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rna甲基化
RNA
-seq数据分析_未完成
目录基础分析1.质控(reads)2.比对3.质控(alignment)4.定量5.样本合并差异表达1.质控(cohort)2.差异分析3.可视化(差异)富集分析肿瘤免疫1.免疫组库2.免疫浸润3.免疫响应4.新抗原预测微生物组参考本文主要覆盖了肿瘤样本bulkRNA-seq数据常见的分析步骤,并从实践角度出发,较为具体地介绍了每一步骤依赖的工具和数据集。另外,尽管本文适用于肿瘤样本,但其中的一些
子诚之
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2024-03-28 11:43
组学数据分析
数据分析
10X单细胞转录组个性化分析-拟时序分析
单细胞
RNA
-Seq可以使您在不需要纯化细胞的情况
Seurat_Satija
·
2024-03-09 16:31
转录组结果和qRT-PCR结果又不一致?!
转录组测序(
RNA
-seq)将细胞内某一类型(或全部)的
RNA
逆转录成DNA,通过高通量测序的方法测定其序列并统计其表达水平的一项技术。是检测基因表达变化的通用方法。
Seurat_
·
2024-02-20 20:22
11.8
RNA
-seq表达rpkm数据操作实践(二)
接下来,我们需要对rpkm数据进行annotation再画图。一篇文章说:RPKMvalueswerelog2transformedbeforegeneratingheatmaps.TheheatmapwasgeneratedbyBARHeatmapperPlus(http://bar.utoronto.ca/ntools/cgi-bin/ntools_heatmapper_plus.cgi)on
KK_f2d5
·
2024-02-20 19:56
2021-05-29 m6A reader——IGF2BPs
m6Areader鉴定的经典套路——m6A修饰
RNA
探针的RNApulldown结合质谱。今天分享的这项研究就是使用这种方法鉴定到新的m6Ainteractor——IGF2BP1-3。
NAome
·
2024-02-20 10:25
宝藏R包:TCGA的转录组数据挖掘一站搞定
require(GDCRNATools))BiocManager::install("GDCRNATools")library(GDCRNATools)这里使用的是作者给的示例数据,
RNA
-seq是1000
小洁忘了怎么分身
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2024-02-15 09:09
生信地基系列--常规分析流程
领域特异性分析包括质量评估、ChIP-seq、差异表达、
RNA
-seq和其他方法。
可能性之兽
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2024-02-14 18:17
遗传学经典选择题
(c)A先天性疾病B家族性疾病C遗传物质改变引起的疾病D不可医治的疾病2.DOWN综合征是(b)A单基因遗传病B多基因遗传病C染色体遗传病D线粒体遗传病3基因表达时,遗传信息的基本流动方向是(d)A.
RNA
JQYP
·
2024-02-14 06:59
Python版WGCNA分析和蛋白质相互作用PPI分析教程
在前面的教程中,我们介绍了使用omicverse完成基本的
RNA
-seq的分析流程,在本节教程中,我们将介绍如何使用omicverse完成加权基因共表达网络分析WGCNA以及蛋白质相互作用PPI分析。
Starlitnightly
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2024-02-14 06:18
python
开发语言
单细胞测序最好的教程(二):归一化
由于单细胞测序技术的限制,我们在样本中获得
RNA
的时候,经过了分子捕获,逆转录还有测序。
Starlitnightly
·
2024-02-14 06:18
python
Python版
RNA
-seq分析教程:DEseq2差异表达基因分析
BulkRNA-seq分析的一个重要任务是分析差异表达基因,我们可以用omicverse包来完成这个任务。在omicverse中,除了最简单的ttest外,在这里,我们介绍一种类似R语言中的Deseq2等包的模型来计算差异表达基因。原教程地址:https://omicverse.readthedocs.io/en/latest/Tutorials-bulk/t_deseq2/环境的下载在这里我们只
Starlitnightly
·
2024-02-14 06:48
python
开发语言
python基因差异分析包_一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(差异分析篇)...
原标题:一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(差异分析篇)转录组测序技术(
RNA
-seq)作为目前二代测序领域最普遍的技术手段,自从转录组测序问世以来,已经开发了数百种分析工具。
weixin_39607873
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2024-02-14 06:17
python基因差异分析包
SLICER:从单细胞
RNA
-seq数据推断分支的非线性细胞轨迹
image.pngSLICER是一种构建轨迹的算法,该轨迹描述了某些生物学过程中基因表达的变化。SLICER可以捕获高度非线性的基因表达变化,自动选择与该过程相关的基因,并检测轨迹中的多个分支和loopfeatures。SLICER(SelectiveLocallyLinearInferenceofCellularExpressionRelationships),是一种使用局部线性嵌入(LLE)重
生信编程日常
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2024-02-14 00:51
内源性逆转录病毒一(基础知识)
内源性逆转录病毒概念:逆转录病毒属于逆转录病毒科(Retroviridae),是一类仅感染脊椎动物的单链正义不分节
RNA
病毒。
吕强强学生信
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2024-02-13 21:24
春天长高季,除了补钙,这几种营养也不能缺了
维生素A维生素A参与细胞的
RNA
、DNA的合成,对细胞的分化、组织更新有一定影响。充足的维生素A有益于增强长骨骨骺软骨中的细胞活
纤云营养师
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2024-02-13 21:05
【算法详解】STitch3D:空间转录组数据和单细胞
RNA
测序数据共同建模的空转数据对齐和整合算法,实现更高分辨率的3D结构重建
目录0参考文献1模型特色2算法解析2.1模型概述2.2获得隐空间表示2.3获得细胞类型比例2.4处理批次效应0参考文献STitch3D原论文:Constructionofa3Dwholeorganismspatialatlasbyjointmodellingofmultiplesliceswithdeepneuralnetworks1模型特色生物体器官具有复杂的三维结构,生理过程的进行也很少在二维
yaoyao255
·
2024-02-13 18:32
算法详解
算法
论文阅读
论文笔记
机器学习
人工智能
2021-06-04 双管齐下——mTORC1调控m6A
研究结果显示,mTORC1通路可以通过调控m6AWriter中的WTAP的表达与m6A的甲基供体SAM的水平调控
RNA
的m6A修饰。mTOR
NAome
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2024-02-13 05:05
10.单细胞
RNA
-seq:聚类分析
学习目标:评估是否存在聚类过程产生的技术误差使用PCA和UMAP图确定聚类质量,并了解何时重新聚类评估已知的细胞类型标记与假设簇的细胞类型同一性单细胞
RNA
-seq聚类分析现在我们已经进行了整合,我们想知道我们的细胞群中存在哪些不同细胞类型
denghb001
·
2024-02-13 01:02
新版EvidenceModeler基因组注释方法
EvidenceModeler用于将多种方法的注释结果合并整理从头预测的结果,同源注释结果,
RNA
-seq辅助注释结果,EST注释结果等等。
在学生信秃头中
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2024-02-12 22:41
小鼠嗅球的单细胞
rna
-seq揭示了细胞的异质性和成体神经元活性依赖的分子普查
Single-CellRNA-SeqofMouseOlfactoryBulbRevealsCellularHeterogeneityandActivity-DependentMolecularCensusofAdult-BornNeurons题目:小鼠嗅球的单细胞
rna
-seq
猫姐Lily
·
2024-02-12 06:26
链特异性测序及在IGV中的可视结果
dUTP方法是先利用随机引物合成
RNA
的一条cDNA链,在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP,加adaptor后用UDGase处理,将有U的第二条cDNA降解掉。
LeoinUSA
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2024-02-11 09:26
lncRNA转录组分析泌乳母猪热应激机制
长链非编码
RNA
(Longnon-codingRNAs,lncRNAs)在转录和转录后调控中发挥重要作用。但是,lncRNA在母猪下丘脑-垂体-乳腺轴上表达影响泌乳性能的机制尚不清楚。
felix108
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2024-02-11 06:37
温故知新之CRISPR/Cas9原理
温故知新之CRISPR/Cas9原理CRISPR/Cas9基因编辑系统由一个具有核酸内切酶功能的Cas9蛋白(或其他同源蛋白)和一条单链向导
RNA
(singleguide,sgRNA)组成。
Seurat_
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2024-02-10 22:19
2021-08-09 iCLIP解析HNRNPC在可变剪接中的调控机制
CLIP-seq(UVcross-linkingandimmunoprecipitationwithhigh-throughputsequencing)是研究
RNA
结合蛋白(RNAbindingprotein
NAome
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2024-02-10 14:10
2018 年诺贝尔化学奖「蛋白质进化」在我们生活中实际应用
而后,1912年Sabatier的金属催化加氢反应、1918年Haber的合成氨工业,以及近来的非平衡态热力学、基元反应研究、
RNA
催化、小分子/
ferrymanzrq
·
2024-02-09 13:23
三维基因组|分子生物学简介 (1)
分子生物学涉及生命从组成到活动的所有分子基础,包括DNA、
RNA
、蛋白质之间的相互作用、它们的生物合成以及这些相互作用的调节。
冷冻工厂
·
2024-02-09 09:10
程序人生
Week9 — 遗传DNA
甲基化
在早期胚胎发育中对染色质开放性的调控机制研究
第9周2018—7.16-7.21原文链接:InheritedDNAmethylationprimestheestablishmentofaccessiblechromatinduringgenomeactivationdoi:10.1101/gr.228833.1172018年5月发表于GenomeRes.概括提出问题:动物受精后表观修饰会从配子全部或部分遗传给后代,这个过程需要正确的转录调控,
六六_ryx
·
2024-02-09 05:46
mRNA新冠疫苗会制造“转基因人”?没那么容易被“转”
加上最近美国《科学》杂志发表的一篇文章称,有证据证明,如果注射mRNA新冠疫苗,新冠病毒的部分
RNA
(核糖核酸)可能会整合到人的遗传物质DNA中,虽然不解其意,但许多人也忧心忡忡。
BBCearth
·
2024-02-08 14:56
看了老大比较基因组学视频后扩展的小内容
老大视频比较基因组在IGV看了http://www.bio-info-trainee.com/2218.htmlwes:探针捕获
rna
-seq:不会出现外显子两边下降chip-seq:不会出现整齐,得到的文件是
小梦游仙境
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2024-02-08 12:56
生信绘图:在线绘制 序列 Logo 图
网站链接:WebLogo3-About(threeplusone.com)1序列Logo图序列Logo是一种常用于可视化DNA、
RNA
或氨基酸序列中保守性和模式的图形化方法。
Ningbo_JiaYT
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2024-02-08 07:09
统计绘图
生物信息学
R
学习方法
STAR: ultrafast universal
RNA
-seq aligner
SchlesingerF,etal.STAR:ultrafastuniversalRNA-seqaligner[J].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:高通量
RNA
-seq
sunlight_yy
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2024-02-07 14:29
文献笔记八十六:植物小
RNA
百科全书
论文PmiREN:acomprehensiveencyclopediaofplantmiRNAshttps://academic.oup.com/nar/article/48/D1/D1114/5585553本地文件名gkz894
小明的数据分析笔记本
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2024-02-07 11:43
2022-09-07
-0710:15发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:风不止步IF=47.99推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:文章开发第一个通用平台US-align,用于统一对齐不同大分子的单体和复合结构--蛋白质、
RNA
图灵基因
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2024-02-07 10:48
学习:StatQuest-
RNA
-seq技术重复
概念首先我们先辨析一下生物学重复和技术重复,我们的
RNA
-seq的data产生差异是正常的,关于差异来自于几个方面:生物学多样性,个体间差异,即便是同一物种(基因组相同),其转录本也未必都相同image.png
小潤澤
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2024-02-07 09:11
2022-11-29
RNA
-seq差异表达分析
最近看到一篇文章提到当样本量很大的时候差异表达分析使用秩和检验效果较好。文章题目:ExaggeratedfalsepositivesbypopulardifferentialexpressionmethodswhenanalyzinghumanpopulationsamplesGenomeBiol.2022Mar15;23(1):79.doi:10.1186/s13059-022-02648-4.
Zheng_xy
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2024-02-06 21:20
RNA
-seq-Li
李老师
RNA
-seqPRC1.6-Gene和PRC1.6-Repeat数据分析读取要处理的文件library(ggplot2)library(VennDiagram)file.listlog2FoldChange_cutoff
bred
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2024-02-06 17:31
几种
RNA
和蛋白互作检测的实验技术
今天给大家分享几种
RNA
和蛋白互作检测的实验技术,实验方法在这里没有详细描述,只是让大家对这几种实验技术原理有个初步的认识了解。感兴趣的可以专门阅读文献去深入学习,下面我们来看下这几种实验技术。
去学习一下啊
·
2024-02-06 17:45
2022-08-14
上一次写随笔还是两周前八月第一周在玩异度之刃3.....第二周把EGO数据库挖掘的内容结束了,另外学了chip-seq全流程,这一次感觉比
rna
-seq那一趟顺利多了,当然,数据量也是大多了,分析结束后还要把
佳奥
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2024-02-06 09:00
学习:StatQuest-Heatmap
Heatmapimage.png在
RNA
-seq中热图往往用于衡量不同样本不同基因的表达情况(主要看上下表达),这个图就是个热图,横坐标表示不同样本,纵坐标表示基因。
小潤澤
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2024-02-06 05:17
文献分享-Cas9系统中引导
RNA
的研究进展
本文是一篇中文综述,于2018年12月发表于《生物技术通报》,文章对CRISPR/Cas9系统中的引导
RNA
研究进展进行了综述,围绕引导
RNA
的序列组成、结构特征以及转录产生方式这3方面内容,展望引导
RNA
去学习一下啊
·
2024-02-05 23:40
RNA
-seq转录组数据分析
B站:
RNA
-seq转录组数据分析入门实战1linux常用命令touchtext.txt#新建文件rm-rf/var/log/httpd/access#将会删除/var/log/httpd/access
医学小白学生信
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2024-02-05 15:35
生命初期1000天
早在胚胎期就开始发生作用了,它可以改变胎儿
甲基化
代谢,影响DNA
甲基化
模式的形成,从而调节胎儿基因的表达,进而调控器官的形成,最终通过调节
crystalbal_0d12
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2024-02-05 14:15
一文读懂环状
RNA
环状
RNA
的定义是什么?circRNAs(CircularRNAs,环形
RNA
分子)是一类不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码
RNA
分子。
Seurat_Satija
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2024-02-05 09:01
比对软件索引构建与效率比较
最近接触下组学的rawdata分析,慢慢学咯~下载参考基因组【直播】我的基因组(五):测试数据及参考基因组的准备比对原创10000+生信教程大神给你的
RNA
实战视频演练比对效率5款流行比对工具大比拼
王诗翔
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2024-02-05 08:18
“诺如病毒”爆发导致的腹泻,如何避免宝宝中招?
诺如病毒是属于杯状病毒科的单链正股
RNA
病毒,是引起全世界病毒性急性胃肠炎散发和暴发的主要病原体之一,也是儿童急性肠胃炎常见诱因之一
小风车儿科
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2024-02-05 06:53
2021-10-14
单细胞表观遗传组学研究肿瘤细胞异质性和可塑性原创楠烟不可言图灵基因今天收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:楠烟不可言IF=38.33推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本文分析了近期两项表征了神经胶质瘤的单细胞DNA
甲基化
组的研究
图灵基因
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2024-02-05 01:12
每日paper - 20211111 - 哺乳动物基因表达调控的全局定量分析
基因表达是一个多步骤的过程,包括转录、翻译和信使
RNA
与蛋白质的周转(turnover,应该是类似于代谢、降解的意思?)。
阿芃
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2024-02-04 21:49
2022年全球市场
RNA
靶向小分子药物总体规模、主要企业、主要地区、产品和应用细分研究报告
本文研究全球市场、主要地区和主要国家
RNA
靶向小分子药物的销量、销售收入等,同时也重点分析全球范围内主要厂商(品牌)竞争态势,
RNA
靶向小分子药物销量、价格、收入和市场份额等。
GIR-环洋咨询
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2024-02-03 22:43
药物
Inflammasome Activation Triggers Caspase-1- Mediated Cleavage of cGAS to Regulate Responses to DNA...
作者研究了利用DNA病毒感染ASC-/-与Casp-/巨噬细胞,发现这两个分子的缺陷会导致IFN的产生增加,但
RNA
病毒的感染却未有此表型。
backup备份
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2024-02-03 21:17
借助NMF的力量对单细胞
RNA
和单细胞ATAC进行联合分析
hello,大家好,礼拜天了,明天又要上班了,但是很想写一点东西,留下点足迹,但是又不想太动脑子,所以分享一篇代码文,分享给大家,单细胞转录组和ATAC的联合分析。Jointdefinitionofcelltypesfromsingle-cellgeneexpressionandchromatinaccessibilitydata说起liger,大家应该不陌生,大家可以参考我的文章10X单细胞(空
单细胞空间交响乐
·
2024-02-03 20:19
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