rna

说到想到

脂肪中含有遗传物质吗，能提出RNA吗？脂肪（白色脂肪和棕色脂肪）中含有细胞核，能够提出RNA。
Cady_duan·2023-08-28 19:43

【优化算法】Python实现面向对象的遗传算法

在具体介绍遗传算法之前，我们先来了解一些知识DNA：携带有合成RNA和蛋白质所必需的遗传信息的生物大分子，是生物体发育和正常运作必不可少的生物大分子。一般情况下，是以双螺旋结构存在。
Torture_L·2023-08-28 07:15

外泌体多组学24-细胞外RNA通信联盟(ERCC)介绍

我们现在知道，当RNA被包裹在囊泡中或通过与脂蛋白或RNA结合蛋白结合时，它可以在生物液体的恶劣环境中生存下来。
_十三·2023-08-27 23:15

RNA-seq 转录组定量

Data：fromGEOTools:RSEM和STAR建立索引：下载gencode参考数据集，v24的gtf文件以及fasta文件/home/wuxiaobin/RSEM/bin/rsem-prepare-reference—gtf~/gene_annotation/gencode.vM24.annotation.gtf--star~/gene_annotation/GRCm38.primary_
好风凭借力·2023-08-27 22:26

Seurat24式太极拳之8右揽雀尾---在Seurat中使用sctransform

八、右揽雀尾后坐扣脚收脚抱球转体上步弓步掤臂摆臂后捋转体搭手弓步前挤转腕分手后坐引手弓步前按单细胞RNA-seq数据中的生物异质性通常与包括测序深度在内的技术因素混淆。
Seurat_·2023-08-27 21:49

查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

：启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。转录起始点（TSS）：转录时，mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤。
weixinsuoxian·2023-08-27 10:49

为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。
基因学苑·2023-08-27 08:44

10X空间转录组重点分析合集2

我们这一篇进行分析合集包括三个部分（均是我之前所写）10X空间转录组数据分析重点梳理时空CNV分析导论10X空间转录组之免疫组库分析第一部分：10X空间转录组数据分析重点梳理空间转录组学(ST)技术正迅速成为单细胞RNA
单细胞空间交响乐·2023-08-27 00:51

基因的分子结构

基因结构人类结构基因4个区域：①编码区，包括外显子与内含子；②前导区，位于编码区上游，相当于RNA5’末端非编码区（非翻译区）；③尾部区，位于RNA3’编码区下游，相当于末端非编码区（非翻译区）；④调控区
LeoinUSA·2023-08-26 18:12

NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后，为满足大家对转录组数据上传的需求，小编马不停蹄地把转录组原始数据上传流程进行了整理，有需求地赶紧收藏吧!1.注册及登录账号1）注册账号：进入NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）网页，选择对应的账号进行注册，按照提示填写。2）登录账号：输入账号及密码（注册时使用哪种账号注册，登录时选择对应的登录通道登录），点击Login，
bioyigene·2023-08-26 12:57

DESeq2:基于Counts分析

data:2019年10月14日来源文章：RNA-Seqworkflow:gene-levelexploratoryanalysisanddifferentialexpression（一)、数据准备1数据制备
小杜的生信筆記·2023-08-24 22:17

融合遗传算法与XGBoost的玉米百粒重相关基因挖掘

相较于基因芯片等方法，基于转录组测序（RNA-sequencing,RNA-Seq)的方法不依赖基因的先验知识，能够覆盖更大的转录组范围，具有更高的分辨率并且测序成本更低[2]。
罗伯特之技术屋·2023-08-24 09:46

TCGA数据分析系列（二）：LinkedOmics

数据库的主页面数据库的数据来源第一步：选择肿瘤第一步我们选择肝癌第二步：选择数据类型第二步我们选择RNA-seq第二
生信小课堂·2023-08-23 09:19

文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对readscount进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount→DESeq2其中的DESeq2的归一化部分，也是我们通常称的标准化，是我们关注的重点，DESeq2主要原理：通过计算一个归一化因子，并进行变换，进而提高中等表达基因的地位。归一化
生信森林·2023-08-22 19:05

使用limma、Glimma和edgeR对RNA-seq数据分析笔记

1摘要简单且高效地分析RNA测序数据的能力正是Bioconductor的核心优势之一。
玄都维维子·2023-08-22 15:12

RNA-seq的样本为什么是负二项分布？

参考下面这篇，深入浅出，条理很清晰RNA-seq中的那些统计学问题（一）为什么是负二项分布？https://www.jianshu.com/p/ad24bb90b972
RachaelRiggs·2023-08-22 07:34

RNA m5C甲基化位点预测工具

前面小编给大家介绍了一个新的研究热点，RNAm5C甲基化。☞【科研热点】RNAm5C甲基化☞RNAm5C甲基化相关基因列表今天小编就给大家介绍几个预测RNAm5c甲基化的工具。上面这张表格里面了列出了目前主流的一些预测RNAm5C甲基化的工具。从方法分类上看，主要可以分成两类。第一列是基于SVM（supportvectormachine，支持向量机）的方法，第二种是基于RF(randomfores
生信交流平台·2023-08-22 03:53

最新7+，端粒基因集泛癌生信，对热点基因集进行泛癌分析，可以反复发高分！

其核心酶仅由催化成分端粒酶逆转录酶（TERT）和内部模板端粒酶RNA（TERC）组成
生信小课堂·2023-08-20 16:10

【文献简报】通过共享单细胞RNA和染色质开放区域来鉴定染色质潜力

这篇文章开发了一种同时捕获RNA和染色质开放信号的方法，在该方法中，染色质中的开放区域先被Tn5标记，RNA再反转录成具有biotin的cDNA。
六博说·2023-08-20 04:07

易基因 | DNA甲基化经CTCF和黏连蛋白复合体调节RNA可变剪切 — 技术解读

DNA甲基化，mRNA可变剪切和多聚腺苷化（polyadenylation,APA）的失调与癌症密切相关。之前研究大多通过孤立分析其与不同生物进程之间的关系。本研究作者通过比较DNA甲基化转移酶正常细胞（HCT116）和双缺陷型细胞（DKO）全基因组甲基化和聚腺苷化位点使用情况，发现了DNA甲基化调控APA的机制。结果表明，去除DNA甲基化可以使CTCF（CCCTC-bindingfactor）与
E_GENE·2023-08-19 17:36

Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析
生信宝典·2023-08-19 01:51

MIT 6.047 | 基因组学机器学习(2020·完整版)2022-11-28-1-intro

AnalyzedRNAseqdataforthePseudomonasdiversityincysticfibrosissputumvs.lungsamples分析了囊性纤维化痰vs肺样本中假单胞菌多样性的RNA
八段锦1134·2023-08-18 14:25

2022-07-11

现在，研究人员已经使用单细胞RNA-seq来表征未分化多形性肉瘤小鼠模型的免疫组成。他们发现软组织肉瘤会产生一种
图灵基因·2023-08-18 12:43

对于生物信息的几款软件的深究

NCBI-BLASTSRA-ToolkitHISAT2用来rna-seqbwa用来DNA环境变量：envexport显示变量值：echo$变量名变量名之前一定要有$echo才能讲变量名替换成实际变量值vim
c4d82bfede08·2023-08-18 04:52

遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性

转录组分析的正确姿势（第三版）前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-08-18 03:30

RNA速率模型分岔图分析举例

RNA速率模型严格方程为：其中：u代表unsplicedreads数s代表splicedreads数α代表转录速率β代表剪切速率γ代表RNA降解率假设β=1；α，γ为常数，我们可以得到简化版的方程：我们单独讨论
小潤澤·2023-08-17 15:52

10X空间转录组的一个案例：小鼠大脑

INTRODUCTION为了展示空间转录组学技术的潜力，下面介绍一些由空间解析RNA测序数据的基本分析。为了产生这个数据集，我们在小鼠大脑的冠状切面上进行了空间转录组分析。
周运来就是我·2023-08-17 14:32

rna-seq批量pipeline

###拿到cleandata之后先trimmomatic此列选用特异的adapter序列##foriin*1.clean.fq.gz;doi=${i%1.clean.fq.gz*};trimmomaticPE-threads30${i}1.clean.fq.gz${i}2.clean.fq.gz${i}1.paired.fastq${i}1.unpaired.fastq${i}2.paired.f
njmujjc·2023-08-17 12:10

CNS图表复现11—RNA-seq数据可不只是表达量矩阵结果

本文是参考学习CNS图表复现11—RNA-seq数据可不只是表达量矩阵结果的学习笔记。可能根据学习情况有所改动。
Seurat_·2023-08-16 23:26

生信学习--生物数据库大全

★EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA序列库。http://ww
weixin_30321709·2023-08-16 04:22

GO，KEGG，DO 富集分析

对基因的分类描述对基因的描述1、cellularcomponent,CC(基因存在于细胞质还是细胞核，是线粒体还是其他细胞器)细胞组成2、Biologicalprocess,BP（能够参与哪一个生物学过程，参与rna
奔跑的Forrest·2023-08-15 23:01

病毒或寄生生物将寄主杀死，不久后自己也会死亡：是否符合自然进化原理？

作为一种非细胞生命形态，病毒个体微小，结构简单，由一条核酸长链（DNA或RNA）和蛋白质构成。
夏虫儿语冰·2023-08-15 10:17

游离RNA该如何提取

.产品特点◎操作简便快速，可在半小时内获得理想的RNA；◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产量更高，较国内同类产品高出20%；◎可用于小量（200μL）血清、血浆、胸腹水
清风拂面vv·2023-08-15 09:52

Single Cell RNA-seq Analysis 学习记录（二）：数据整理

处理原始scRNA-seq数据2.1FastQC当你获取到单细胞下机数据的时候，第一步需要做的就是检查数据质量。本次教程使用的数据为(Kolodziejczyketal.2015)发表的文章内使用SMART-seq技术做的单细胞测序结果。示例数据下载地址[1]ERR522959_1.fastq和ERR522959_2.fastq数据质量查看这里我们推荐使用fastQC。fastQC是由Babrah
面面的徐爷·2023-08-14 19:44

2022-07-31

从一开始的R语言实战，到Linux基础，再到实战下载的fastq数据一路以来就是不断地犯错+debug+Google那么RNA-Seq的学习告一段落，马上开始GEO数据库挖掘的学习，因为我发现有关ID转化
佳奥·2023-08-14 18:49

2022-09-06

NatBiotech|中科院杨辉组通过靶向RNA降解的高保真Cas13变体降低副作用原创图灵基因图灵基因2022-09-0610:10发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制CRISPR–Cas13——
图灵基因·2023-08-14 14:02

RNA 11. SCI 文章中基因表达富集之 GSEA

前言目前基于RNA做分析的文章中几乎都有GSEA的分析内容，并且都是出现在正文，那么这个也是表达基因筛选的一种重要方式，下面我将整个流程梳理一下，供大家参考。
桓峰基因·2023-08-13 13:50

2023年全球首款呼吸道合胞病毒疫苗获批上市，RSV疫苗市场需求前景广阔[图]

呼吸道合胞病毒，是种单链包膜负向RNA病毒，属正交肺炎病毒家族成员，可能会导致严重的呼吸道症状，如毛细支气管炎、肺炎、气管炎和哮喘等。
共研调研所·2023-08-12 17:46

世界首富已入 mRNA 疫苗赛道，生命的等级竞赛开始

9月，马斯克曾被媒体爆出访问CureVac，商讨特斯拉为其建造RNA微型工厂。新兴的世界首富和传统的疫苗生产厂商正在竞争mRNA疫苗的生产。那么mRNA疫苗是什么呢？
新知时间·2023-08-12 11:41

ERA核酸扩增试剂盒常见问题解答

将来源于细菌，病毒和噬菌体的特定重组酶、外切酶、聚合酶等多酶体系进行改造突变并筛选其功能，通过不同的核酸扩增反应体系进行优化组合，从而获得核心的重组等温扩增体系，在37-42℃恒温条件下，可将微量DNA/RNA
基因GG·2023-08-11 21:23

10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）

hello，大家好，今天给大家分享一个新的技术，就是利用10X空间转录组同时获得转录组信息和TCR(BCR)信息，其实刚做10X空间转录组就有此想法，因为这样得到的信息非常重要。重要性1、10X单细胞既然无从知道空间位置，那也就无从真正判断TCR（BCR）是否浸润肿瘤组织，当然，有了很多方法进行推断，但是，也是有根据的“猜”，就像科学家们都推断火星的地质活动已经停止了，不会产生地热，但是，还是要发
单细胞空间交响乐·2023-08-11 18:02

10X空间转录组技术创新之同时测RNA和TCR（BCR）

hello，大家好，今天给大家分享一个新的技术，就是利用10X空间转录组同时获得转录组信息和TCR(BCR)信息，其实刚做10X空间转录组就有此想法，因为这样得到的信息非常重要。重要性1、10X单细胞既然无从知道空间位置，那也就无从真正判断TCR（BCR）是否浸润肿瘤组织，当然，有了很多方法进行推断，但是，也是有根据的“猜”，就像科学家们都推断火星的地质活动已经停止了，不会产生地热，但是，还是要发
单细胞空间交响乐·2023-08-11 18:01

RNAfold预测RNA的二级结构

在mirdeep软件的分析结果中，会提供miRNA前体的二级结构，这个结果实际上是通过调用RNAfold来实现的，该软件是一个经典的预测RNA二级结构的软件，网址如下http://rna.tbi.univie.ac.at
生信修炼手册·2023-08-11 17:25

测序原理笔记 RNA-seq 和WES--day 5

1，RNA-seq测试原理测序步骤，先去除保守的rRNA，→polyA尾的特性，用磁珠吸附→Mg镁离子溶液打断mRNA→随机引物变成双链合成第一条cDNA（由RNA变成单链DNA）→再合成第二条DNA（
悦时光_·2023-08-11 14:36

热点综述 | 高维单细胞RNA测序数据分析工具

scRNA-seq数据集通常包含由于不完全RNA捕获、PCR扩增偏差和/或特定于患者或样本的批次效应而产生的技术噪声，如何降低技术噪声对数据分析的影响？...
尐尐呅·2023-08-11 08:30

基因功能研究技术

一，基因表达研究技术1.基因表达系列分析技术2.RNA的选择性剪接技术3.原位杂交技术4.基因定点突变技术二，基因敲出技术又称基因打靶1.基本原理2.高等动物基因敲出技术3.植物基因敲出技术三，蛋白质与
yzg刚·2023-08-10 07:08

新冠病毒

大家从视频报道，和专家介绍也都或多或光有所了解，而我知道的新冠病毒是单股正链的RNA病毒，为巢病毒目，冠状病毒科，正冠状病毒亚科的病毒，与SARS冠状病毒、MERS冠状病毒同属于β属的冠状病毒。
jiandan简单·2023-08-10 01:10

Stranded RNA library链特异的转录组文库

链特异性建库方式（以目前最常用的dUTP为例，如下图所示）首先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链，在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP，加adaptor后用UDGase处理，将有U的第二条cDNA
香波地海·2023-08-09 22:20

区分Bulk测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量

测序和高通量单细胞测序中的提高细胞通量首先区分下单细胞测序和Bulk测序：单细胞测序(scRNA-seq)与bulk测序（BulkRNA-seq）的不同之处是BulkRNA-seq是提取组织、器官或一群细胞的混合RNA
hyena_7·2023-08-07 15:17

RT-PCR、QPCR、Real-time PCR、Real-time RT-PCR区别（自用）

在RT-PCR中，一条RNA链被逆转录成为互补DNA，再以此为模板通过PCR进行DNA扩增。那什么是qPCR、Real-time-PCR？其实Real-time-PCR
hyena_7·2023-08-07 15:17
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