nii

nii convert to 2D image【python】

可以自己精简，我的label是二分类importSimpleITKassitkimportcv2fromPILimportImageimportnumpyasnpimportnibabelasnib#nii
qq_1248742467·2024-02-09 13:25

5GHz Channels

5GHzChannels802.11a/n和802.11ac在5GHzU-NII分成4个bands:band1:U-NII-1band2:U-NII-2band3:U-NII-2Extendedband4
因上努力_果上随缘·2024-01-29 14:36

nii文件的裁剪

对于感兴趣区域很小的情况下，需要裁剪图片defget_and_crop_nii(file_path):img=load(file_path)img1=torch.tensor(img.get_fdata
qq_1248742467·2024-01-25 06:50

ITK + ANT，无法显示三维

背景：之前用ANT保存ima格式的数据，选择的是保存所有的序列用python将dicom转为nii的格式，importnibabelasnibimporttorch"""不管是nii还是nii.gz都是二维的
qq_1248742467·2024-01-20 06:48

【从0上手cornerstone3D】如何加载nifti格式的文件

在线演示支持加载的文件格式.nii.nii.gz代码实现npminstall@cornerstonejs/nifti-volume-loader//-------------核心代码Start-----
云之遥_·2024-01-18 10:16

医学图像裁剪为小块，保存为nii文件进行训练

importnumpyasnpimportSimpleITKassitkimportosfromtqdmimporttqdmdefcal_board(label_array,index):"""calculateborader0:depth1:hight2:width"""D,H,W=label_array.shapedots=np.argwhere(label_array==1)mins=np.
吴天德少侠·2024-01-16 11:20

用freesurfer对扩散指标（FA，MD）进行VBA分析（基于体素的分析）-dt_recon

freesurfer官网–https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/dt_recon步骤：需要对3DT1图像进行renconall预处理将输入转换为nifti（创建dwi.nii
MRI_lab·2024-01-13 09:40

Midjourney实战案例 3 |商业变现用AI做表情包制作/赚钱教程

因为表情包不同风格比如动漫，3d都有涉猎，所有MJ5.1和nii5会根据不同提示词来灵活切换比如生成3d表情包就体检开启v5.1,反之2d动漫风格就推荐niji5。
乾坤AI·2024-01-05 01:22

几种读nii图像方法的轴序比较

读.nii/.nii.gz图像并转成numpy可用medpy.io、nibabel、itk、SimpleITK几种方法，然而几种方法读出来的轴序有出入，本篇比较此几种方法。
HackerTom·2024-01-05 00:51

批量dicom格式转nii（dcm2nii），目前网上最全总结与最强转换方法！！

文章目录Dcm2nii各方法目前存在的问题又快又稳定的批处理方法！
程序员老冉·2024-01-03 20:16

医学图像 .nii文件格式详解

目录nii基础坐标体素转换矩阵nii格式NIFTI格式基本知识Nifti格式最初是为神经影像学发明的。神经影像信息学技术计划（NIFTI）将NIfTI格式预设为ANALYZE7.5格式的替代品。
小柴狗·2024-01-02 16:19

Wi-Fi 7用到的一些技术术语汇总

low-complexityapcoordinationMulti-APcoordinationHARQ（HybridAutomaticRepeatRequest）multipleresourceunitsperSTAFCCopen6GhzU-NII
Par@ish·2024-01-01 18:47

推箱子小游戏

--print("开发流程步骤：I、绘制推箱子地图并初始化-----几*几大小的地图\n\nII、根据宏定义和推箱子地图上的数字来选择不同的图形\n\nIII、获取玩家坐标-----------重点\n
星空露珠·2023-12-24 02:20

医学图像 ABIDE 等数据集 .nii.gz Python格式化显示

nii.gz文件.nii.gz文件通常是医学影像数据的一种常见格式，比如神经影像（如脑部MRI）。
zoe_ya·2023-11-29 18:02

算法基础课-数学知识

数学知识第四章数学知识数论质数约数欧拉函数欧拉定理与费马小定理拓展欧几里得定理裴蜀定理中国剩余定理快速幂高斯消元求组合数卡特兰数容斥原理博弈论Nim游戏SG函数第四章数学知识数论质数质数判定：试除法，枚举时只枚举i≤nii
Andantex·2023-11-24 23:13

读取nii数据，转为volume.dat二进制数据

代码#include#include#include"functions.h"#include#includeusingGrayPixelType=unsignedchar;usingOrgPixelType=short;usingOrgImageType=itk::Image;usingOrgImagePointerType=OrgImageType::Pointer;usingGrayImag
吴天德少侠·2023-11-24 16:07

影像组学学习笔记(35)-基于2D超声影像的影像组学特征提取

将dicom格式的2D超声图像转为压缩的nifti格式，将其命名为test.nii.gz;勾画ROI后同样保存为压缩的nifti格式，命名为mask.nii.gzFig1.jpg尝试提取影像学特征：importrad
北欧森林·2023-10-31 18:38

网络安全技术习题

第一章一.单选题（共6题）(单选题)美国国家信息基础设施（NII）定义了信息安全的（）个目标A.五B.四C.三D.二我的答案:A正确答案:A(单选题)某银行为了加强自己的网站的安全性，决定采用一个协议，
E2XE6m6·2023-10-31 01:27

影像组学学习笔记(27)-SimpleITK包介绍

功能强大的图像处理工具SimpleITK包视频中李博士演示了SimpleITK的两个基本功能：图像格式转换以及图像镜像翻转导入SimipleITK包importSimpleITKassitk从.dcm格式转换为.nii
北欧森林·2023-10-30 19:52

使用FSL对DTI数据进行预处理

1、使用dcm2niix将APPA图像转为nii格式假设转换后的图像为sub01_AP.nii.gz和sub01_PA.nii.gz其中AP只有B0像，PA包括B0和非B0像2
长腿猴子请来的救兵·2023-10-28 22:25

医学图像配准软件 ANTs（Advanced Normalization Tools）的安装和使用说明

ANTs支持2D和3D的图片，包括以下格式的文件：•Nifti(.nii,.nii.gz)•Analyze(.hdr+.img/.img.gz)•MetaImage
棉花糖灬·2023-10-26 10:37

Python和R的并行处理

假设要运行linux下的命令：首先是普通的运行：defReconall(sub):subanat=filedir+"/"+sub+"/anat/"+sub+"_T1w.nii"Command_recon
clancy_wu·2023-10-26 05:06

林深

@NII：林深时见鹿路深处是自己徘徊在深林处情深处不见你。不是鹿，是自己@ddl：
玉米秃头啦·2023-10-25 09:36

计算mask的体素数量

importnumpyasnpimportnibabelasnib#用于处理神经影像数据的库#从文件中加载mask图像mask_image=nib.load(r'E:\mask.nii.gz')#获取图像数据
MRI_lab·2023-10-12 19:37

simpleitk 读数据 图像 dicom nii 处理数据

最近在使用simpleITK读取dicomnii处理数据非常方便，下面记录一下；1.读取DICOM序列医学图像中一个CT序列包含很多张图片，即一个case包含许多slice，使用SimpleITK可以直接读取一个序列importSimpleITKassitkimportnumpyasnpreader=sitk.ImageSeriesReader()dicom_names=reader.GetGDC
恋恋西风·2023-10-10 10:44

DTI_ALPS

/bin/bash#/DM01.bvec#/path/DTI/DM01/DM01.nii.gz#/DM01.bval##/DM02.bvec#/path/DTI/DM02/DM02.nii.gz#/DM02
神经影像数据处理·2023-10-08 03:14

医疗图像分割指标

医疗图像其中两种图像格式：MRI（MagneticResonanceImaging，磁共振成像）、CT（ComputedTomography，计算机断层），常存成.nii.gz格式。
HackerTom·2023-09-30 16:52

处理.dcm图像别转换成.nii文件了（阿巴阿巴我不太理解我得到的nii的值）

我尝试过把它转换成jpg格式，但是感觉不太整洁，就把它们预处理后都变成.nii格式。每次读取一个.nii文件，非常整洁。问题描述我之前看过.dcm文件，它的值在0-2300。
鱼小丸·2023-09-28 06:52

SimpleITK，三维膨胀与腐蚀，python实现

腐蚀：importSimpleITKassitk#读取输入图像input_image=sitk.ReadImage("input_image.nii")#创建腐蚀过滤器erode_filter=sitk.BinaryErodeImageFilter
Teng-Sun·2023-09-25 19:15

【ACDC数据集】：预处理ACDC心脏3D MRI影像数据集到VOC数据集格式，nii转为jpg，label转为png

【SegmentAnythingModel】做分割的专栏链接，欢迎来学习。【博主微信】cvxiaoyixiao本专栏为公开数据集的预处理，持续更新中。文章目录1️⃣ACDC数据集介绍2️⃣ACDC数据集样例3️⃣预处理ACDC目标4️⃣处理结果样图5️⃣代码6️⃣划分测试集和训练集1️⃣ACDC数据集介绍他是一个多类别的心脏3DMRI影像数据集`，2017年ACDC挑战赛（AutomatedCar
cv夏一笑·2023-09-24 20:10

FSL-flirt+fnirt--线性配准和非线性配准

b0DTI/b0.bet-m-f0.2-RfslmathfslmathsinputVolume-addinputVolume2output_volumefslmathsT1-mulT1W_brained.nii.gzT1
MRI_lab·2023-09-23 06:02

Mrtrix3--将mif文件转换为nifit文件--以及批处理代码

fd.mif，则可以使用fixel2voxelfd.mifmeanfd_mean.miffixel2voxelfd.mifmeanfd_mean.mifmrconvertfd_mean.miffd_mean.nii.gz
MRI_lab·2023-09-23 06:32

fsl处理DTI数据流程

1.IM_0025output_bvalsoutput_bvecsoutput_info.txtoutput.niifslroioutputb001b0.nii.gzIM_0025output_bvalsoutput_bvecsoutput_info.txtoutput.nii2
novenine·2023-09-02 16:30

[医学影像数据处理] dicom 转 nii

1.可直接安装dicom2nifti2.或者dicom_path='dddddd'file_list=os.listdir(dicom_path)data_array=[]local_list=[]forfile_nameinfile_list:dicom_name=os.path.join(dicom_path,file_name)ds=pydicom.read_file(dicom_name,
俭任G·2023-08-28 15:29

【无标题】

处理医学图像中的nii和nii.gz文件查看nii文件nii文件转png图像将nii.gz文件转为png图像查看nii文件可以下载ITK-SNAP（医学图像2D/3D可视化）进行查看，下载链接安装：直接双击
aoeiuv～·2023-08-15 15:49

将医学图像.dcm格式与.nii.gz格式进行一些处理

介绍.dcm文件是一种医学上用于存储CT、核磁共振等成像方式得到的患者器官图像的文件格式.nii.gz是通过标注软件导出的3D标签(可以看作一个np数组)我们通过pydicom和nibabel这两个包来辅助我们进行操作读取
Andy in boots·2023-08-15 15:48

Datawhale视觉夏令营学习笔记1

type=pet-2023&ch=vWxQGFU数据审查数据为nii数据，与之前学到的图片模型有很大差别，nii数据为4维（由于第四维数据皆是一帧，所以给出前三维的说明）这导致我不能直接按照常规方法进行数据增强
fof920·2023-08-01 10:20

Datawhale•AI夏令营CV笔记1

赛题简介任务：脑PET图像分析和疾病预测数据：脑PET图像检测数据库（三维影像），格式为nii直接目的：分类问题，将被试者按医学诊断分为两类NC（健康）和MCI（轻度认知障碍）模型建立数据处理数据读取：
某小从余雨叚噫·2023-08-01 10:49

详细~~医学图像格式转换（.h5文件转为nii.gz文件！！！）

首先先查看一下.h5文件中的内容：importh5pydefshow_hdf5_datasets(h5_file_path):withh5py.File(h5_file_path,'r')ash5_file:print("DatasetsintheHDF5file:")fordataset_nameinh5_file:print(dataset_name)h5_file_path='input_f
别和我抢安慕嘻·2023-07-29 18:22

freesurfer-海马/杏仁核亚区体积分割

shresult1mri_segstatsmri_segstats--segmri/aseg.mgz--ctab$FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt--excludeid0--sumT1.aseg.sum--iT123D.nii
MRI_lab·2023-07-26 04:57

医学图像处理（一）

SimpleITK加载数据是channel_first，即（155，240，240）；Nibabel是channel_last，即（240，240，155），其中155是图像通道数，也就是155张图像，可以把nii
抹茶生活·2023-07-17 23:59

医学图像配准工具ANTs的配置和入门

用这个库会自动生成一个“.mat”文件和一个".nii.gz"文件存放在tmp目录中，并且不会自动删除(按道理临时文件会自动删除，但是我当时并没有自动删除这些临时文件)。
Joker 007·2023-07-16 23:08

医学影像常用Python包

一、图像操作类医学影像往往需要操作的图像种类较多，类似于nii图像，dicom图像等，传统的工具为SimpleITK，NiBabel，目前也有很多集成的工具，便于深度学习模型的使用和调优。
Joker 007·2023-07-16 23:08

pix2pix-gan医疗图像分割迁移

pix2pix-gan做医学图像合成的时候，如果把nii数据转成png格式会损失很多信息，以为png格式图像的灰度值有256阶，因此直接使用nii的医学图像做输入会更好一点。
CVer儿·2023-07-14 10:07

Brats2020数据集的读取—＞python中对.nii格式数据读取

Brats2020数据集的读取—>python中对.nii格式数据读取首先要安装了torchio，安装指令：pipinstalltorchiotorchio：一个Python库，用于在深度学习中高效加载
e的x次方~·2023-06-07 14:23

Dicom批量转nii（医学影像格式转换，SPM）

Dicom批量转nii（医学影像格式转换，SPM）实验中需要用spm12进行配准，spm12配准只能导入nii格式，但影像是dicom格式的，需要先进行格式转换。
二亩三分地·2023-04-20 11:57

dicom序列转nii格式

importdicom2nifti#pipinstalldicom2niftiimportosdeffind_workdir(mainDir):"""返回所有的目录"""all_work_dirs=[]subdirs=os.listdir(mainDir)forsubdirinsubdirs:ifsubdir=="readme.md"orint(subdir)<244:continuepart_d
吴天德少侠·2023-04-20 11:57

如何批量把影像数据DICOM转化为nii.gz

批量转换DICOM文件为nii.gz格式批量把影像数据DICOM转化为nii.gz准备代码如下谢谢批量把影像数据DICOM转化为nii.gz准备1.安装SimpleITKITK是一个功能很强大的医学图像处理公开库
爱吃饭的虎虎·2023-04-20 11:25

批量dicom格式转nii（dcm2nii），目前网上最全总结与最强转换方法！！

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录Dcm2nii各方法目前存在的问题又快又稳定的批处理方法！
阿煜啊·2023-04-20 11:55

Python SimpleITK 将dicom数据转为nii.gz

importSimpleITKassitkimportnumpyasnpimportosimportshutildefformat_conversion(work_path):''':paramswork_path:workdirpath---root--sud_dir(fixeddir)--other_files:ToDo:getdicomdir'''case_list=os.listdir(p
Along1617188·2023-04-20 11:55
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