nii 第4页

nii格式头文件信息

可以使用命令：pipinstallnibabel之后：fromnibabel.viewersimportOrthoSlicer3Dasosdimportnibabelasnibfilename=‘image.nii

qq_46511579·2022-11-22 04:43

Python处理.nii文件

.nii文件是NIFTI格式的文件，用来储存医疗图像信息。在神经网络处理过程中，需要安装一个Nibabel的包，用来处理该格式的图像。

interesting233333·2022-11-22 04:59

nii文件读取显示操作

1.读取&显示niiimportnibabelasnibimportosfromnibabel.viewersimportOrthoSlicer3Droot_path=r'E:\data\CTA\test\images'files=[fileforfileinos.listdir(root_path)]forfileinfiles:example_filename=os.path.join(roo

小吕同学吖·2022-11-22 04:28

Python CT图像预处理——nii格式读取、重采样、窗宽窗位设置

文章目录nii格式CT数据读取读写nii格式文件查看重采样窗宽窗位设置方法一：手动设置窗宽窗位方法二：nii格式CT数据读取遇到nii格式的CT数据，可以通过nibabel包进行数据的读、写、查看等操作

森尼嫩豆腐·2022-11-22 04:18

Pytorch dataset类

自己数据的dataset类，传入数据比如训练数据格式为.txt格式，字符串类型如下所示：/home/xx/data/volume_01.nii.gz/home/xx/data/label_01.nii.gz

Along1617188·2022-11-21 19:50

Python JPG文件或DCM文件Mask掩膜ROI手动圈画轮廓

关于DCM文件如何转化为JPG文件，请参考此博客：PythonDCM转JPG转NRRD转NII方法将DCM转JPG需用

渺邈·2022-11-21 17:00

ITK-SNAP + c3d 处理 3D 图像以及 DICOM 格式

强大到无以复加的3D图像处理工具，它尤其在深度学习医学图像研究和应用中能发挥出无与伦比的生产力——我我将以Pancreas-CT数据集及其标签为例，简要介绍c3d处理dicom格式3D图像（dicom转成nii

Skr.B·2022-11-21 06:38

人工智能基础入门——神经网络讲解

1、人工神经元人类神经元中抽象出来的数学模型树突：input细胞核：处理操作+激活函数轴突末梢：输出f(∑i=1NIi⋅Wi\sum_{i=1}^{N}I_{i}\cdotW_{i}∑i=1NIi⋅Wi

无乎648·2022-11-20 11:16

HCP 91k dtseries.nii格式

Type:CIFTI-DenseDataSeriesStructure:CortexLeftCortexRightDataSize:219.08MegabytesMapstoSurface:trueMapstoVolume:trueMapswithLabelTable:falseMapswithPalette:trueAllMapPalettesEqual:trueMapIntervalUnits

baidu_28647713·2022-11-19 09:35

dcm2nii.多张dcm 文件转换成nii等其他格式的存储。

在进行医学图像处理的时候往往遇到多张dcm文件合并成一个文件。或者要使用3D数据进行相关的处理。但是我在网上找了一个往往都是一些软件直接进行了操作。这样对于程序来说不是很友好。最后我自己写了一个基于python的小程序这样可以直接使用了。importSimpleITKassitkreader=sitk.ImageSeriesReader()dicom_names=reader.GetGDCMSer

skyfengye·2022-11-19 03:24

NII文件和nrrd文件的随意转换

importosfromglobimportglobimportnumpyasnpimportvtkdefreadnrrd(filename):"""Readimageinnrrdformat."""reader=vtk.vtkNrrdReader()reader.SetFileName(filename)reader.Update()info=reader.GetInformation()ret

Mario cai·2022-11-19 03:19

从rookie到基佬~014：Python代码 DICOM(.dcm)数据转化为NIFTI（.nii）数据

一天一个变弯小技巧今日份洗脑：DICOM(.dcm)数据转化为NIFTI（.nii）数据结论：SimpleITK：他好，我也好，汇源肾宝医学图像的存储格式1、NIFTI(.nii)是Neuroimaging

清远隽永·2022-11-19 03:18

【三、对问题进行了解决】MT-Unet模型重新训练腹部和冠脉数据集【个人记录学习】

Q5:训练出来的.nii.gz偏白色，猜测是像素值的区间出现了问题，应该可以通过归一化到[0，255]Q1：个人感觉没必要了，tes

OWN CODE WORLD·2022-11-18 08:54

【Python】SimpleITK使用笔记

文章目录1.概念1.1nii格式1.2SimpleITK1.3SimpleITK图像2.基本操作2.1常见属性2.1读取和保存图像2.2SimpleITK图像数据和Numpy矩阵数据之间的转换3.功能1

望天边星宿·2022-11-13 10:10

IXI数据预处理 + Linux + freesurfer

1.2安装1.3安装时出现的问题1.4测试1.5使用前注意2.freesurfer处理IXI2.1freesurfer的使用2.2从零开始处理IXI2.2.1命令行skull_stripping单个.nii

Emily卷得动·2022-11-07 10:22

neuromaps的学习笔记

单个被试对比patient_1='Volumn_org/ALFF_FunVoluWIglobalC/zALFF001.nii'healath_1='Volumn

clancy_wu·2022-11-07 10:33

BraTs数据集处理及python读取.nii文件

导师让做一个关于脑肿瘤分割的小项目，今天开始学习图像分割和MRI相关知识！（md从分类到检测再到分割，从遥感图到脑部图，我真的会谢…生气）数据集BraTS是MICCAI脑肿瘤分割比赛的数据集，BraTs2018中的训练集(trainingset)有285个病例每个病例有四个模态(t1、t2、flair、t1ce)，需要分割三个部分：wholetumor(WT),enhancetumor(ET),a

JWangwen·2022-10-16 08:42

如何用python读取医疗影像nii.gz格式的数据

如何用python读取医疗影像nii.gz格式的数据.nii或.nii.gzpython读取.nii文件.nii或.nii.gznii格式数据即为NIFTY格式数据。

养乳猪啦·2022-09-01 08:46

全网最详细 Python如何读取NIFTI格式图像（.nii文件）和 .npy格式文件和pkl标签文件内容

在医学图像处理中，我们经常使用一种NIFTI格式图像（.nii文件），现在我们来看看什么是.nii文件？该如何读取.nii文件？

普通网友·2022-07-10 07:43

nii格式转化为png格式或者img格式

importnibabelasnibimportimageio#转换成图像defnii_to_image(filepath,flag="image"):filenames=os.listdir(filepath)#读取nii

Pr Young·2022-06-25 16:30

Python医学图像处理：理论学习和nii图像预处理

学习目录医疗图像像素深度光度学解释元数据像素数据医疗图像格式DICOM格式NIFTI格式NRRD格式MINC格式格式转换nii文件预处理SimpleITKMatplotlibPlt.imshow()与plt.show

小连吃柠檬·2022-05-10 08:07

python读取nii文件、nii.gz文件

显示标准nii.gz或nii文件importnumpyasnpimportnibabelasnibfromipywidgetsimportinteract,interactive,IntSlider,ToggleButtonsimportmatplotlib.pyplotasplt

我是一个小稻米·2022-04-22 07:58

使用Python解决常见格式图像读取nii,dicom,mhd

目录1.raw，mhd格式医学图像数据转换2.dicom格式医学图像数据转换3.nii格式医学图像转换1.raw，mhd格式医学图像数据转换raw+mhd格式是常见的一种医学图像格式，每一个病人的数据包含一个

·2022-04-18 15:36

医院医学MRI影像原始数据预处理详细流程

2.医生的要求是把每个病人的MRI影像特定的序列（T2、DWI、DCE增强序列）的影像数据的特定区域分割出来；并按照序列由原来的dicom格式存储成NIFTI(.nii)格式。

Nick是老外·2022-03-22 10:14

【算法】移动立方体实现+vtk导出表面

参考：MarchingCubes算法-计算机图形学_曾经的大胖的博客-CSDN博客参考：Polygonisingascalarfield(MarchingCubes)下面是源码：导入自己的nii文件就可以生成表面和表面法向量

JinSu_·2022-02-05 07:14

MRI脑影像分析——多种工具实现Nifti(*.nii)文件读取、处理与写入——把小舞写进脑海里、6mm半高全宽高斯核平滑脑影像、NIFTI文件合并、算fMRI平均图像

|图源 Nifti（NeuroimagingInformaticsTechnologyInitiative，神经影像信息学技术倡议）文件格式，是目前各大神经影像分析工具普遍兼容的体素水平的数据格式，也是在进行神经影像研究中最常见的一种数据格式。简单点看它，它就是一个三维数组（sMRI）或者四维数组（fMRI、dMRI），再套上一个头部数据。数组里包含的就是图像体素值数据本身，头部数据里包含空间和

意疏·2021-08-25 19:56

nii图像读取

SimpleITK读取和保存nii图像注意SimpleITK读取的图像，顺序为(z,y,x)importSimpleITKassitkitk_img=sitk.ReadImage('./***.nii.gz

snowpigppp·2021-06-15 03:01

射频&天线设计-802.11初识

802.11a/b/g/n/ax都是无线网络协议的发展的细分标准，由最初的802.11标准演变而来802.11a(1999年)802.11a标准工作在5GHzU-NII频带，物理层速率最高可达54Mbps

madmanazo·2021-06-02 00:53

slicer软件中RAS转换为像素坐标方法

像素坐标：nii文件作为矩阵数据的坐标，单位为像素。

流星落黑光·2021-04-10 22:10

记录一次MRI图像目标检测任务（未完待续）

输入数据：同一个病人的两组MRI序列（nii格式），已经配准过，即两个shape相同的张量。shape大约为512*512*256左右，每个病人的s

流星落黑光·2021-04-08 15:20

python超声成像_医学图像预处理（一）——读取图片(dcm,nii,PIL,skimage,cv2)

2019/7/7更新，写在最前：关于图片读取出来宽、高顺序问题(文中nii读取图片那节也有提到图片读取出来的w,h先后问题。)有这样的疑问是看得多了之后发现有时候图片是(

weixin_39989190·2020-12-09 20:49

POJ测试数据

赛题目和测试数据的网址http://ace.delos.com/OPEN07以此类推２、日本ACM比赛http://www.acm-japan.org/http://icpc2010.honiden.nii.ac.jp

oBiyingo·2020-09-17 12:30

DTI（dwi）使用FSL做预处理及做TBSS处理流程（fsleyes查看结果）

后来我用dwi的文件（包含四维的.nii.gz、bvec、bval文件），用上面的流程发现中间有个文件生成不了，于是又找了别的方法才搞定。不过结果都是一样的，反正就是生成FA嘛。

Fenplan·2020-09-15 10:07

对三维二值图像不同区域标记不同颜色_matlab

multi_lab=zeros(size(lab));fori=1:length(conObj.PixelidxList)multi_lab(ans.PixelIdxList{i})=i;end%保存为NII

dream_toy·2020-09-15 04:23

Dicom 医学图像与 nii 标签数据处理

Dicom医学图像与nii标签数据处理Ⅰ.Dicom医学图像处理Ⅱ.nii标记数据处理Ⅲ.综合数据处理1.code12.需要说明3.code2Ⅰ.Dicom医学图像处理reference:https:/

StevenGerrad·2020-09-14 09:46

.nii数据读取并转化为numpy array

importnibabelasnibimportnumpyasnpdata=np.asarray(nib.load(Path).get_fdata())

惜曦·2020-09-13 08:21

ITK 多张图像转成单个nii.gz或mha文件

主要实现的部分是利用NameGeneratorType读入系列图像，见头文件#include"itkNumericSeriesFileNames.h"。需要包含的头文件有：#include"itkImage.h"#include"itkImageSeriesReader.h"#include"itkImageFileWriter.h"#include"itkNumericSeriesFileNam

zhimingf·2020-09-11 20:19

SimpleITK保存Nii文件与错误处理

Reason:把处理好的分割结果保存为nii文件，用ITKsnap读取时出现了如下错误。SimpleITK读取和保存Nii文件1.读取importSimpleITKassitkfilename='.

HuiYu-Li·2020-09-11 20:11

nibabel和SimpleITK对NIFTI文件的读取和保存

ITKsnap的读取原始图片：KiTSdataLiTSdata读取和保存NIFTI文件importnibabelasnib#nib.save(img,os.path.join('output','test.nii.gz

HuiYu-Li·2020-09-11 20:11

mha.文件和nii文件的读取与写入应注意的问题spacing

医学图像的数据有好多后缀是mha.和nii.格式的，python读取与写入它们需要特殊的包。

长风破浪时·2020-09-11 20:35

python读取.nii.gz文件并使用nibabel展示医学图片

importnibabelasnibfromnibabel.viewersimportOrthoSlicer3Dexample_filename=r'\HGG\BraTS19_2013_2_1\BraTS19_2013_2_1_t1ce.nii.gz'img

wyy小可爱·2020-09-11 20:49

NiBabel 使用

pipinstallnibabel加载相关库importosimportnumpyasnpimportnibabelasnib载入图像example_filename=os.path.join(data_path,'example.nii.gz

疯狂的小猪oO·2020-09-11 20:11

Freesurfer简介及学习推荐

Freesurfer许多功能都可以利用软件包中集成好的pipeline来实现，可以参考官网进行了解，也可以调用一些单独的命令来实现自己的需求，比如查看.mgz/.nii.gz等格式文件的信息时用到的mri_info

子若无双·2020-09-11 20:33

python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件

nii.gz格式是医学图像常用的压缩格式，python中可用nibabel和sitk来读取保存。

小鹿学长·2020-09-11 20:45

SimpleITK 和 Nibabel 读取 nii 数据

#使用nibabelimportnibabelasnibimportmatplotlib.pyplotaspltdefread_data(path):image_data=nib.load(path).get_data()returnimage_datadefshow_img(ori_img):plt.imshow(ori_img[:,:,30],cmap='gray')#channel_last

Lwang2018·2020-09-11 20:06

使用SimpleITK读取NII格式三维图像注意事项

读取NII格式的图像#读取并显示NII图像文件frommatplotlibimportpyplotaspltimportSimpleITKassitkimg_path='res.nii.gz'I=sitk.ReadImage

脉望虫·2020-09-11 19:49

python读写.nii格式图像

importnibabelasnibimg1=nib.load('my_file.nii')img2=nib.load('other_file.nii.gz')img3=nib.load('spm_file.img

张筱竼·2020-09-11 19:35

使用SimpleITK读取和保存NIfTI文件

./***.nii.gz')img=sitk.GetArrayFromImage(itk_img)print("imgshape:",img.shape)##saveout=sitk.GetImageFromArray