monocle

rna聚类分析_实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析

R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据(尤其是超过250k的细胞量)，即使在服务器当中运行，Seurat、metacell、monocle
l鲁波波·2022-06-12 19:04

单细胞上游分析

——得到文件夹filtered_gene_bc_matrices【其中包含barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz，是下游Seurat、Scater、Monocle
FionaMoon·2022-05-09 22:41

monocle实操+细胞功能富集分析

monocle实操1软件安装#所需软件tidyversemonocle（建议使用2.22.0，2.4为测试版）Seuratggsci1.1conda安装——Linuxhttps://anaconda.org
Apache_lin·2022-05-01 16:02

R安装monocle3

R安装monocle3github有详细操作方法，但总有些问题github:https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/monocle3_docs/#installing-monocleRequiredsoftwareMonocle3runsintheRstatisticalcomputingenvironment.YouwillneedRversio
文寇道成·2022-03-28 21:48

monocle2 使用笔记

1.文献怎么用monocle2?(1)ex101.png02.png作者处理2种细胞使用的策略还不一样！
RedStones·2022-03-20 23:55

monocle3包的安装

monocle包：单细胞RNA序列的聚类、差异表达和轨迹分析。#if(!
qq_27390023·2022-03-20 06:05

单细胞S4 对象学习

参考链接：送你个对象在seurat以及Monocle逐渐都采用SingleCellExperiment或者sce进行存储数据，这是单细胞分析中的非常常用的S4对象.https://osca.bioconductor.org
caokai001·2022-02-10 02:09

2022-01-20 拟时序分析-monocle2包

安装#安装monocle2包if(!
徐添添·2022-01-23 18:30

monocle 拟时序分析

monocle是我们经常用的拟时序分析工具，可以使用bioconductor安装。
像鸟一样飞过你的高山·2021-09-02 11:36

使用scRepertoire包进行单细胞免疫组库数据分析

同时，还可以与Seurat、SingleCellExperiment或Monocle3包的单细胞m
Davey1220·2021-07-16 16:32

它是北欧最小的国家，却设计了世界上最多的椅子

首都哥本哈根被《Monocle》杂志评选为「世界上最适合居住的城市」。值得注意的是，同时被授予的，还有「最
fde71849a915·2021-06-26 21:08

单细胞转录组学习笔记-18-scRNA包学习Monocle2

刘小泽写于19.9.2-第三单元第七讲：使用scRNA包学习Monocle2笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索smart-seq2技术相关的分析技术课程链接在：http://jm.grazy.cn
刘小泽·2021-06-20 23:16

单细胞分析实录(15): 基于monocle2的拟时序分析

这一篇直接演示代码monocle2这个软件用得太多了，很多文章都是monocle2的图。因为只使用表达矩阵作为输入，相比于其他软件，已经很方便了。
TOP生物信息·2021-06-07 00:14

2015读书记录 (持续更新中）

PhotobyChristineChen杂志类1.Monocle2015April2.Kinfolk(TheEntrepreneurIssue)3.MonocleJuly/August20144.Vivi
克莉酱·2021-05-05 05:59

scRNA-seq数据分析 || Monocle3

同系列文章：sc-RAN-seq数据分析||Seurat新版教程:GuidedClusteringTutorialsc-RAN-seq数据分析||Seurat新版教程:Integratingdatasetstolearncell-typespecificresponsessc-RAN-seq数据分析||Seurat新版教程:UsingsctransforminSeurat单细胞转录组数据分析||S
周运来就是我·2021-04-24 13:20

monocle 2拟时序分析

monocle做拟时序分析首先要构建CDS需要3个矩阵：expr.matrix、pd、fd，其次将Seurat中的对象转换为monocle识别的对象。
生信编程日常·2021-03-02 16:21

单细胞测序分析之Monocle2包学习笔记

这篇文章将深入的学习Monocle2这个包，官方网站http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#introduction，我主要是翻译一下这个包的使用说明和注意事项
生信start_site·2020-12-27 05:52

Monocle2 实验学习日志

12.11）InstallBioconductorPackages官网：https://bioconductor.org/install/if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install()2）加载包与数据library(ggplot2)libra
冠long馨·2020-12-01 23:52

Monocle2包学习笔记（三）：Constructing Single Cell Trajectories

Monocle2不是通过实验方法将细胞纯化成不同的离散状态，而是使用一种算法来学习每个细胞在动态生物学过程中经历的基因表达变化的顺序。
Davey1220·2020-09-19 18:46

Monocle2包学习笔记（二）：Classifying and Counting Cells

image在单细胞实验中，我们所取的组织样本通常是混杂有多种细胞类型的复杂混合物。解离的组织样本可能包含有两种，三种甚至许多不同的细胞类型。在这种情况下，最好使用已知的marker标记基因根据基因的表达对细胞进行分类。ClassifyingcellsbytypeMonocle2提供了一个简单的系统，可根据我们选择的marker基因的表达来对不同的细胞类型进行标记。#选择marker标记基因MYF5
Davey1220·2020-09-17 12:44

garnett细胞注释（基于monocle3）

Garnettisasoftwarepackagethatfaciliatesautomatedcelltypeclassificationfromsingle-cellexpressiondata.Garnettworksbytakingsingle-celldata,alongwithacelltypedefinition(marker)file,andtrainingaregression-
myshu·2020-09-01 15:17

monocle分析及结果解读

每一个细胞进行转录组测序时就是细胞发育过程中的快照，单细胞拟时间分析软件Monocle2是基于R语言的安装包，其功能基于单细胞转录组的表达矩阵，通过无监督学习（ReversedGraphEmbedding
静小沐·2020-08-30 10:40

Bioconductor没想象的那么简单(part1)

但是接触到三个单细胞的R包（Seurat、Scater、Monocle）后，我发现，对象的理解是那么的重要，于是我找了这个关于整体学习Bioconductor的学习资料，也与你分享资
刘小泽·2020-08-22 23:19

City Walk |用脚步重新认识城市之美

这里就是《Monocle》在2016年的全球最宜居城市排行榜中，再度位列榜首的东京。传说在这座城市的大街和小巷，那些隐秘的角落，藏着很多攻略里所没有的美好，citywalk，用脚步重新认识城市之美。
娅娅零不是妖妖灵·2020-08-21 21:18

metacell： scRNAseq聚类和细胞类型注释的R包

说到单细胞分析，大家第一时间想到的肯定是三大R包Seurat、monocle、scater，但是今天我准备给大家介绍一个新的R包metacell，可以用来聚类和注释细胞类型，功能堪比Seurat，但实现方法却很不一样
生信云笔记·2020-08-05 19:29

MetaCell： scRNAseq聚类和细胞类型注释的R包

说到单细胞分析，大家第一时间想到的肯定是三大R包Seurat、monocle、scater，但是今天我准备给大家介绍一个新的R包metacell，可以用来聚类和注释细胞类型，功能
生信云笔记·2020-08-05 19:59

单细胞测序分析之Seurat（3.0）包学习笔记

上一篇文章深入学习了Monocle2包，这次来继续学习Seurat包。
生信start_site·2020-07-28 12:08

scanpy分析单细胞数据

R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据（尤其是超过250k的细胞量），即使在服务器当中运行，Seurat、metacell、monocle
z赵云飞·2020-07-28 11:15

单细胞转录组数据分析|| Garnett构建自己的分类器以定义细胞类型

因为Garnett建立在Monocle上，所以Garnett的数据保存在CellDataSet(CDS)类的对象中。
周运来就是我·2020-07-14 15:20

【单细胞转录组】monocle 脚本小记

Seurat2monoclelibrary(monocle)#HSMMHSMMHSMMHSMMprint(head(fData(HSMM)))gene_short_namenum_cells_expressedAL6
XuningFan·2020-07-13 10:01

使用Adobe Scout性能分析工具优化flash项目

Scout（代号为monocle）是一个对swf进行性能分析的工具，可对cpu、内存进行详细记录和分析。我们不可避免的要问这和Flashbuilder中的分析器有什么不一样的地方？
星星之Coder·2020-07-02 08:42

单细胞数据挖掘||DOSE：疾病本体论语义相似分析

在拿到单细胞数据之后，我们指的跑完了cellranger、scater、singleR、seurat、monocle这些培训班老师带你走完的流程之后，要进一步的挖掘或者辅助挖掘往往就要和具体的生物学过程结合到一起了
周运来就是我·2020-04-11 22:12

Monocle2 学习笔记

参考：第六章scRNA-seq数据分析使用monocle包进行pseudotime分析monocle2官方教程单细胞转录组学习笔记-18-scRNA包学习Monocle2实验记录10:用Monocle进行伪时间分析
caokai001·2020-04-11 16:53

DADI —— 浮出水面的去中心化云服务平台巨头？

docs.google.com/document/d/1t6Sn6uea6UJW4IBxTbSTsTMEzZD3NRtX6Sw6wnf69q4/edit当前阶段：已为数家公司提供成熟的解决方案，例如WhatCar，Monocle
BlockGeeks·2020-04-04 06:36

单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：PAGA轨迹推断

单细胞转录组数据分析||scanpy教程：预处理与聚类说起轨迹推断，很多人的第一印象就是monocle的轨迹图，大概率是长这样子的：如果说单细胞转录组数据分析中的分群是寻找细胞的离散属性，那么轨迹推断就是寻找细胞分化连续性的尝试
周运来就是我·2020-03-26 07:05

实验记录11：scanpy对scRNA-seq数据的聚类分析

R在读取和处理数据的过程中会将所有的变量和占用都储存在RAM当中，这样一来，对于海量的单细胞RNA-seq数据（尤其是超过250k的细胞量），即使在服务器当中运行，Seurat、metacell、monocle
MC学公卫·2020-03-23 07:33

实验记录10: 用Monocle进行伪时间分析

概要本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性，分两种情况：①经过数据清洗、标准化和聚类的Seurat对象导入②未经过任何处理的Seurat对象导入以下先进行Monocle包的简单介绍
MC学公卫·2020-03-21 11:08

这个年过半百的男人让优衣库更“潮”了

其中与MONOCLE合作，邀请《原宿牛仔》作者、Eatrip的主厨、HenderScheme创始人、主编Ty
日本通·2020-03-09 00:00

monocle3 的安装

monocle2在解决细胞轨迹排布结果可读性上确实让人欢喜，但monocle2有个致命的确定，就是分析的细胞数目有限，最近在分析一个65000多个细胞时的数据量时，在order细胞的时候就报错了。
静小沐·2020-03-06 14:37

这个年过半百的男人让优衣库更“潮”了

其中与MONOCLE合作，邀请《原宿牛仔》作者、Eatrip的主厨、HenderScheme创始人、主编TylerBrlé四个人推荐以UNIQLO东
虎嗅网·2020-03-01 00:00

能让《Monocle》插画师着迷的配饰品牌到底魅力何在？

▲（image：ins@drakesdiary）相信对常年都看《Monocle》、《POPEYE》的你们来说，插画师AkiraSorimachi的画作应该不会
Steppy潮流周志·2020-02-25 00:00

假如这是人生的最后一餐，我会吃……

生活杂志「Monocle」做过一个访谈系列「MyLastMeal」，采访百位各界知名人士，人生的最后一餐他们会吃什么？
乃竹·2020-02-23 05:54

Monocle-拟时分析pseudotime的理解

Monocle包构建拟时分析时，关键步骤order()完成了细胞表达基因的排序，并给出了pseudotime值及其他指标，关于这些变量的一些理解记录在此篇文章。
新欣enjoy·2020-02-22 18:58

使用monocle包进行pseudotime分析

monocle是一个专门用于分析单细胞转录组数据的R包，提供了聚类，pseudotime,差异分析等多种功能，该项目的网址如下https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release
生信修炼手册·2020-02-17 12:48

scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程

拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（celltrajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频率较高。主要基于关键基因的表达模式，在拟时间中对单个细胞进行排序，模拟出时间发育过程的动态变化。既然讲到所谓的拟时分析不过是一种排序而已，那么我们就要知道排序的基本要素：对什么排序如何判断先后顺序如何寻找分支点（如果分支的话）早
周运来就是我·2020-02-14 08:53

STREAM:一款scRNA-seq拟时分析工具

除了经典的Monocle（只不过是一个R包）之外出现了许多应用方便的分析工具与算法，由我带大家认识一款在Linux（命令行版）和Windows（界面版）都可以使用的分析工具——STREAM。
周运来就是我·2020-02-09 17:33

实验记录9：Monocle包的使用方法

梗概参照官网教程：http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#getting-started-with-monocle或在R中运行以下命令
MC学公卫·2020-02-09 03:46

monocle2 拟时间分支点分析结果解读

Howtomapcellfatetobranches?拟时间分析结果有很多重要的结果，但是这些结果如何解读？比如下图的分支点分析结果：分支点热图结果从图中可以看到，行代表基因，这个好说，热图的列主要分为三方面：Pre−branch、Cellfate1、Cellfate2，这三个列代表什么含义？Pre−branch为了解读结果，我们看一下拟时间分析分的state结果图，然后我们对应的Pre−bran
尧小飞·2020-02-02 08:56

Monocle拟时间分析随笔

输入文件导入方法Monocle拟时间导入数据方式有两种，一种是通过导入Seurat对象，一种是导入cellranger输出的表达矩阵（三个文件barcodes.tsvgenes.tsvmatrix.mtx
尧小飞·2020-02-01 19:41

install_github()安装github包出错

需求  由于使用monocle2做拟时间分析的时候，结果一直不如意，因此考虑看看有没有别的工具做拟时间分析，结果一查，还真发现2019年4月发表在NB杂志上的一个拟时间分析工具，NB影响因子30多，说明这个工具还不错
尧小飞·2020-02-01 13:58
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