rna

宏病毒组分析常见的分析软件

研究者将病毒视为调节人类生态系统的重要成员，人体内主要包括真核病毒和噬菌体，包括双链DNA(double-strandedDNA,dsDNA)，单链DNA(single-strandedDNA,ssDNA)和RNA
易基因科技·2023-07-22 12:59

从生物进化的过程来看软件工程的实现

生命的最开始起源于遗传物质，在早期的地球环境下，也就是被人称为原始汤的自然环境下，经过闪电和高温，部分无机物相互组合形成了DNA（RNA），最开始的DNA都是一个个的小片段（基因），通过吞噬和合并，在自然选择的情况下
Yard·2023-07-22 03:06

2022-01-21 百分位数进行细胞过滤

样本量比较大的时候推荐使用百分位数进行细胞过滤#百分位数法：ncount_qas.numeric(nfeature_q)[1]&nFeature_RNAas.numeric(ncount_q)[1]&nCount_RNA
徐添添·2023-07-21 11:11

【环境软件】安装和配置生信测序分析环境

第二部分主要讲用conda安装软件，以ChIP-seq分析（以及cut&run数据分析）所需软件为例，做RNA-seq，ATAC-seq等也是适用的。末尾推荐几篇很实用的好文。”
木语呆呆·2023-07-21 08:50

喉咙都要，核酸检测为什么要捅喉咙？

病毒包括DNA病毒和RNA病毒，新型冠状病毒是一种RNA病毒，借助于核酸检测能够帮助医生准确识别感染患者。核酸检测的流程是什么?1.采集分泌物：需要采集患者的鼻拭子或者咽拭
随身易·2023-07-21 01:52

谁说学霸不能谈恋爱（四）

“阿雯，你知道DNA和RNA有什么区别吗
句小芒·2023-07-20 08:40

2018-12-30

而通过人工设计这两种RNA，可以改造形成具有引导作用的sgRNA（singleguideRNA），足以引导Cas9对DN
Mingyan_C·2023-07-20 00:51

反卷积法推断bulk RNA数据中的细胞组成

在这篇文章中，作者使用肿瘤单细胞RNA测序数据的适应症特异性和细胞类型特异性参考基因表达谱（RGEP），深入分析如何通过数学反卷积从bulk数据中得出实体瘤的细胞组成数据。
麒麟991·2023-07-19 22:15

跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分

DefaultAssay(immune)<-"RNA"cd_fe
TS的美梦·2023-07-19 16:48

CRISPR-Cas9入门知识学习笔记

该RNA引导的DNA靶向编辑工具已被科学家用在基因组编辑、转录干扰、表观遗传调控等多个领域
唯问生物·2023-07-19 07:02

外显子、内含子、mRNA、CDS、ORF的区别与联系

转录：以DNA为模版，在DNA指导的RNA聚合酶的作用下，将四种游离的NTP按照碱基互补配对的原则合成RNA。翻译：以mRNA为模板，在核糖体内合成蛋白质的过程。
高斯纯牛奶·2023-07-19 07:24

将qualimap结果统计成表格

qualimap用于将RNA比对数据进行QC，运行命令：ls*bam|xargs-n1-P2-I{}qualimaprnaseq-bam{}-gtfAt.gtf-occount.matrix-outdirrnaseq_result
wangsb_2020·2023-07-19 07:19

RNA 9. SCI 文章中基因表达之 GO 注释

全网最全GO注释结果绘图，直击SCI绘图标注，关注我，您最好的选择！前言1.GO原理基因组测序已经表明，大部分指定核心生物学功能的基因是所有真核生物共有的。这种共享蛋白质在一个有机体中的生物作用的知识，往往可以转移到其他有机体。基因本体论联盟的目标是产生一个动态的、可控的词汇表，可以应用于所有真核生物，即使基因和蛋白质在细胞中作用的知识正在积累和变化。为此，可以在全世界的Web上访问三种独立的本体
桓峰基因·2023-07-18 23:04

ceRNA介绍及分析研究策略

ceRNA介绍及分析研究策略原文地址来源：查看手机网址浏览：7686发布日期：2017-03-0615:12:27【大中小】前言现在生物学研究中对RNA的研究与日俱增，siRNA，piRNA，miRNA
ZZM2020·2023-07-18 22:40

2022-08-10

CellReports|KRAS突变影响RNA“暗物质”可用于癌症早筛图灵基因2022-08-1008:33发表于浙江收录于合集#前沿分子生物学机制Kras是一种鼠类肉瘤病毒癌基因，ras基因家族与人类肿瘤相关的基因有三种
图灵基因·2023-07-18 18:38

【零基础练习一个RNA-seq分析】CH1：用Linux安装RNA-seq需要的软件

这一部分主要是关于安装包管理软件miniconda已经miniconda的使用，在徐洲更哥哥的b站教程里有非常非常详细的讲解，跟着做几乎不会踩坑，我这里从安装miniconda开始写，权当做个笔记方便参考了，当然对于从这个教程开始接触生信的同学来说，前面的部分也非常重要。b站链接：https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX顺便也贴一个教程https://
josia_luo·2023-07-17 10:19

10x Genomics RNA-seq 原理详解

近期的一系列际遇都再次论证了我真的是一个靠运气闯荡江湖的人，鬼使神差的混入了一个超棒的实验室，并且受到了同伴和室友在工作和生活上的无私的照顾。日子像梦一样美好，我只想时间走的再慢一点，让我能把这里的四季再多看一眼，再看清楚一些。记得之前果子老师说过，靠输出倒逼输入，我想尝试着把我的学习过程记录下来，理清思路，同时也许还能认识更多的再学习路上的小伙伴。（我真的考大学都没有这么努力过，倒着时差学习，哈
致知_5974·2023-07-17 00:04

2021-03-26 一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

：启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。做生信分析时，一般选择上游1kb，下游500nt，也有选上下游各1kb的。
Koalaemu·2023-07-16 11:40

纯生信分析系列 6+|RNA结合蛋白在前列腺癌中应用价值评估

小伙伴们大家好呀，今天要为大家介绍的是于2020年8月31日发表于Genomics（IF=6.205）的文章，题目为Developmentandvalidationofasix-RNAbindingproteinsprognosticsignatureandcandidatedrugsforprostatecancer，作者单位是河北医科大学第二医院。本研究的重点是研究正常样品和前列腺癌（PCa）
概普生信·2023-07-16 10:53

2022-06-06

NatMethods|RNA分子结构研究新方法原创图灵基因图灵基因2022-06-0610:14发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学技术为了了解单个RNA分子的作用，需要在原子和分子水平上破译其3D结构
图灵基因·2023-07-16 04:53

01 甲基化基础知识——学习于生信技能树公众号

对基因组功能的相关修饰主要包括对DNA、RNA、以及组蛋白等的修饰，这些修饰改变了染色质的局部电化学特性和构象，从而调节基因的转录活性。
whykm·2023-07-15 21:08

circRNA对基因调控起到怎么样的作用？基因敲除细胞株来揭秘！

环状RNA(circularRNAs,circRNAs)是一类由mRNA前体(pre-mRNA)经反向剪接形成的共价闭合环状非编码RNA。
源井生物b·2023-07-15 17:59

2022-04-29

CancerCell|胃肠癌中新抗原反应性T细胞的转录组学特征原创榴莲不酥图灵基因2022-04-2907:03收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：榴莲不酥IF=31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：使用单细胞RNA-seq
图灵基因·2023-07-15 12:21

8.单细胞 RNA-seq 聚类分析：整合

学习目标：使用变异最大的基因进行不同条件的细胞整合，从而识别出最相似的细胞单细胞RNA-seq聚类分析：整合image目标：在不同的条件下，比对同一类型的细胞。
denghb001·2023-07-15 10:52

2022-05-10

现在，两个研究小组对免疫细胞进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），并将数据与自身免疫疾病相关基因变异的
图灵基因·2023-07-15 04:39

Communications Biology发布首个猪脑组织精细RNA编辑图谱

该研究在国际上报道了首个猪脑组织精细RNA编辑图谱，是对哺乳动物中枢神经系统RNA编辑谱的重要补充，为以猪为模型进行神
尐尐呅·2023-07-14 21:31

RSeQC使用

官网：http://rseqc.sourceforge.net/ref1：RSeQC使用笔记–生信笔记ref2：RSeQC对RNA-seq数据质控|生信菜鸟团1.geneBody_coverage.pygeneBody_coverage.py-rhg19
苏牧传媒·2023-07-13 21:43

编写一个有32个32位寄存器的寄存器堆

使用verilogHDL进行编写moduleregfile(rna,rnb,d,wn,we,clk,clrn,qa,qb);input[4:0]rna,rnb,wn;input[31:0]d;inputwe
TZ燊·2023-07-13 19:02

转录因子研究思路

在转录起始过程中，可调控RNA聚合酶与DNA模板的结合。转录因子除了能与基因上游的启动子区域结合外，也可以转录因子复合物的形式和其它转录因子结合来调控基因的转录。
Han_zh·2023-07-11 08:44

复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human

imageimageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：
生信宝典·2023-06-24 11:04

易基因｜m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析

甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做？从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。
易基因科技·2023-06-22 16:18

RNAseq教程(4.3)

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-06-22 02:18

软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞
生信宝典·2023-06-21 12:39

单细胞RNA-seq预处理工具比较分析（bioRxiv）

2020年2月2日，苏黎世大学MarkRobinson团队在预印本bioRxiv上发表题为pipeComp,ageneralframeworkfortheevaluationofcomputationalpipelines,revealsperformantsingle-cellRNA-seqpreprocessingtools的研究内容，并建立了一个评估框架pipeComp，评估包括过滤、dou
生信宝典·2023-06-20 21:36

玩转ChatGPT：R代码Debug一例

二、踩坑过程（1）先看原始的咒语咒语：我已经使用synapser包计算得到了每个基因的干性权重标准值（第一列是基因名，第二列是权重值），现在需要计算TCGA中HCC的RNA-seq测序数据（第一行是样本名
Jet4505·2023-06-20 09:08

单细胞 Drop-seq数据分析教程

Drop-seq是一种单细胞RNA测序技术，通过在微滴中捕获单个细胞并进行RNA扩增，从而获得单个细胞的转录组数据。该技术通过微滴分离单个细胞并将细胞裂解，随后在微滴中添
11的雾·2023-06-19 15:18

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。
·2023-06-19 10:43

2021-11-01

Wyss研究所发布世界最小纳米标尺创建多肽分子指纹原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术从微量样本中解码生物分子的身份是生物技术领域的一个长期目标，尽管下一代测序技术已使识别单个DNA和RNA
图灵基因·2023-06-18 22:25

甲基化知识点

对基因组功能的相关修饰主要包括对**DNA、RNA、以及组蛋白等的修饰，这些修饰改变了染色质的局部电化学特性和构象，从而调节基因的转录活性。其中对组蛋白修饰主要是究方法
斗战胜佛oh·2023-06-18 16:13

edger多组差异性分析_简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 – 生信笔记

DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析，主要也是用于RNA-Seq数据，同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据。
weixin_39640090·2023-06-18 08:54

VirSorter2识别病毒序列

VirSorter2:amulti-classifier,expert-guidedapproachtodetectdiverseDNAandRNAviruses中文：一种含多分类器且有专家指导的DNA/RNA
小白菜学生信·2023-06-16 17:51

[R][DiffBind]用Diffbind做RNA-seq差异分析问题记录（持续更新）

官方sample1.Loadingsamplesheet...BT4741BT474ERResistantFull-Media1bedErrorinif(file.info(peaks)$size>0){:missingvaluewhereTRUE/FALSEneeded文件缺失，检查工作目录下peaks/reads文件夹是否存在（我也不知道为什么它会自己删掉）实操1.ResponsiveMock
Scabbards_·2023-06-16 07:28

2021-09-01

Science|张峰提出基因治疗输送理念：适应人类细胞的RNA递送系统原创图灵基因图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学技术麻省理工学院的研究人员表示，基因疗法和其他分子疗法可能很快就会得到更有效的包装和实施
图灵基因·2023-06-15 17:04

Motif分析百宝箱（一）

在蛋白质、DNA、RNA序列中都存在，同源序列中不同位点的保守程度不同，一般对于功能影响较大的序列，通常比较保守。通俗来讲Motif就是反复出现的模式，并且假设其具有生物学功能。
生信阿拉丁·2023-06-15 15:56

宏病毒组研究大放异彩！| 凌恩生物1-5月高分宏病毒组文章大盘点！

病毒宏基因组学能够检测病毒群落的DNA或RNA序列，了解病毒种类
SHANGHAILINGEN·2023-06-15 13:23

单细胞108篇文献解读之6---Decouplinggenetics, lineages, and microenvironment in IDH-mutant gliomas by singl...

6、天雄星豹子头林冲单细胞RNA-Seq结合大数据分析揭示肿瘤亚型的差异image肿瘤的存在威胁人类的生命健康，研究肿瘤的起源和发生发展的过程有助于为肿瘤的防治提供重要的依据。
Seurat_Satija·2023-06-15 13:25

多任务学习用于多模态生物数据分析

目前的生物技术可以同时测量来自同一细胞的多种模态数据（例如RNA、DNA可及性和蛋白质）。这需要结合不同的分析任务（如多模态整合和跨模态分析）来全面理解这些数据，推断基因调控如何驱动生物多样性。
tzc_fly·2023-06-14 18:56

R语言- ComplexHeatmap 绘制复杂热图示例

它经常用在分子生物学文章里（尤其是microarray,RNA-seq相关论文）直观地呈现多样本多个基因的全局表达量变化，和呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。
倪桦·2023-06-14 14:17

2022-09-18 ROSALIND_2: Transcribing DNA into RNA

#----ROSALIND_2:----#TranscribingDNAintoRNA"""DNA_base="ATCG"RNA_base="AUCG""""#GATGGAACTTGACTACGTAAATT
小孟在充电·2023-06-14 08:52

mRNA 蛋白 DNA

很久很久以前，有个mRNA，觉得自己很孤单，就翻译了一个蛋白为自己作伴，「你好，我是你的模板」「你好，我是RNA水解酶」mRNA沉默了一下，「我本来也活不了多久，你就陪陪我吧」「好」mRNA和蛋白手拉手
炭酸水素钠·2023-06-14 04:50
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