monocle

单细胞转录组基础分析六：伪时间分析

Monocle进行伪时间分析的核心技术是一种机器学习算法——反向图形嵌入(ReversedGraphEmbedding)。

Seurat_Satija·2024-02-19 12:25

10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析之绘图

图片.png今天我们借助别人的数据，用monocle的轨迹分析结果和Seurat的降维结果实现这张图，从而让轨迹分析在UMAP图上可视化。

单细胞空间交响乐·2024-01-22 23:47

monocle2 fibroblast silicosis inmt

gc()#####安装archr包##别处复制.libPaths(c("/home/data/t040413/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2","/home/data/t040413/R/yll/usr/local/lib/R/site-library","/usr/local/lib/R/library","/home/data/refdir/Rlib/"))

生信小博士·2024-01-11 04:33

Linux/Mac/Windows的Rstudio安装Python模块总报错，怎么破？

刘小泽写于19.8.23最近经常遇到在Rstudio中安装Python出错的问题，比如Seurat、Monocle都需要用到Python的模块，搜索并探索了一下：https://cran.r-project.org

刘小泽·2023-12-16 17:03

使用monocle 2进行拟时序分析

monocle做拟时序分析首先要构建CDS需要3个矩阵：expr.matrix、pd、fd，其次将Seurat中的对象转换为monocle识别的对象。

Seurat_Satija·2023-12-15 05:23

ERROR：sf is not compatible with GDAL version below 2.0.1

在安装monocle3时，出现报错信息如下：devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')显示GDAL版本不对，必须得更新到2.0.1以上，

一个人旅行*-*·2023-12-04 12:02

空间转录组第十讲：空转的细胞分化（拟时序分析）该怎么玩

用于拟时序分析的软件和算法很多，目前文章中用到最多的是Monocle软件，这也是是CNS主流期刊的常用软件。

邓老师呦·2023-12-03 11:40

monocle 轨迹图改颜色

我们在采用monocle做细胞拟时序分析的时候，常常会不满意于原图的配色，而软件自带的配色是根据降维后分出的celltype进行颜色的分类的plot_cell_trajectory(HSMM,color_by

小潤澤·2023-12-02 18:21

2021-05-16 scRNA基础分析：差异基因富集分析

此前的分析我们按转录特征把细胞分成了很多类别，例如seurat聚类分析得到的按cluster分类，singleR分析得到的按细胞类型分类，monocle分析得到的按拟时状态（state）分类。

学习生信的小兔子·2023-11-28 18:03

安装monocle2 加载时报错 object ‘clusterApply’ is not exported by 'namespace:BiocGenerics'

安装安装方法：BioconductorMonocle::Anaconda.org但是会报错，说有冲突的包于是我换了个codecondainstall-cconda-forgebioconductor-monocle

小小_4dbf·2023-11-24 12:28

infercnv hpc东南服务器 .libpath 最终使用monocle2环境安装

安装不成功就用conda安装condainstall-cbiocondabioconductor-infercnvInstallinginfercnvThereareseveraloptionsforinstallinginferCNV.Choosewhicheveryouprefer:OptionA:InstallinfercnvfromBioConductor(preferred)Fromwi

生信小博士·2023-11-02 10:14

单细胞转录组基础分析七：差异基因富集分析

此前的分析我们按转录特征把细胞分成了很多类别，例如seurat聚类分析得到的按cluster分类，singleR分析得到的按细胞类型分类，monocle分析得到的按拟时状态（state）分类。

Seurat_Satija·2023-10-26 16:07

Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（一）（预处理与降维聚类）

最近的教程可能会陆续写一下Monocle3，炙手可热啊，欢迎大家分享经验。

生信漫卷·2023-10-20 23:55

monocle的细胞轨迹图用ggplot重新做

my_plot_cell_trajectory%as.data.frame()%>%select_(prin_graph_dim_1=x,prin_graph_dim_2=y)%>%mutate(sample_name=rownames(.),sample_state=rownames(.))dp_mst%igraph::as_data_frame()%>%select_(source="from

一只烟酒僧·2023-10-10 04:30

单细胞分析之发育轨迹分析（monocle2）

之前也给大家分享过RNAvelocity，今天就给大家介绍另一个软件包（monocle）。monocle更新得很快，目前已经更新到3了，但是今天我们主要是讲一个monocle2的使用方法。

生信宝库·2023-10-09 09:06

拟时序分析的热图提取基因问题

昨天我在单细胞天地讲解了使用monocle2进行拟时序分析的方法，基本上跟着我的代码走一波就可以学会了，当然具体参数理解需要自行发力哦，见：使用monocle做拟时序分析（单细胞谱系发育）用法只是最基础的知识而已

Seurat_Satija·2023-08-15 14:04

conda 配置R虚拟环境并安装 monocle 包

monocle对轨迹分支进行基因差异分析时占用内存非常大，且计算时间超长，仅对8000细胞进行分析就耗费4-5h，需要在服务器进行monocle轨迹。

韩建刚（CAAS-UCD）·2023-08-02 14:51

monocle2 jimmy服务器

/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2","/usr/local/lib/R/library"))library(Seurat)#BiocManager::install("monocle

Young.Dr·2023-08-01 19:15

文献(4): Nature子刊_晚期非小细胞肺癌的单细胞图谱

monocle2的经典图

TOP生物信息·2023-07-21 17:34

Monocle中的plot_genes_branched_pseudotime报错

Monocle中的plot_genes_branched_pseudotime报错exprs_data代码：plot_genes_branched_pseudotime(CDS[‘Sell’,],branch_point

依然At·2023-06-11 07:56

monocle细胞轨迹追踪原理

我们用seurat选取HVG来进行细胞轨迹推断，并且过滤了一些低质量的细胞加载相应的工具包library(igraph)library(monocle)本文的数据和预处理来源于：单细胞之轨迹分析-2：monocle2

小潤澤·2023-05-06 12:50

单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操

轨迹分析系列：单细胞之轨迹分析-1：RNAvelocity拟时间序列分析（Pseudotime分析）的字面意思是通过构建细胞间的变化轨迹来重塑细胞随着时间的变化过程。从具体的分类分析和复杂程度来说，可以分为细胞轨迹分析和细胞谱系分析。其原理此前已经介绍过，参考单细胞测序的轨迹推断。细胞轨迹分析指的是简单模型的细胞变化轨迹分析，通常指的是细胞沿着某个过程有特定化的变化终点，轨迹具有简单树状结构，一端

Hayley笔记·2023-04-21 11:47

使用Garnett包进行单细胞类型分类注释分析（二）：Classify your cells

image.pngClassifyingyourcellsimage.pngLoadyourdatalibrary(monocle)library(garnett)#loadinthedata#NOTE

Davey1220·2023-04-17 22:36

monocle2轨迹分析

安装monocle2下载源代码wget https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/monocle_2.26.0.tar.gztar

生信探索·2023-04-07 18:11

Chapter8

havingfewpleasures:simpleandharsh2.dispense:togiveorprovide(something)dispensewith:tosetaside:discard3.monocle

Mr_Oldman·2023-04-05 08:42

RNA 速率学习笔记

大家经常使用的一般是monocle，DPT等；RNAvelocity是一个比较复杂的方法，它通过细胞转录时细胞内成熟mRNA和mRNA前体的含量来计算细胞接下来生长分化的趋势。

被格格巫抓到的蓝精灵·2023-04-04 20:50

Linux 下安装R包的几种方式

conda配置R虚拟环境并安装monocle包_韩建刚（CAAS-UCD）的博客

韩建刚（CAAS-UCD）·2023-03-24 14:34

【单细胞转录组】获取 monocle2 branchpoints

我们知道monocle2最重要的一个分析是对分支进行差异分析（如下图）image.png经典的教程总是：BEAM_res<-BEAM(cds1,branch_point=1,cores=4)BEAM_res

XuningFan·2023-03-18 10:54

Monocle3：拟时序分析

首先讲一段话：我的一个使用情景是，当我跑完seruat的标准流程后，不可能只看细胞数量之间的差异吧，所以想看细胞之间的发育轨迹，就想到了monocle，Attention：我是已经完成了seura

汪汪队队长_莱德·2023-03-16 00:40

Monocle2 | 单细胞测序的拟时序分析（细胞轨迹分析）

背景介绍伪时间是衡量单个细胞在细胞分化等过程中取得了多大进展的指标。在许多生物学过程中，细胞并不是完全同步的。在细胞分化等过程的单细胞表达研究中，捕获的细胞在分化方面可能分布广泛。也就是说，在同一时间捕获的细胞群中，有些细胞可能已经很长时间了，而有些细胞甚至还没有开始这个过程。当您想要了解在细胞从一种状态转换到另一种状态时所发生的调节更改的顺序时，这种异步性会产生主要问题。跟踪同时捕获的细胞间的表

夕颜00·2023-03-14 05:11

AR「战术目镜」来了，能和手机搭配进行无线编程，售价2370元

戴上它后，你眼里的世界是这样的：还可以拍摄照片或者视频：必要的时候，还能够即时回放视频：此外，这款AR设备还拥有超级变焦，能够将视野放大至16倍：这是BrilliantLabs推出的一款新AR设备，名为Monocle

QbitAl·2023-02-16 20:15

【单细胞轨迹分析】monocle2

其中，Monocle2是做单细胞拟时分析最有名的R包。对比还在持续开发中的Monocle3来说，Monocle2更稳定且更倾向于半监督的分析模式，更适合针对感兴趣的细胞亚群做个性化分析。==

jjjscuedu·2023-02-08 20:03

Monocle拟时间分析

Monocle可以进行下面三种类型的分析，可以与seurat无缝连接：1对细胞进行聚类、分组和计算；2.进行拟时间分析；3.差异表达分析；2.ConstructingSingleCellTrajectoriesTrajectorystep1

五谷吃不完了·2023-02-02 23:04

2022-01-17 CCA校正批次效应

按照这个差异调整整体基因表达水平#该代码用于理解并分析批次差异比较大的样本，通过CCA算法将批次效应进行校正#并基于校正之后的数据进行下游分析#加载分析使用的包library(Seurat)library(monocle

徐添添·2023-02-01 23:00

Cellrank：细胞分化轨迹的新秀

说在前面说到细胞分化轨迹的推断，想必很多小伙伴第一会想到的是monocle2这个软件，但是它只能做到oneshot，不能捕捉到细胞分化的动态过程。

生信宝库·2023-01-31 12:00

monocle3 在linux 终端R可用，但在Rstudio server无法使用

问题，报错其实很直接，就是有个动态库找不到library(monocle3)Error:packageornamespaceloadfailedfor‘monocle3’indyn.load(file,

Kevin_Hhui·2023-01-30 08:32

centOS7| 编译安装monocle3依赖的 gdal 库 - 动态链接库

安装monocle3需要这个十分难安装的库。环境是centOS7.9，基本都是老组件，没有怎么升级过。

生物慕课·2022-12-24 19:28

单细胞数据处理流程-monocle2

Monocle21.安装包if(!

weixin_52505487·2022-12-22 11:29

linux安装包报错-monocle包

require("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("monocle")安装monocle

weixin_52505487·2022-12-22 11:29

SCS【9】单细胞转录组之构建细胞轨迹 (Monocle 3)

点击关注，桓峰基因桓峰基因公众号推出单细胞系列教程，有需要生信分析的老师可以联系我们！首选看下转录分析教程整理如下：Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组之cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据GEO下载及读取SCS【4】单

桓峰基因·2022-12-07 17:59

SCS【8】单细胞转录组之筛选标记基因 (Monocle 3)

点击关注，桓峰基因Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组之cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据GEO下载及读取SCS【4】单细胞转录组数据可视化分析(Seurat4.0)SCS【5】单细胞转录组数据可视化分析(scater

桓峰基因·2022-12-07 17:29

单细胞之轨迹分析-3：monocle3

轨迹分析系列：单细胞之轨迹分析-1：RNAvelocity单细胞之轨迹分析-2：monocle2原理解读+实操Monocle3和Monocle2并没有本质上的区别，只是把降维图从DDRTree改成了UMAP

Hayley笔记·2022-10-30 23:24

monocle3包分析单细胞转录组数据

1.构建new_cell_data_set对象Usagenew_cell_data_set(expression_data,cell_metadata=NULL,gene_metadata=NULL)Argumentsexpression_dataexpressiondatamatrixforanexperiment,canbeasparseMatrix.cell_metadatadatafram

qq_27390023·2022-09-10 19:57

Monocle3

一、monocle3介绍monocle3可以执行的3个主要的功能对细胞进行聚类、分类和计数。Monocle3可识别新的（可能是罕见的）亚型细胞构建单细胞轨迹。

FF在努力·2022-09-10 19:57

SCS【7】单细胞转录组之轨迹分析 (Monocle 3) 聚类、分类和计数细胞