rna

U17 snoRNA调节细胞胆固醇的转运

已知H/ACAsnoRNA靶向rRNA，tRNA和小核RNA（snRNA）以通过其远端环结合靶序列进行假尿苷化。
Ray钱·2023-06-12 22:59

RNAseq教程（1.5）

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-06-11 10:57

RNA-seq小考核前学习笔记（题目答案不一回事勿参考）

题目链接：http://www.bio-info-trainee.com/3920.html#此仅作为学习笔记，记录自己运行使用的代码和过程，并不与题目完全相符#我是菜鸡，还在理解学习记录的代码#正在复习学过的代码，这着学过的代码，能回忆起来就不错了，看着之前的代码想怎么回答问题中#勿复制勿参考，免得被带偏，谢谢Q1:参考基因组及注释文件下载地址列出人，小鼠，拟南芥的基因组序列，转录组cDNA序列
xyn_271100·2023-06-11 09:58

【scRW】[3]Single-cell RNA-seq data - raw data to count matrix

根据所用文库的制备方法，RNA序列（(alsoreferredtoasreadsortags）将从转录本（10XGenomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops）或全长转录本（Smart-seq
RachaelRiggs·2023-06-11 08:45

外显子、内含子、mRNA,CDS区别

将四种游离的dNTP按照碱基互补配对原则合成新链DNA,DNA复制：模板为双链DNA，合成的新链与模板链一模一样，原料为四种dNTP，为半保留复制，需要引物转录.2.转录：以DNA为模版，在DNA指导的RNA
米妮爱分享·2023-06-11 07:22

【4】肿瘤转录组测序分析流程及相关软件

基于二代测序的RNA癌症研究方法基于DNA层面的癌症研究：一本字典基于RNA的癌症研究：从字典种挑取写一篇日记RNA特点：时空特异性：需要控制变量对照组协同作用，形式多样：表达量高低/可变剪接/单碱基突变
米源MY·2023-06-11 00:16

每日文献：2018-01-25

而目前RNA-seq数据又是特别的多，所以
xuzhougeng·2023-06-09 19:35

易基因：全基因组ChIP-seq分析揭示细菌转录因子PhoB的基因内结合位点｜mBio

细菌编码许多转录因子（transcriptionfactor，TF），这些转录因子通过与启动子周围的DNA结合并调控RNA聚合酶（RNAP）全酶以结合启动子DNA或异构化为主动转录构象的能力来调节转录起始
易基因科技·2023-06-09 18:11

易基因：全基因组DNA甲基化和小RNA分析揭示甘蓝型油菜种子的基因组不对称性 | 植物发育

尽管转录组学中基因组优势的趋势开始显现，但多倍体在生殖发育过程中的表观遗传学和小RNA（sm
易基因科技·2023-06-09 18:08

manacher——马拉车算法（图文详解）

生物中的基因排列可能会用到，DNA/RNA遗传信息。算法详解本质：利用已有经验不断迭代。首先我们在求一个字
Shun_Hua.·2023-06-09 17:22

RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics RNA-Seq:转录学的革命性工具

RNA-Seq:arevolutionarytoolfortranscriptomicsRNA-Seq:转录学的革命性工具转录组研究：从芯片到RNA-Seq摘要：新一代测序技术在爆炸式发展的同时，也衍生出许多其他技术创新
wangchuang2017·2023-06-09 15:13

2021-09-30

Cell|雌激素受体作为RNA结合蛋白维持肿瘤细胞存活原创风不止步图灵基因今天收录于话题#前沿分子生物学机制撰文：风不止步IF=47.728推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：众所周知，雌激素受体α(ERα)是一种激素受体
图灵基因·2023-06-09 10:30

实用干货 | 单细胞转录组测序分析—10x参考基因组组装

与常规的RNA-Seq一样，10x单细胞RNA-Seq也需要测序数据比对到参考基因组进行基因的定量。那么参考基因组的质量就对单细胞的分析结果有着重大的影响。
百奥益康·2023-06-09 04:10

【生信】R语言在RNA-seq中的应用

R语言在RNA-seq中的应用文章目录R语言在RNA-seq中的应用生成工作流环境读取和处理数据由targets文件提供实验定义对实验数据进行质量过滤和修剪生成FASTQ质量报告比对建立HISAT2索引并比对读长量化读段计数样本间的相关性分析差异表达分析运行
Dream of Grass·2023-06-08 22:23

分子生物学中的DNA“链”

分子生物学中的DNA“链”在进行生信分析的过程中，经常会被基础的分子生物学概念所困扰，如在学习RNA-seq的链特异性建库（rf(fr-firststrand)；fr(fr-secondstrand))
想做合格的python小工蚁·2023-06-08 22:42

SC2disease：人类疾病的单细胞转录组的人工收集数据库

单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术能够以单个细胞分辨率研究复杂生物的转录组，为科学家提供了一种新
zty2009·2023-06-08 19:07

2022-01-15

NatBiotech|光遗传控制RNA定位、剪接、翻译和稳定性原创风不止步图灵基因2022-01-1507:03收录于话题#前沿分子生物学技术撰文：风不止步IF=54.908推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：一种可光转换的
图灵基因·2023-06-08 09:25

生命的起源——第一个DNA/RNA？？

发现DNA双螺旋结构的其中一位科学家弗朗西斯·克里克（FrancisCrick）提到有关生命起源的种种理论说“涉及太多臆测，只基于少量事实”。事实表明，分子本身并不能自动结合成复杂的生物，相反，在物理定律下，复杂如机器、房子甚至细胞这些东西，会随着时间过去而损坏。这种现象就是科学家所说的热力学第二定律所产生的结果。简单来说，在这个定律下，物质的自然倾向是从有秩序变为无秩序。《进化入门》一书说，进化
qiaoli·2023-06-08 05:45

瞬息万变不过RNA——转录组测序常见问题集锦

【Q&A】瞬息万变不过RNA——转录组测序常见问题集锦来源：发表日期：2018-08-03浏览量：90什么是转录组测序转录组测序（即RNA-seq）是RNA研究很重要的手段，研究对象为特定样本在某一功能状态下所能转录出来的
wangchuang2017·2023-06-07 14:49

高分文献速递｜单细胞及空间转录组测序文献汇总导读（202108下期）

空间转录组是从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，
SBC生物芯片·2023-06-07 02:28

2023-05-16 RNA测序上流分析流程

建了个专门存放软件的文件夹，/home/zenglab/biosoft/查看软件安装位置：whereishisat2一、FastQC1.下载安装需要java环境，先用java-version查看一下是否有java没有则在官网下载一个64位Linux系统的tar文件在/usr下建立一个java文件夹，sudomkdirjava将下载的tar文件拷贝到该目录下，tar-ZXVf解压；安装完毕为他建立一
生物小杨·2023-05-18 20:41

TEtranscripts--计算转座子(TEs)在RNA-seq中的定量和差异表达

写在前面，最近为了解决这个问题，看了很多软件，要么是单细胞技术，要么是物种限制，总之花了挺多时间。本来打算使用SQuIRE，但是卡在了BUILD_refGene.txt(基因注释和TE文件的格式上)，只得作罢，改用这个TEtranscripts.下载wgethttps://github.com/mhammell-laboratory/TEtranscripts/archive/refs/tags/
寒山梦绮·2023-05-05 22:20

NGS分析手把手教学：零基础RNA-seq转录组分析实践，两套方案(2023年最新）

这次是RNA-seq转录组分析。本文主要是指导操作流程，不会浪费篇幅在解释RNA-seq原理上。本章会使用人类基因组，比较组间的差异基因。其他物种的数据同样适用。
Jason数据分析生信教室·2023-04-24 10:38

用GDSC数据库的结肠癌细胞系数据来计算基因与IC50的相关性

另外5-FU还可以转化成5-氟尿嘧啶核苷整合进RNA或者DNA，阻碍蛋白质的合成或者RNA发挥作用。
吴涛_631b·2023-04-21 08:29

CIDP---为sgRNA/guide RNA设计引物

基本过程是设计完sgRNA后需要将sgRNA插入到载体序列中，这个时候就涉及到了插入哪个位点的问题。因为同学们手中可能有各种各样的载体，所以在这里确实没有办法给同学们设置自动化的程序，所以做一个半自动化吧。如导图所示，选择酶切位点后，在这个切割位点两端会有序列（即红色与蓝色部分所示），将这些序列分别放入到下方的④和⑤的位置（不需要反向互补，程序会自动替你做）。然后，是输入sgRNA序列，依然有两种
许东·2023-04-21 02:03

【scRW】[2]Introduction to Single Cell RNA Sequencing

这个专题叫ScheduleforSingle-cellRNA-seqworkshop，那就把这个专题叫做【scRW】吧第二课IntroductiontoSingleCellRNASequencing####目录##1CommonapplicationsofsinglecellRNAsequencing.##2OverviewofsinglecellRNAsequencingplatforms.##
RachaelRiggs·2023-04-21 01:12

bioinfo100-第1题-（1）fasta&fastq

image.png2.测序原理（待填坑）3.分析流程image.png第1题，与FASTQ与FASTA格式有关1.0掌握fasta格式概述一下，fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式，可以储存核酸序列（DNA/RNA
RachaelRiggs·2023-04-21 00:53

外泌体-游离RNA提取方法及特点

BIOG产品特点◎操作简便快速，可在半小时内获得理想的RNA；◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产量更高，较国内同类产品高出20%；◎可用于小量（200μL）血清、血浆
清风拂面vv·2023-04-20 18:16

10X单细胞（10X空间转录组）多样本基因表达动态分析之Lamian

看看简介基于单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据的伪时间分析已被广泛用于研究沿连续生物过程的动态基因调控程
Evil_Genius·2023-04-20 18:32

RNA-seq中的常见问题汇总

参考链接：http://www.huangshujia.me/2018/05/26/2018-05-26-How-Does-Sequencing-Duplicates-happen.html1.RNA-Seq
一只烟酒僧·2023-04-20 13:17

今天来聊聊单细胞测序：单细胞RNA-seq质量控制

单细胞RNA-seq(scRNA-seq)是一种有前途的技术，以表征和解剖细胞间的变化。然而，技术噪音和生物内在可变性的混合使得分离技术制品和真正的生物变异细胞特别具有挑战性。
伍鸿荣·2023-04-20 10:48

喏，这就是你缺的那个lncRNA-靶基因调控分析工具 | lncRNA数据库推荐

近年来，长非编码RNA（lncRNAs）在人类疾病中的作用越来越受重视。
尐尐呅·2023-04-20 10:41

易基因｜组学研究：人类胎儿发育过程的DNA羟甲基化(5hmC)和RNA m5C动态重编程

2022年5月26日，中国科学院研究团队合作以“DynamicDNA5-hydroxylmethylcytosineandRNA5-methycytosinereprogrammingduringearlyhumandevelopment”为题在权威学术期刊《GenomicsProteomics&Bioinformatics》（IF7.691）发表研究论文，该研究通过微量DNA羟甲基化测序技术5h
易基因科技·2023-04-20 04:50

2021-06-29 转录数据的差异分析(DESeq2包)

本研究使用RNA-seq分析了四种不同的经地塞米松(一种合成糖皮质激素分子)处理的ASM细胞系的基因表达变化。他们发现了一些差异表达基因，并将地塞米松处理的ASM细胞与对照细胞进行了比较，但主
学习生信的小兔子·2023-04-20 04:05

易基因｜m5C甲基化研究揭示mRNA m5C对维持果蝇生殖干细胞发育的分子机制

2020年02月18日，Stower研究所解亭教授团队与南方科技大学李思思团队合作研究发现果蝇的YPS蛋白通过优先结合带有m5C修饰的RNA，从而促进果蝇卵巢生殖干细胞的发育。
易基因科技·2023-04-20 03:15

12月week4文献阅读：Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity and malignant progression...

Single-cellRNA-seqhighlightsintra-tumoralheterogeneityandmalignantprogressioninpancreaticductaladenocarcinomaABSTRACTPancreaticductaladenocarcinoma(PDCA)isthemostcommontypeofpancreaticcancerfeaturedwi
米妮爱分享·2023-04-20 03:45

尿液 RNA 如何提取？

BIOG特点◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多；◎可用于尿液样本中RNA的提取，提取后的RNA可用于核酸检测使用；◎不含苯酚和氯仿等有毒溶剂
清风拂面vv·2023-04-20 03:30

外泌体RNA如何提取呢？

产品特点◎操作简便快速，可在半小时内获得理想的RNA；◎提取RNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.8-2.0；◎产量更高，较国内同类产品高出20%；◎可用于小量（200μL）血清、血浆、胸腹水
清风拂面vv·2023-04-20 02:05

RNAseq教程（2.3）

IntroductiontoRNAsequencingInstallationReferenceGenomesAnnotationsIndexingRNA-seqDataPre-AlignmentQC2.Module2-RNA-seqAlignmentandVisualizationAdapterTrimAlignmentIGVAlignmentVisualizationA
周小钊·2023-04-19 21:12

全血 RNA 提取步骤

BIOG产品特点◎操作简便快速，可在半小时内完成血液RNA提取；◎最大限度地去除了血红素、细胞碎片等杂质污染，提取的RNA纯度高，A260/A280为1.8-2.0；◎RNA提取得率高，可在2mL的全血中提取
清风拂面vv·2023-04-19 19:11

2022-05-24

NatRev|R-环和RNA-DNA杂交序列的来源与功能原创huacishu图灵基因2022-05-2409:14发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：huacishuIF=94.444推荐度：
图灵基因·2023-04-19 18:14

新冠病毒致死的7个阶段，无法确定病毒和自身免疫系统谁是凶手

在进入的同时，病毒脱去细胞膜释放病毒的RNA。这个只有3万个碱基对的小小病毒基因片段，会毫无节制地侵占细胞内的生产线，让细胞帮助自己复制，抑制细胞原有的基因表达，当
增量本人·2023-04-19 16:06

零膨胀负二项模型（ZINB，10X单细胞和10X空间转录组的基础知识）

学习一点简单的基础知识单细胞RNA测序(single-cellRNA-seq，scRNA-seq)数据是非常有特点的数据，具有很高的稀疏性(highsparsity)，具体表现为0非常多(zeroinflation
Evil_Genius·2023-04-19 10:36

RNA 7. SCI 文章中的基因表达——主成分分析 (PCA)

在RNA-seq中，主成分分析（PCA）是最常见的多元数据分析类型之一，这期主要介绍一下利用已有的表达差异数据如何分析，别着急，见下文。
桓峰基因·2023-04-19 07:36

人类肝脏的单细胞、单核和空间 RNA 测序可识别胆管细胞和间充质异质性

hello，周二了，隔离的第二天，一个人的日子总是难熬，耐得住寂寞的人，都成了圣人~~~，今天我们分享的文献在Single-Cell,Single-Nucleus,andSpatialRNASequencingoftheHumanLiverIdentifiesCholangiocyteandMesenchymalHeterogeneity,题目上就可以看出来，运用到了单细胞转录组，单核转录组，和空
Evil_Genius·2023-04-19 05:25

转录组分析所需软件

SAMtools，Stringtie/Htseq，Deseq首先先下个conda，便于下载某些软件：1.先将这个链接中的命令跟着走一遍（安装的时候如果失败/出错，重新试一次就可以了，它经常出错）：用conda安装RNA-seq
清珺·2023-04-19 00:54

数据分析：RNA-seq数据的批次校正方法

RNA-seq数据的批次校正方法bulk-RNAseq过程可能存在不同建库批次以及不同测序深度带来的如测序深度等batcheffects，那么该如何整合这些数据。
华仔少年·2023-04-18 13:46

miRNA的简介

microRNAs(miRNAs)是一类长度为18～24nt的小分子非编码RNA,转录后的miRNAs可调节基因表达，参与植物生长发育过程。
上官万尘·2023-04-18 07:15

文献阅读|单细胞+空间转录组-胰腺导管癌

Integratingmicroarray-basedspatialtranscriptomicsandsingle-cellRNA-seqrevealstissuearchitectureinpancreaticductaladenocarcinomas标题：结合基于微阵列的空间转录组和单细胞RNA-seq
_十三·2023-04-18 05:34

比对软件STAR的使用

在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。
生信start_site·2023-04-18 00:47
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