vcf

snp数据构建NJtree（phylip软件）

85978856https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/13022301.html一安装phylipcondainstall-cbiocondaphylip二下载vcf2phylip.py
铃_0d92·2021-06-21 15:27

群体遗传笔记（一）：群体间选择信号的检测及GO注释

从获取下机数据做质控、比对，到callingsnp获得vcf文件这一步，网上已经有非常详细的教程，有GATK4.0和全基因组数据分析实践（上），还有Samtools+bcftoolsCallSNP等等。
有梦的少年橙·2021-06-20 15:22

bedtools----getfasta

getfasta可以根据BED/GFF/VCF文件提供的feature在染色体上的位置信息，从fasta中提取feature的碱基序列bedtoolsgetfasta[OPTIONS]-fi-bed-foTipTheheadersintheinputFASTAfilemustexactlymatchthechromosomecolumnintheBEDfile
_eason_·2021-06-15 05:06

生信数据分析常见格式（一）

前言首先，这篇文章介绍的文件格式格式：基因组fasta、测序数据fasta、基因组不同软件构建的索引文件index、fastq、sam、bam、bed、gtf、gff、vcf、bigwig、wiggleimage.png
Biofantasy·2021-06-14 16:33

admixture 群体结构分析

admixture软件一共分为5步：#step1将vcf文件转化成ped文件/USER/zhusitao/Software/
zhusitao·2021-06-13 19:58

picard:处理HaplotypeCaller断点的问题--gatk提取指定染色体vcf文件

重要信息：所有的vcf一定不要手工修改，否则gatk会报错。尽管你知道那个地方的正确值，但是不用用除了gatk和picard以外的工具修改，除非后续步骤不需要使用gatk.否则gatk会报错。
wo_monic·2021-06-13 12:19

系统发育（进化）树绘制小结

如果要从vcf或hapmap等格式文件构建，则需要做一些处理。可以用类似SNPhylo的流程来处理，它支持VCF，HapMap和简单SNP数据格式作为输入。当你下载安装的时候，你会发现它用的也是PHY
bioin·2021-06-07 21:31

VCF文件格式说明

2.VCF的主体结构VCF文件分为两部分内容：以“#”开头的注释部分；没有“#”开头的主体部分。去掉了头部的注释行，只留下了代表每一行意义的注释行。主体部分中每一行代表一个Variant的信息。
晓佥·2021-05-20 13:43

vcf注释软件VEP

一、简介VariantEffectPredictorTheVEPisasoftwaresuitethatperformsannotationandanalysisofmosttypesofgenomicvariationincodingandnoncodingregionsofthegenome.Fromdiseaseinvestigationtopopulationstudies,itisacr
大魔王鱼鱼鱼·2021-05-20 05:51

2019-08-01 VCF格式的学习及对VCF文件的统计

www.jianshu.com/p/38f734ae47f5天秤座的机器狗关注0.92018.08.0314:52*字数2060阅读2137评论0喜欢15部分摘自#VincentLuo91的博客Part1VCF
Koalaemu·2021-05-15 03:35

2018-02-07 记录一次变异检测实战过程

gffgftgff32软件准备fastqc:质量检测Trimmomatic：质控BWA：比对软件samtools:操作bam文件picard:gatk4.0已经包含gatk:变异检测snpEff:注释vcf
小郑的学习笔记·2021-05-13 22:04

最全Bedtools使用说明--只看本文就够了

Bedtools可以对基因组广泛使用的数据格式BAM,BED,GFF/GTF,VCF进行处理，进行取交集、并集、补集、计数以及格式转变等操作。
生信小书童·2021-05-12 21:30

bcftools的常用命令

tabixindextabix-pvcfmyvcf.vcf.gz#或者用bcftoolsindex-t--threads10myvcf.vcf.gz提取指定染色体tabix-hmyvcf.vcf.gzchr1
石博士·2021-05-08 11:48

从vcf文件提取exon中的snp和Indel

首先制作bed格式的文件包含基因组全部的外显子区域坐标如下：#downloadgff3filewget-chttp://rice.plantbiology.msu.edu/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotation_dbs/pseudomolecules/version_7.0/all.dir/all.gff3cmd:perl-alne'{pr
sober01·2021-05-07 05:53

VCF文件格式说明

1.VCF介绍CVF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是CVF格式，和GATK的CVF格式有点差别。
枫狂灬呆子·2021-05-03 14:04

利用luigi建立流程化的分析脚本

正如WGS或WES的Germline位点calling流程所说到的一系列的处理方法，从生信人一般来说接触到的最原始的fastq文件一直生成到vcf位点文件的流程。
栽生物坑里的信息汪·2021-04-28 04:49

生物信息基础

生物信息基础（计算机方面）by张成龙此篇为开篇，大多为自己总结和参考老刘的老本PLINK文件格式自从plink更新到1.9/2.0以后，它接受多种输入格式，常用的是它自己的标准格式（ped等）以及Vcf
超级宇航员·2021-04-25 22:56

转载：python PyVCF文件处理VCF文件格式

vcf文件的全称是variantcallfile，即突变识别文件，它是基因组工作流程中产生的一种文件，保存的是基因组上的突变信息。通过对vcf文件进行分析，可以得到个体的变异信息。
陈光辉_花生所·2021-04-20 09:57

pi, Fst, dxy, fd的计算

1.计算每个物种的pi以及每对物种的Fst和dxy#转换vcf文件为Simons格式geno.gzparseVC
DumplingLucky·2021-04-19 09:42

2019-11-18 VCF格式解析

来源：//www.jianshu.com/writer#/notebooks/38505831/notes/56543457VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文件，下面所记录的是以GATK软件结果的
_客舍青青_·2021-04-18 21:41

python - quopri模块 - vcf格式文件中quoted-printable编码转utf-8

QUOTED-PRINTABLE是邮件常用的编码方式,python中有一个对应的模块：quopri从手机里导出的vcf是这样的格式:BEGIN:VCARDVERSION:2.1N;CHARSET=UTF
Saggitarxm·2021-04-16 15:33

VCF文件格式

VCF文件全称为VariantCallFormat，表示基因组的变异信息，通常为GATK和Samtools软件处理所得到。
一直想要成为大牛的科研狗·2021-04-12 19:10

2021-03-26 QC1.0基于缺失率的过滤

https://blog.csdn.net/qq_40605470/article/details/113183901虽然我的起始文件是vcf不是bfile，但是转换了格式就都一样目前我的目录里是这些[
L6511·2021-04-12 14:23

VCF格式文件的shell小练习

首先使用bowtie2软件自带的测试数据生成sam/bam文件，还有vcf文件代码如下：mkdir-p~/biosoftcd~/biosoftwgethttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn
林枫bioinfo·2021-03-31 03:41

VUE读取Vcard文件,并获取/筛选想要的内容

我是Vcard文件，安卓通讯录，test.vcf，它的固定格式，文件内容如下（里面有四个联系人）：然后我是要获取里面的内容（因为我与后台交互是数据传输，也就是JSON方式），所以我需要获得我需要的姓名N
享有盛誉之名·2021-03-05 17:00

Day2-xiaode

二代测序数据的分析学习目标解释测序技术如何形成NGS描述FASTQ、SAM/BAM和VCF数据格式比较将NGS数据与参考基因组对比的各种方法描述基因组变异的类型及其定义过程解释对比、组装和变异识别中的错误解释预测某个基因组中变异的功能后果方法
1c9f38e0bb6b·2021-02-24 09:27

前端JS/VUE如何生成文件--导出任意后缀的文件

有个需求是在前端由用户输入姓名+电话，然后生成一个Vcard，也就是.vcf格式文件,就是导入手机的通讯录中，这个做手机测试的都知道。
享有盛誉之名·2021-02-23 11:56

vcf是什么？

vcf有多种意思：1、通讯录导出的一种格式；2、VisualComponentFramework（可视化组件框架），是一个C++编写的开源项目；3、VictoryofContinuousFour；4、入料液体积对浓缩液的体积比
zy17822307856·2021-01-24 01:56

vcf是什么？

vcf有多种意思：1、通讯录导出的一种格式；2、VisualComponentFramework（可视化组件框架），是一个C++编写的开源项目；3、VictoryofContinuousFour；4、入料液体积对浓缩液的体积比
jialiang8542·2021-01-21 00:13

生信格式之vcf格式

VCFformat一、VCF格式背景1、VCF的由来VCF（VariantCallFormat）格式是记录测序结果里相对于参考序列的序列变异情况；一般用比对结果产生的bam文件作为输入，利用GATK等variantcalling
小贝学生信·2021-01-16 23:55

变异信息提取（call SNP pipeline）1(old version)

群体遗传大部分的分析大部分基于VCF文件，所以得到一个高质量的VCF文件很有必要。在此记录一下从重测序的fastq文件提取SNP，过滤VCF的一系列流程。
Morriyaty·2021-01-13 19:21

2021-01-02根据vcf文件计算SNP密度并用circlize可视化结果

转载自：https://www.cnblogs.com/triple-y/p/10331449.html收集vcftools所有用法命令vcftools--vcfsnp.bialles.vcf--SNPdensity100000
麦冬花儿·2021-01-04 16:43

2021-01-03如何绘制选择性清除图（fst、pi、tajimad等）、）

一、转载https://blog.csdn.net/yangl7/article/details/109323644vcftools--vcfAxiomGT1.calls.vcf--window-pi1000
麦冬花儿·2021-01-04 16:37

2021-01-02使用vcftools根据vcf文件计算种群核苷酸多样性

找到了一份种群基因组学数据分析的教程，原文用的数据是2015年发表在science上的一篇论文GenomicislandsofspeciationseparatecichlidecomorphsinanEastAfricancraterlake。这份教程利用这篇文章的数据分析了部分内容。教程地址https://github.com/singhal/popgen_tutorial/blob/mast
麦冬花儿·2021-01-03 21:24

ANNOVAR结果说明-SNP/INDEL

一结果文件说明1VCF(VariantCallFormat)是储存Variation结果的文件格式该文件的#列为文件的详细解读信息2*.hg19_multianno.xls是在VCF的基础上，用ANNOVAR
九月_1012·2020-12-25 13:26

plink计算近交系数

1.提取个体listbcftoolsquery-lSNP.filtered.vcf>ind.txt2.计算近交系数#不能有multiallelbcftoolsview-M2-vsnpsbsz_maf_filtered.vcf
铃_0d92·2020-12-19 21:40

Structrue分析

安装软件admixtrue文件snp##不能有multiallelbcftoolsview-M2-vsnpsSNP.filtered.vcf>zy-bi.vcf##挑选每个基因上的一个位点，需要不连锁perlrandSnps.plzy_un.vcf
铃_0d92·2020-11-26 18:59

LD过滤

#删除多等位基因的位点bcftoolsview-M2-vsnps-excludeSNP.filtered.vcf>BSZ_ZY_bi.vcf###plink过滤#1转换格式plink--vcffile.vcf
铃_0d92·2020-11-25 14:57

检测选择信号/位点

软件如何检测选择信号总体的思想就是通过这几款软件、不同的算法计算出每一个位点的z-score，然后对z-score进行整合、筛选位点FST的计算方法##对每一个SNP变异位点进行计算vcftools--vcftest.vcf
杨康chin·2020-11-24 16:12

2020-06-17基因组坐标转换

1基因组坐标转换常用软件NCBI的Remap:支持BED、VCF、GFF、GTF等。UCSC的LiftOver:支持BED,本地版本
bcl_hx·2020-11-19 14:40

Tools:CrossMap用于基因坐标转换

基因组不同版本之间的转换工具常用的有：CrossMap（各种转换）,liftover（bed转换）,picard(VCF转换)详细讲解各组工具的地址https://www.biostars.org/p/
wo_monic·2020-10-30 17:44

vcf文件说明

做过DNA重测序，群体遗传进化，BSA，GWAS等项目的人都会遇到VCF文件，这个文件记录了所有样品基因组中所有位置变异（主要包括SNP和InDel）信息。
生信师姐·2020-10-08 19:52

基因数据处理75之从HDFS读取vcf文件存为Adam的parquet文件（成功）

packageorg.bdgenomics.adam.cliclassFlattenSuiteextendsADAMFunSuite{valloader=Thread.currentThread().getContextClassLoadervalinputPath=loader.getResource("small.vcf
KeepLearningBigData·2020-09-17 02:12

基因数据处理74之从HDFS读取vcf文件存为Adam的parquet文件（有问题）

1.small.vcf:没记录2.读取：5loadtime:3287ms{"variant":{"variantErrorProbability":139,"contig":{"contigName":
KeepLearningBigData·2020-09-17 02:33

解决vcard乱码&批量导入outlook

[分享]【宏】解决vcard乱码&批量导入outlook[复制链接]如果不是某人用的国产手机，我还真不知道现在好多国产手机联系人的导出格式居然是vcf。而且，中文姓名都乱码了。
ts_rfl·2020-09-13 16:30

「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释

该SNP数据集包括414个西瓜，2000万个SNP信息，数据大小为22G.数据准备根据文章提供的下载地址，我们分别下载西瓜的基因组，GFF注释文章和存放的VCF的数据集。
徐洲更hoptop·2020-09-13 03:28

tabix 操作VCF文件

tabix可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引，从而加快访问速度，不仅支持VCF文件，还支持BED,GFF，SAM等格式。
斩毛毛·2020-09-12 21:32

VCF(variant call format)文件格式详解

vcf格式是做变异(variant)分析的时候最常见的一种格式，主要包括一些header和位点的信息。
生信编程日常·2020-09-05 18:27

「博客翻译」SNP过滤教程（一）

感觉文章写的真棒，于是就翻译了一遍目标学习如何使用VCFtools根据缺失信息，基因型深度(genotypedepth)，位点质量得分，次等位基因频率和基因型总深度(genotypecalldepth)去过滤VCF
徐洲更hoptop·2020-08-26 23:36

使用admixture软件做祖先成分分析小实例

software.genetics.ucla.edu/admixture/download.html不需要安装，解压出来即可使用数据使用这篇文章中获得的https://www.jianshu.com/p/5938ca3b6725vcf
牧羊的男孩儿·2020-08-26 09:02
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