snp 第10页

从VCF文件画PCA图

1.使用plink获取SNP_test.eigenvec文件plink--maf0.05--allow-extra-chr--vcfSNP.vcf--pcaheadertabs-outSNP_testeigenvec

细雨春风·2020-06-23 00:41

10 月 18 日 NGS总览学习

分为DNA-seq和RNA-seqDNA-seqCHlP-seqEXon-seqwhole-DNA-seq研究的目的：研究转录因子TFDNA结合位点表观遗传修饰DNA甲基化全基因组测序寻找遗传变异位点SNP

小郑的学习笔记·2020-06-22 21:33

学习日志-Swift

2017年度7月Swift7月4号学习swiift版约束库--SnapKit简单易用,上手很快,语法也跟masonry很像,会用masonry,使用这个就不成问题grayview.snp.makeConstraints

sunny冲哥·2020-06-22 20:54

VCF格式详解

VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格式，和GATK的VCF格式有点差别。

vincentluo91·2020-06-22 07:49

想法

通过今天对《生物信息学》的一点阅读，慢慢对生物信息有了一点点宏观的认识，前几个月都搞错了方向，对于生物信息学专业说到底最基础需要的知识还是生物知识，什么是SNP？什么是CNV？什么是多序列联配？

陈洪瑜·2020-06-21 13:05

生物基因数据文件——vcf格式详解

www.cnblogs.com/emanlee/p/4562064.htmlhttp://www.bbioo.com/lifesciences/40-112830-1.html1.什么是vcf文件VCF是用于描述SNP

vickyleexy·2020-06-21 08:05

用R包（circlize）画circos图

打算用R包画一个circos图来表示每条染色体上的snp位点的大致情况，虽然走了很多弯路，最后还是用最笨的方法画出来了，但是还是有一些小问题需要再琢磨琢磨。

elaine0622·2020-06-21 05:12

外显子数据处理笔记 3 ANNOVAR | 注释

学习资料：用annovar对snp进行注释(http://www.bio-info-trainee.com/441.html)ANNOVAR|注释(https://www.jianshu.com/p/7607c894eaae

程凉皮儿·2020-06-19 17:10

LDheatmap | SNP连锁不平衡图（LD）可视化，自己数据实现版！

本文首发于“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg连锁不平衡图，用来可视化不同SNP之间的连锁程度，前同事间俗称“倒三角”图。

生信补给站·2020-05-09 10:00

2020-04-28 eMAGMA 基于基因的关联分析（准备工作）

本教程是手把手教你如何使用eMAGMA的指南，eMAGMA是一种通过将SNP分配给组织特异性eGenes来进行eQTL基因测试的方法，如Gerringetal.,2019a,Gerringetal.,2019b

程凉皮儿·2020-04-28 20:09

VCF文件格式

VCF4.3官方文档VariantCallFormat，可以用来表示单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（InDel，也就是短片段的插入与缺失）、结构变异(SV:StructuralVariant，也就是大片段的插入与缺失

#WANGC·2020-04-26 19:33

plink各种格式转换及简单命令

bed文件包含SNP数据，是二进制格式，不能由Notepad++等文本编辑器打开。bim文件包括SNP位置信息。fam文件包括家系表型信息，这两种文件都是文本格式。1、ped/map转换

又是一只小菜鸟·2020-04-16 16:17

「生信练习题」从SnpEff注释得到的VCF中过滤4DTV位点

Resequencingof414cultivatedandwildwatermelonaccessionsidentifiesselectionforfruitqualitytraits"的方法部分，作者提到他们使用位于四倍兼并位点(fourfolddegeneratedsites)上的SNP

xuzhougeng·2020-04-14 18:42

2019-08-25

基因片段上的位点，碱基，多少个碱基位点30亿个snp，蛋白质种。蛋白质比基因多。测70.80个位点，能分析清楚吗？很难。围绕位点测，很多位点碱基，在转录时被切掉很多，内含子，外显子。

窗边的小米豆·2020-04-12 20:39

2017.11.30-第一次解决实际问题，用本地blast 找SNP位置-blast构建本地库

这次刚好哈，有个任务让我解决一下，具体如下：现在有8000多个snp序列（油菜），我想知道这8000多个snp序列具体在哪条染色体上？好了，这个问题看似很简单，但是我还是花了很多时间，走了很多坑。。。

小郑的学习笔记·2020-04-12 11:52

珍惜当下（二百五十）

萨拉芯雪·2020-04-12 04:46

基因检测需要多少钱？

基因检测，取被检测者的血液、口腔粘膜细胞，经提取和扩增其基因信息后，通过基因芯片技术或超高通量SNP分型技术，对被检测者细胞中的DNA分子的基因信息进行检测，分析他所含有的各种疾病易感基因的情况，从而使人们能及时了解自

检爱网基因检测·2020-04-08 14:09

2018-10-16

生信学习笔记转录组是测表达量WES是测变异与否WES数据分析WES全外显子测序对SNP和indel体细胞变异敏感度较高外显子占全基因组1%左右因此与全基因组测序相比对重复变异敏感度不高流程学习材料见给学徒的

Vikenn·2020-04-07 01:01

燕窝力Max！让肌肤爆水的防晒霜

由韩国女星李妍熙倾情代言的SNP，以高品质和亲民的价格俘获韩国本土MM的芳心，更远销美国、中国等地。这款SNP防晒霜质地清爽轻盈，涂抹后没有粘腻感，能瞬间被肌肤吸收。

跨境通·2020-04-06 13:11

暑期社会实践第四日

同时，了解到SNP在基因组上的分布是不均匀的，且主要分布在基因间区。下午，身着实验服，脚踩鞋套的我们参观了与建库有关的实验室，实

好害羞哦·2020-04-06 11:01

我的最爱❤️

这个夏季最爱的两款面膜是美迪惠尔的DNA保湿面膜和SNP燕窝面膜图片发自AppDNA的面膜纸的手感超好，质感很软很软，精华液很足，像牛奶一样是白色的，贴合皮肤感觉特别能吸收精华，而且他还是带唇膜部分的，

姚小姐Yvette·2020-04-05 10:50

iOS开发 | swift中自动布局框架SnapKit的使用

letredView=UIView()self.view.addSubview(redView)redView.backgroundColor=UIColor.red创建约束//创建约束redView.snp.makeConstrai

keenteam·2020-04-05 00:20

perl模拟癌症细胞测序

癌细胞的变异普通细胞有原癌基因和抑癌基因，在抑癌基因被破坏时，就产生了癌细胞，但正常的SNP和Indel是很难破坏基因的，除非是大量的SNP、Indel或者另外一种变异fusion。

破冰前行·2020-04-04 11:54

Wolc2016 大效应QTL BayesB和BayesC优于GBLUP检测

MixturemodelsdetectlargeeffectQTLbetterthanGBLUPandresultinmoreaccurateandpersistentpredictions.JAnimSciBiotechnol7:7.doi:10.1186/s40104-016-0066-z背景：SNP

董八七·2020-04-03 03:38

UI：约束

这样是对的ifcount>0{letcontainerView=UIView()scrollView.addSubview(containerView)containerView.snp_makeConstraints

plantAtree_dAp·2020-04-02 00:32

hisat2比对

一、建立索引建立基因组索引*hisat2-build–p4genome.fagenome建立基因组+转录组+SNP索引：bowtie2的索引只有基因组序列信息，tophat2比对时，转录组信息通过-G参数指定

小鹏_哒哒哒·2020-03-26 15:52

从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程

很简单的一个shell脚本，从UCSC里面单独下载X,Y染色体的fasta序列，写脚本从Y染色体序列里面模拟双端测序的fastqa文件，然后用bwa软件比对到X染色体，作为参考基因组。全部代码如下：mkdir-p ~/tmp/chrX_Y/hg19/cd ~/tmp/chrX_Y/hg19/#condainstall-cbiocondabwa#condainstall-cbiocondasamto

生信技能树·2020-03-26 00:53

2019-08-01 VCF格式文件解读(转)

文章来源https://www.jianshu.com/p/3151fe7db47e1，vcf格式说明VCF格式：VariantCallFormat，用于记录variants(SNP/InDel)的文件格式

Koalaemu·2020-03-25 15:28

AutoLayout的那些事(一)

以前的label.frame.origin.y+label.frame.size.height+10如今只用：button.snp_makeConstraints{$0.top.equalTo(label.snp_bottom

MangoMade·2020-03-25 03:33

12号0点护肤品合集

①【前1小时￥29.90】曼秀雷敦男士控油祛痘洗面奶②【前30分钟买1送1】一叶子酪梨洗面奶③【前4000件￥59.00】SNP洗面奶④【前1小时买1送1】雅丽洁芦荟卸妆水⑤【前500件买1送1】森田药妆

天猫淘宝活动分享·2020-03-25 02:10

R与ASreml-R遗传参数评估培训会通知

ASreml可对数量性状、阈值性状、分类性状、SNP标记等多个性状进行分析，并可

育种数据分析之放飞自我·2020-03-25 00:00

动植物重测序--群体进化

群体进化研究,利用全基因组或简化基因组重测序技术获得某物种自然群体各亚群的基因组信息,得到大量的SNP、InDel、SV和CNV等变异信息，然后基于SNP／CNV讨论群体的遗传结构、基因交流情况、物种形成的机制以及群体进化动态等生物学问题

假装_学霸·2020-03-24 16:07

初识GATK

最初，GATK被设计用来分析人类基因组和外显子，主要用来寻找SNP和indel。

曹务强·2020-03-24 08:27

2019-06-11 解读vcf格式文件

genome_denovo/article/details/78697679第二章：生物信息分析第一节：解读vcf格式文件1，vcf格式说明VCF格式：VariantCallFormat，用于记录variants(SNP

Koalaemu·2020-03-21 11:13

CNV变异和中级绘图

今天可能双11，生信微信推送很多都暂停，只有一篇关于CNV变异的推送，其次今天进一步学习了先前的推送--中级绘图CNV变异指的是拷贝数变异，与SNP同等重要，甚至可以说比SNP还要重要，不仅在人类基因组

陈洪瑜·2020-03-20 20:15

基因检测

基因检测原理人体细胞核内有23对染色体，全部染色体上面有31.6亿个碱基对，碱基对位置上会产生变异，这个变异位点叫SNP，目前已知或被命名的SNP数将近6000多万个，人体DNA差异目前大部分是SNP上的差异

liseri·2020-03-20 12:04

生物信息必备技能 -- 查找 SNP 突变后的氨基酸

生信虐我系列之--几个必备小程序：这个程序可以根据提供的SNP位点信息，以及参考注释信息对SNP位点突变前后的氨基酸进行比较。

正踪大米饭儿·2020-03-20 10:07

面膜篇

这两天常用的几款面膜SNP海洋燕窝面膜图片发自App图片发自App图片发自App美迪惠尔蓝色补水面膜图片发自App图片发自App美肌颜小绿盒面膜图片发自App图片发自App图片发自App这三款的补水效果我觉得都挺好的

当我的阳光吧·2020-03-20 04:28

2017-12-10

面膜类：Ray金色／银色肌美精3D面膜药丸面膜蓝色/绿色春雨蜂蜜面膜佑天兰果冻面膜红色／蓝色／黄色SNP燕窝面膜桃花面膜粉色／绿色香浦丽黄金软膜香浦丽黄金眼膜ahc眼霜澳洲绵羊油面霜／牛油果面霜面膜类：

一头超能吃的猪·2020-03-20 00:45

突变需要学习的知识点

学习Jimmy直播我的基因组系列SNV（经常会被混着SNP来称呼，我们先不纠结这个细节）通常一个人的全基因组测序数据可以挖掘到四百万个SNVs(跟参考基因组不一样的单碱基位点)，还有五十万的indels

一路向前_莫问前程_前程似锦·2020-03-18 16:15

SNP(Single Nucleotide Polymorphism)

Recently,I’mstudyingGeneticsandthereisanimportantconceptcalledSNP,orSingleNucleotidePolymorphism,inmyfirstproject.SinceSNPisveryimportantforunderstandinghumangene,Iwouldliketomakeabriefintroductiontoi

鹏抟九万·2020-03-17 18:30

Cosme大赏第一的眼周燕窝滋补餐

请肌肤吃燕窝的名媛们敷了洋葱海外仓的SNP燕窝面膜，又怎会漏掉娇嫩需要滋补的眼周小角落，平时稍有怠慢，干纹细纹就会找上门来。樱花国名媛对燕窝护肤也很上道，爱用OneC果冻眼膜请眼周肌肤奢享燕窝营养。

跨境通·2020-03-17 14:45

iOS Swift3 文本的使用UILabel&&iOS UIFont 字体名字大全

lbl.textColor=UIColor.whitelbl.font=UIFont(name:"Arial-BoldMT",size:25)lbl.textAlignment=.center//文字中心对齐lbl.snp.makeConstraints

良辰岁月·2020-03-15 10:07

SNP分型检测服务—同科生物专业为您服务

SNP分型检测服务原理：核苷酸是DNA的基本单位，是碱基与其它物质化合反应后形成的。当某一核苷酸内的单个碱基发生了变异，就会引起这个核苷酸的变异，造成DNA排列顺序

toneker·2020-03-14 18:20

“冻龄”女神的保鲜“膜”法在这里！

试试药妆品牌SNP面膜！✎SNP品牌故事文彩元倾

彩妆国季·2020-03-13 16:04

我是哈哈哈

正常吧，需要学的东西就好多呀，搞了一天bowtie2可能还没比对结束.然后就试着看了一下vcf文件，这tm是个陨石坑呀，就单单注释的snp文件都已经让人上头啦，还过不过了，不过了。

时间众筹俱乐部·2020-03-13 07:35

【注释-2】Annnovar-1——概述

annovar介绍ANNOVAR是由王凯编写一款变异位点注释软件，利用最新信息功能注释从不同基因组检测到的遗传变异，可以对SNP和indel进行注释，也可以进行变异的过滤筛选。

oddxix·2020-03-08 12:00

UIView（视图）

lazyvarbgView:UIView={letview=UIView()view.backgroundColor=UIColor.whitereturnview}()bgView.snp.makeConstraints

龙马longma112·2020-03-08 10:39

区块链社区SoCo基金会成立

2018年6月28日，SoCo基金会在新加坡成立，并启动了SoCo和SNP项目。SoCo和SNP项目基于区块链技术来解决当前社交网络应用生态的中心化问题。

SoCo数果·2020-03-04 23:46

链式编程和函数式编程的简单理解

链式编程此前看到SnipKit中运用了很多链式编程的代码，感觉非常好用：例如：//此段就是链式编程的典型代码make.bottom.equal(label.snp_center)看了上面的代码可以清楚的看出

BlueEagleBoy·2020-03-04 02:24

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