snp

【数据库-3】dbSNP数据库

欢迎关注公众号：oddxix1.dbSNP简介网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/单核苷酸多态性数据库dbSNP(dbSNP,TheSingleNucleotidePolymorphismDatabase
oddxix·2019-12-15 09:39

如果苏格兰独立会怎样？后果严重，英国唯一的核武器基地或被赶走

据英国当地媒体报道，在这一次选举中，一向主张苏格兰独立的苏格兰民族党（SNP），在英国议会下议院的苏格兰地区59个席位中获得了多达48个，比2017年增加了13个，取得绝对多数席位，英国广播公司预计，民族党很可能会在明年
军武次位面·2019-12-15 00:00

GWAS质控要点

首先文献中认为从成千上万的病例和对照中移除少数人对整体几乎没有影响，并且从目前GWAS的大量基因分型SNP中除去小部分可能有关联的SNP也不会显著降低研究的整体效能，但研究中每个删除的SNP都有可能是一个被忽略的疾病关联
Richard_Zhou·2019-12-14 22:59

再看SnapKit

cciView.snp.makeConstraints{(make
皓文_·2019-12-13 01:58

变异vcf文件可视化神器

今天给大家带来一款非常方便好用的SNP变异vcf文件可视化神器:VariantQC。听到这个名字有没有似曾相识的感觉，嘿嘿嘿。没错，那就是FastqC了。
lakeseafly·2019-12-12 13:43

LncBook:综合性的人类lncRNA数据库

为了更好的开展lncRNA的功能研究，科学家收集文献中人类lncRNA相关的数据，包括了表达量，相关疾病，甲基化位点，SNP位点，功能描述等信息，并整理成了数据库LncBook,网址如下http://bigd.big.ac.cn
生信修炼手册·2019-12-12 02:04

GWAS，SNP，和疾病

三种方法如何获取snp信息引用:http://www.bio-info-trainee.com/2100.html#more-2100有研究表明STAT4上的rs7574865和HLA-DQ的rs9275319
Runuply·2019-12-08 17:48

生信小工具：Plink之下载安装与其基本格式（1）

谈起Plink相信熟悉的人更定都会知道，这是一个全面的基因组分析工具集，具有很多的小功能，在SNP数据统计，过滤，GWAS分析中都可以用得上，而且速度非常的快，堪称是生物信息分析软件中神器之一。
lakeseafly·2019-12-08 15:44

haploview进行连锁不平衡分析

ped文件保存的是样本的基因分型结果，这种格式在之前的文章中详细介绍过了；info文件保存的是SNP位点的ID和位置信息，内容如下IGR1118a_1 274044IGR1119a_1 274541IGR1143a
生信修炼手册·2019-12-08 11:51

SnapKit使用学习

，再设置约束一、基本使用实践letredview=UIView()redview.backgroundColor=UIColor.redview.addSubview(redview)redview.snp.makeConstraints
一个ios学习者·2019-12-08 08:02

R数据可视化12:曼哈顿图

该图通常用于全基因组关联研究（GWAS）以显示重要的SNP（来源wiki）。GWAS中常见的曼哈顿图在图中每个点代表一
jlyq617·2019-12-08 07:28

2018-11-02 GWAS实战（五）plink 进阶之数据过滤一条命令

对于我们自然群体，没有家系结构，所以主要是--mindN删个体（基于缺失率）--genoN删snp（基于缺失率）--mafN删snp（基于最小等位基因频率）--hweN删snp（基于A和a不符合哈德温伯格平衡
小郑的学习笔记·2019-12-08 02:51

面膜评测系列九｜赫莲娜贵真的是有贵道理的

1、SNP海洋燕窝水库面膜图片发自App很久不用韩国面膜了，之前用的总是感觉比较鸡肋，补水保湿也不好，膜布也不舒适。这款燕窝面膜关注很久了，还是忍不住买来试试。买的是
两件小事·2019-12-06 12:22

Thrasher2018 SNP与SSR的在系谱重建上的优劣

ThrasherDJ,ButcherBG,CampagnaL,etal(2018)Double-digestRADsequencingoutperformsmicrosatellitelociatassigningpaternityandestimatingrelatedness:Aproofofconceptinahighlypromiscuousbird.MolEcolResour18:953
董八七·2019-11-30 19:00

【注释-2】Annovar-2——Gene-based annotation

确定SNP或CNV是否会导致蛋白质编码变化和受影响的氨基酸。可灵活使用RefSeq基因，UCSC基因，ENSEMBL基因，GENCODE基因，AceView基因或许多其他基因定义系统。
oddxix·2019-11-30 14:36

快讯| 我国新成果登陆《科学》杂志 揭开系统性红斑狼疮“神秘面纱”

月，世界顶级期刊《科学》杂志刊登了清华大学和北京大学联合课题组关于系统性红斑狼疮的最新研究成果[1]——人类膜联免疫球蛋白IgG1重链胞内区存在增加系统性红斑狼疮（SLE）易感性的单核苷酸多态性位点（SNP
干细胞研究员·2019-11-30 04:24

VCF格式的学习及对VCF文件的统计

VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格式，和GATK的VCF格式有点差别。
天秤座的机器狗·2019-11-05 18:46

call SNP from wheat RNA_seq

首先输入文件格式如下下图。S2.png代码如下，这个流程是根据sentieon提供的流程稍加改动而来，这里不再对每一步进行解释，请见谅，另外注意参考基因组要使用染色体分开的那个，直接整条染色体>500Mb,软件不支持：#!/usr/bin/envpython#-*-coding:utf-8-*-__author__='wheatomics'importsubprocesswithopen('inp
Neal_Bio·2019-11-04 19:19

VCF格式文件解读(转)

1，vcf格式说明VCF格式：VariantCallFormat，用于记录variants(SNP/InDel)的文件格式，关于其说明，详见：http://gatkforums.broadinstitute.org
tianzhanlan·2019-11-04 19:11

变异信息那些事（上）

刘小泽写于18.12.31再次知识迭代：打算以上中下三篇来认识一个新事物上篇：主要了解VCF的背景知识；一般我们会从WES的上游得到SNP、InDel等信息，这些重要的信息都保存在VCF中，那么怎么对这些变异进行提取
刘小泽·2019-11-04 15:50

系谱构建中微卫星和SNP的特点

PembertonJ.2008.Wildpedigrees:thewayforward.ProceedingsoftheRoyalSocietyB:BiologicalSciences,275(1635):613–621.SSR微卫星是多年来推断亲缘关系常用的标记（Parkeretal.1998;Jones＆Ardren2003）。它具有其他标记类型不具备的特点：单座位信息，共显性，由于低频下的许
董八七·2019-11-04 04:38

面朝大海，和爱人泡澡喝茶，简直太刺激！

比如在今年双11大促中，IHG就实在是太良心，所有房券类的商品，有SNP！所谓SNP，就是Stay、Night和Points，SNP很重要，在大部分情况下，轻松值回100块钱！
厉害了污星人·2019-11-04 00:00

SNP连锁不平衡图（LD）可视化R包LDheatmap的使用

理解SNPs之间的联系或连锁不平衡（LD）模式对于单体型的选择具有重要作用，然而，对于密集的SNP图谱，随着区域内SNPs数量的增加，很难直接从复杂的VCF文件来看出SNPs间的连锁不平衡关系。
生信杂谈·2019-10-31 06:17

单核苷酸多态性SNP(single nucleotide polymorphism)

定义主要指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。即：在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中，绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象。首先来看看多态性（polymorphism）的英文解释Polymorphism*thequalityorstateofexistinginorassumingdifferen
ScSexplorer·2019-10-10 17:00

使用QTLseqr进行BSA-seq分析

QTLseqr是一个用于BSA-seq的R包，它能够读取GATK输出结果进行过滤，最终使用SNP-index和G统计值的方法进行定位。
徐洲更hoptop·2019-10-05 19:17

如何用binmapr进行遗传定位

binmapr是我折腾的一个R包，它能够将NGS测序得到SNP数据基于binmap进行纠错，用于更好的遗传定位。在阅读本文之前，请先花点时间看看Bin,Bin,Bin！Map,Map,MapNow!
徐洲更hoptop·2019-10-01 21:02

如何用binmapr进行遗传定位

binmapr是我折腾的一个R包，它能够将NGS测序得到SNP数据基于binmap进行纠错，用于更好的遗传定位。在阅读本文之前，请先花点时间看看Bin,Bin,Bin！Map,Map,MapNow!
徐洲更hoptop·2019-10-01 21:02

Array Designer：用于快速、高效设计特定寡聚体的微阵列软件，用于制作全基因组阵列、平铺阵列和重排序阵列

ArrayDesigner有效地设计了数百个用于SNP检测或表达研究的特异性寡核苷酸，或数百个用于cDNA微阵列的PCR引物对。您可以有效地检索、分析和存储数据。
哲想软件·2019-09-25 00:00

基于全基因组测序数据鉴定结构变异的四大类算法总结

不同类型的基因组变异示意图（图片来源：labspaces）上次给大家总结介绍了基因组单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism，SNP）的鉴定方法，今天给大家介绍结构变异（
AIPuFu·2019-09-24 11:00

基于基因组测序数据鉴定单碱基变异的方法总结

单核苷酸多态性，英文singlenucleotidepolymorphism，缩写为SNP，读音为Snip。
AIPuFu·2019-09-21 10:00

mybatis拦截器实现通用权限字段添加的方法

实现效果日常sql中直接使用权限字段实现权限内数据筛选，无需入参，直接使用，使用形式为：select*fromcrh_snp.channelinfowhereshort_codein(${commonEnBranchNo
木叔·2019-09-18 08:38

mybatis拦截器实现通用权限字段添加

实现效果日常sql中直接使用权限字段实现权限内数据筛选，无需入参，直接使用，使用形式为：select*fromcrh_snp.channelinfowhereshort_codein(${commonEnBranchNo
梦醒点灯·2019-09-17 18:00

根据SNP的位置从基因组提取上下游序列

代码如下：#!/usr/bin/perl-wusestrict;die"perl$0"if(@ARGV==0);#Author:[email protected]$vcf=shift;my$genome=shift;my%hash;my$id;openGENOME,$genomeordie$!;while(){chomp;if(/^>/){$id=$_;$id=~s/>//;$id=~s//
raisok·2019-09-04 09:00

小麦WGS分析比对率，测序深度，覆盖度，SNP

resequencingdataanalyses4.png1.mapping率#这里使用的是sort过后的bam；#-@15线程数是15nohupsamtoolsflagstat-@154AL_reseq.sorted.bam>/home/huawei/raw_data/wu/WGS/1_sort_bam/4AL_reseq.sorted.bam.txt&#查看生成内容cat4AL_reseq.s
dandanwu90·2019-08-23 10:57

GATK Best Practices for RNA-Seq

前言GATK是由Broadinstitute开发的用于变异检测(例如:SNP,Indel等)高通量测序数据.目前GATK已经被广泛应用于人类以及哺乳动物从WGS(WholeGenomeSequencing
Zhai1994·2019-08-17 21:28

Dragon star Day 3 Pt.1 关于结构变异、CNV Calling、SNP genotyping、HMM、基于NGS的SV检测

DragonstarDay3Pt.1关于结构变异、CNVCalling、SNPgenotyping、HMM、基于NGS的SV检测Dragonstar2019byKaiWangDetectionofstructuralvariantsinhumanAnnotationandphenotype-driveninterpretationofgeneticvariantsPartⅠDetectionofs
美式永不加糖·2019-08-12 09:49

我的GWAS学习笔记

我前面的两篇笔记做了一些说明：用Beagle做基因型填充基因型填充之后如何过滤0.小白眼中的GWAS第一次听说GWAS是在统计课上，当时的认识是这样的：依次对成千上万个SNP位点，讨论不同基因型在有特定性状
TOP生物信息·2019-08-03 20:54

VCF格式文件的shell小练习

LINUX练习题把突变记录的vcf文件区分成INDEL和SNP条目统计INDEL和SNP条目的各自的平均测序深度把INDEL条目再区分成insertion和deletion情况统计SNP条目的突变组合分布频率找到基因型不是
陈宇乔·2019-07-11 21:51

Genome-wide Complex Trait Analysis（GCTA）

GCTA(全基因组复杂性状分析)工具开发目的是针对复杂性状的全基因组关联分析，评估SNP解释的表型方差所占的比例。(官网：http://cnsgenomics.com/software/gcta/)。
又是一只小菜鸟·2019-07-04 21:25

R输出list！！

file.txt","wa")for(iin1:length(snps)){writeLines(colnames(chr)[info[i,]],c,sep="\t")##一些别的信息writeLines(snp
KK_f2d5·2019-06-14 17:48

R输出list！！

file.txt","wa")for(iin1:length(snps)){writeLines(colnames(chr)[info[i,]],c,sep="\t")##一些别的信息writeLines(snp
KK_f2d5·2019-06-14 17:48

使用ggplot2绘图

image.pnglibrary('ggplot2')setwd('/Users/a/Downloads/0-tmp/0-transfer_to_file/2-SNP_distribution')a<-
野生拟南芥·2019-06-06 21:26

06.如何选取数据集

name111222333444aaabbbcccdddeeefffggghhhiii000根据项目的目的，我们需要探索的其实是SNP之间的关联，落在什么通路上。
大肥口水垫·2019-06-03 22:41

hisat2+featurecounts+DESeq2

/reference/hg19/hisat2/grch37_snp_tran/genome_snp_tran-1gjy2_1.fastq.gz-2gjy2_2.fastq.gz-Sgjy2.sam--summary-filegjy2
njmujjc·2019-05-31 10:49

GWAS 分析练习（二）关联分析

先将协变量信息写入到文件SNP.covar，前两列是FIDandIID，后面的列是协变量，主要有年龄、身高、体重等。表型文件in
上校的猫·2019-05-24 01:36

GWAS分析练习(一) PCA

练习背景我有一批患者WGS测序数据（100例患者），包括SNP和INDEL。患者是服用了一种药物的，想分析下患者的基因型是否和药物的疗效有关，或者与药物的不良反应有关。
上校的猫·2019-05-23 20:13

VCF 生成 plink 输入文件（ped和map）

使用工具vcftoolsvcftools--vcfSNP_merge.vcf--plink--outSNPmap文件有四列，分别为第一列：染色体编号为数字,未知为0第二列：SNP名称为字符或数字,如果不重要
上校的猫·2019-05-22 21:34

转录因子相关调控研究案例（一）

一、调控通路LncRNACCAT2由rs69x3267snp基因转录产生，CCAT2的表达结合转录因子TCF7L2并将其结合到靶标基因启动子上促进基因转录为RNA，这些靶标基因编码与细胞增殖相关的蛋白，
Ray钱·2019-05-08 10:26

MAGMA (gene and gene-set level association test)

1.第一步，注释image.png这一步，我们需要提供的是SNP位置文件，两种二选一：1..snp.loc文件（自己起的名字），三列按顺序SNPID、染色体名（1-24，X，Y，23、24对应X、Y），
不到15不改名·2019-04-24 14:40

Predixcan

转自生信草堂GWAS找到大量的SNP，可是可以解释生物学功能的SNP位点却是很有限的。其结果让人看得眼花缭乱，但是单个SNP功能做不出怎么破？别担心，本文给你新思路。
又是一只小菜鸟·2019-04-23 14:19
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