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SNP2HLA之参考数据集合并提高分型准确性

这几天随便搜索snp2hla软件的参考数据集的时候发现一个韩国科学家写了一个数据集合并脚本，在使用韩国人样本测试时准确性较分别只用两个未合并的数据集准确性有所提高，于是，就找到了论文提供的脚本合并了一下

zd200572·2020-08-08 01:10

SNP服务

RSS(ReceivesideScaling)一般的网络应用主要是跑tcp协议。tcp协议栈在处理大的数据包时会根据需要由OS自动分解为多个分段，每个分段能独立发送到网络对端，再由对端重新组合成可被应用程序识别的完整数据。RSS是一种网卡驱动技术。使用RSS的接收端主机，能利用多核CPU并行处理的特性，同时处理这些分段的报文。最终好处是加快了数据接收速度。提高网络性能：跨多个CPU并行处理分段的报

sunny_jiangsu·2020-08-08 00:49

分享：python海量数据快速查询的技巧

://www.pinlue.com/article/2020/05/2406/0610599842223.html在实际工作中，经常会遇到查询的任务，比如根据某些rs号，检索dbsnp数据库，提取这些snp

銨靜菂等芐紶·2020-08-07 22:37

「简化基因组」如何过滤用GATK分析得到的SNP

GATK官方提供了一个SNP过滤的标准，howto-apply-hard-filters-to-a-call-set,如果你按照它的要求来过滤简化基因组中的SNP数据，也就是如下标准QD>2.0FS>60.0MQ

徐洲更hoptop·2020-08-02 14:48

vcf 格式文件详解

就拿GATK给出的vcf例子说明吧，下面这个文件只表示了一个完整vcf文件的前几个SNP。

HF飞哥·2020-08-02 13:17

下载GATK中存储的snp vcf文件

下载GATK中存储的snpvcf文件写这篇文章的目的是为了以后不迷路，哈哈。我可是花了很长时间二次查找。GATK是我们在找somaticsnp时经常会用到的工具，它可以对可能存在小插入或者缺失的位点进行重新排列和校准!GATK里存储了很多版本的vcf文件以下载hg38版本为例网址为ftp://ftp.broadinstitute.org/bundle/hg38/我们可以在服务器上直接下载wget-

紫色星寂·2020-08-02 12:44

【swift代码精简之道】闭包

逃逸逃逸前：self.imageView.snp.makeConstraints({(make)inmake.top.left.width.height.equalToSuperview()})逃逸后：

AZander·2020-07-31 19:30

关于SNP的过滤（2）：如何使用vcftools进行SNP过滤

继续上一节课教程的下半节，继续介绍一些其他过滤SNP的工具，欢迎大家跟着学习。从现在开始，过滤步骤假定vcf文件是由FreeBayes生成的。

lakeseafly·2020-07-30 03:44

shell并行下载数据

版本一：无并行foriin{1..12}do{echostart`date`wgetftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/rice_4530/VCF/vcf_chr_

sober01·2020-07-29 16:18

SNP分析软件

libslcblas.dll这两个文件，当然也包括data.txt文件文件输入格式由第二行开始，每一行包括每个个体的基因型数据，用markers表示，用制表符间隔开第一行代表患病状态，需要对应每一行数据如果需要加入SNP

撅嘴巴胡搞瞎搞·2020-07-28 20:41

LDheatmap | SNP连锁不平衡图（LD）可视化，自己数据实现版！

本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg连锁不平衡图，用来可视化不同SNP之间的连锁程度，前同事间俗称“倒三角”图。

生信补给站·2020-07-28 20:25

怎么对一组SNP 数据进行统计（频率、哈温平衡检验）

怎么对一组SNP数据进行统计（频率、哈温平衡检验）示例数据1.载入SNPassoc包我们要用里面的函数进行计算。

育种数据分析之放飞自我·2020-07-27 14:58

出身湖南的美国院士，辞去耶鲁大学终身教授，回国筹建北大农学院

°èé¨ééèééèè¨èé·¨¤§èè·ééé2013é§éé°±¤é¤é·2014èèé¤§èè¨è¤§°ééééé¤¤é°èèè¨¨èè§¨è°¨èèèè§éè¨¤§é°¨¨é°¨éè·é¤§(SNP

深夜读者·2020-07-23 00:00

GATK4.1 call SNP

GATK4.0和之前的版本相比还是有较大的不同，更加趋于流程化。软件安装点击此处查看最新版本wgethttps://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.5.0/gatk-4.1.5.0.zipunzipgatk-4.1.5.0.zipGATK简单说明##帮助信息gat--help##列出所有的工具gatk--list##工具的说

斩毛毛·2020-07-14 16:45

【数据库-3】dbSNP数据库

欢迎关注公众号：oddxix1.dbSNP简介网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/单核苷酸多态性数据库dbSNP(dbSNP,TheSingleNucleotidePolymorphismDatabase

Doris_xixi·2020-07-14 04:41

iOS 布局（二）通过第三方库纯代码AutoLayout布局

letbgView=UIView()bgView.backgroundColor=.groupTableViewBackgroundself.view.addSubview(bgView)bgView.snp.makeC

redexpress·2020-07-12 20:35

plink提取指定样本和指定SNP的数据（keep，extract函数）

make-bed--outsample其中，sampleID.txt第一列为提取的样本FamilyID，第二列为Within-familyID（IID）同样的，如果是去除样本，则用参数“--remove”二、提前SNP

weixin_33853794·2020-07-12 08:10

call variant中关于snp筛选的一些思考

关于如何callvariant的问题之前已经陆续整理过一些文章，但是每次分析需要callvariant的数据都会在如何filter的问题上陷入短暂的无助和恐慌。以我目前的观察，只要是callvariant，不管后续分析是干什么用，GATK和bcftools都有几个比较通用的标准，也就是若干和质量相关的筛选标准。但是随着后续分析用途的不同，筛选的标准又略有差别，没有一个非常合适的金标准。常用标准GA

思考问题的熊·2020-07-11 23:24

卡西莫多的礼物·2020-07-11 17:46

perl应用：SNP的提取（2）：从对比序列中找到SNP位点并输出 a.pl

我们从第一步中得到的是一个如下的文件：##mafversion=1scoring=lastz.v1.02.00#lastz.v1.02.00--ambiguous=iupac--notransition--step=20--nogapped--format=maf##hsp_threshold=3000#gapped_threshold=3000#x_drop=910#y_drop=9400#ga

gaorongchao1990626·2020-07-11 06:45

基因数据处理34之使用samtools和bcftools进行变异分析

1.指令：（1）samtoolsmpileup-vfHomo_sapiens_assembly19chr20.fastaNA12878_snp_A2G_chr20_225058.sorted.bam>NA12878

KeepLearningBigData·2020-07-11 03:49

记录一个iOS自定义View使用中遇到问题

被其他透明的视图挡住没有设置userInteractionEnabled为yesframe设置不准确tableView中的cell高度不够我遇到的问题是第三种，frame设置不准确companyCarCountView.snp.makeConstraints

ZhangLei280·2020-07-11 00:05

动植物重测序--变异检测

变异检测指通过高通量测序技术对某一物种个体或群体的全部基因组进行测序及差异分析，获得大量的遗传变异信息，如单核苷酸多态性位点（SNP，SingleNucleotidePolymorphism），插入缺失位点

假装_学霸·2020-07-10 12:55

生信学习笔记：利用GATK call SNP

SNP在基因组中分布相当广泛，近来的研究表明在很多物种基因组中每300bp就出现一次。大量存在的SNP位点，使人们有机会发现与各种疾病，包括肿瘤相关的基因组突变。

ccArtermices·2020-07-09 14:31

2018-03-13

项目结构一、首先执行以下命令：vueinitwebpack-simplevuex-democdvuex-demonpminstallnpminstallvuex-Snp

前端彭于晏·2020-07-08 19:30

听，那安静的轻

SNP-《雨后

米的小草·2020-07-06 14:38

UI: ScrollView 的容器视图 — 约束

scrollView.pagingEnabled=truescrollView.showsHorizontalScrollIndicator=falseview.addSubview(scrollView)//约束scrollView.snp_makeConstraints

plantAtree_dAp·2020-07-06 09:06

生物变异背景知识~逃不过躲不掉，终究要知道

SNP和SNV是一回事吗？还有非同义突变、错义突变、无义突变又是怎么一回事？

刘小泽·2020-07-05 23:42

从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程

很简单的一个shell脚本，从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列，写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件，然后用bwa软件比对到X染色体，作为参考基因组。全部代码如下：mkdir-p ~/tmp/chrX_Y/hg19/cd ~/tmp/chrX_Y/hg19/#condainstall-cbiocondabwa#condainstall-cbiocondasamto

生信技能树·2020-07-02 07:41

ESP数据库简介

ESP全称是NHLBIExomeSequencingProject,是由多个大学和研究结构合作开展的一个大型的外显子测序项目，主要目的是通过NGS技术对不同人群进行SNP分型，来辅助心脏，肺，血液相关疾病的研究

生信修炼手册·2020-07-02 00:45

使用oncotator做突变注释

那么maf格式的数据是如何得来的呢，我们都知道，做完snp-calling一般是得到vcf格式的突变记录数据文件，然后再用annovar或者其它蛋白结构功能影响预测软件注释一下，还远达不到maf的近100

生信技能树·2020-07-01 18:15

Fst的计算原理与实战

它往往从基因的多样性来估计，比如SNP或者microsatellites(串联重复序列一种，长度小于等于10bp)。是一种以哈温平衡为前提的种群遗传学统计

lakeseafly·2020-07-01 09:01

Swift 实现部分圆角简单方式

转载注明作者链接想实现swift部分圆角功能,百度搜了一下都是复制粘贴来的老旧方式,都是用CAShapeLayer实现的.麻烦难用,因为要获取实际bounds,与snp还有冲突.查阅文档后发现,其实很简单

qq619311433·2020-07-01 03:32

用annovar对vcf（SNP&INDEL）文件进行注释

将原始fq文件通过FastQC-align-samtools||GATK等流程最终得到vcf文件，也就是记录某些位点变异的文本文件。但只是通过看vcf文件我们是不知道些变异位点到底是位于基因的exon、intron、UTR等的哪些区域的。所以我们需要对vcf文件也就是这些变异位点进行注释。最常用的vcf注释软件有annovar和snpEff。本文将介绍如何用annovar软件对vcf文件进行注释。

sober01·2020-06-30 20:11

vcf 文件小练习

/reference/lambda_virus.fatmp.bam|bcftoolscall-vm>tmp.vcfVCF4.2格式中，关于SNP和INDEL，已没有Dels这个标签，无IND

Juan_NF·2020-06-28 17:11

annovar 注释除人类以外的SNP

1.准备文件：ref.faref.gtf或者gff3，最好是gtf3，可将gff3转化为gtfsample.vcf2.用gff3ToGenePred与gtfToGenePred工具将gtf或gff3文件转化为reference_refGene.txt（软件来自http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/）gtfToGenePred.d

weixin_30300225·2020-06-27 15:21

Swift 页面自动布局 SnapKit

安装pod'SnapKit','~>4.0.0'导包importSnapKit使用self.view.addSubview(scrollView0)//先把要布局的控件加入视图scrollView0.snp.makeConstraints

吉林天师·2020-06-27 12:30

测多少数据量？几个G？多少reads？如何换算？

要兼顾SNP和低表达量的lncRNA，要测得更深一些~到底需要测多少数据量呢？

wangchuang2017·2020-06-26 22:38

生物信息数据格式：vcf格式

文章目录格式说明实操查看头部注释信息查看样本信息查看主体信息过滤质量值大于80小于20000的标记只保留SNP使用vcftools对vcf文件的操作格式说明VCF格式，VariantCallFormat

sunchengquan·2020-06-26 15:55

ISIS命令行配置

区域认证或路由器域认证：对发送的LSP和SNP都封装认证信息，并检查收到的LSP和SNP是否通过认证

曹世宏的博客·2020-06-25 14:58

ISIS报文类型

ISIS的报文类型IS-IS报文有以下几种类型：HELLOPDU（ProtocolDataUnit）、LSP和SNP。

曹世宏的博客·2020-06-25 14:58

Cytoscape作图，边和节点的颜色设置

数据至少有三行其中第列行和第二列为基因名称（SNP名称），第三列为权重。

qq_37200550·2020-06-25 12:07

Pandas对两个集合进行数据加法运算并合并

在合并过程中如果行列相同的位置,两个数值相加存放到df3中,擦了~这样文字描述起来好绕脑的感觉,还是画个图大概解释一下吧:期望df3的结果:代码上起来:importpandasaspddf1=pd.read_csv("D:/snp

DexterLien·2020-06-24 09:42

Q-Q plot

在GWAS研究中Q-Qplot的X和Y轴主要是代表各个SNP的-lg

lirong0943·2020-06-24 06:50

BIOS/UEFI基础——UEFI网络框架之概述

它提供的接口可以与SNP对接。而SNP是UEFI下操作网络的基本接口。另外关于安全启动部分，在上图中也没有体现，它实际上讲也不属于网络栈的部分。

jiangwei0512·2020-06-23 21:57

BIOS/UEFI基础——EFI_HANDLE

ImageHandle一个普通的DXE模块的入口(以Snp.c举例)：EFI_STATUSEFIAPIInitializeSnpNiiDriver(INEFI_HANDLEIma