近日，香港GTF集团创始人陈悦鑫进军大健康市场的消息引发行业热议。

qualimap用于将RNA比对数据进行QC，运行命令：ls*bam|xargs-n1-P2-I{}qualimaprnaseq-bam{}-gtfAt.gtf-occount.matrix-outdirrnaseq_result

cd~/referencemkdir-pgenome/hg19&&cdgenome/hg19nohupwgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz&tarzvfxchromFa.tar.gzcat*.fa>hg19.farmchr*.facd~/referencemkdir-pgenome/hg3

下载的多个序列保存在一个文件中，名为sequence.fas可以使用seqkit将其分割为只包含一条序列的单个文件##序列和子序列**seq**转换序列（序列颠倒，序列互补，提取ID）**subseq**从区域/gtf

生物信息学常见的数据下载，包括基因组，gtf，bed，注释cd~/referencemkdir-pgenome/hg19&&cdgenome/hg19nohupwgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu

输入基因组文件（fasta）及其对应的注释文件（gff/gff3/gtf），得到这个注释文件中所有基因的启动子序列：参数介绍：fa输入的基因组文件，fasta格式-g基因组文件对应的注释文件（gff/gff3

term=Mycoplasma+yeatsii查询结果2.下载基因组和注释fna和gff3.转换gff为gtf使用cufflinks里面gffreadgffreadGCF_000875755.1_ASM87575v1

FeatureCountsforelein{MT1,MT2,MT3,WT1,WT2,WT3};dofeatureCounts-p-T6-texon-ggene_id-aDanio_rerio_Ensemble_97.gtf-o

正则表达式grep-v#排除匹配到的aliasdel=rm#给rm起个别名del，del同样发挥rm的作用tr';''\t'#tr命令，把分号换成\tsed's/;/\t/g'#与上等效cut-f1gtf

在下载参考序列的时候遇到了很多大坑，对于一些不理解的版本信息，极力推荐去官网的ftp下载目录中查看Readme文档一、下载参考序列fasta及注释文件gtf、线粒体MT人类基因组版本对应关系NCBIEnsemblUCSCGRCh36release

我用的都师兄给的ensmble_102版本的，所以IGV里可视化，导入相对应的基因组及注释才不会造成版本引起的误差1、下载基因组和注释文件首先去ensmble下载fa基因组和gtf注释ensmble网站

生物信息学上常见的数据格式主要有fasta，fastq，gff/gtf。1FASTAFASTA是一种基于文本用于表示核酸序列或蛋白质的氨基酸序列的格式。

weixin.niurenqushi.com/article/2017-07-01/4972977.html关于格式的详细说明链接:https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1这个将gtf

buildgenome.fastagenome2.bwa:bwaindexgenome.fasta-pgenome3.hisat2第一步：转录本的index：extract_exons.pygencode.vM19.annotation.gtf

把它转化为data.frame后面问题就迎刃而解gtf文件是为了提取chr，start，end等信息，gtf文件读取需要安装rtracklayer包rm(list=ls())modify_fa%filter

今天在使用RseQC时需要将参考基因组GTF文件转换为bed12文件，下面是记录下来的方法：用到的工具UCSC的gtfToGenePred和genePredToBed工具，下载安装：wget-chttp

bam文件：~/dropEst/build/dropest-m-F-LeiEIBA-orun1-gcellranger/refdata-cellranger-mm10-1.2.0/genes/genes.gtf-c

://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.htmlNCBI:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/一般来说，需要下载的文件包括：fasta序列、GTF

使用cufflinks进行转换gffreadmy.gff3-T-omy.gtfgffreadmy.gtf-o->my.gff3但是这个有个局限性就是只能转换mRNA的gff文件，因为它识别的特征是

构建的命令如下：gunzipTriticum_aestivum.IWGSC.dna.toplevel.fa.gz#参考基因组来自于ensemblgunzipTriticum_aestivum.IWGSC.44.gtf.gz

readssoftclipgenomeLoadLoadAndKeep多个比对共享内存中的基因组索引减小内存的使用量直接获得基因的readscount和导入基因组浏览器的biwWig文件STAR转录组比对和定量STAR比对基因注释文件准备：gtf

Cufflinks程序主要根据Tophat的比对结果，依托或不依托于参考基因组的GTF注释文件，计算出(各个gene的)isoform的FPKM值，并给出trascripts.gtf注释结果(组装出转录组

-genomeFastaFiles~/rnaseq/mouse_ref/mm10.fa\--sjdbGTFfile~/rnaseq/mouse_ref/gencode.vM25.annotation.gtf

使用Cufflinks里面的工具gffread执行命令：gffread**.gff-T-o**.gtfgffreadmerged.gtf-o->merged.gff3cufflinks详细用法参考：陈连福的生信博客问题挺好

GTF-GreatTeache

操作起来十分简单首先给服务器安装conda然后用conda安装gffreadcondainstall-cbiocondagffread安装好之后，一条命令搞定gffreadHC.gff3-T-oHC.gtf

gtf基因注释文件详解（中文版）原创爱你的铁柱铁柱小课堂2019-11-02GTF文件由9列数据组成，这两种文件的前8列都是相同的（一些小的差别），gtf文件是以tab键分割的9列组成，以下为每一列的对应信息

生信分析过程中的文件格式：除了原始测序数据fastq、fasta之外，还有基因组文件fasta格式，基因注释文件gtf格式。

（1）利用脚本①根据注释文件提取转录本：生信笔记系列之序列提取--根据GTF提取转录本从NCBI基因组数据中获得cds，pep和geneID对应表-薛猫_柳叶...②将cds转换成pep：从cds到pep

简介GFF和GTF是两种最常用的基因组注释格式，在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件，提取需要的信息进行注释。

作为表格文本处理命令awk的延伸，HengLi开发了专门处理生物信息学的文件（例如bed,sam,vcf,gtf等）的命令bioawk，我们了解一下。

/gencode.vM15.annotation.gtf&这一步类似于bowtie的建库过程—runMode：运行程序模式，默认是比对，所以第一步这个参数设置很关键—run

谢谢你谢谢你陪伴了我最最单纯的时候曾经在刚分手后每天卡着点从你们集合的地方假装路过，只为引起你的注意曾经为了偶遇你假装去你们学校找别人曾经不想学习想被分流去你们学校曾经为了引起你的注意让你身边的人都喜欢也是因为你我才会和你的哥们GTF

#gff2gtfgffreadshitouqi.gff3-T-oshitouqi.gtf#gtf2gffgffreadmerged.gtf-o->merged.gff3gffreadTifruner.merge.gtf-o

RSEM-genes.20200506.txt临床信息：CGGA.mRNAseq_325_clinical.20200506.txtlncRNA注释文件：gencode.v35.long_noncoding_RNAs.gtf

[-R]][-CTVNJMKQAFGUBHZWTOLE][-w][-x][-y][-i]Filtersand/orconvertsGFF3/GTF2records.isaGFFfile,use'-'iftheGFFrecordswillbegivenatstdinOptions

BuildReferencesrsem-prepare-reference--gtfmouse_ref/gencode.vM25.annotation.gtf\mouse_ref/mm10.fa\mouse_RSEM_ref

在处理前需要准备两个文件：1.基因坐标的信息需要下载gencode数据库或者其他数据库的人类基因组注释文件下载gencode.v25.annotation.gtf.gz的源代码wgetftp://ftp.sanger.ac.uk

附件中相关代码的内容：附录A本研究纳入研究的数据下载与整理基因芯片数据下载、整理TCGA数据的下载、整理GTEx数据下载、整理ICGC数据下载、整理CCLE数据下载、整理GTF注释文件下载、整理批次效应矫正

1、先根据gtf文件提取基因的长度参考链接：https://blog.csdn.net/weixin_56259962/article/details/1231406302、根据count计算tpmrm

优点是最大可支持32GTF卡存

除了bed文件之外，gtf文件格式和其发展版本gff文件格式，也是常用的记录基因组区间位置的文件格式；GATK团队针对基因组版本管理的基本需求，

首先看下gff里面不同的genebiotype都是啥https://m.ensembl.org/info/genome/genebuild/biotypes.html#Biotypes***Biotype:**Ageneortranscriptclassification.***IGgene:**Immunoglobulingenethatundergoessomaticrecombination

这时间就不得不在学校里的日子中想办法了文章目录一、使用工具二、准备步骤三、屏幕驱动四、成品展示五、总结一、使用工具树莓派3B+，HDMI线，适用与树莓派的键盘，3.5寸的屏幕，TF读卡器，TF卡(这里用的是闪迪的32GTF

ucsc的gtfToGenePred软件认为在GTF注释的转录本号相同，就是一个转录本，而这些转录本的位置必须相同，而在GTF中不同基因有多个转录本，这些转录本是不同的但是却没有反应在记录的转录本号上，

还是分为3步：grep"exon"genome.gtf>genome_exon.gtfpythoncount_genelen_from_gft.pygenome_exon.gtfgene.lenpythonCaculate_FPKM.pymapped_gene_number

输入：featureCounts需要两个输入文件1.比对产生的BAM/SAM文件2.区间注释文件（GTF格式，SAF格式）cd$...

进入NCBI，search点击Genomes勾选，DownloadPackage,选择基因组注释文件，有GFF、GTF两种格式这样就可以直接下载基因组注释文件啦如何得到基因组注释文件的链接？

#1.gff2bed和gtf2bed#2.自己写的shell命令#1.gff2bed和gtf2bed首先gff2bed和gtf2bed都是BEDOPS的程序；所以使用之前需要安装#BEDOPS；##Linux

TCGA突变数据写在前面泛癌mc3作图学到的额外知识点使用TCGAbiolinks下载数据TCGA关于maf的注释代码文件夹命名最好还是以英文命名，中文命名经常会出现错误GTF文件有的以、t，有的以；分割