rna

TCGA 官方的gdc用R版本链接的git下载不了怎么办

/gdc-client.exedownload-mgdc_manifest_CHOL_Rna.txt-dmrnaRStudio终端命令行显示的错误在大牛的群里询问了一下，说是软件的
javen_spring·2023-08-07 09:04

TCGA pan-cancer 分析

泛癌分析的基础数据可以从如下网站轻松下载：https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/pancanatlas其中突变数据为.maf格式，可以采用R语言的maftools包进行分析；RNA-seq
judyhappy·2023-08-07 07:30

2022-03-09

Nature|单细胞RNA测序揭秘神经元网络连接的时间控制机制原创旧岛望月亮图灵基因收录于话题#前沿生物大数据分析撰文：旧岛望月亮IF=49.962推荐度：⭐⭐⭐⭐亮点：1.通过计算时间动态分数和细胞类型变化分数
图灵基因·2023-08-06 12:28

血液RNA可直接提取高质量的基因组RNA吗？

产品特点◎操作简便快速，20分钟左右可获得理想的RNA；◎提取RNA纯度高，无抑制剂，1.8
清风拂面vv·2023-08-05 23:28

链特异性建库测序原理

RNA-seq基本流程下图是一个大概的RNA-seq基本流程[图片上传失败...
Ju_sir·2023-08-05 13:35

NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断

slingshot包可以对单细胞RNA-seq数据进行细胞分化谱系构建和伪时间推断，它利用细胞聚类簇和空间降维信息，以无监督或半监督的方式学习细胞聚类群之间的关系，揭示细胞聚类簇之间的全局结构，并将该结构转换为由一维变量表示的平滑谱系
Davey1220·2023-08-05 04:20

单细胞转录组数据分析课件||4. Removal of confounding factors in scRNA-seq data

如题，如何去除混杂因素在已有的方法中均是消除连续变量型的混杂因素（如“nCount_RNA”），要是离散变量呢？在R中的几种实现方法。主要基于回归的方法。
周运来就是我·2023-08-04 10:07

2021-11-22每日文献

Controlthroughliquid‐liquidphaseseparation主要内容：真核细胞核不是均匀的单间隔而是高度分隔的细胞器，由各种类型的无膜结构分隔，包括核仁、PML小体、副斑点、DNA损伤灶和RNA
橘子味儿的小蜜蜂·2023-08-04 06:22

空间转录组简介-2022-07-04

空间转录组学简介原理image.pngstep1：新鲜冷冻组织切片成像冷冻组织不能直接用液氮，急速降温会导致细胞损伤，10X建议用OTC包埋的异戊烷速冻组织：image.pngstep2：放置在包含与RNA
Bio小盼·2023-08-03 15:51

【分享】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌

原文来自这里，略编辑摘要简单且高效地分析RNA测序数据的能力是Bioconductor的核心优势。
王诗翔·2023-08-02 19:42

RNA 20. SCI 文章中单样本免疫浸润分析 （ssGSEA）

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你122篇原创内容公众号这期讲讲单样本基因富集分析，这个也蛮有意思的之前我已经介绍过基因集富集分析（GSEA），但是当时是用差异基因来分析，这期我们就通过单基因免疫浸润的方法来介绍一下。前言singlesampleGeneSetEnrichmentA
桓峰基因·2023-08-02 14:18

生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）

通常是比较基因组学(包括识别变体（variationcalling），ChIP-seq，RNA-seq，BS-seq)管道的第一步。
白墨石·2023-08-02 01:13

go term下的所有通路bp go.db

rna_msc_match%unlist()%>%unname(),eachterm))){target_terms%unlist()%>%unname(),eachterm)print(paste0(
Young.Dr·2023-08-01 19:45

特征选择策略：为检测乳腺癌生物标志物寻找新出口

内容一览：microRNA（小分子核糖核酸）是一类短小的单链非编码RNA转录体。这些分子在多种恶性肿瘤中呈现失控性生长，因此近年来被诸多研究确定为确诊癌症的可靠的生物标志物(biomarker)。
HyperAI超神经·2023-08-01 19:30

mirRNA与lncRNA研究策略

一、miRNA的一般研究策略miRNA也称微RNA、microRNA，是真核生物中广泛存在的一种长度为21-23nt的RNA分子，可通过与mRNA的结合，抑制mRNA的转录，因此在基因表达调控、细胞周期
Ray钱·2023-08-01 12:42

小RNA相关知识

PTGS或RNA沉默：某基因能够正常转录，但是其mRNA不能正常翻译成蛋白质内源性小RNA的生物合成>在RNAPol2/4/5作用下合成合成单链RNA>在RDR催化下合成dsRNA「RDR只在植物、线虫
噼里啪啦新·2023-08-01 09:13

读博4年8篇CNS，27岁获世界大奖，她刚刚又发Science

师从施一公教授，博士期间的课题是利用结构生物学的手段来探究RNA剪接的分子机理。
南风几经秋啊·2023-08-01 00:23

GATK-变异流程2

一、使用GATK前须知事项：对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如IonTorrent）或者实验设计（RNA-Seq
家和建材广场·2023-07-31 19:47

RNA-seq align

hisat2alignbeginingtoanalysisrawdata,youshouldbecleanthefastqdata.Hereweusethehisat2softwaretodothisproject.#usr/bin/perlusestrict;openIN,"sqf.sh";my%fg;my@gg;while(){print$_;}#usr/bin/perlusestrict;o
Nothing_More·2023-07-31 17:46

FG12组装注释全过程

测序：RNA-seq：100Xnanopore：80Xresequence：30X质控：使用fastp对RNAseq和Resequence测序数据进行质控ResequenceQ20，Q30皆为100%RNAseqQ20
马连洼小法师·2023-07-31 16:10

高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述
生信宝典·2023-07-31 14:44

相关miRNA数据库

1.psRNATargethttp://plantgrn.noble.org/psRNATarget/一个在线的植物小RNA的靶基因预测工具，发表在核酸研究上。
上官万尘·2023-07-30 21:06

干货 | 一文读懂miRNA的生物合成、调控机制及研究热点

转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括mRNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA等，而在众多的RNA类型中，越来越多的研究者将目光聚焦到miRNA
中科新生命·2023-07-30 13:32

2019-10-27寻找rDNA的足迹（9）

读文献真的很瞌睡，很瞌睡，很瞌睡，很.......zzZZ众所周知，核糖体由核糖体蛋白与核糖体RNA共同组成,rRNA是由前体rRNA经过复杂的剪接得到，pre-rRNA是rDNA的转录本，而rDNA是在几个染色体上邻近端粒的重复片段
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2023-07-29 02:55

Single-cell RNA-seq denoising using a deep count autoencoder

0.简介这篇文章是2019年发表在NatureCommunications上的使用自编码器对单细胞RNA-Seq数据进行降噪的工作，通讯作者是FabianJ.Theis,来自于德国。
Zhai1994·2023-07-28 12:08

已实现商业化却仍陷亏损泥潭，瑕瑜错陈的觅瑞集团求上市

据招股书介绍，成立于2014年的觅瑞集团是一家起源于新加坡的核糖核酸(RNA)技术公司，专注于在全球范围内普及疾病早期检测的诊断解决方案，开发了用于癌症及其他疾病早期检测的microRNA(miRNA
贝多财经·2023-07-28 01:04

小RNA 比对-----mibase

比对到miRNAbase下载：hairpin.fa，mature.fahttp://www.mirbase.org/ftp.shtmlhairpin.fa提取Brassica.famiRNAnohupperl-alne'{if(/^>/){if(/Brassicarapa/){$tmp=1}else{$tmp=0}};nextif$tmp!=1;s/U/T/gif!/>/;print}'hairp
Weiyx·2023-07-27 17:26

在地球上生命开始之前，DNA和RNA的构建块就已经同时出现了

在地球上生命开始之前，DNA和RNA的构建块就已经同时出现了这一发现推翻了流行的“RNA世界”假说科学家首次发现了强有力的证据，证明RNA和DNA可能来自同一组前体分子，甚至在大约40亿年前地球上的生命进化之前就已经存在
wumingzhi111·2023-07-27 03:12

生信课程笔记3-序列搜索算法

其应用包括：研究全基因组（genome-wide）、RNA转录本（RNA-seq）、DNA甲基化（Methyl-seq）、蛋白质-DNA相互作用（ChIP-se
果蝇饲养员的生信笔记·2023-07-27 02:56

时序RNA-Seq差异表达分析软件比较

提到RNA-Seq差异表达分析，人们首先想到的是两个实验条件下的差异表达，比如说癌组织与癌旁等。
生信family·2023-07-27 00:02

一个月的文献

通过大规模鉴定木质素合成通路中具有调控作用的MicroRNA（miRNA）、长链非编码RNA（lncRNA）与转录因
龙小树·2023-07-26 23:12

2022.11.21【bug笔记】|bam文件报错：Cannot add sequence that already exists in SAMSequenceDictionary

经过samtools处理后得到的bam文件经常用于后续分析，比如RNA-seq分析时，可以统计序列的插入片段也可以做后续定量，WGS流程里比对后生产的bam文件也可以去冗余获取snp位点。
穆易青·2023-07-26 19:42

靶向RNA-seq全面解决方案和加速分析，只看这篇就够了！

背景RNA-seq，即通过高通量测序技术进行的转录组测序分析技术。最初作为研究mRNA，smallRNA，non-codingRNA等表达水平、表达差异基因的应用，在过去的十几年内迅速发展。
chSNP·2023-07-26 16:33

文章

1.利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载2.RNA-seq的counts,RPM,RPKM,FPK值到底有什么区别？
鬼孑孓·2023-07-26 09:49

生物信息学_玉泉路_课堂笔记_07 第七章 转录组学：基因芯片及RNA_sep数据分析

第七章转录组学：基因芯片及RNA_sep数据分析大部分是可以转录的大概70-80%可Rna从此区域出来的rna来看编码基因只占据很小的一部分2%左右更多的区域转录出来的是非编码rna转录组学的测序方法基因芯片
rookie_coder_996·2023-07-25 22:52

5+纯生信m6A lncRNA预后分析

m6A作为国自然的研究热点，相关研究在各种高水平杂志上频频出现；非编码RNA作为国自然的宠儿，研究热度同样只增不减。相信今天的非编码RNA+m6A的思路可以弥补你没有抢占到m6A研究先机的困扰。
概普生信·2023-07-25 20:36

理解SAM文件格式以及过滤sam文件

RNA-seq或者ChIP-seq等等测序的上游分析流程里的比对步骤相信大家都知道，我之前也只是按照各种教程去走流程，并没有仔细的研究过每一步的内容。
生信start_site·2023-07-25 18:12

无需假病毒！检测新冠抗体中和能力的两种方法

尽管RT-PCR检测病毒RNA技术，已经成为大多数国家和地区对新冠患者排查的常规手段，也是COVID-19病例诊断的金标准，但仍然需要血清学方法来表征SARS-CoV-2的体液反应。
博士苑·2023-07-25 17:09

复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by step）

imagehttps://www.nature.com/articles/s41597-019-0351-8imageNGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这
生信宝典·2023-07-25 15:57

2021-10-28

表观转录组学：再探RNA为了找到新的思路，科学家们有时会查阅几十年前发表的研究报告。这就是WendyGilbert最近在RNA修饰研究中所做的。
844ed84ba80d·2023-07-25 08:06

探索miRNA与IncRNA的生物信息工具及数据库

miRNA的生物信息学资源：miRNA数据库1miRNA数据库2miRNA数据库3IncRNA的生物信息学资源：IncRNA数据库1IncRNA数据库2miRNA与IncRNA虽然都是非编码RNA,但是它们对于调控细胞的发育与探索疾病作用机制有着非常重要的作用
米妮爱分享·2023-07-25 08:22

数据库

https://academic.oup.com/nar/issuesanger英broadinstitue美UCSC美1.核酸数据库DNA数据库基因组数据库基因变异数据库基因表达数据库RNA数据库病毒数据库
洛洛洛洛洛啊·2023-07-25 02:20

RNAvelocity系列教程3：使用Seurat和velocyto估算RNA速率

此教程演示分析存储在Seurat对象中的RNA速率定量。参数基于RNA速率教程。
Seurat_Satija·2023-07-25 02:13

circFNDC3B编码蛋白通过调控snail抑制结肠癌肿瘤进展和EMT

文前扫盲一波：什么是非编码RAN，什么EMT.非编码RNA主要的来讲分为三类：miRNA,lncRNA,circRNA，真是不是一家人不进一家门，miRNA活了很多年了，现在基本快到末期了，长度比较短约
一个没有感情的文献阅读机·2023-07-24 13:43

2021-11-23

单细胞测序跟踪肺癌细胞谱系进展原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步IF=14.919推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：对收集自LUAD四个组织学阶段的25名患者的268,471个细胞进行单细胞RNA
图灵基因·2023-07-23 21:43

药物靶点相关数据库（2）

acomprehensivedatabaseofRNAsassociatedwithdrugsensitivityfrommulti-omicsdata通过对三家大型药物基因组数据库(GDSC、CellMiner和CCLE)的整合分析，提供药物敏感性与RNA
阿ll·2023-07-23 16:05

RNA-seq学习：No.12 EnhancedVolcano绘制美观火山图

EnhancedVolcano包可根据差异分析结果，基于ggplot2绘图结构，方便地绘制美观的火山图，下面根据自己的理解小结下基本用法。官方全面的教程：https://github.com/kevinblighe/EnhancedVolcano示例差异基因数据library(airway)library(magrittr)data('airway')airway$dex%<>%relevel('
小贝学生信·2023-07-23 03:33

抗病毒药物

病毒简介病毒是病原微生物中最小的一种，在细胞内繁殖，其核心是核糖核酸（RNA）或脱氧核糖核酸（DNA），外壳是蛋白质，不具有细胞结构。病毒寄生于宿主细胞内，依赖宿主细胞代谢系统进行增殖复制。
三省吾身_9862·2023-07-22 15:32

宏基因组分析步骤Linux,为什么宏基因组数据分析比较难？

生物数据分析包括很多种类，比如人基因组，植物，动物，微生物，还有RNA，单细胞RNA等等，其中宏基因组数据分析是比较难的部分，为什么呢？这里总结了以下10点原因。
南哥塔罗占卜师·2023-07-22 12:30

宏转录组方法_土壤宏转录组RNA的提取方法评价

微生物被认为是地球最大的分解者。据估算，每克土壤中微生物的数量最高可达上百亿，物种可达数十万种[。这些数量巨大、种类繁多、功能多样的微生物推动了土壤的发生和发育，决定了地球演化的方向和进程，形成了人类赖以生存的土壤历史自然体。然而，栖息于土壤中难以计数的海量微生物中，绝大多数被认为难以培养、生理功能未知，最高可达99%之多，学术界甚至将其类比为物理学中的暗物质，提出了生物暗物质的理念[。因此，如何
咖啡猫的眼泪·2023-07-22 12:30
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