illumina测序第25页

HRD检测与LGR

另一种方法则是通过全外显子组测序（WES）来计算HRD水平，评估基因不稳定性。用于确定HRD评分的3个因素分别为：基因组杂合性缺失(LOH)、端粒等位基因不平衡(TAI)和大片段迁移(LST)。

生信小书童·2023-05-18 17:27

Windows安装Aspera和sratoolkit

放假返校发现NCBI的SRA数据库不能下载测序数据了，尝试使用EMBL的ENA数据库，但下载太慢。

佳名·2023-05-06 09:48

凌恩生物文献分享|多组学联合，病毒与宿主关联分析又升级了！

高通量测序技术突破了传统技术方法的局限，可以直接以标本中所有的遗

SHANGHAILINGEN·2023-04-21 14:31

云端上的结题报告——凌恩智能交付系统

做组学分析的小伙伴不难发现，在拿到测序分析结果后，经常会需要进行调整，比如：配色不符合自己审美、分组需要重新设置、重复性差需要剔除样本等，面对重新分析或改图的情况，自学生信费时费力，找公司处理又需要等待一段时间

SHANGHAILINGEN·2023-04-21 14:56

凌恩生物美文分享|3月客户文章盘点——累计IF=105，平均IF=8.08

凌恩生物以打造国内一流生物公司为目标，在科研测序领域深耕不辍，吸纳多名在生物信息高级技术人员的加盟，参与并完成多个高科技项目。

SHANGHAILINGEN·2023-04-21 14:55

DNA甲基化测序数据处理（一）：数据比对

前言因为组里面出了一批甲基化测序数据，使用的技术为BS-seq，处理的时候顺带记录了学习过程，演示使用数据为官方提供的example.fastq。

面面的徐爷·2023-04-21 12:59

单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操

其原理此前已经介绍过，参考单细胞测序的轨迹推断。细胞轨迹分析指的是简单模型的细胞变化轨迹分析，通常指的是细胞沿着某个过程有特定化的变化终点，轨迹具有简单树状结构，一端

Hayley笔记·2023-04-21 11:47

哈佛大学教授刘小乐：我与生物信息学的不解之缘

转自：测序中国image.png从北大到斯坦福，生物与计算机相遇由测序中国发起的“NGS十周年接龙”活动春节前的最后一波正在来袭。

Seurat_·2023-04-21 09:41

count,FPKM,TPM,CPM

ReadsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedreadsRPKM=(1000000readcounts)/(mappedreadsgenelength/1000)RPKM能够消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响

超级无敌大蜗牛·2023-04-21 08:07

基础知识——illumina测序原理

二、高通量测序---illumina测序原理高通量测序技术（High-throughputsequencing）以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。

生信小工厂·2023-04-21 07:31

单细胞测序实验设计人肿瘤样本加PDX肿瘤样本的分析思路

原文在单细胞测序如何指导临床问题？

Seurat_·2023-04-21 07:16

bioinfo100-第1题-（1）fasta&fastq

参考：孟浩巍知乎zhn博客入门课程1.入门课程image.png2.测序原理（待填坑）3.分析流程image.png第1题，与FASTQ与FASTA格式有关1.0掌握fasta格式概述一下，fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式

RachaelRiggs·2023-04-21 00:53

【博学谷学习记录】超强总结，用心分享丨人工智能 AI项目前向概率计算笔记

目录前向概率模型基础参数公式推导代码实现前向概率给定隐马尔可夫模型λ\lambdaλ，定义到时刻ttt部分观测序列为o1,o2,⋯ ,oto_1,o_2,\cdots,o_to1,o2,⋯,ot且状态为

鹏晓星·2023-04-20 20:58

微生物基因组重测序得到的SNP、indel、sv等分析结果如何进行后续的实验验证？

答：通过全基因组重测序一般能够发现SNPs、SV、CNV、InDel等多种遗传变异，不同的变异类型，其验证方法也各不相同。

上海唯那生物·2023-04-20 17:09

Day7 letitgo 测序知识

今天学习的是测序知识，包括类型，原理，过程以及NGS组学分类，通过文章和视频来学习如上知识，虽然内容很多，但是也算对测序知识有个大概的了解，先将所学到的知识总结如下：测序知识.pngNGS组学.png

letitgo_1ddf·2023-04-20 13:35

irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架（中文教程）

一、背景在单细胞转录组测序中，整合多样本数据进行分析逐渐成为一种趋势。越来越多的研究者趋于使用未校正批次效应后的数据进行差异基因分析。他们认为，校正批次效应后的数据，会掩盖部分真实的生物学差异。

范垂钦_92be·2023-04-20 13:11

10x Genomics PBMC（一）：单细胞测序分析 (Chromium)概述

最近有人问起单细胞测序分析的问题，我确实没有做过，就先来学习一下吧。先在搜狗微信找到一些介绍引用一下：单细胞测序有着漫长的过去，却只有短暂的历史—-谁说的！

程凉皮儿·2023-04-20 13:23

动手学深度学习(十一) NLP循环神经网络

我们的目的是基于当前的输入与过去的输入序列，预测序列的下一个字符。循环神经网络引入一个隐藏变量，用表示在时间步的值。

致Great·2023-04-20 10:06

今天来聊聊单细胞测序：单细胞RNA-seq质量控制

单细胞RNA-seq(scRNA-seq)是一种有前途的技术，以表征和解剖细胞间的变化。然而，技术噪音和生物内在可变性的混合使得分离技术制品和真正的生物变异细胞特别具有挑战性。在下游分析之前，适当的检测和过滤出技术工件是至关重要的。在这里，我们提出了一个整合基因表达模式和数据质量的协议，以检测scRNA-seq样本中的技术构件。1.LabEquipment1.C1Single-CellAutoPr

伍鸿荣·2023-04-20 10:48

【豆科基因组】绿豆Mungbean, Vigna radiata苏绿基因组预印

annotationandevolutionaryanalysisofthemungbean(Vignaradiata)genome.November2020.DOI:10.22541/au.160587196.63922177/v1单位：江苏农科院主要结果：通过Nanopore+Illumina

米源MY·2023-04-20 09:52

用snpEff产出的vcf提取4DTv位点，构建进化树

产出的vcf提取4DTv位点，用于构建进化树转载自https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/105507476徐州更提到2019年NG414个西瓜重测序分析方法里

wo_monic·2023-04-20 06:18

学习小组Day7--测序知识概括--shujun

不知不觉一周都过去啦，今天已经是学习小组的最后的一天还是先上今天的思维导图学习小组Day7--测序知识.png由于目前二代测序的重要地位，所以把二代测序的原理和步骤再详细的介绍一下DNA待测文库构建利用超声波把待测的

科研搬砖小白菜·2023-04-20 05:06

Nature Cell Biology项目文章 | 通过单细胞测序分析儿童B细胞急性淋巴细胞白血病微小残留病

本文通过单细胞转录组及单细胞VDJ测序实现了对B细胞急性淋巴细胞白

诺禾致源·2023-04-20 05:30

10X空间转录组在文献中的运用

通过对不同时间点的样本取材，使用单细胞转录组测序技术能够解析时间维度上细胞类型和基因表达的变化过程。

Evil_Genius·2023-04-20 05:11

早安同凯

2013年6月17日，全球首次破译花生全基因组测序。1、近日，东莞市住建局发布了关于进一步加强汛期气象灾害防御工作的通知。要求以最高标准、最

早安同凯·2023-04-20 04:24

易基因｜组学研究：人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNA m5C动态重编程

methycytosinereprogrammingduringearlyhumandevelopment”为题在权威学术期刊《GenomicsProteomics&Bioinformatics》（IF7.691）发表研究论文，该研究通过微量DNA羟甲基化测序技术

易基因科技·2023-04-20 04:50

跟着Genomics, Proteomics & Bioinformatics学数据分析：使用NextDenovo软件组装拟南芥基因组的初次尝试

High-qualityArabidopsisthalianaGenomeAssemblywithNanoporeandHi‐FiLongReads本地文件名拟南芥.pdfimage.png参考资料公众号小白鱼的生统笔记推文三代测序基因组组装工具

小明的数据分析笔记本·2023-04-20 03:40

对生物信息学的理解

随着基因测序技术的发展，越来越多的物种基因组序列已经出来，如何利用这些数据信息去发现问题、探索问题和解决问题，如何用这些数据信息去解释生物学意义。生物信息学的诞生就是由此得来。

正树_9838·2023-04-19 22:35

单细胞实战(6)：复现拟南芥单细胞文章中的数据（2）

前言之前对拟南芥单细胞测序的文献数据进行复现，数据结果有点微妙，接下来进行拟时间分析分生组织伪时间分析作者首先查看了分生组织相关基因（WOX5,PIN1,RGF3,PLT1）在聚类中的表达情况，WOX5

周小钊·2023-04-19 20:50

InferCNV推断肿瘤细胞CNV及计算细胞CNV score

InferCNV是broad出品的一款对单细胞转录组测序数据推断CNV的工具包。这里我们对其自带的数据运行该工具包看一下效果。

夜凉如水中·2023-04-19 16:37

Illumina测序原理

illumina二代测序平台特点：基于可逆终止的、荧光标记dNTP，实现边合成、边测序的工作文字描述着实有很多局限性，文章起草基于这份视频（双端index），想要更轻松的阅读体验建议配合视频一起看：http

熊猫人和熊猫猫·2023-04-19 14:27

学习小组Day7-----Lisa

今天不学习R语言，今天来看一下测序的相关知识吧。

猪莎爱学习·2023-04-19 11:39

零膨胀负二项模型（ZINB，10X单细胞和10X空间转录组的基础知识）

学习一点简单的基础知识单细胞RNA测序(single-cellRNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性(highsparsity)，具体表现为0非常多(zeroinflation

Evil_Genius·2023-04-19 10:36

文献解读 | 单细胞测序揭示早期人类胚胎骨骼干细胞起源

该研究利用10xGenomics单细胞转录组测序绘制了早期人类胚胎肢芽、长骨和颅骨的发育图谱，并结合体内外功能验证发现了一群定位于软骨外膜，具有自我更新和分化为软骨与成骨细胞潜能的胚胎骨骼干祖细胞（eSSPC

百奥益康·2023-04-19 09:45

文献学习044--[sc+st]鸡心脏发育的时空单细胞测序揭示细胞分化和形态发生之间的相互作用

Spatiallyresolvedsingle-celltranscriptomicscensusofdevelopingembryonicchickenheartsFig1a：作者取了Hamburger-Hamilton心室发育分期1的四个重要时间点的鸡胚心脏，进行了单细胞和空间转录组测序

Hayley笔记·2023-04-19 08:48

人类肝脏的单细胞、单核和空间 RNA 测序可识别胆管细胞和间充质异质性

hello，周二了，隔离的第二天，一个人的日子总是难熬，耐得住寂寞的人，都成了圣人~~~，今天我们分享的文献在Single-Cell,Single-Nucleus,andSpatialRNASequencingoftheHumanLiverIdentifiesCholangiocyteandMesenchymalHeterogeneity,题目上就可以看出来，运用到了单细胞转录组，单核转录组，和空

Evil_Genius·2023-04-19 05:25

哺乳动物胚胎发生过程的分子记录-单细胞转录组测序应用

哺乳动物胚胎发生过程的分子记录原创：天涯清水原文：单细胞天地编辑：薛定谔的猫责任人：Jimmy当你的才华还撑不起你的野心时，请潜下心来，脚踏实地，跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进，一起成长。文献速递栏目通过简短介绍，扩充知识面，每天关注，希望你也能有所收获！文章信息2019年3月13，nature杂志发表了一篇文章

天涯清水·2023-04-19 05:54

TCGA数据挖掘入门---什么是TCGA？TCGA中有哪些数据？

TCGA的全称是TheCancerGenomeAtlas,这个项目始于2005年，它旨在使用基因测序和生物信息学编目与癌症有关的基因突变。

Seurat_Satija·2023-04-19 05:23

2020-01-21 测序数据的质控和过滤

二代测序数据下机后一般为rawdata，这时候含有一些低质量测序数据和街头污染数据，我们要将低质量数据过滤掉获得cleandata用于后续分析；本过程涉及到的软件Fastqc(用于测序数据质控)，MultiQC

xiaoguolaile·2023-04-19 04:01

物种驯化起源研究参考

MP(2019)|全球油菜种质资源全基因组测序揭示了其生态型差异的遗传基础Whole-genomeresequencingofaworld-widecollectionofrapeseedaccessionsrevealsgeneticbasis

米源MY·2023-04-19 00:11

疫情.怡情(之四百八十四)

伦巴第大区洛迪省Maleo市镇卫生局刚于昨日宣布发现了三例Delta变体感染病例，其他感染者的试样测序工作还正在进行，该地区有可能以迷你红区被封锁。

飞扬的雪ing·2023-04-18 23:29

2020-07-25全基因组重测序基础及高级分析知识汇总

转载自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml全基因组重测序是通过对已有参考序列（ReferenceSequence

阿乜太帅·2023-04-18 17:45

20230417 -- 处理多个VHH sanger测序序列

#20230417#序列来源生工测序：sanger序列#目的：整理成fasta，并且将上下游序列拼接组成contigs，然后igblast#有些.seq文件没有配对文件，有些.seq文件是多行输出结果，

All_Will_Be_Fine噻·2023-04-18 13:26

数据分析：RNA-seq数据的批次校正方法

RNA-seq数据的批次校正方法bulk-RNAseq过程可能存在不同建库批次以及不同测序深度带来的如测序深度等batcheffects，那么该如何整合这些数据。

华仔少年·2023-04-18 13:46

10x单细胞转录组侵入了Denovo的世界（谈蚯蚓基因组文章）

2020年5月，NatureCommunications发表了一篇蚯蚓基因组组装结合10xGenomics单细胞转录组测序探究蚯蚓再生机制的文章。

我爱工作_工作使我快乐·2023-04-18 09:37

简单的转录组差异基因表达分析 -- DESeq2

今天我们就通过一个小规模的转录组测序数据来演示DESeq2的简单流程。

尘世中一个迷途小书僮·2023-04-17 21:02

Seurat包之导入单细胞数据方式汇总

挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。

小贝学生信·2023-04-17 20:42

陈巍学基因视频学习笔记--视频9：small RNA-seq

前期笔记陈巍学基因视频学习笔记--视频1：Illumina测序化学原理陈巍学基因视频学习笔记--视频7：RNA-seq方法和应用陈巍学基因视频学习笔记--视频8：外显子测序第一部分：smallRNA-seq

冻春卷·2023-04-17 20:43

表观技术 | 靶基因DNA甲基化和羟甲基化测序定制精准检测

目前研究中常用的DNA甲基化测序方法包括全基因组（WGBS、oxWGBS等）、简化基因组（dRRBS、RRBS、XRRBS等）、靶向基因组（液相捕获）、靶向基因（扩增子）和850K芯片等，适用于多种不同应用场景

易基因科技·2023-04-17 19:51

Seurat-Integration and Label Transfer单细胞转录组测序整合多个数据集和标签转移

在此示例工作流程中，我们演示了最近在论文中介绍的两种新方法，即单细胞数据的全面集成：将多个不同的scRNA-seq数据集组装成一个集成参考将单元格类型标签从参考数据集转移到新的查询数据集出于本示例的目的，我们选择了通过四种技术（CelSeq（GSE81076）CelSeq2（GSE85241），FluidigmC1（GSE86469）和SMART-Seq2（E-MTAB-5061））生成的人胰岛细

Seurat_Satija·2023-04-17 17:13

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