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[医学图像预处理1]使用nibabel和SimpleITK读取处理Nifiti文件(MRI图像)

1.NIFTI格式(.Nii)数据格式分析https://brainder.org/2012/09/23/the-nifti-file-format/https://blog.csdn.net/DoronLee

gefeng1209·2020-09-11 19:27

如何处理.nii文件

最近读了一篇论文[1]，是利用深度学习进行MRI图像重建的，作者在github[2]上提供给我们的他的实现代码，他使用的一个MRI分割比赛的数据集[3]，但是将数据集下载下来发现全部都是.nii格式的文件

alxe_made·2020-09-11 19:50

nibabel库 - 初步

官方的网址如下：https://nipy.org/nibabel/nibabel_images.html#the-image-object首先，自然是安装库，然后我们使用load函数来读取一个nii.gz

Pierce_KK·2020-09-11 19:19

python 读取并显示 .nii格式文件(nibabel库）

pipinstallnibabelimportnibabelasnibimportskimage.ioasioimportnumpyasnpimg=nib.load('1.nii')img_arr=img.get_fdata

PKnotnull·2020-09-11 19:18

python使用SimpleITK读取nii格式文件

importSimpleITKassitk#读取的nii的压缩包itk_img=sitk.ReadImage('2804506.nii.gz')img_array=sitk.GetArrayFromImage

temperamentalkj·2020-09-11 19:17

simpleITK读取nii文件并显示

importSimpleITKassitkfrommatplotlibimportpyplotaspltdefshowNii(img):foriinrange(img.shape[0]):plt.imshow(img[i,:,:],cmap='gray')plt.show()itk_img=sitk.ReadImage('C:\\Users\\86472\\Desktop\\1552282517.

Mr_zhuzj·2020-09-11 19:47

fslview: Bad CPU type in executable问题如何解决

刚开始学习CV，使用fsl打开.nii文件，fslview命令，提示如下然后根据提示，使用fsleyes，提示commandnotfound接着使用fslview_deprecated打开图片，提示如下

Daniel李·2020-09-11 07:50

python图像处理：核磁共振图像（3D）的缩放

基于skimage的transform模块，实现3D图像的缩放(reszie)，.nii格式图像。

之若初见·2020-09-10 20:42

终于配好ＡＮＴs用来处理数据

Downloads/JingProcess/pytorch-UNetJing/untitled/cnn-interpretability-master/data/ori-binary_brain_mask.nii.gz-m

zhangjingsecond·2020-08-26 16:20

医学图像可视化软件ITK-SNAP的使用方法

source=directory使用方法首先，ITK-SNAP只能导入医学图像相关格式，例如Dicom、.nii等格式，在导入CT图像时，在一个目录下即使导入一个断层文件，该软件也会自动将整个CT的断

Lvm-ing·2020-08-26 13:45

codeforces 869c（组合数）

C.TheIntriguingObsessiontimelimitpertest1secondmemorylimitpertest256megabytesinputstandardinputoutputstandardoutput—Thisisnotplayingbutdutyasalliesofjustice,Nii-chan

yyPurpose_forever·2020-08-24 22:41

VMware下安装Ubuntu15.04后设置root密码

nii@mch:~$sudopasswd[sudo]passwordfornii://当前用户的密码EnternewUNIXpassword://root密码RetypenewUNIXpassword:

dmfrm·2020-08-24 05:55

Linux命令： cut命令的使用方法

d：制定字段分隔符，默认是空格-f：制定要显示的字段-f1：显示第一个字段-f1,3显示第一个和第三个-f1-3显示第一个到第三个-b:显示字节数-c:显示字符2、示例现在有一个test.c文件如下：nii

dmfrm·2020-08-23 19:05

作业七：Openpai NII 刘强

项目内容这个作业属于哪个课程人工智能实战2019这个作业的要求在哪里作业要求我在这个课程的目标是将机器学习理论与实践相结合，获得一定的项目经验，提高编程能力这个作业在哪个具体方面帮助我实现目标了解OpenpaiNII我的GitHub链接https://github.com/QiangLiu404一、作业内容学习OpenPAI的使用：学习文档，并提交OpenPAIjob，将体验心得形成博客，选题方向

weixin_30361753·2020-08-18 17:43

python nii 图像读取，转换成CT 值，设置窗宽窗位，保存成png 图像

importnumpyasnpimportos#遍历文件夹importnibabelasnib#nii格式一般都会用到这个包importimageio#转换成图像center=-500//肺部的窗宽窗位

COSummer·2020-08-17 21:11

【SHOI&SXOI2017】bzoj4872 分手是祝愿

可以发现fi={iinfi−1+n−infi+1+1i≤ki>k这样是不能直接求的，不妨记gi=fi−fi−1，那么gi={1n−iigi+1+nii≤ki>k又因为gn=1，就可以递推求出所有g，进而求出

sdfzyhx·2020-08-17 14:34

import openslide时报 WinErr127的解决过程

原本在python上用openslide是很顺畅的，刚顺利跑完一个导入openslide的程序，然后帮同事看一个nii文件显示的问题，于是在自己的电脑上查找nii显示的方法。

老笨妞·2020-08-17 13:02

ADNI数据集：.nii格式转换为.png格式

ADNI数据集：.nii格式转换为.png格式1、共有AD_001-AD_015共15个.nii文件分别查看每个文件的详细信息，以得到shape维度信息importnibabelasnibfile='D

qq_39622795·2020-08-16 07:09

ACM常用测试数据&结题报告地址

http://ace.delos.com/OPEN07２、日本ACM比赛网址是http://www.acm-japan.org/，进去后有题目和测试数据http://icpc2010.honiden.nii.ac.jp

Solomon_zzw·2020-08-15 13:17

用Python进行深度学习时为何将DICOM(.dcm)数据转化为NIFTI（.nii）数据

1、预先知识（医疗数据的组成）医疗数据的组成={元数据：神秘的数据，可以是病人的ID和名字等光度解释：若是黑白照片则是0−255的灰度值，若是彩色照片则是RGB为0−255像素数据：不同类型的数据，即int或者float型像素深度：黑白照片深度就是一层，彩色照片深度就是三层医疗数据的组成=\begin{cases}元数据：神秘的数据，可以是病人的ID和名字等\\光度解释：若是黑白照片则是0-255

是志明呀·2020-08-15 04:50

unity 物体围绕自身中心旋转而非轴心

ground-truth为.nii文件，在matlab中转化为.obj文件后导入unity。

normol·2020-08-14 03:36

POJ测试数据

赛题目和测试数据的网址http://ace.delos.com/OPEN07以此类推２、日本ACM比赛http://www.acm-japan.org/http://icpc2010.honiden.nii.ac.jp

KingWolfOfSky·2020-08-13 15:47

AtCoder Beginner Contest 043题解（ABCD)

AtCoderBeginnerContest043题解（ABCD)传送门A-ChildrenandCandies(ABCEdit)题意：求∑i=1ni\sum\limits_{i=1}^nii=1∑ni

Harris-H·2020-08-11 19:07

选择正确的 Fragment#commitXXX() 函数

转自:http://www.tuicool.com/articles/q6R7nii最新版本（v24.0.0）的Supportv4库中的FragmentTransaction添加了commitNow()

diaocheng7143·2020-08-03 10:28

整理：OJ 测试数据

赛题目和测试数据的网址http://ace.delos.com/OPEN07以此类推2、日本ACM比赛http://www.acm-japan.org/http://icpc2010.honiden.nii.ac.jp

bat67·2020-08-02 23:47

.hdr/.img文件转nii.gz（利用Matlab和SPM）

步骤1：参考CSDN博主「咸鱼酱」，使用Matlab和SPM软件包将hdr/img格式的文件转成nii格式原文链接：CSDN博主「咸鱼酱」的原创文章：https://blog.csdn.net/Lyrassongs

Iris_bysshqx17·2020-08-01 10:10

.img/.hdr格式转.nii格式的方法

%%img2nii.m--------------------------------------------%Scripttoconverthdr/imgfilestonii.

咸鱼酱·2020-07-30 19:53

nnUNet 源码细节记录

github.com/MIC-DKFZ/nnUNetnnUNet代码量还是很大的，许久不看再使用就有很多记不清楚了，一些细节的小点记录如下：一实验前的数据准备阶段：先把4D的image分成3D的数据，以_0000.nii.gz

敲knock·2020-07-29 15:24

如何读取并对nii三维数据进行切片处理、转换格式保存

1.首先，我们从https://ww2.mathworks.cn/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image?s_tid=mwa_osa_a下载ToolsforNIfTIandANALYZEimage，并放到toolbox路径中；2.添加导入路径：addpath('/MATLAB/R2013a/toolbox/

蒲舟·2020-07-28 23:42

Linux C打印所有的环境变量

1、在终端显示环境变量执行env命令nii@mmch:~/code$envLC_PAPER=zh_CN.UTF-8LC_ADDRESS=zh_CN.UTF-8XDG_SESSION_ID=4LC_MONETARY

dmfrm·2020-07-28 13:40

.nii格式的图像转化numpy格式

主要使用nibabelimportnibabelasnibimportosimportnumpyasnpimg_path='/home/lei/train/img/'seg_path='/home/lei/train/seg/'saveimg_path='/home/lei/train/npy_img/'saveseg_path='/home/lei/train/npy_seg/'img_name

Lwang2018·2020-07-28 12:53

如何读取NIFTI格式图像（.nii文件）

在医学图像处理中，我们经常使用一种NIFTI格式图像（.nii文件），现在我们来看看什么是.nii文件？该如何读取.nii文件？

The_Thinker_QChen·2020-07-28 06:39

迭代估计方法---LM迭代

正规方程NΔ=JTJΔ=JTϵNΔ=JTJΔ=JTϵ被增量正规方程NΔ=JTϵNΔ=JTϵ，其中N′ii=(1+λ)NiiNii′=(1+λ)Nii而且当i≠ji≠j时，N′ij=NijNij′=Nij

看风景的人lsy·2020-07-28 06:38

2018-09-14

2、激活完成IntelliJIDEA注册码：G91XMO9AVI-eyJsaWNlbnNlSWQiOiJHOTFYTU85QVZJIiwibGljZW5zZWVOYW1lIjoic29uZyB3YW5nIi

哆啦在这A梦在哪·2020-07-28 04:51

Matlab nii图像的读取处理保存基于SPM

选择当前目录的文件V=spm_vol(filename);Y=spm_read_vols(V);Y_new=Process(Y);%对图像矩阵Y进行一系列处理,这行是伪代码V.fname='xxxx.nii

黑山白雪m·2020-07-28 03:32

python 读取.nii格式图像

#encoding=utf8'''查看和显示nii文件'''importmatplotlibmatplotlib.use('TkAgg')frommatplotlibimportpylabaspltimportnibabelasnibfromnibabelimportnifti1fromnibabel.viewersimportOrthoSlicer3Dexample_filename

益繁亦不凡·2020-07-28 03:00

麦克斯韦方程组的组成由来、媒介的电磁性质和边界条件

∮lH⋅dl=∑i=1nIi\oint_{l}\mathbf{H}\cdotdl=\sum_{i=1}^{n}I_{i}∮lH⋅dl=i=1∑nIi根据麦克斯韦提出的位移电流假设,得到全电流定律∮lH⋅

zina_8786·2020-07-15 16:27

高中数学必备知识

∑i=1n\huge\sum_{i=1}^ni=1∑n即intans=0;for(inti=1;i<=n;i++)ans+=i;∏i=1ni\Huge\prod_{i=1}^nii=1∏ni即intans

zsyz_lb2003·2020-07-15 13:36

ubuntu用pip安装mysql-python时出错解决

Completeoutputfromcommandpythonsetup.pyegg_info:sh:1:mysql_config:notfoundTraceback(mostrecentcalllast):File"",line1,inFile"/tmp/pip-install-kM1nII

Lazines_by·2020-07-12 16:21

itk 读取dcm 或nii.gz数据

关键代码如下，判断如果是dcm,则转换为nii.gz：#include"itkGDCMSeriesFileNames.h"usingNamesGeneratorType=itk::GDCMSeriesFileNames

COSummer·2020-07-11 01:21

【转】机器学习发展简史

0引言20世纪90年代初，当时的美国副总统提出了一个重要的计划——国家信息基本设施计划(NationalInformationInfrastructure,NII)。

weixin_30702887·2020-07-10 06:30

MRI图像转格式

产生的数据格式，因此DICOM格式比较多，本文只作此介绍：如图示，原始类型DICOM以及转格式后的3D，4D文件由头文件和影像组成，其中4D是指一条时间轴上的所有3D影像2.从DICOM格式转NifTI格式(.nii

Brain_er·2020-07-07 16:30

【python】SimpleITK 和 Nibabel 读取医学图像 nii 数据（2D显示）

SimpleITK加载数据是channel_first，即（155，240，240）；Nibabel是channel_last，即（240，240，155），其中155是图像通道数，也就是155张图像，可以把nii

peanut。·2020-07-06 03:28

【Matlab】将 struct 转换成矩阵

由于要做一些图像处理，需要用matlab处理但批量把nii转换成mat，读出来是struct，我需要int查而得之：将f=load('F:\mat\HGG\Brats17_CBICA_AOH_1\Brats17