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rna甲基化
科研新热点——血管生成相关基因
☞m6A
甲基化
相关基因集☞铁死亡相关基因集☞SCI文章中经常出现的免疫相关基因集基本套路都是先做差异表达分析,然后跟这些热点的基因集取个交集,然后再做后续分析。
生信交流平台
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2023-11-03 11:40
16S和ITS(internal transcribed spacer)
一、16S16SrRNA为核糖体的
RNA
的一个亚基,16SrDNA就是编码该亚基的基因。细菌rRNA(核糖体
RNA
)按沉降系数分为3种,分别为5S、16S和23SrRNA。
小王的学习杂记
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2023-11-03 06:56
NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析(Nature重磅综述|关于
RNA
-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析
生信宝典
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2023-11-03 04:45
html
css
数据挖掘
数据可视化
正则表达式
10X单细胞(10X空间转录组)
RNA
速率分析之scVelo
今天我们测试一下软件scVelo,这个软件应该很多人都用过了,但是玩的好的人,应该没几个。加载importscveloasscvscv.set_figure_params()读取数据(loom,h5ad,csv),我的数据是根据velocyto软件对bam进行分析的结果,这个过程大家自己好好做一下吧adata=scv.read(filename,cache=True)看一眼数据结构图片.png图片
单细胞空间交响乐
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2023-11-03 01:18
R中seurat包DimPlot如何根据不同的resolution画图
DimPlot(b,reduction="umap",label=TRUE,group.by="
RNA
_snn_res.0.4")还可以根据ident画图等等
小羊小羊,遇事不难
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2023-11-03 01:22
seurat
r语言
开发语言
Seurat对象数据结构整理-1
#Seurat对象中的Assay:
RNA
数据槽:@counts:未作任何处理的原始
RNA
表达矩阵。
Nh_code
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2023-11-03 01:06
r语言
聚类
关于
RNA
-SEQ中GO分析的几个名词
问题一:GO和KEGG富集倍数(FoldEnrichment)如何计算见链接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/264504322问题二:如何利用EXCEL计算Q值BH算法的公式为:Qvalue=p*(m/k)其中,m是检验的次数,k是这次检验的pvalue在所有检验中的排名。例如,我们对10000个基因进行表达差异分析。那么每个基因都会得到一个pvalue。现在,我要估算
ShanSly
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2023-11-02 19:29
生物情话
的能量你的嘴唇像叶绿体一样吸着光吐气芬芳你的鼻子像高尔基体一样顺面、反面、小巧、好看你就是那半乳糖呀扯走了我启动子前的阻遏蛋白爱你的基因将要表达一万年多想成为一条互补链和你旋转成一条美妙双螺旋多想成为一个抗体你就是我生命中唯一的抗原可你的心呀却像
RNA
米兰_9076
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2023-11-02 12:53
RNA
的暗恋
今天的生物课上,老师讲解了
RNA
,说它有一个特定的碱基――尿嘧啶U,
RNA
是单链,而我前段时间刚读过一首关于
RNA
的三行情书。
最爱麻薯
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2023-11-02 09:40
【生物信息学】单细胞
RNA
测序数据分析:计算亲和力矩阵(基于距离、皮尔逊相关系数)及绘制热图(Heatmap)
读取数据集2.质量控制(可选)3.基于距离的亲和力矩阵4.绘制基因表达的Heatmap5.基于皮尔逊相关系数的亲和力矩阵6.代码整合一、实验介绍 计算亲和力矩阵,一般按照以下步骤进行:导入数据:加载单细胞
RNA
QomolangmaH
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2023-11-02 05:04
#
生物信息学
数据分析
矩阵
数据挖掘
人工智能
生物信息学
【中科院】分子生物学-朱玉贤第四版-笔记-第10讲 分子生物学操作技术
PCR)技术7.1.4实时定量PCR(realtimequantitativePCR,Q-PCR)7.1.5重亚硫酸盐测序技术(BisulfiteSequencing)7.1.6基因组DNA文库构建7.2
RNA
taotaotao7777777
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2023-11-01 21:05
分子生物学
深度学习
人工智能
医学分子生物学试题答案
名词解释:基因是核酸中贮存遗传信息的遗传单位,是贮存有功能的蛋白质多肽链或
RNA
序列信息及表达这些信息所必需的全部核苷酸序列。
答案资料
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2023-11-01 21:02
分子
java
数据库
服务器
RNA
-seq学习:No.5富集分析--ORF过表达
1、基础知识(1)基本概念富集分析(enrichmentanalysis)简单来说就是将成百上千个基因、蛋白或者其他分子分到不同的类中,以减少分析的复杂度。比如之前差异分析得到几百个显著差异基因,如果一个一个单独研究未免太复杂,若按照一定的准则将差异基因归类即可较为快速,方便的了解某一类基因的变化情况。(2)分类标准分类的标准即人们根据目前研究建立的基因注释库,目前常用的有两个:GO与KEGG;G
小贝学生信
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2023-11-01 20:45
Linux上如何安装ViennaRNA软件
先从官网https://www.tbi.univie.ac.at/
RNA
/下载编译原文件CompilefromSourceCode,wgethttps://www.tbi.univie.ac.at/
RNA
bioinfo2011
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2023-11-01 19:53
转录因子的研究思路
转录因子(Transcriptionfactor,TF)是一种能与特异DNA序列结合的蛋白,可以单独或与其他蛋白形成复合体,提高或阻断特定基因对
RNA
聚合酶的招募,调控基因的表达。
博士苑
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2023-11-01 16:52
焦虑症应该吃什么药 焦虑症引起的症状 长见识了
补充RSHWHO渡氧,它可以有效地阻止大脑细胞中核糖核酸酶破坏
RNA
的作用,因而可促进大脑功能,使人放松,减轻忧虑,让心灵平静安抚情绪、释
乐观的小李
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2023-11-01 14:58
【健康】三七粉这么火是有原因的:12种功效为健康保驾护航!
各单体皂苷的功效人参皂甙Rb2:抑制中枢神经,促进DNA,
RNA
合成,抗溶血,抗糖尿病;人参皂甙Rd:增强免疫功能,抑制
参柒三七_db3d
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2023-11-01 07:30
WGBS vs RRBS
DNA
甲基化
分析是NGS技术中越来越广泛的一项应用。原因很简单:DNA
甲基化
是表观遗传修饰的主要机制之一,对基因表达和细胞活性有根本的影响。
生信start_site
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2023-11-01 03:21
2022-06-27
存在一棵树IF=49.962推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:开发了一种新的基因工程小鼠模型,其可从体内细胞中特异性纯化免疫肽组,并发现免疫肽组可反映肿瘤进化过程中细胞身份的丧失,且表明癌症特异性抗原呈递不是由
RNA
图灵基因
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2023-10-31 23:37
BIOGHSC一步法超级多重Taqman探针荧光定量PCR试剂盒
产品简介BIOGHSC一步法超级多重Taqman探针荧光定量PCR试剂盒(BIOGHSCSuperMultiProbeOneStepKit)专为以
RNA
为模板的定量PCR检测而设计,适合荧光探针法定量PCR
砚无声88
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2023-10-31 22:01
2021-06-03
RNA
剪接新模型——随机剪接位点选择模型
真核生物基因是不连续性的(间断基因,Splitgene),通过
RNA
剪接实现内含子的去除与外显子的拼接,最终产生功能性
RNA
与蛋白质。
NAome
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2023-10-31 20:43
查询一个基因启动子区域的CpG岛
我们建议两种方法结合起来,用UCSC查询出某基因启动子区域所有的CpG岛,参考别人的研究,最终确定自己想要研究的
甲基化
位点。以EPB41L1为例,为大家展示一下获取基因启动子区
weixinsuoxian
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2023-10-31 19:09
一些关于DNA
甲基化
修饰的图(一)
整理了单个基因的DNA
甲基化
探针的部分可视化分析图。
克里克的钟
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2023-10-31 09:18
生物信息学 之 序列比对
针对DNA、
RNA
以及蛋白质序列,我们需要对其进行序列相似性搜索,来研究分析不同序列在结构和功能上相同与差异相似性【similarity】/一致性【identity】双序列比对(PairwisesequenceAlignment
BHHANt
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2023-10-31 09:51
生物信息学
RNA
-seq实战(下)_数据可视化、GO/KEGG分析
前言:写这篇文章的目的是为了梳理一下学习思路,按部就班地仿生信菜鸟团和:Y大宽教程大纲,做归纳整理,即便再次运行,仍然遇到代码出错或者软件使用等诸多问题,是以为之记。MAplot详细关于Bland-Altman图具体含义,请移步至R语言:Bland-Altman分析连续变量的一致性评价>plotMA(res,ylim=c(-2,2))>topGenewith(res[topGene,],{+poi
谢俊飞
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2023-10-31 01:49
学习笔记
这周实在没什么写的就一直在复习只能把笔记在这里打一遍一.DNA是绝大多数生物体内遗传信息的储存者和传递者,主要在遗传信息的储存和传递中发挥作用二.
RNA
作用是参与蛋白质的生物合成,同时还起着遗传信息载体的作用三
姓荣
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2023-10-31 00:13
10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理
在这里,使用10X单核
RNA
测序(snRNAseq)和从小鼠大脑的相邻组织切片生成的Visium空间转录组数据(单
单细胞空间交响乐
·
2023-10-30 23:09
DNA
甲基化
数据分析(二)
它可以检测来自
RNA
-seq的差异表达基因(DEG),以及来自亚硫酸氢盐测序(BS-seq)的差异
甲基化
位点或区域(DML/DMR)。
杨博士聊生信
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2023-10-30 10:21
流感病毒如何提取
流感病毒提取可以用BIOG拭子
RNA
磁珠法提取操作步骤1.请自行准备:无水乙醇、异丙醇、生理盐水、1.5mL去
RNA
酶离心管。
清风拂面vv
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2023-10-30 07:49
2019-10-02-学习使用limma、Glimma和edgeR,
RNA
-seq数据分析记录
packages/devel/workflows/vignettes/RNAseq123/inst/doc/limmaWorkflow_CHN.html摘自原文:在这篇工作流程文章中,我们通过分析来自小鼠乳腺的
RNA
程凉皮儿
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2023-10-30 05:34
多篇论文报道CasRx在动物体内靶向沉默
RNA
的应用新成果
RNA
编辑技术迎来新飞跃:CasRx展现非凡
RNA
编辑能力从简单地剪切致病基因,到开发出不再传播疾病的工程动物,基因编辑技术已经释放出巨大的潜力。
xmu_zhang_lab
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2023-10-29 12:18
2021-12-10
本文作者使用单细胞
RNA
测序的方法,分析了35个早期NSCLC病变中的36
图灵基因
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2023-10-29 09:18
全球最大疫苗生产车间首现中国,百余新冠疫苗上演“生死时速”,多重利好助力医药板块迎接牛股浪潮
110个新冠疫苗竞速:中国位居世界8个已经进入临床试验的疫苗中,4个来自中国研发团队,3个来自美国,一个来自英国,采用的技术平台分别是非复制性病毒载体、
RNA
、灭活疫苗和DNA。
爱吃柚子的思绪猫
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2023-10-29 07:31
斯坦福科学家在 GitHub 开源了莫德纳 mRNA 新冠疫苗的基因测序
转自:机器之心在世界范围内,
RNA
疫苗已经成为应对疫情的关键工具。辉瑞、莫德纳等生物科技公司也早早地推出了自己研发的新冠疫苗。随着疫苗接种范围的扩大,这些疫苗中的mRNA正在成为人类世界中的新物种。
开源前哨
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2023-10-29 03:06
RNA
-seq 详细教程:分析准备(3)
学习目标了解
RNA
-seq和差异表达基因的分析流程了解如何设计实验了解如何使用R语言进行数据分析1.简介在过去的十年中,
RNA
-seq已成为转录组差异表达基因和mRNA可变剪切分析不可或缺的技术。
冷冻工厂
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2023-10-28 11:56
corrplot展示m6a
甲基化
基因表达相关性
我相信大家在看m6a
甲基化
相关的文章的时候应该会经常看到下面这样的相关性图。就是m6a
甲基化
相关基因两两之间表达的相关性。今天小编就带大家来重现这张图。
生信交流平台
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2023-10-28 10:57
何坤松:做核酸检测为什么不用抽血不用唾液,而是要捅喉咙?
之前生物课上说,核酸就是病毒体内的一段密码,可能是DNA也可能是
RNA
,而对于新冠病毒来说,它的密码是
RNA
。
何坤松
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2023-10-27 15:07
【文献解读】cell-发育中的人类心脏的时空、器官范围的基因表达和细胞图谱
通过单细胞
RNA
测序鉴定的人胚胎心脏细胞类型,证实并丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释。然后使用
六博说
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2023-10-26 13:45
18-IF6+:纯生信分析
甲基化
和基因表达整合鉴定三阴性乳腺癌的预后标志物和药物靶标
一.研究背景三阴性乳腺癌(TNBC)临床预后差,而且临床上缺少有效的特异性生物标志物。此外,三阴性乳腺癌具有雌激素受体(ER)、黄体酮受体(PR)和表皮生长因子受体2(HER2)缺失的特点,这三种受体是基于激素的有效治疗的靶点。TNBC常发生于青年患者,它的侵袭性强,易复发、转移,预后差,具有基因易感性,如BRCA1的生殖系突变,被认为识TNBC的促进因素。临床上TNBC治疗进展缓慢,这正是由于缺
AAA肿瘤信息学王协
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2023-10-26 04:24
Molecular Oncology|黑色素瘤免疫微环境+DNA
甲基化
不知不觉小编的假期已经被延长到了四月,什么迎春花、丁香花、海棠花都陆陆续续的开了,却迟迟等不到复学的通知,小编真的是没想到自己竟然会有期待开学的那么一天(在家学习真的是太不方便、太考验定力啦)!有没有小伙伴一篇文章看了一周就只读了个摘要的,或者是课题卡在那进展不下去的,哈哈,那就赶快随小编来看一下这篇3月份发表在MolecularOncology(IF:5+)杂志上的文章吧,说不定会有收获吆!An
概普生信
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2023-10-26 02:25
RNAvelocity系列教程5:scVelo 的基本知识
设置后,后续教程将可以直接分析
RNA
速率、潜在时间、驱动基因识别等。
Seurat_Satija
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2023-10-25 17:18
核酸
核酸是一种遗传物质,其中核糖核酸
RNA
,脱氧核酸DNA病毒按遗传物质清分类,二者都包含有多种的不同病毒。常见的
空谷幽兰youIan
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2023-10-25 16:20
RNA
-seq 保姆教程:差异表达分析(一)
介绍
RNA
-seq目前是测量细胞反应的最突出的方法之一。
RNA
-seq不仅能够分析样本之间基因表达的差异,还可以发现新的亚型并分析SNP变异。
冷冻工厂
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2023-10-25 15:43
转录组学习之转录本组装与定量(stringtie)[学习笔记通俗易懂版]
本文知乎地址:https://zhuanlan.zhihu.com/p/645770755stringtie工具进行转录本组装与定量软件介绍StringTie是一种快速高效的
RNA
-Se
CYH-BI
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2023-10-25 12:37
转录组学习
学习
笔记
学习方法
linux
上海见 | 易基因科技与您相约2023年中国微生物学会学术年会
图片来源:中国微生物学会公众号易基因科技受邀参加会议,将携原核三代
甲基化
、原核转录组、宏病毒组、细菌ChIP-s
易基因科技
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2023-10-25 10:03
生物学
生物信息学
经验分享
科技
易基因:WGBS等揭示植物基因体动态DNA
甲基化
与基因表达可塑性相关|Genome Biol
在一些真核生物中,DNA
甲基化
发生在基因编码区,称为基因体
甲基化
(genebodymethylation,GbM)。
易基因科技
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2023-10-25 10:33
高分文章
生物学
生物信息学
数据挖掘
电泳迁移率变动(EMSA)实验原理
基于DNA-蛋白质或
RNA
-蛋白质复合体在聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)中有不同迁移率的原理,当转录因子与特异的DNA或
RNA
结合后,其在PAGE中的迁移率将小于未结合核蛋白转录因子的DNA
今日之森
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2023-10-25 05:19
单细胞
RNA
测序揭示与肾透明细胞癌复发相关的巨噬细胞亚群
2021年5月27日,美国哥伦比亚大学欧文医学中心和赫伯特欧文综合癌症中心研究人员在Cell上发表关于与肾透明细胞癌复发相关巨噬细胞亚群研究的文章,该研究采用单细胞
RNA
测序技术对11位未治疗的肾透明细胞癌
晶典教你玩转科研
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2023-10-25 03:56
生信分析+实验验证探究m6A
RNA
甲基化
调节因子与癌症转移的关系(IF10+)
Analysisandidentificationofm6ARNAmethylationregulatorsinmetastaticosteosarcoma转移性骨肉瘤中m6ARNA
甲基化
调节因子的分析和鉴定发表期刊
生信学霸
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2023-10-24 15:27
公开数据库纯生信:炎症相关基因预后分析
去年给大家介绍了一个数据库ncRI,收集了大量炎症中的非编码
RNA
。数据库的简介和使用这里就不赘述了。今天为什么提到这个呢?因为到目前为止,好像还没有人基于这个数据库的数据进行挖掘和发文。
概普生信
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2023-10-24 05:48
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