imputation

GWAS:网页版的基因型填充（genotype imputation）

在全基因组关联分析中，处理芯片数据时，必须走的一个流程就是基因型数据填充（imputation）。当然，如果你拿到的是全测序的数据，请忽略这一步。下面直奔主题，怎么在网页版进行基因型填充。

橙子牛奶糖·2024-02-04 10:33

关于单倍型和Phasing

也是imputation的必经过程。vcf文件中，./.和.|.分别表示未定相和已定相。

生物信息与育种·2024-01-19 01:32

PriSTI: A Conditional Diffusion Framework for Spatiotemporal Imputation

PriSTI:AConditionalDiffusionFrameworkforSpatiotemporalImputation时空数据挖掘在空气质量监测、人群流量建模、气候预测等方面发挥着重要作用。然而，现实场景中原始收集的时空数据通常由于传感器故障或传输损耗而不完整。时空填补旨在根据观测值及其潜在的时空依赖关系对缺失值进行填补。以往的主流模型对缺失值进行自回归填补，存在误差累积问题。作为新兴的

西西弗的小蚂蚁·2024-01-07 07:34

Missing Data Repairs for Traffic Flow With Self-Attention Generative Adversarial Imputation Net

MissingDataRepairsforTrafficFlowWithSelf-AttentionGenerativeAdversarialImputationNet论文地址摘要：随着传感器技术的快速发展，多个空间分布的传感器采集的时间序列数据已广泛应用于不同的研究领域。此类数据的示例包括由温度传感器收集的地理标记温度数据、空气污染物监测数据以及由道路交通传感器收集的交通数据。由于传感器故障、通

llddycidy·2024-01-07 07:02

扩散模型论文阅读 PriSTI: A Conditional Diffusion Framework for Spatiotemporal Imputation

速览0.Abstract0.1逐句翻译0.2I.INTRODUCTION1.1翻译第一段（时空数据补全是常见的问题，有研究价值）第二段（前人研究从历史值当中进行自回归，历史值本身就不要准确，这种方式会自然而然的扩大累积误差）第三段（扩散模型可以避免这种累积误差，前人利用扩散模型时候没有很好的利用更多周围信息和环境信息，而略微显得单薄了。）第四段（详细介绍实现细节）1.2总结III.METHODOL

BuptBf·2024-01-07 07:24

论文阅读：Large Language Models Are Zero-Shot Time Series Forecasters（2023NIPS）

摘要文章涉及了两个时间序列的任务：forecasting，imputation.对于预测任务：通过将时间序列编码为一系列数字，可以将时间序列预测任务转化为文本里面的next-token预测任务。

知福致福·2023-12-28 11:03

本周最新文献速递2020-08-09

1094Koreanpersonalgenomeswithclinicalinformation不想看英文题目：韩国基因组计划：拥有临床信息的1094个韩国个人基因组杂志和影响因子：SciAdv(IF:13.116)样本量：1094个个人基因组（测序深度为31x），79个临床数据结论：提供了imputation

橙子牛奶糖·2023-12-24 10:07

10X空间转录组数据分析之降噪和imputation处理（SPCS）

hello，大家好，今天给大家带来一个新的内容，针对10X空间转录组的降噪和imputation分析，这两部分的分析内容大家在10X单细胞的分析上应该是经常用到的，大家可以找一找我的公开课，专门讲过这一部分的内容

单细胞空间交响乐·2023-12-21 16:41

【论文阅读】An Experimental Survey of Missing Data Imputation Algorithms

论文地址：AnExperimentalSurveyofMissingDataImputationAlgorithms|IEEEJournals&Magazine|IEEEXplore处理缺失数据最简单的方法就是是丢弃缺失值的样本，但这会使得数据更加不完整并且导致偏差或影响结果的代表性。因此，研究者提出了一系列填补方法，包括早期的简单统计填补方法、传统的机器学习填补方法和现代深度学习填补算法。早期的

轩儿毛肚·2023-11-23 06:41

论文笔记： BRITS: Bidirectional Recurrent Imputation for Time Series

2018NIPS0摘要时间序列在许多分类/回归应用程序中无处不在。但是，实际应用中的时间序列数据可能包含很多缺失值。因此，给定多个（可能相关的）时间序列数据，填充缺失值并同时预测它们的类标签很重要。现有的插补方法通常对基础数据生成过程进行强假设，例如状态空间中的线性动态。在本文中，我们提出了一种名为BRITS的新方法，该方法基于递归神经网络，用于时间序列数据中的缺失值插补。我们提出的方法直接学习双

UQI-LIUWJ·2023-11-21 17:48

【论文阅读】GAIN: Missing Data Imputation using Generative Adversarial Nets

论文地址：[1806.02920]GAIN:MissingDataImputationusingGenerativeAdversarialNets(arxiv.org)

轩儿毛肚·2023-11-14 21:51

【论文阅读】PC-GAIN: Pseudo-label Conditional Generative Adversarial Imputation Networks for Incomplete Da

论文地址;[2011.07770]PC-GAIN:Pseudo-labelConditionalGenerativeAdversarialImputationNetworksforIncompleteData(arxiv.org)摘要有缺失值的数据集在实际应用程序中非常常见。GAIN是最近提出的用于缺失数据插补的深度生成模型，已被证明优于许多最先进的方法。但GAIN仅使用生成器中的重构损耗来最小化

轩儿毛肚·2023-11-14 21:05

TimesNet：Temporal 2D-variation modeling for general time series analysis 论文要点

文章目录摘要问题分析数据层面方法层面本文方法整体框架TimesBlock1Dto2D选择最显著频率维度转换捕捉2D特征自适应聚合实验结果短期预测长期预测imputation分类异常检测文章获取：https

zzz_979·2023-11-04 17:28

GWAS分析基本流程及分析思路

GWAS分析基本流程及分析思路数据预处理（DNAgenotyping、Qualitycontrol、Imputation）QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成2

ChrisJO·2023-10-27 08:40

论文笔记：SAITS: SELF-ATTENTION-BASED IMPUTATION FOR TIMESERIES

对time-series使用self-attention来进行补全1introduction传统的处理缺失数据的方式一般有两个分类直接删去只有部分观测值的样本使用数据补全，将合适的数据填入直接删去的不足直接删去会导致偏差；合适的数据补全是无偏的部分观测样本也是有一定的意义的目前一些模型的不足BRITS、GAIN、E2GAN等模型都是autoregressive模型（xt的数值取决于之前1~t-1中

UQI-LIUWJ·2023-09-27 21:53

用Beagle做基因型填充（Imputation）

建议多读几遍Phasing和Imputation1.Phasing后形成的单倍型参考序列集(Referencepanel)是基因型推断（Imputation）必须的数据材料2.除了ReferencePanel

TOP生物信息·2023-09-24 20:01

单细胞imputation数据补全之KNN-smoothing

2020年有一篇发表在GB上的方法评测，系统性地评测了18种目前已经发表的单细胞imputation工作，这些方法可以大致分为三类，第一类是基于统计学模型的方法。第二类是基于图的方法。

好风凭借力·2023-09-18 09:16

2020-02-17 GWAS进阶备选学习资料（GWAS tutorial）

GWAS分析基本流程及分析思路2数据处理2.1数据质量过滤GWAS基因芯片数据预处理：质量控制（qualitycontrol）2.2正负链翻转（standflip）数据合并，踩不完的坑2.3基因型数据填补（imputation

程凉皮儿·2023-06-13 03:08

因果推断推荐系统工具箱 - Doubly robust joint learning for recommendation on data missing not at random（一）

方法细节问题引入具体做法Error-imputation-basedError-imputation-based的方法采用启发式的插值方式，构造真

processor4d·2023-06-09 07:02

基因型数据填充（imputation）流程知多少

zd200572·2023-03-23 04:16

在线snp imputation网站知多少（三个中国人参考）

最近又搜索了下SNPimputation，发现随着中国人多个万人基因组项目的完成，我们自己的参考也已经建立，但是一般只局限在课题组内部，不公开，只提供了在线填充服务。不过，这也是极好的，如果样本不多可以考虑用一下，暂时发现有3个，基本上都类似于MichiganImputationServer的模式。1、ChinaMap项目(http://www.mbiobank.com/)参考是ChinaMAP.

zd200572·2023-03-21 18:20

基因组数据的定向和填充（Phasing and Imputation）

Imputation，基因型填充。对基因型缺失的位点进行填补（Imputation）对这个位点的基因型规律进行总结，然后对缺失位点归到某类中，赋予其一个最可能的基因型。而基因型缺失missing主要

Dawn_WangTP·2023-03-14 19:37

HIBAG——对SNP芯片数据进行HLA imputation

HIBAG是用于使用SNP数据估算HLA类型的软件包，该软件包配套根据现有数据库估算的参数，因此只需要输入自己的芯片数据，无需访问大型数据库，即可得到HLAimputation信息。安装HIBAGsource("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("HIBAG")下载参数https://hibag.s3.amazonaws.com/hlares

亚里亚的塔·2023-03-09 10:07

ts7_Missing_imputation_interpolation_MICE_NaN NaT fillNA_IterativeImputer_FeatureUnion_iloc_识别列表连续组

Asadatascientist,dataanalyst,orbusinessanalyst,youhaveprobablydiscoveredthatobtainingaperfectcleandatasetistoooptimistic.Whatismorecommon,though,isthatthedatayouareworkingwithsuffersfromfawssuchasmiss

LIQING LIN·2023-01-17 11:25

2018-GCNs for human activity purpose imputation from gps_based trajectory data

[1]MartinH,BucherD,SuelE,etal.Graphconvolutionalneuralnetworksforhumanactivitypurposeimputationfromgps-basedtrajectorydata[J].2018.文章目录`摘要``1IntroductionandRelatedWork``2DataandMethods``2.1Data``2.2Me

yuemo3353009·2023-01-13 16:09

Python使用MICE填充缺失值的简单实现

#coding:utf-8importosimportpandasaspdimportnumpyasnp#fromimpyute.imputation.csimportmicefromfancyimputeimportMICE

井底哇哇·2022-12-31 13:41

调包实现Multiple imputation by chained equations（MICE）

Publicfunctions—imputenadocumentationhttps://imputena.readthedocs.io/en/latest/functions.html#multiple-imputation-by-chained-equationshttps

DeniuHe·2022-12-13 17:46

缺失数据填补基础方法（3）——Multiple Imputation by Chained Equations (MICE)

目录一、MICE方法介绍二、数据集介绍2.1数据集来源2.2类别属性2.3下载链接三、代码实现3.1读取数据3.2检查数据类型3.3检查相关性3.4检查缺失值3.5创建缺失值以便进行填补3.6Statistical填补3.7MICE填补3.8测试填补性能3.9性能分析四、总结一、MICE方法介绍MICE（链式方程多重填补）是一种多重填补，由于其易于实施，并且能够保持无偏效应估计和有效推断，被公认为

wendy_ya·2022-12-13 17:15

GAIN: Missing Data Imputation using Generative Adversarial Nets学习笔记

GAIN:MissingDataImputationusingGenerativeAdversarialNets（基于对抗生成网络实现缺失数据插补）缺失数据插补算法问题背景缺失数据插补算法GenerativeModel的局限概括GAIN的创新点和组成问题公式化表述GAIN架构源数据生成器生成器输入缺失数据插补算法问题背景缺失数据缺失数据是一个普遍的问题。数据可能会因为没有被收集、记录而丢失。比方说

Bruce D·2022-12-11 13:53

文献阅读—GAIN：Missing Data Imputation using Generative Adversarial Nets

文章提出了一种填补缺失数据的算法—GAIN。生成器G观测一些真实数据，并用真实数据预测确实数据，输出完整的数据；判别器D试图去判断完整的数据中，哪些是观测到的真实值，哪些是填补的值。给D提供一些额外的提示信息，保证G可以学习期望的分布。提示向量向D透露了原始数据的部分信息。在多个数据集上测试了算法，算法效果较好。一.引言1.缺失数据可以分成三类：MCAR：完全随机缺失，数据的缺失不依赖于任何不完全

一颗豆苗苗·2022-12-11 12:20

python缺失值与异常值处理_python 缺失值处理的方法（Imputation）

一、缺失值的处理方法由于各种各样的原因，真实世界中的许多数据集都包含缺失数据，这些数据经常被编码成空格、nans或者是其他的占位符。但是这样的数据集并不能被scikit-learn算法兼容，因为大多数的学习算法都会默认数组中的元素都是数值，因此素偶有的元素都有自己的代表意义。使用不完整的数据集的一个基本策略就是舍弃掉整行或者整列包含缺失值的数值，但是这样处理会浪费大量有价值的数据。下面是处理缺失值

weixin_39608748·2022-12-07 07:19

【论文精读1】CSDI: Conditional Score-based Diffusion Models for Probabilistic Time Series Imputation

介绍时间序列中缺失值的插补在医疗保健和金融领域有许多应用。虽然自回归模型是时间序列插补的自然候选模型，但基于分数的扩散模型最近在许多任务（如图像生成和音频合成）中的表现优于包括自回归模型在内的现有模型，并有望用于时间序列插补。在本文中，我们提出了基于分数的条件扩散插补模型（CSDI），这是一种新的时间序列插补方法，利用以观察数据为条件的基于分数的扩散模型。与现有的基于分数的方法不同，条件扩散模型经

烈日松饼·2022-11-27 16:50

[论]【DSTG】Dynamic SpatiotemporalGraph Convolutional Neural Networks for Traffic Data Imputation

DynamicSpatiotemporalGraphConvolutionalNeuralNetworksforTrafficDataImputationwithComplexMissingPatterns期刊：关键字：交通数据归因·时空相关性·缺失模式·图卷积神经网络·循环神经网络提示：该文章是应对缺失数据的动态图神经网络，摘要数据缺失Missingdata是智能交通系统中交通数据采集不可避免且

panbaoran913·2022-07-10 12:15

论文阅读“Deep Incomplete Multi-view Clustering via Mining Cluster Complementarity”

针对以上问题，本文提出了一种imputation

掉了西红柿皮_Kee·2022-06-01 18:51

snpQT-又一个人基因组SNP填充和GWAS流程

发现搜索引擎是个神奇的东西，偶然想起的关键词一搜索，获得的就是意想不到的结果，我以imputation+qc搜索，就找到了snpQT（发音SnipCute）这样一个神奇的工具/流程。

zd200572·2021-09-06 21:45

(PNAS 2019) scHiCluster （Part I：文章梳理）

3Dchromosomalstructure，randomwalk文章概要本文的作者团队开发了scHiCluster工具，使用linearconvolution+RWR对singlecellHi-C数据进行Imputation

阿狸的窝·2021-07-26 17:41

10X单细胞（10X空间转录组）数据降噪分析（Imputation）之SAVER-X

hello，大家好，今天给大家分享一个用于10X单细胞数据降噪的分析软件，SAVER-X，其实这个软件的前身是SAVER，关于SAVER的文章在SAVER:geneexpressionrecoveryforsingle-cellRNAsequencing|NatureMethods，2018年6月发表于naturemethods，影响因子30分，我们简单回顾一下SVAER，不展开，感兴趣大家可以看

单细胞空间交响乐·2021-06-01 17:43

数据处理笔记（一）

:predicted_prices})my_submission.to_csv(‘submission.csv’,index=False)1.缺失值处理的几种方法1.直接把有缺失值的那一列去掉2.利用Imputation

渣渣张·2020-09-12 03:37

autosklearn 源码理解

self.steps0['categorical_encoding',]1['imputation',Imputation(random_state=None,strategy='median')]2[

数学工具构造器·2020-07-30 19:10

2018-08-29用R分析蛋白质组学数据（2）：数据过滤和缺失值插补

原文见https://datascienceplus.com/proteomics-data-analysis-2-3-data-filtering-and-missing-value-imputation

iColors·2020-07-28 22:04

Kaggle比赛系列：比赛流程和竞赛分类

一、Kaggle比赛基本流程1、ImportingLibrariesandPackages2、LoadingandViewingDataSet3、DealingwithNaNValues(Imputation

sapienst·2020-07-28 19:36

机器学习python入门（二）

机器学习python入门（二）MissingvaluesThreeApproaches1)一个简单的选项:删除缺少值的列2)一个更好的选择:填充Imputation3)对填充的延伸Example方法1(

木马木马mmm·2020-07-27 11:59

【文献阅读笔记】（2）：使用IMPUTES2和minimac软件完成群体特异性的基因型填充(Imputation)

Population-specificgenotypeimputationsusingminimacorIMPUTE2摘要1.介绍-Introduction1.1基本知识1.2GoNL参考数据集简介1.3进行基因型填充(Imputaion)的工具1.4对待填充的目标数据集进行质量控制摘要文章来源于NatureProtocol本篇文章提供了一份guideline来使用minimac和IMPUTE2完

Candlelight_yujia·2020-07-10 20:13

使用python进行缺失数据估算(missing data imputation in python)

MissingdataimputationwithImpyute在缺失值填充中，python中有一些开源的方法。这些方法主要是包括：删除法（mostsearchedingoogle,butdonothingtoimputethemissingdata），均值法，回归法，KNN,MICE，EM等。首先介绍其中一个常见的包：impyute这是其用户文档使用KNN进行插值fromimpyute.impu

HikingGo·2020-07-07 08:28

五、python 缺失值处理（Imputation）