snp

Gene mutation analysis of cancer and targeted drug recommendation system

解决的问题根据癌症病人的肿瘤组织和正常组织的测序数据，使用一系列软件对其进行数据处理和分析，找出病人的体细胞变异（主要是SNP和indel），然后对变异进行注释与解读，并根据变异信息精准地推荐可能对该名患者疗效较好的药物
a7c1cfdfca13·2019-04-18 15:18

R读入大文件

尝试使用read.table(),snp位点太多，即使很少个体也需要很长时间，并且内存不够。所以我们删除raw文件的前六列，只保留geno文件，以matrix形式读入。
KK_f2d5·2019-04-03 14:45

如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所传递的信息

Manhattanplot（曼哈顿图）比较简单，它是把GWAS分析之后所有SNP位点的p-value在整个基因组上从左到右依次画出来。并且，为了可以更加直观
黄树嘉·2019-03-19 22:55

swift WYYFlow超轻量级框架

flow.pngVC代码示例：letvm=VM()letm=Choose(vm)letv=List(vm)self.view.addSubview(v)v.snp.makeConstraints{(make
wangyongyue·2019-03-15 22:38

SNP检测，就用飞行时间质谱(MALDI-TOF)法，超精准！

从理论上来看每一个SNP位点都可以有4种不同的变异形式,但实际上发生的只有两种，即转换和颠换,二者之比为2:1。
熙氧夕夏·2019-02-27 16:43

TERMIPol DNA聚合酶，完美助力飞行时间质谱法SNP分析！

单核苷酸多态性（SingleNucleotidePolymorphisms，SNP）主要指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，是人类可遗传的变异中最常见的一种。
熙氧夕夏·2019-02-27 16:21

熬夜烂脸！换季过敏！用它，一夜回春！

SNP燕窝面膜，4ml/支想着出门前有在行李箱里塞了几支“急救”面膜，就赶紧拿出来用了，面膜是条状的，很方便携带，用量也是一次一支，方便又卫生。
美芽·2019-01-22 00:00

2019-01-10 杂谈

大概太久没有接触基因的东西了，今天开始查这些snp
蜕变的林林·2019-01-10 22:40

IS-IS 中间系统到中间系统的认证

ISIS认证1.接口认证---L1和L2的IIHhello报文进行认证2.区域认证---针对L1的SNP和LSP进行认证3.路由域认证---针对L2的SNP和LSP进行认证方式三种：1.null2.明文
cutesk·2019-01-05 16:43

绘制 SNP 密度图

一般使用CMplot绘制SNP密度图：包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot要绘制SNP密度图，仅仅需要三列即可：a.第一列是SNP名称b.第二列是染色体c.第三列是
正踪大米饭儿·2018-12-17 19:22

SNP位点寻找流程——傻瓜版

本人通过无数个网上文章的指导，无数个萝卜的坑，终于摸索出了一整套完整的、傻瓜式的寻找全基因组的SNP实操流程。仅以此文纪念我这俩个月的努力。首先获得序列。序列的这一块我是已有的。所以也算不上训练。
対MS特技兵·2018-12-07 11:41

hisat2的index差别

1.下载三个index：2.重命名为：hisat2_grcm38_genome_index/genome[1-sam]hisat2_grcm38_genome_snp_tran_index/genome_snp_tran
苏牧传媒·2018-11-19 16:28

for循环

index=/media/pc/disk1/sun/refdata/ensembl_GRCm38/02_hisat2_all_index/genome_snp_tranforiin`cat/media/
苏牧传媒·2018-11-14 23:00

群体遗传中基于SNP的PCA分析

基于群体遗传中变异信息文件VCF来分析PCA第一种方法可以使用plink软件直接进行分析plink--vcfall_genotypegvcf_filter_remove.vcf--pca-outall_genotypegvcf_plink会有三个结果文件，all_genotypegvcf_plink_plink.log：这个是日志文件all_genotypegvcf_plink.eigenval：
灵动的小猪·2018-11-14 11:12

swift SnapKit适配iPhone X等

//在安全区域内设置约束（x系列刘海，下方的按钮都不计算在安全区域内）make.bottom.equalTo(view.safeAreaLayoutGuide.snp.bottom)
MrLSX·2018-10-30 17:31

10.15 GATK2 变异检测 VQSR mac的ftp连接brew下载

每个样本先各自生成gVCF，然后再进行群体joint-genotype程序成功生成文件接下来进行VQSR:VariantRecalibratorApplyRecalibrationmode选择indel,SNP
KK_f2d5·2018-10-19 11:21

ISIS路由协议基础

2.LSP：链路状态信息单元，它包含了链路状态的更新，类似OSPF的LSU3.SNP：包含了两种，一种叫CSNP，一种叫PSNPCSNP：Completesequencenumberpacke
liu008qing·2018-09-27 16:54

常见格式——VCF

1）VCF格式简介VCF格式：VariantCallFormat，是用于表示SNP,indel,和structuralvariationcalls的文件格式。
oddxix·2018-09-27 15:01

2018-09-23 WES流程文件解读1

是利用目标序列捕获技术，将全基因组编码基因外显子区域的DNA捕获并富集后，进行高通量测序的基因组分析方法通过测序可以找到大量的单核苷酸多态性位点(SingleNucleotidePolymorphism,SNP
凤凰_0949·2018-09-24 13:50

全基因组重测序基础及高级分析知识汇总

通过全基因组重测序，研究者可以找到大量的单核苷酸多态性位点（SNP）、拷贝数变异（CopyNumberVaria
oddxix·2018-09-20 17:41

安徽师范大学生命科学学院赴微分基因暑期社会实践活动

生物信息对于使用计算方法解决生物问题的生物信息，李老师主要从生物信息的定义、解决的问题、关键问题和具体的应用示例四方面给成员们概述了生物信息，主要研究中心法则、组学、SNP在序列中的情况的生物信息引起了团队成员们的关注
17生制张媛媛·2018-07-25 16:57

SNP芯片的原理

SNP芯片的原理Illumina的SNP芯片原理Illumina的SNP生物芯片的优势在于：第1，它的检测通量很大，一次可以检测几十万到几百万个SNP位点第2，它的检测准确性很高，它的准确性可以达到99.9%
wangprince2017·2018-07-06 20:41

Swift

/MARK-:替换#pragmamark-#warninghttps://blog.csdn.net/lengshengren/article/details/49129043//snapKit的使用snp.right
Hamiltonian·2018-05-21 15:18

创建一个自己的composer包

这种想法并不新鲜，Composer受到了node’snp
无风的雨·2018-03-17 00:00

biostar handbook(十)|如何进行变异检测

常见的基因组变异一般可以归为如下几类：SNP，单核苷酸多态性,一个碱基的变化INDEL，插入或缺失,一个碱
徐洲更hoptop·2018-02-05 22:06

全基因组重测序数据分析

Introduction)通过高通量测序识别发现denovo的somatic和germline突变，结构变异-SNV，包括重排突变（deletioin,duplication以及copynumbervariation）以及SNP
高锦-生信·2018-01-16 13:46

UITableView使用代码添加使用Snapkit控制全屏显示 iOS11适配

view.snp.makeConstraints({(make)inif#available(iOS11.0,*){make.edges.equalTo(self.view.safeAreaLayoutGuide.snp.edges
皓月明·2018-01-10 15:45

一个Loading动画

动画即可：///缩小privatefuncscaleToSmall(){guardisAnimatedEnableelse{return}isAnimating=trueself.contentView.snp.updateConstraints
囧书·2017-12-07 22:55

Snapkit，调用layoutIfNeeded后x、y为负数。

self.contentScrollView.addSubview(self.feedbackBtn)self.feedbackBtn.snp.makeConstraints{(make)inmake.top.equalTo
丿沧海一粟丿·2017-12-05 00:11

测序与平台

学员分享-Chip-seq实战分析流程从fasta序列里面模拟测序的reads走SNP-calling流程浅谈Blast&Blat
王诗翔·2017-10-23 18:08

生物基因数据文件——vcf格式详解

1.什么是vcf文件VCF是用于描述SNP（单个碱基上的变异），INDEL（插入缺失标记）和SV（结构变异位点）结果的文本文件。
高锦-生信·2017-09-29 16:32

SnapKit 源码解读

SnapKit是一个使用Swift编写而来的AutoLayout框架,通过使用Snapkit,我们可以通过简短的代码完成布局例如,我们要一个label居中展示snplabel.snp.makeConstraints
yww·2017-09-19 22:21

如何从千人基因组网站下载数据并据此选tag SNP？

由于HapMap网站关闭，许多网上流传的选择tagSNP的方法不能用了，但是还有千人基因组网站的数据能用，本文详述如何从千人基因组网站下载某个区段的位点信息并导入Haploview来选择tagSNP。1、VCFtoPEDConverter是千人基因组网站自带的将vcf转换为HapMap格式的在线工具，数据现在可以不用下载，直接输入基因的位置信息就可以转换了，但是使用前要注册下。VCFtoPEDCo
Richard_Zhou·2017-08-25 20:18

使用SnpEff 对SNP结果进行分析

SnpEffisavariantannotationandeffectpredictiontool.Itannotatesandpredictstheeffectsofvariantsongenes详细的说明请阅读：http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html一，安装：首先在家目录下，下载安装包wgethttp://sourceforge.net
msw521sg·2017-08-11 21:37

Swift编程之SnapKit基本使用

SanpKit最新版本支持了Swift3，Swift2迁移至3的时候只需要先更新至最新版本然后进入你的工程（注意是工程，而不是workspace）搜索:snp_然后替换为:snp.
无奈iOSer·2017-06-02 17:22

《机器学习》（周志华）学习笔记（二）模型评估与选择

过拟合与欠拟合问题P.SNP问题为非确定性多项式（non-deterministicpolynomial），只可用一定数量的运算解决多项式时间内可解决的问题（多项式时间：在计算复杂度理论中，指的是一个问题的计算时间
牛奶蜜糖·2017-05-20 14:32

Python使用defaultdict读取文件各列的方法

/usr/bin/python"""USAGE:python*.pyalign_SNP_siteout_file"""importsys#importtimefromcollectionsimportCounter
盛意兄弟·2017-05-11 12:52

oracle通过DBlink连接oracle

1.1赋权（将crh_snp用户赋权具体创建dblink权限）在sys用户下，把CREATEPUBLICDATABASELINK，DROPPUBLICDATABASELINK权限授予给你的用户grantCREATEPUBLICDATABASELINK
q5997630·2017-04-06 16:13

全基因组重测序数据分析

Introduction)通过高通量测序识别发现denovo的somatic和germline突变，结构变异-SNV，包括重排突变（deletioin,duplication以及copynumbervariation）以及SNP
g863402758·2017-02-07 00:00

python Pandas 读取数据，写入文件

os>>> os.chdir("D:\\")>>> d = pd.read_csv("GWAS_water.qassoc", delimiter= "\s+")>>> d.loc[1:3]   CHR SNP
qizok·2017-01-13 15:17

用Masonry或者Snapkit或者sd_layout布局，得不到控件的尺寸

每当用Masonry(Snapkit、sd_layout)等布局的时候，布完，在后面想得到控件的尺寸时，显示为0.例如rightBtn.snp_makeConstraints{(make)inmake.right.equalTo
飘在空中的小饼神·2016-12-07 17:33

韩国面膜排行榜10强_最好用的韩国面膜Top10

韩国面膜排行榜10强_最好用的韩国面膜Top10：韩国自然乐园芦荟胶面膜，韩国可莱丝WHP蓝竹炭面膜，韩国自然乐园芦荟胶面膜，SNP韩国动物面膜贴，韩国人气款SNP动物面膜贴，韩国可莱丝NMF针剂水库面膜
半糖app·2016-11-15 13:59

Terminating app due to uncaught exception 'Cannot Install Constraint', reason: 'No common superview

UIImageView.init()imageView.image=UIImage(named:"comment_head")backView.addSubview(imageView)imageView.snp_makeConstraints
CornerAndCorner·2016-09-29 15:37

机器学习python处理文本数据 代码

tangchao/Desktop/GD462.GeneQuantRPKM.50FN.samplename.resk10.txt')fout=open('/Users/tangchao/Desktop/snp1
ecortc111·2016-08-02 19:04

Swift如何使用Masonry和SnapKit

SnapKit：v.snp_makeConstraints{(make)in由于swift和oc语法不一样equalTo(self.view)是传入参数make.top.equalTo(self.view
BX_Jobs·2016-07-15 10:35

SnapKit自动布局(二)

snp_updateConstraints效果图如下。ShowYourCodevarbutton:UIButton!
这块显卡有点冷·2016-05-20 00:00

Swift 自动布局

pod‘SnapKit’,‘~>0.19.1’self.addSubview(textField)textField.snp_makeConstraints{(make)->Voidin make.left.equalTo
Emperor_huanzi·2016-05-03 16:00

sprintf 与snprintf

char*str,size_tsize,constchar*format,....)snprintf最多从源串中复制size-1个字符到目标串中，然后再后面加一个\0，sprintf没有这样的限制，使用snp
leiting_imecas·2016-04-07 18:00

SnapKit使用

https://github.com/SnapKit/SnapKiticonView.snp_makeConstraints { (make) -> Void in         make.centerX.equalTo
TaciturnKnightYQ·2015-12-10 18:00

基因组变异检测概述（SNP、InDel、SV）

首先，在开始之前我觉得有必要稍微科普缓冲一下，以便不使得不熟悉生物信息或基因组的客官们疑惑。O(∩_∩)O！1.基因组：每个人都有一个基因组，这里的“基因组”并不只是“基因”的集合，基因是控制性状的遗传单元（什么是性状呢？性状也可以狭义的理解为个体的各种外在和内在特征，比如头发和眼睛颜色，高矮胖瘦，抵抗力强等），但是基因组所指的其实是我们的所有遗传信息，而不单单只是一些外在和内在特征，也包含很多目
六加七等于十三·2015-12-09 14:25
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