rna甲基化

bismark 识别甲基化位点-比对篇

bismark软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点，首先需要对基因组建立索引，建好索引之后，就可以开始比对了。
生信修炼手册·2024-01-13 04:11

干扰RNA-基因沉默

干扰RNA进行基因沉默的原理和方法：越来越多的实验室利用siRNA敲低技术来评估细胞内蛋白质的功能。这项技术常被用于确定从细胞中去除蛋白质之后所产生的影响：是否导致细胞死亡？是否为致死敲除？
期待未来·2024-01-12 20:19

叶酸怎样吃才科学合理

叶酸能维持细胞遗传基因，调节细胞分裂，合成DHA、RNA等胎儿发育必不可缺的物质。早期胚胎发育过程中，存在着快速的细胞分裂和生长过程，对叶酸的需求增加。叶酸怎么“工作”？叶酸在
欧贝尔曼·2024-01-12 13:36

bismark_methylation_extractor提取甲基化信号的问题

运行到这里遇到一个巨坑sambambaimage.pngimage.pngbismarkerroimage.pngbismarkDNA甲基化测序比对-bisulfite-seqimage.png好吧本来想将两个
热衷组培的二货潜·2024-01-12 09:38

觉得RNA研究太普通了？来探索一下增强子吧！

Comprehensivelandscapeofepigenetic-dysregulatedlncRNAsrevealsaprofoundroleofenhancersincarcinogenesisinBCsubtypes表观遗传失调lncRNAs的综合景观揭示了增强子在BC亚型致癌中的深刻作用发表期刊：molthernucleicacids发表日期：2021Jan1影响因子：7.032DOI
生信学霸·2024-01-12 03:13

单细胞测序文献阅读及补充

Single-cellRNAsequencing:Technicaladvancementsandbiologicalapplications[1]Abstract：单个细胞是生物的基本构件，并且每个细胞都是唯一的，单细胞RNA
瞌睡斋主人·2024-01-11 06:33

2022-01-11

CanReComm|突破：重新编程DNA甲基化组治疗癌症完成一期临床原创图灵基因图灵基因2022-01-1107:03收录于话题#前沿分子生物学机制胶质母细胞瘤（GBM）是一种预后不良的脑肿瘤，迄今为止的治疗未能提高生存率
图灵基因·2024-01-11 06:03

2021-08-04 mRNA display

在体外利用T7RNA聚合酶将DNA转录成RNA，把RNA的3′端和带有嘌昤霉素的RNA
NAome·2024-01-11 05:18

生命的演化5——真核生物的繁荣

非细胞构成的生命即病毒，它只有一条DNA（或RNA）长链，外面包裹着一层蛋白质。因此，病毒既不能自己进行新陈代谢，也无法自我繁殖，它必须借助宿主的细胞来完成这些功能。
数元·2024-01-11 01:34

昨天-今天-明天

图片发自App昨天是个好日子，转运RNA行使职权的好日子。这一天我一般都会从容不迫的淡定从容的打开“国库”，浏览一下一个月的收获，喜怒不显于色的进行着调拨工作。
栗栋炜·2024-01-10 13:20

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之图神经网络框架

单细胞RNA测
单细胞空间交响乐·2024-01-09 22:25

RNA-seq，Ribo-seq数据分析（上）

TheTomatoTranslationalLandscapeRevealedbyTranscriptomeAssemblyandRibosomeProfifiling根据文献，从GEO数据库下载原始测序文件，RNA-seq
1yon·2024-01-09 18:21

零代码差异表达分析工具：GEO2R

不仅有DNA数据，表达谱数据，也有甲基化数据和chip-seq的数据。
生信交流平台·2024-01-09 07:04

甲基化定量

MethylationThe450kprobeusestwoprobetotestthemethylation.Oneformethylatedandoneforunmethylated.(redchannelandgreenchannel).Thenthedatafromthistwochannelswillbeconvertedintoavaluewhichvariesbetween0to1,
小折线·2024-01-09 06:18

累计IF>5000 | m6A RNA甲基化文章2021上半年发表汇总

RNA甲基化作为近年的研究热点，为科研人员解读生物学问题提供了新的观察角度，其相关研究受到国自然科学基金的青睐，同时，文章成果频发。此前，我们分享了“研究思路”和“生信分析流程”等内容。
ee00dc6faab7·2024-01-08 21:37

RNA_seq:将修剪后的序列比对到参考基因组

比对参考基因组的2种软件：hisat2、subjunchisat2软件1、构建索引：官网下载：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2官网下载官方索引通过hisat2-build构建基因组索引：（不推荐）2、关于hisat2：Hisat2主要是用来进行转录组数据的比对。使用--help查看选项和参数hisat2主要参数：-x##索
javen_spring·2024-01-08 15:16

m6A图文复现01-文献解读|在人的四种不同组织中m6A甲基化的遗传驱动因素

1.文献信息标题：Geneticdriversofm6Amethylationinhumanbrain,lung,heartandmuscle发表时间：2021年7月1日杂志：NatureGenetics（2020IF=27.605）作者：麻省理工学院计算机与人工智能实验室ManolisKellis课题组数据和方法主要数据image-20210711235626527.pngm6AmeRIP–se
_十三·2024-01-07 20:36

氨基酸密码子表及偏好性（2022-05-03）

密码子（codon）是指信使RNA（mRNA）分子中每相邻的三个核苷酸编成一组，在蛋白质合成时，代表某一种氨基酸的规律。信使RNA在细胞中能决定蛋白质分子中的氨基酸种类和排列次序。
会飞的老猫·2024-01-07 18:42

外泌体多组学07-骨髓肥大细胞来源外泌体lncRNA与miRNA的有效数据量

目前市面上有很多公司外泌体RNA测序推荐的数据量很少，为了合理评价一个合适的有说服力的有效数据量，我们对公开发表的相关外泌体文章和数据进行检索和信息收集，此次文章如下：文章信息文献标题：Characterizationofprotein
_十三·2024-01-07 05:24

真核原核生物常用的启动子分类

常见的真核和原核表达系统的启动子真核启动子编号启动子主要用途RNA转录本描述表达备注1CMV常规表达用m
巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-07 00:18

粪便RNA该如何提取？

操作步骤：1.请自行准备：无水乙醇、异丙醇、PBS、1.5mLRNase-free灭菌离心管。2.取出洗涤液，按以下操作：a)洗涤液A：21mL加入9mL无水乙醇；42mL加入18mL无水乙醇，混匀。b)洗涤液B：18mL加入42mL无水乙醇；36mL加入84mL无水乙醇，混匀。c)配制好的洗涤液如出现沉淀，可在37℃溶解，摇匀后使用。3.取200mg的粪便于1.5mLRNase-free灭菌离心
清风拂面vv·2024-01-06 19:52

cellranger处理单细胞数据的一些错误记录

不完整报错报错信息原因解决方案2、化学版本选择错误报错信息原因解决方案1、由于fastq不完整报错报错信息[error]Pipestancefailed.Errorlogat:YS2310077_T_C_5/SC_RNA_COUNTER_CS
微光**·2024-01-06 14:11

空间转录组分析流程（使用Seurat对空间数据集进行分析）

使用Seurat对空间数据集进行分析，可视化和集成1、介绍本教程演示了如何使用Seurat（>=3.2）分析空间分布的RNA-seq数据。
微光**·2024-01-06 14:41

Bulk-RNA-seq流程——从测序数据到count文件(AGSdata)

2022-2-11软件安装conda的安装和配置wget-chttps://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shchmod777Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#给执行权限bashMiniconda3-latest-Linux-x86_64.sh#运行当命令行前面出现(base)
璐璐璐璐璐952·2024-01-06 14:40

RNA-seq + 下游分析：一条龙代码

这段时间太多事，生信学习耽误了很长一段时间，这几天终于撸完了生信技能树B站的RNA-seq视频。本人黑眼圈纯粹是熬夜学生信写代码所致，无任何不良嗜好，请大家放心交友。
颗粒神经园·2024-01-06 14:08

bulk-RNA seq测序数据分析流程

假如有bulk-RNA测序的数据：TH1，TH2，TH3三个重复（实验组），TW1，TW2，TW3三个重复（对照组）准备工作需要安装的软件（如FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie
微光**·2024-01-06 14:38

从零开始的“RNA-seq“分析（STAR进行mapping)

前言在用trim_galore进行trimming后，要进行RNA-seq分析的核心部分：mapping实验室一直购买着CLCGenomicsWorkbench的版权，用户友好，使用简便，但一年大概要花费
YY生物日记·2024-01-06 14:38

体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa

众所周知，CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组：规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA（gRNA）的指引下，靶向基因组中的特定区域并切割DNA，产生DNA双链断裂
Seurat_Satija·2024-01-06 13:35

NGS基础概念

来源自：华大科技知识库组学研究细胞、组织或是整个生物体内某种分子（DNA、RNA、蛋白质、代谢物或其他分子）的所有组成内容，称之为“组学”（-omics），”-omics”术语代表了对怎样思考生物学和生物体系工作方式的重新定位
问菊22·2024-01-05 22:30

病毒的威胁

答：病毒分为DNA病毒（以下简称D病毒）和RNA病毒（以下简称R病毒）。
听月_·2024-01-05 04:33

NCBI的primer picker设计qRT-PCR染色法引物

mRNAandprotein此处有NRxxxxx数字，为NCBI给出的标准mRNA序列，选择一个点进去tips，选择的时候可以去页面上方，看看实际图，对应的mRNA的在基因上的对应位置再向下有NRxxxxx数字，这是非编码RNA
盘山路·2024-01-03 22:34

R语言：一致性聚类 ConsensusClusterPlus

这类文章一般会对表达量或甲基化等数据进行聚类分析，选出最优聚类数；对聚出的类组进行差异化表达分析得到DEGs，差异表达基因做GO、pathway一系列分析，在分析一下与生存的关系、免疫细胞丰度的区别，等等
生信频道·2024-01-03 20:47

分子生物学知识整理

表观遗传变异定义：是指碱基序列不变，通过DNA甲基化、组蛋白乙酰化、RNA编辑、基因沉默在、休眠转座子激活等方式影响了基因的活性，导致基因控制的性状发生改变，这种变化是可逆的，可能遗传。
雪切丝·2024-01-03 19:20

国自然中标小能手「m6A修饰」的新功能研究

近日，来自美国芝加哥大学、中国科学院、同济大学等多家机构的研究人员合作在《Science》发表了其最新研究成果，揭示了RNA的m6A甲基化修饰调控染色质状态和转录活性的重要机制。m6A是什么？
尐尐呅·2024-01-03 15:25

易基因｜组学研究：人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNA m5C动态重编程

易基因｜组学研究：人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNAm5C动态重编程大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。
易基因科技·2024-01-03 15:32

享知行·思维：自我催化，让你的生活像游戏一样上瘾

在生物学中，核酶具有酶的催化活性可在预选位点剪切RNA的反义RNA又称酶RNA。RNA具有催化能力的发现，改变了酶都是蛋白质的传统概念。按底物，核酶
java程序员思维·2024-01-03 13:07

48个实用的生信在线工具

.Exon-IntronGraphicMaker工具链接：ttp://www.wormweb.org/exonintronimageRNA二级结构2.Mfold工具链接：http://unafold.rna.albany.edu
东风008·2024-01-03 05:49

RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2024-01-02 16:05

单细胞RNA速率（RNA velocity）

RNA丰度是单个细胞状态的有力指标。单细胞RNA测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示RNA丰度。然而，这种方法仅捕获某个时间点的静态快照，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。
生信小鹏·2024-01-02 14:33

序列比对简介1

序列比对是生物信息学中非常重要的一部分，它可以帮助我们识别DNA、RNA和蛋白质序列中的相似性和差异性，从而推测它们在生物体内的功能。比对两个序列最简单的方法是将它们放在一起，并逐个字符进行比较。
Bioinfotec·2024-01-01 10:37

哪款试剂盒适合提取FFPE样本核酸？

提取试剂盒的选择一共14个试剂盒，包含了16种提取DNA和RNA的方法，其中RecAll和AllPrep既可以提取RNA又可以提取DNA。
evolisgreat·2024-01-01 08:39

16 RNA-seq原理及应用

image.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.pngimage.png
whykm·2024-01-01 07:38

外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试

最近在血液中发现的细胞外rna，包括细胞外囊泡(EVs)中的rna，再加上低起始量rna测序的进展，使科学家能够研究它们在人类疾病中的作用。
_十三·2023-12-31 20:13

2019-03-01

图片发自App缺锌将妨碍身体细胞内RNA和DNA的形成，一般人的身体组织中都含有锌，且锌主要集中在眼睛和精液里。他对于体内蛋白质的合成和多种酶发挥功效非常关键。
知识改变生活·2023-12-31 19:00

本周最新文献速递2021-03-28

Assessingtheroleofgenome-wideDNAmethylationbetweensmokingandriskoflungcancerusingrepeatedmeasurements:theHUNTstudy不想看英文题目：通过重复测量评估全基因组DNA甲基化在吸烟与肺癌风险之间的作用
橙子牛奶糖·2023-12-31 18:49

Analysis of single cell RNA-seq data 学习笔记(七)

今天我们来讨论下Seurat这个包的用法QC首先我们先介绍下UMI这个概念，UMI其实就是区分每个测序分子片段的barcode，这么做可以区分每个分子是哪一个cell表达的我们还是采用deng这个数据做例子首先我们构造Seurat的单细胞对象：library(SingleCellExperiment)library(Seurat)library(mclust)library(dplyr)seuse
小潤澤·2023-12-31 13:27

Rosalind 023 Perfect Matchings and RNA Secondary Structures

背景：这个题目是关于RNA二级结构和完美匹配的。题目给出了一个RNA字符串，要求计算在它的键合图中，有多少种可能的完美匹配。
Kyookk·2023-12-31 10:27

癌症基因组重测序第一讲

一、基本组学结构A,T,C,G所构成的人类基因组信息可经过修饰，由一套DNA遗传基因组延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组，同时基因组也可以按照中心法则衍生出RNA和protein，即分别为转录组和蛋白组
不想透明的小透明·2023-12-31 08:25

生信软件10 - DNA/RNA/蛋白多序列比对图R包ggmsa

R包安装BiocManager::install("ggplot2")BiocManager::install("ggmsa")DNA多序列比对图#导入内置核酸序列nt_sequences<-system.file("extdata","LeaderRepeat_All.fa",package="ggmsa")ggmsa(nt_sequences,color="Chemistry_AA",font
生信与遗传解读·2023-12-31 08:53

pyrEF双筛系统介绍

基于pyrE基因可实现双向筛选：1)该基因缺失，会造成突变株无法从头合成尿嘧啶，导致细菌死亡；2)该基因存在，可将培养基中5-FOA转化为5-FU，而5-FU可掺入DNA和RNA分子中导致细菌死亡。
自由_95ee·2023-12-31 07:34
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