集团创始人陈悦鑫,正式签约行业巨头吉九集团,携手其神话销售冠军团队加盟大健康品牌——简动力。
如果没有你_76fd·2019-11-02 04:38

ensembl ID 格式化

格式化gtf文件中ID。#!/usr/bin/perl-wusestrict;openIN,$ARGV[0]||die$!
正踪大米饭儿·2019-11-02 04:13

根据基因组fa文件和gff文件提取cds并翻译成pep

（1）利用脚本①根据注释文件提取转录本：生信笔记系列之序列提取--根据GTF提取转录本从NCBI基因组数据中获得cds，pep和geneID对应表-薛猫_柳叶...②将cds转换成pep：从cds到pep
pomela·2019-10-20 19:02

树莓派快速入门配置

单独主板)￥228按网上的说法，E14和RS除了产地没区别树莓派5V3A电源+开关电源线￥29.7大功率电源可以接更多设备，开关可以减少插拔闪迪32g内存卡class10存储sd卡￥28.50已有十年前的8GTF
anyesu·2019-09-24 01:44

2019-07-31如何获取转录本ID和基因ID的对应关系--生信技能树

第一个任务：任意物种拿到转录本ID与基因ID的对应关系列表从ensemble数据库中下载了Human的基因组注释文件gtf文件1.下载Human的GTF文件wget-cftp://ftp.ensembl.org
LiuYueRR·2019-08-01 10:38
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